Les épizooties du passé, malgré leur impact économique, sanitaire et social sur les sociétés agro-pastorales anciennes, sont particulièrement mal documentées en archéologie, et leurs millions de victimes semblent n’avoir laissé aucune trace matérielle. Cette thèse s’attache donc à démontrer qu’il est non seulement possible de mettre en évidence des dépôts animaux consécutifs à des crises de mortalité, mais aussi d’identifier les causes spécifiques des décès. Elle adopte une démarche interdisciplinaire, mêlant méthodes et données de l’archéologie, de l’histoire et de la médecine vétérinaire. Deux outils méthodologiques y sont développés. Le premier est une grille d’analyse permettant l’identification des crises de mortalité animales parmi tous les dépôts de faune rencontrés en archéologie. Le second est une démarche de diagnostic différentiel de la nature des crises, reposant sur la confrontation entre les caractéristiques épidémiologiques des dépôts animaux et celles des principales causes de mortalité identifiées aux époques étudiées. Des examens complémentaires ciblés permettent alors la validation des hypothèses diagnostiques obtenues. Une cinquantaine de dépôts animaux témoignant vraisemblablement de crises de mortalité passées sont ainsi identifiés dans la bibliographie, corpus faisant l’objet d’une analyse multicritère diachronique et spécifique. Six assemblages ovins datés de l’Antiquité à la période Moderne font ensuite l’objet d’une étude archéologique et ostéologique approfondie. L’application du protocole d’analyse permet la formulation d’hypothèses diagnostiques dans cinq cas sur six, et dans un cas sa confirmation par la mise en évidence du pathogène incriminé. / Acute episodes of animal mortality had severe impacts on past societies, with lasting economical, sanitary and social consequences. They remain however largely undocumented, in particular in archaeology, where the millions of animal victims described in historical texts appear to have left no material evidence. This dissertation thus strives to explore this discrepancy and to demonstrate that not only is it possible to identify archaeological deposits of mass animal mortality, but that it is also possible to diagnose the specific cause of the deaths. Theses aims are addressed by an interdisciplinary approach, drawing on methods and data from the fields of archaeology, history and veterinary science, and leading to the development of two methodological tools. The first tool allows the identification of animal mass mortality deposits through a flow chart based on objective archaeological criteria. The second presents as a protocol allowing the differential diagnosis and those of the main causes for animal mortalities in that time and place. Selected diagnostic hypotheses are then tested by targeted analyses. This allows us to identify fifty-one archaeological animal deposits probably resulting from mass mortality events in the bibliographical record, and to carry out a multi-criteria analysis of the resulting corpus in a diachronic and a species-specific perspective. Six ovine assemblages dating from the Roman period to the Modern period are then selected for an in-depth archaeological and osteological study. Likely diagnostic hypotheses are identified through our protocol in five cases out of six, one of which is confirmed by the paleoparasitological identification of the suspected pathogen.

L'objectif de nos recherches est de caractériser les pratiques funéraires et plus généralement les comportements des populations vivantes vis-à-vis des morts : traitement et dépôt du corps, mobilier funéraire, architecture funéraire mais également gestion des espaces funéraires, topographie et dynamique de l'occupation funéraire. <br />Pour cela, nous avons établi un corpus répertoriant plus de 400 sites. Intégré à un SIG, il nous a permis d'observer la répartition des gisements funéraires sur le territoire. Les deux points les plus remarquables sont la différence d'implantation entre les sites funéraires et ceux d'habitats et le hiatus existant entre les nécropoles du Haut-Empire et celles de l'Antiquité tardive. <br />Après avoir sélectionné cinq sites, nous avons entrepris une analyse de plus de 1200 sépultures en associant données archéologiques et anthropologiques pour apporter de nouveaux éléments de réflexions à la compréhension des pratiques funéraires gallo-romaines. Dans le cas des sépultures à incinération, nous nous sommes plus particulièrement intéressé aux gestes de collecte et de stockage des restes du défunt. Pour les inhumations, nous avons surtout porté notre attention sur les apports des données biologiques à la définition des regroupements familiaux ou sociaux. <br />L'ensemble de ces données souligne l'existence de faciès locaux au sein de la cité et met en évidence l'importance du contexte archéologique dans lequel s'inscrit la nécropole pour la caractérisation des gestes funéraires.