INTRODUCTION: during the first days of life the mother is the main source of nutrients for the newborn. However, breastfeeding difficulties are common and may generate excessive neonatal weight loss. OBJECTIVE: estimate the magnitude and association between breastfeeding problems and excessive neonatal weight loss beyond the physiological norm in the neonatology ward in a social security hospital in Lima, Peru. METHODS: we conducted a cross sectional analysis of the recorded neonatal weight in a routine evaluation (between 24 and 72 hours of life) and compared it against birth weight. Excessive weight loss was defined as a difference greater than or equal to 7 %. Breastfeeding problems (defined as problems with breastfeeding initiation, mouth position, breastfeeding duration, breastfeeding frequency, too much clothing, nipple pain and C form) were investigated using a survey and visual verification. The association between excessive weight loss and breastfeeding problems, adjusted by other factors, was quantified using a multiple generalized linear model. RESULTS: excessive weight loss was present in 18.8% (74/393) of the newborns. Improper positioning of the mouth on the nipple was present in 53.7% (211/393) of neonates while nipple pain was reported by 44.0% (173/393) of mothers. In the adjusted analysis, nipple pain [PR = 1.50 (95% CI: 1.02 to 2.22)] and improper positioning of the mouth [PR = 1.67 (95% CI: 1.09- 2.57)] were associated with an increased occurrence of excessive neonatal weight loss. CONCLUSIONS: breastfeeding problems are common. These difficulties are significantly associated with an increased occurrence of excessive neonatal weight loss. Improvements in breastfeeding practices, for example through educational programs, may decrease the occurrence of excessive neonatal weight loss. / Introducción: durante los primeros días de vida la madre es la principal fuente de alimento para el recién nacido. Sin embargo, es común que la madre presente trastornos de la lactancia y se genere una pérdida de peso neonatal superior a la fisiológica. Objetivo: estimar la magnitud y asociación entre los trastornos de la lactancia y la pérdida de peso neonatal superior a la fisiológica en neonatos en el área de alojamiento conjunto de un servicio de neonatología en un hospital de la Seguridad Social en Lima, Perú. Métodos: estudio de tipo transversal analítico. Registramos el peso neonatal en una evaluación de rutina (entre las 24 y 72 horas de vida) y lo comparamos con el peso al nacer. La pérdida de peso excesiva fue definida como una diferencia igual o mayor al 7%. Mediante una encuesta y una verificación visual investigamos los trastornos de la lactancia materna (retraso en el inicio, posición de la boca, duración de la lactancia, frecuencia de la lactancia, sobreabrigo, dolor en el pezón y forma de la C). La asociación entre la pérdida de peso excesiva y los trastornos, ajustada por otros factores, fue cuantificada mediante un modelo lineal generalizado múltiple. Resultados: en 18,8% (74/393) de los neonatos, la pérdida de peso excesiva fue igual o superior al 7% del peso al nacer. La posición inadecuada de la boca en el pezón estuvo presente en el 53,7% (211/393) de los neonatos, mientras que el dolor en el pezón fue reportado en el 44,0% (173/393) de las madres. En el análisis ajustado, el dolor en el pezón [RP = 1,50 (IC95%:1,02-2,22)] y la posición inadecuada de la boca [RP = 1,67 (IC95%:1,09- 2,57)] estuvieron asociados a una mayor pérdida de peso excesiva. Conclusiones: los trastornos de la lactancia son comunes. Estos factores están directa y positivamente asociados a una mayor pérdida de peso excesiva. La introducción de mejoras en las prácticas de lactancia, por ejemplo mediante programas educativos, podría disminuir la pérdida de peso neonatal excesiva.