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Estudo de associação ampla do genoma para coloração de pelagem em ovinos da raça Morada Nova / Genome wide association for pigmentation in sheep Morada Nova

Muniz, Maria Malane Magalhães 06 March 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2015. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2015-11-03T20:47:22Z No. of bitstreams: 1 2015_MariaMalaneMagalhãesMuniz.pdf: 1562002 bytes, checksum: a9b5e7c211f9113343f0953fd4a47eb9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-11-11T11:24:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MariaMalaneMagalhãesMuniz.pdf: 1562002 bytes, checksum: a9b5e7c211f9113343f0953fd4a47eb9 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-11T11:24:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MariaMalaneMagalhãesMuniz.pdf: 1562002 bytes, checksum: a9b5e7c211f9113343f0953fd4a47eb9 (MD5) / A Associação brasileira dos criadores de ovinos (ARCO) reconhece duas variedades da raça Morada Nova, a branca e a vermelha. Entretanto, existe uma variedade negra que vem sendo frequentemente eliminada dos rebanhos por ser desclassificada para fins de registro genealógico. Estudos anteriores da equipe sugerem que esta variedade é muito similar a variedade vermelha. Desta forma, o objetivo deste estudo foi realizar uma análise de GWAS (Genome-wide association study) para identificação de regiões genômicas relacionados à coloração de pelagem e para confirmar o posicionamento da variedade negra em relação às demais variedades de ovinos dessa raça. Foram analisados 61 animais (branco= 20; negra= 20; vermelha= 21), genotipados para OvineSNP50kBeadChip, contendo 54.241 marcadores do tipo SNP (Single NucleotidePolymorphism). No controle de qualidade, exclui-se amostras com call rate < 80 %; amostras outliers, quanto as taxas heterozigosidade autossômica, foi calculado as faixas de 1,5 interquartis (IQR);exclui-se amostras idênticas ou animais com mais de 50% de semelhança (IBD; PCA e Fst); SNPs sem posições definidas nos cromossomos; marcadores monomórficos; SNPs com Call rate < 90 %; Frequência do menor alelo(MAF) <0,0001 e os cromossomos sexuais. Analisou-se a associação para diferenciação de pelagem entre a variedade negra das pelagens vermelha e branca, bem como a diferenciação entre animais negros e vermelhos. Após o controle de qualidade obteve-se um conjunto de dados de 45. 982 SNPs e 48 amostras, (negra= 18; brancas= 13; vermelha= 17). Para GWAS utilizou-se o modelo dominante, teste qui-quadrado corrigido para o controle genômico. O SNPs mais significativo nos GWAS foi o s26449.1, esse SNP encontra-se a uma distância de 163.5 kb do gene MC1R. Esse gene parece ter papel fundamento no processo de diferenciação de pelagem da variedade negra das demais pelagens para raça Morada Nova. / The Brazilian Association of sheep creators (ARCO) acknowledge two varieties for the Morada Nova, white and red. However, the black variety is often eliminated flocks to be disqualified for genealogical record purposes. In previous team study suggests that this variety is very similar to red variety. Thus, the aim of this study was to conduct an analysis of GWAS (Genome-wide association study) to identify genomic regions related to coat color and to confirm the position of the black variety compared to other varieties of sheep that breed. Were used 61 animals (white = 20; black = 20; red = 21), genotyped for OvineSNP50kBeadChip containing 54,241 markers of type SNP (Single Nucleotide Polymorphism). In quality control, is excluded samples with call rate <80%; outliers samples, as autosomal heterozygosity rates, we calculated the 1.5 interquartile ranges (IQR); excludes identical samples or animals over 50% similarity (IBD; PCA and Fst); SNPs without defined positions on chromosomes; monomorphic markers; SNPs with call rate <90%; deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) <0.0001 and the sex chromosomes. We analyzed the association to coat differentiation between the red and black varieties and differentiation between white and non-white animals. After quality control obtained a set of data 45982 SNPs and 48 samples (black = 18, white= 13, red = 17). For GWAS used the dominant model, chi-square test corrected for genomic control. The SNP most significant in GWAS was the s26449.1, this SNP is located at a distance of 163.5 kb MC1R gene. This gene seems to have ground coat role in differentiation process of the black variety of other coats for Morada Nova.

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