Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-29Bitstream added on 2014-06-13T20:14:36Z : No. of bitstreams: 1 ono_rk_me_jabo.pdf: 515778 bytes, checksum: 1290bcd92cebca595d379194178c40d4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Objetivo do presente estudo foi estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características de crescimento: Peso ao nascer (PN), Peso ao desmame (PD), Ganho de peso pré-desmama (GDPRÉ) e Ganho de peso pós-desmama (GDPÓS) e de carcaça: Área de olho de lombo (AOL) e Espessura de gordura subcutânea (EGS) para uma raça materna composta. Os dados utilizados foram oriundos de uma fazenda pertencente ao programa de melhoramento genético de ovino (OviGol®), coletados entre os anos de 2008 e 2011. Os efeitos ambientais considerados nos modelos foram determinados a partir de análise de variância, pela metodologia dos quadrados mínimos, considerando apenas efeitos significativos (p<0,01). Os componentes de (co)variâncias e os parâmetros genéticos para as características foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML), sob modelo animal, utilizando o programa REMLF90. Avaliaram-se dois modelos em análises unicaracterísticas pelo teste da razão de verossimilhança (LRT), sendo escolhido o modelo mais completo, o qual incluía como efeitos aleatórios o ambiente permanente materno e o genético aditivo. As herdabilidades diretas estimadas em análise multi-característica, sob modelo animal, foram: 0,26; 0,20; 0,23; 0,15; 0,18 e 0,10, para PN, GDPRÉ, PD, GDPÓS, AOL e EGS respectivamente. As correlações genéticas variaram de baixa a alta magnitude, sendo a mais alta entre GDPRÉ e PD (0,99) e a mais baixa entre PN e GDPÓS (0,02). Os resultados indicam que há variação genética para PN, PD e GDPRÉ, com possibilidade de seleção dentro da população / The aim of this study was to estimate the (co)variance components and genetic parameters for growth: Birth Weight (BW), Weaning Weight (WW), average daily gain pre-weaning (ADGpre) and average daily gain post-weaning (ADGpos) and carcass: Eye Muscle Area (EMA) and Fat Depth (FD) for a composite maternal breed. The data used were from a farm belonging to the breeding program for sheep (OviGol®), collected between 2008 and 2011. The environmental effects considered in models were determined from analysis of variance by least squares method, considering only significant effects (p<0.01). The components of (co)variance and genetic parameters were estimated by restricted maximum likelihood (REML), under the animal model, obtained by the REMLF90 program. Two models were tested, differentiated only by random effects in single-trait analysis of the likelihood ratio test (LRT), whichever is the more complete model, which included as random maternal permanent environmental and additive genetic. The direct heritability, analysis in multi-trait and in an animal model, was 0.26, 0.20, 0.23, 0.15, 0.18 and 0.10, for BW, ADGpre, WW, ADGpos, EMA and FT respectively. Genetic correlations ranged from low to high values, being the highest among ADGpre and WW (0.99) and lowest between BW and ADGpos (0.02). The study indicates that there is genetic variation for PN, GDPRÉ and PD, with scope for selection within population

O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (FROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (FGRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (FGRM05), excesso de homozigose (FHOM) e informação de pedigree (FPED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (&gt; 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para FPED, FROH, FGRM e FGRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para FPED, FROH, FGRM, FGRM05 e FHOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica. / Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (FGRM), allele frequencies set to 0.5 (FGRM05), excess of homozygosity (FHOM), and pedigree information (FPED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (&gt; 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for FPED, FROH, FGRM, and FGRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for FPED, FROH, FGRM, FGRM05 and FHOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.

O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (FROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (FGRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (FGRM05), excesso de homozigose (FHOM) e informação de pedigree (FPED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (&gt; 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para FPED, FROH, FGRM e FGRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para FPED, FROH, FGRM, FGRM05 e FHOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica. / Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (FGRM), allele frequencies set to 0.5 (FGRM05), excess of homozygosity (FHOM), and pedigree information (FPED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (&gt; 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for FPED, FROH, FGRM, and FGRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for FPED, FROH, FGRM, FGRM05 and FHOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 790188 bytes, checksum: 1cb94f6a1ebb6d10f561e9184b3f44f3 (MD5) Previous issue date: 2010-02-11 / The main objective of this work was used the cluster analysis in order to classify nonlinear growth models in relation to different quality fit evaluators when utilized data from the following beef lambs genetic groups: Dorper x Morada Nova (DMN), Dorper x Rabo Largo (DRL) e Dorper x Santa Inês (DSI). After the choice of the best model, we aimed also apply the model identity in order to identify the most efficient group. The proposed methodology was considered in two experimental conditions: with repetitions, using data of all animals from each group; and without repetitions, using average data from each group. Twelve nonlinear models were used, whose fit quality was measured by determination coefficient (R2 aj), Akaike information criterion (AIC), Bayesian information criterion (BIC), mean quadratic error of prediction (MEP) and predicted determination coefficient (R2 p). The Richards and von Bertalanffy models, respectively, presented the best fit for the mean and individual data sets. The model identity tests revealed that the DSI group presented higher adult weight, therefore this group is recommend for meat production. / O objetivo principal desse trabalho foi utilizar a análise de agrupamento para classificar modelos de crescimento não-lineares tendo em vista os resultados de diferentes avaliadores de qualidade de ajuste ao considerar dados dos seguintes grupos genéticos de ovinos de corte: Dorper x Morada Nova (DMN), Dorper x Rabo Largo (DRL) e Dorper x Santa Inês (DSI). Após a indicação do modelo comum adequado aos três grupos, objetivou-se também aplicar a identidade de modelos com o intuito de identificar o grupo genético com maior eficiência de crescimento. Toda a metodologia foi aplicada a duas situações experimentais distintas: com repetição, considerando todos os animais de cada grupo genético, e sem repetição, considerando dados médios de cada um destes grupos. Ajustaram-se doze modelos não-lineares, cuja qualidade de ajuste foi medida pelo coeficiente de determinação ajustado (R2 aj), critério de informação de Akaike (AIC), critério de informação Bayesiano (BIC), erro quadrático médio de predição (MEP) e coeficiente de determinação de predição (R2 p). Os modelos Richards e von Bertalanffy foram, respectivamente, os que apresentaram os melhores ajustes para os conjuntos de dados médios e individuais. De acordo com testes de identidade de modelos, o grupo genético DSI foi o que apresentou maior peso adulto, sendo este, portanto, o mais recomendado para exploração de carne.