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Diversidade e estrutura genética de ovinos crioulos lanados do Brasil

Castro, Silvia Tereza Ribeiro January 2008 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Genética e Morfologia, Laboratório de Genética, 2008. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2009-09-25T18:41:33Z No. of bitstreams: 1 2008_SilviaTerezaRibeiroCastro.pdf: 1299779 bytes, checksum: 1bb42265d969892d91060146d5e19357 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-12-22T15:42:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_SilviaTerezaRibeiroCastro.pdf: 1299779 bytes, checksum: 1bb42265d969892d91060146d5e19357 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-12-22T15:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_SilviaTerezaRibeiroCastro.pdf: 1299779 bytes, checksum: 1bb42265d969892d91060146d5e19357 (MD5) Previous issue date: 2008 / O conhecimento da variabilidade genética existente em raças locais de animais zootécnicos é importante para a conservação do patrimônio genético e para programas de melhoramento animal. O objetivo geral deste trabalho foi analisar a diversidade e a variabilidade genética do ovino Crioulo Lanado brasileiro por meio de marcadores genéticos do tipo RAPD e SSRs. As amostras analisadas representaram o rebanho de conservação da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - EMBRAPA, bem como as populações de ovinos crioulos existentes na área de ocorrência. Os resultados indicaram que a variabilidade genética total da raça Fronteira e do ecótipo Serrana não está representada no rebanho de conservação da EMBRAPA nem nos demais rebanhos amostrados. Os animais mantidos pela EMBRAPA apresentaram mais introgressão de Corriedale que os da população externa. Em todas as análises o ecótipo Zebua foi o mais dissimilar entre os crioulos. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The knowledge of the existing genetic variability in local breeds of livestock is important for the conservation genetics and for programs of animal breeding. The general objective of this research was to analyze the diversity and the genetic variability of Brazilian Creole Wool Sheep raised in the Southearn region of the country through the utilization of molecular markers (RAPD and STR). The analyzed samples represented the conservation nucleus belonging to Brazilian Agricultural Research Corporation - EMBRAPA as well as others flocks present in the region. The results indicated that the total genetic variability of the Fronteira breed and the ecotype Serrana is not represented in the EMBRAPA’s flock nor in the others sampled flocks. The animals kept by EMBRAPA presented a higher introgression of Corriedale than that of the external population. In all analyses the Zebua ecotype was the most dissimilar among the Creoles.
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Estudo da estrutura genética de ovinos localmente adaptados do Brasil por meio de marcadores de base única (SNP - Single Nucleotide Polymorphism) / Study of genetic structure of Brazil locally adapted sheep by single nucleotide polymorphism markers

Toledo, Natália Martins de 31 March 2014 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Veterinária, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-11-06T17:18:06Z No. of bitstreams: 1 2014_NatáliaMartinsDeToledo.pdf: 1632413 bytes, checksum: b047cf6ecb4820b6901844d7a9043076 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-11-10T15:57:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_NatáliaMartinsDeToledo.pdf: 1632413 bytes, checksum: b047cf6ecb4820b6901844d7a9043076 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-10T15:57:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_NatáliaMartinsDeToledo.pdf: 1632413 bytes, checksum: b047cf6ecb4820b6901844d7a9043076 (MD5) / Brasil possui diversas raças ovinas no seu territótio que surgiram em consequência tanto de múltiplas introduções desde o período da colonização bem como de eventos genéticos e demográficos. De forma a aumentar a compreensão da formação desses grupos genéticos, o objetivo dessa dissertação foi analisar a distribuição da diversidade genética de 721 indivíduos de 30 raças por meio do ovine SNP50 BeadChip. Foram utilizados oito grupos genéticos brasileiros, cinco deslanados e três lanados. Além disso, mais 22 raças foram analisadas como possíveis fundadoras das raças brasileiras. A partir dos resultados das distâncias genéticas geradas pelo índice Fst foi possível identificar que existem duas fontes de variação principais para as raças brasileiras: uma de origem Africana e outra com origem na região Mediterrânea da Europa. As raças lanadas Crioula e Bergamácia apresentaram maior proximidade genética com raças coletadas nas Américas (Corriedale, Gulf Coast Native, Ille de France, Hampshire e Suffolk) e Caribe (St.Elizabeth) do que com raças européias mediterrâneas. A análise de componentes principais (PCA) confirmou a proximidade genética entre as populações de Santa Inês e Bergamácia, e de Morada Nova com Rabo Largo observadas anteriormente com marcadores microssatélites. Além disso, a raça Somalis apresentou uma maior homogeneidade genética e diferenciação entre as raças localmente adaptadas. O grupo genético Pantaneiro apresentou relativa diferenciação genética da raça Crioula bem como uma maior proximidade da raça Bergamácia Brasileira. Os resultados desse estudo serão usados para direcionar o enriquecimento do Banco de germoplasma existente, bem como fornecer subsídios para as associações de criadores sobre a diversidade genética existente dentro de cada raça. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil has several sheep breeds in their territory that arose as a result of multiple introductions from the period of colonization as well as genetic and demographic events. In order to increase the understanding of the formation of these genetic groups, the goal of this dissertation was to analyze the distribution of genetic diversity of 721 individuals of 30 breeds through the ovine SNP50 BeadChip. . Five Brazilian hair sheep breeds and three wool sheep breeds were used. In addition another 22 breeds were analyzed as possible founders of Brazilian breeds. Based on the results of genetic distances generated by Fst, two sources of variation for Brazilian breeds were found: one African and an other Mediterranean. The Crioula Lanada and Bergamacia showed greater genetic proximity breeds collected in the Americas (Corriedale, Gulf Coast Native, Ille de France, Hampshire e Suffolk) and the Caribbean (St.Elizabeth) than Mediterranean European breeds. Principal Components Analysis (PCA) detected close genetic relationships among populations of Santa Ines and Bergamacia , and Morada Nova with Rabo Largo, previously observed with microsatellite markers. In addition, the Somalis showed greater integrity and genetic differentiation between the locally adapted breeds. The analyzes are indicative of differentiation between Pantaneiro and Crioula Lanada, but are not conclusive to the general understanding of the sheep group Pantaneiro. The results of this study will be used to direct enrichment of the Bank of germplasm and to give subsidies to breeders associations on the genetic diversity within each breed.
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Estudo de associação ampla do genoma para coloração de pelagem em ovinos da raça Morada Nova / Genome wide association for pigmentation in sheep Morada Nova

Muniz, Maria Malane Magalhães 06 March 2015 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2015. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2015-11-03T20:47:22Z No. of bitstreams: 1 2015_MariaMalaneMagalhãesMuniz.pdf: 1562002 bytes, checksum: a9b5e7c211f9113343f0953fd4a47eb9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-11-11T11:24:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MariaMalaneMagalhãesMuniz.pdf: 1562002 bytes, checksum: a9b5e7c211f9113343f0953fd4a47eb9 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-11T11:24:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MariaMalaneMagalhãesMuniz.pdf: 1562002 bytes, checksum: a9b5e7c211f9113343f0953fd4a47eb9 (MD5) / A Associação brasileira dos criadores de ovinos (ARCO) reconhece duas variedades da raça Morada Nova, a branca e a vermelha. Entretanto, existe uma variedade negra que vem sendo frequentemente eliminada dos rebanhos por ser desclassificada para fins de registro genealógico. Estudos anteriores da equipe sugerem que esta variedade é muito similar a variedade vermelha. Desta forma, o objetivo deste estudo foi realizar uma análise de GWAS (Genome-wide association study) para identificação de regiões genômicas relacionados à coloração de pelagem e para confirmar o posicionamento da variedade negra em relação às demais variedades de ovinos dessa raça. Foram analisados 61 animais (branco= 20; negra= 20; vermelha= 21), genotipados para OvineSNP50kBeadChip, contendo 54.241 marcadores do tipo SNP (Single NucleotidePolymorphism). No controle de qualidade, exclui-se amostras com call rate < 80 %; amostras outliers, quanto as taxas heterozigosidade autossômica, foi calculado as faixas de 1,5 interquartis (IQR);exclui-se amostras idênticas ou animais com mais de 50% de semelhança (IBD; PCA e Fst); SNPs sem posições definidas nos cromossomos; marcadores monomórficos; SNPs com Call rate < 90 %; Frequência do menor alelo(MAF) <0,0001 e os cromossomos sexuais. Analisou-se a associação para diferenciação de pelagem entre a variedade negra das pelagens vermelha e branca, bem como a diferenciação entre animais negros e vermelhos. Após o controle de qualidade obteve-se um conjunto de dados de 45. 982 SNPs e 48 amostras, (negra= 18; brancas= 13; vermelha= 17). Para GWAS utilizou-se o modelo dominante, teste qui-quadrado corrigido para o controle genômico. O SNPs mais significativo nos GWAS foi o s26449.1, esse SNP encontra-se a uma distância de 163.5 kb do gene MC1R. Esse gene parece ter papel fundamento no processo de diferenciação de pelagem da variedade negra das demais pelagens para raça Morada Nova. / The Brazilian Association of sheep creators (ARCO) acknowledge two varieties for the Morada Nova, white and red. However, the black variety is often eliminated flocks to be disqualified for genealogical record purposes. In previous team study suggests that this variety is very similar to red variety. Thus, the aim of this study was to conduct an analysis of GWAS (Genome-wide association study) to identify genomic regions related to coat color and to confirm the position of the black variety compared to other varieties of sheep that breed. Were used 61 animals (white = 20; black = 20; red = 21), genotyped for OvineSNP50kBeadChip containing 54,241 markers of type SNP (Single Nucleotide Polymorphism). In quality control, is excluded samples with call rate <80%; outliers samples, as autosomal heterozygosity rates, we calculated the 1.5 interquartile ranges (IQR); excludes identical samples or animals over 50% similarity (IBD; PCA and Fst); SNPs without defined positions on chromosomes; monomorphic markers; SNPs with call rate <90%; deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) <0.0001 and the sex chromosomes. We analyzed the association to coat differentiation between the red and black varieties and differentiation between white and non-white animals. After quality control obtained a set of data 45982 SNPs and 48 samples (black = 18, white= 13, red = 17). For GWAS used the dominant model, chi-square test corrected for genomic control. The SNP most significant in GWAS was the s26449.1, this SNP is located at a distance of 163.5 kb MC1R gene. This gene seems to have ground coat role in differentiation process of the black variety of other coats for Morada Nova.
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Genes relacionados à prolificidade e seu potencial uso em programas de conservação e melhoramento de ovinos / Genes associated with prolificacy for use in sheep conservation and breeding programmes

Lacerda, Thaísa Sant’Anna 04 May 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-graduação em Ciências Animais, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-21T16:00:40Z No. of bitstreams: 1 2016_ThaisaSant'AnnaLacerda.pdf: 1499558 bytes, checksum: 48c8eca28818c93efa244ac1a94db84e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-07T20:28:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ThaisaSant'AnnaLacerda.pdf: 1499558 bytes, checksum: 48c8eca28818c93efa244ac1a94db84e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-07T20:28:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ThaisaSant'AnnaLacerda.pdf: 1499558 bytes, checksum: 48c8eca28818c93efa244ac1a94db84e (MD5) / A prolificidade (número de cordeiros nascidos por ovelhas expostas à reprodução) está relacionada à taxa de ovulação e pode ser considerada como um parâmetro importante no aumento da produtividade. Atualmente, a fenotipagem dessa característica só pode ser avaliada em fêmeas em idade reprodutiva e, em geral, apresenta um custo relativamente alto para espécie. No entanto, esta é uma característica controlada por poucos genes de forma que pode ser factível a implementação de esquemas de seleção por marcadores moleculares. Três genes de efeito principal tem sido considerados para explicar grande parte dos fenótipos de partos múltiplos: GDF9, BMP15 e BMPR1- b. O presente trabalho foi executado de forma a aumentar o conhecimento dos polimorfismos existentes nestes genes em raças localmente adaptadas de ovinos bem como avaliar a possibilidade de aplicar conhecimento adquirido em programas de conservação e melhoramento no Brasil. No primeiro experimento, 252 animais da raça Morada Nova provenientes de testes de desempenho do Programa de Melhoramento genético participativo da raça foram genotipados para presença ou ausência do alelo FecGE do gene GDF9, inicialmente descrito apenas na raça Santa Inês. A referida mutação foi identificada em alta frequência na raça Morada Nova e ela não aparenta estar associada a características de produção/crescimento usadas nos testes de desempenho da raça Morada Nova. No segundo experimento, sequências completas dos genes: BMP15, BMPR1-b e GDF9 foram obtidas por dados de sequenciamento de nova geração de 75 ovinos de diferentes raças provenientes do repositório do Consórcio Internacional do Genoma Ovino (ISGC). Foram identificados um total de 1610 SNPs a partir de dados de sequenciamento de nova geração de 75 genomas ovinos. Pelo menos três SNPs foram identificados na região de exon dos genes BMPR1-b e BMP15, que resultaram em alterações não conservativa de aminoácidos e, portanto, são candidatos imediatos a serem testados em raças com históricos de partos múltiplos. A identificação e seleção destes SNPs serão usadas para compor um painel de baixa densidade para a prolificidade e, depois de validados em raças prolíficas com histórico de parto simples e múltiplos, poderão ser usados para otimizar programas de conservação e melhoramento de ovinos. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The prolificacy (number of lambs per sheep exposed to reproduction) is mainly related to ovulation rate and can be considered as an important parameter in sheep productivity. This phenotype can only be evaluated in reproductive age female and still has a reasonable cost. On the other hand, it is know this trait is controlled by few genes and it might be feasible to implement marker assisted selection scheme. Three major genes have been recognized to explain phenotypes related to litter size: GDF9, BMP15 and BMPR1-b. The objective of the present study was to increase the knowledge of existing polymorphisms in genes related to prolificacy in locally adapted sheep breeds and evaluate its use in conservation and breeding programs in Brazil. In the first experiment it was genotyped, for the FecGE mutation (GDF9), 252 Morada Nova animals who participated in breed performance tests The FecGE mutation is not restricted to Santa Ines breed and it was found in high frequency in Morada Nova sheep. In addition, this mutation does not appear to be associated with production traits used on performance tests of Morada Nova sheep breed. The second experiment was analyze the complete sequence of genes: BMP15, BMPR1-b and GDF9 from 75 sheep of different breeds from the International Consortium repository Genome Ovine (ISGC). It was identified a total of 1610 SNPs from 75 sheep genomes. Three SNPs from BMP15, BMPR1-b genes change in non-conservative amino acid. The identification and selection of these SNPs will be used to develop a low density panel for prolificacy that might be applied to conservation and breeding programs.
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Influência da idade, prenhez e grupos genéticos sobre as características de carcaça e no perfil de ácidos graxos na carne de ovelhas / Age of influence, pregnancy and groups on genetic characteristics of housing and the profile of fatty acid in sheep meat

Esteves, Geisa Isilda Ferreira January 2014 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2014. / Submitted by Cristiane Mendes (mcristianem@gmail.com) on 2015-06-30T18:24:07Z No. of bitstreams: 1 2014_GeisaIsildaFerreiraEsteves.pdf: 2550314 bytes, checksum: e4e6105279a3d673f8a3015e5cb0849b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-07-01T13:30:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_GeisaIsildaFerreiraEsteves.pdf: 2550314 bytes, checksum: e4e6105279a3d673f8a3015e5cb0849b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-01T13:30:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_GeisaIsildaFerreiraEsteves.pdf: 2550314 bytes, checksum: e4e6105279a3d673f8a3015e5cb0849b (MD5) / A ovinocultura pode ser um empreendimento economicamente viável desde que para isso se propicie ao animal condições para demonstrar seu potencial máximo. Nesse trabalho objetivou-se estudar a influência da idade, grupo genético e prenhez sobre as características da carcaça, composição centesimal e composição de ácidos graxos em fêmeas ovinas. Foram utilizadas 159 ovelhas com idade entre 6 a 48 meses dos grupos genéticos Santa Inês, ½ Texel ½ Santa Inês, ½ Dorper ½ Santa Inês e ½ Ilê de France ½ Santa Inês. Os animais foram submetidos a jejum hídrico de 16 horas e foram insensibilizadas por eletronarcose e logo após foi realizada a sangria com secção das veias jugulares e artérias carótidas. Foram realizadas medidas de peso de carcaça quente (PCQ), peso de carcaça fria (PCF), rendimento de carcaça (RCQ), rendimento de carcaça fria (RCF), comprimento de carcaça (CC), “killout” (KO), e também foram avaliados seis cortes comercias (paleta, pescoço, lombo, fralda, costela, pernil); além do comprimento e perímetro do pernil. Na avaliação de qualidade foram realizadas avaliações de área de olho de lombo, composição centesimal e o perfil de ácidos graxos. Os dados foram analisados com auxílio do programa estatístico SAS® e foram usados os procedimentos de análise de variância, regressões, regressões “broken line”, correlações e componentes principais. Observou-se influência da idade sobre as características de carcaça e cortes comerciais. A análise “broken line” demonstrou que há uma idade de abate para cada característica e corte analisados. Para se obter bons pesos de carcaça quente e de pernil o abate deve ocorrer antes que o animal atinja 16 meses de idade. A idade de abate teve influência direta no peso dos cortes cárneos comerciais como pernil, costela e no peso de carcaça quente e rendimento de carcaça. Os cortes comerciais também tiveram influência do grupo genético. Raças especializadas para carne tiveram melhor peso quando comparadas com a Santa Inês. A prenhez influenciou os ácidos graxos, ômega 6, o peso da gordura, a proporção de músculo, a proporção de gordura, a espessura de gordura subcutânea e as perdas por cocção. As fêmeas que não ficaram prenhas tiveram maior espessura de gordura. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The sheep industry can be an economically viable enterprise since it is conducive to the animal conditions to demonstrate their full potential. In this work aimed to study the influence of age, genetic group and pregnancy on carcass characteristics, chemical composition and fatty acid composition in sheep females. 159 sheep with age were between 6 to 48 months of genetic groups Santa Ines, Texel ½ ½ Santa Ines, Dorper ½ ½ ½ Santa Ines and Ile de France ½ Santa Ines. The animals were submitted to water fasting for 16 hours and were stunned by electro and soon after was held bleeding with section of the jugular veins and carotid arteries. Hot carcass weight was measured (HCW), cold carcass weight (CCW), carcass yield (HCY), cold carcass yield (RCF), carcass length (CL), "killout" (KO), and were also evaluated six commercial cuts (shoulder, neck, back, diaper, ribs, ham); beyond the length and girth of the shank. As the review were conducted reviews of loin eye area, chemical composition and fatty acid profile. Data were analyzed using the statistical software SAS® and were used the procedures of analysis of variance, regression, regression "broken line", correlations and main components. It was observed influence of age on the characteristics of housing and commercial courts. The analysis "broken line" showed that there is a slaughter age for each feature and cut analyzed. To obtain good hot carcass weights and shank must occur before slaughter the animal reaches 16 months of age. The slaughter age had a direct influence on the weight of commercial cuts as ham, ribs and hot carcass weight and carcass yield. The commercial cuts also were influenced by genetic group. Specialized breeds for meat had better weight when compared to the Santa Ines. The pregnancy influenced the fatty acids, omega 6, the weight of fat, muscle ratio, the proportion of fat, subcutaneous fat thickness and cooking losses. Females who were not pregnant had higher fat thickness.

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