Le présent travail rentre dans le cadre du projet Hubert-Curien Tassili (PHC) entre l’université de Mostaganem et l’université de Perpignan, c’est une thèse de doctorat en cotutelle qui a comme objectif la contribution à l’étude de la contamination des eaux et des sédiments de l’Oued Chéliff et de ses deux affluents Oued Rhiou et Oued Mina. Cette étude a été abordée par un prélèvement saisonnier réalisé pendant deux périodes distinctes période humide et période sèche au niveau de 15 stations le long des cours d’eau. La qualité des eaux et des sédiments des cours d’eau a été déterminée par l’analyse des paramètres physico-chimiques, des métaux et des traceurs fluorescents.Les résultats obtenus ont montré une forte contamination en conductivité, DCO, DBO5 pendant la période humide et en Cl- et MES pendant la période sèche. Les résultats des métaux ont montré des concentrations importantes en Al, Fe et Ni particulièrement au niveau de l’Oued Chéliff et son affluent Oued Rhiou en période sèche. Cependant, Oued Mina présente des valeurs élevées de Li et de Sr. Les concentrations de types tryptophane, tyrosine et indole montrent des valeurs élevées au niveau des stations de rejets. L’évaluation de la qualité des sédiments de l’Oued Chéliff a montré que l’Oued Chéliff et son affluent Oued Rhiou sont caractérisés par la présence de fortes concentrations de Al, Mn, Fe, Cr, Ni, Pb pendant les deux périodes.Cette étude nous a permis de déduire que la qualité de l’eau et des sédiments de l’Oued Chéliff et de ses deux affluents a été altérée par les activités anthropiques et les phénomènes naturels. / The present thesis was carried out in co-tutelle between University of Mostaganem (Algeria) and University of Perpignan Via Domitia (France), it was partially funded through a PHC TASSILI project (15MDU937). It aims to study the quality of waters and sediments of Cheliff river and its two important tributaries Oued Rhiou and Mina rivers. During this work, seasonal samplings were performed for both water and sediment in 15 different stations along the watercourses during wet and dry.In order to evaluate the water and sediment quality of watercourses, several parameters were analyzed: the physicochemical parameters, fluorescence amino acids and trace metals. The study reveals a significant organic contamination along the watercourses with high concentrations of conductivity, COD, BOD5 during the wet period and Cl-, TSM during the dry period. The results of trace metals showed high concentrations of Al, Fe and Ni, particularly along the Cheliff and Oued Rhiou rivers during the dry period. On the other hand, Mina river presented high concentrations of Sr and Li. The presence of tryptophan like, tyrosine like and indole like in water samples revealed the impact of untreated urban discharges rejected into watercourses. Another part of the work is devoted to assess the quality of sediments of Cheliff river and its tributaries. The results show that the Cheliff river and its tributary Oued Rhiou are characterized through the presence of high concentrations of Al, Mn, Fe, Cr, Ni, Pb, during wet and dry periods. The present study has shown that the Cheliff river and its tributaries were strongly impacted by anthropogenic pollution and natural phenomenon.