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Structural Characteristics and Applications of Hard-particle Packings via Event-driven Molecular Dynamics Simulations

January 2014 (has links)
abstract: In this dissertation, the results of our comprehensive computational studies of disordered jammed (i.e., mechanically stable) packings of hard particles are presented, including the family of superdisks in 2D and ellipsoids in 3D Euclidean space. Following a very brief introduction to the hard-particle systems, the event driven molecular dynamics (EDMD) employed to generate the packing ensembles will be discussed. A large number of 2D packing configurations of superdisks are subsequently analyzed, through which a relatively accurate theoretical scheme for packing-fraction prediction based on local particle contact configurations is proposed and validated via additional numerical simulations. Moreover, the studies on binary ellipsoid packing in 3D are briefly discussed and the effects of different geometrical parameters on the final packing fraction are analyzed. / Dissertation/Thesis / Masters Thesis Materials Science and Engineering 2014
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Influence of Cooperativity on the Protein Folding Mechanism

Qi, Xianghong 21 August 2008 (has links)
No description available.
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Modélisation numérique et rhéologie des matériaux à particules déformables / Numerical modeling and rheology of soft particle materials

Nguyen, Thanh Hai 04 November 2016 (has links)
Les matériaux à particules hautement déformables sont des formes complexes de matière avec de nombreuses applications en chimie, pharmacie, cosmétique et agro-alimentaire. L’effet conjugué du désordre et des grandes déformations des particules conduit à des propriétés mécaniques nouvelles par rapport aux matériaux à particules indéformables. En particulier, la compressibilité et la résistance au cisaillement sont contrôlées par une combinaison de réarrangements et de changement de forme des particules. Dans ce travail de thèse, nous avons développé une approche numérique originale pour la simulation de ces systèmes. Pour permettre aux particules de se déformer indéfiniment, nous avons modélisé chaque particule par un agrégat de particules primaires sans frottement qui interagissent par une force d’attraction de type Lennard-Jones et une contrainte de non-interpénétration. La dissipation d’énergie par collisions inélastiques entre les particules primaires confère un caractère plastique aux déformations des particules. Nous avons utilisé ce modèle pour étudier les propriétés de compaction et de cisaillement de ces systèmes. Nos résultats ont permis de mettre en évidence le caractère non-linéaire de la compressibilité lorsque la compacité progressivement augmente au-delà de celles des assemblages de particules indéformables. Sous cisaillement, un état critique est atteint avec une dilatance contrôlée par la pression de confinement. Dans cet état, nous avons exploré les distributions des formes des particules, les textures et les distributions des forces pour différentes valeurs de la pression. Nous avons également comparé la compressibilité simulée par l’approche développée avec celle obtenue par la Méthode de Points Matériels (MPM) en utilisant des particules élastiques. / Soft-particle materials are complex forms of matter that occur in numerous applications in chemical, pharmaceutical, cosmetic and food products. Joint effects of disorder and large particle deformations lead to novel mechanical properties that differ from those of rigid-particle materials. In particular, the compressibility and shear resistance depend on both particle rearrangements and their shape change. In this doctoral work, we developed an original approach for numerical simulation of these systems. To allow the particles to deform without breakage, each particle is modeled as an aggregate of frictionless primary particles interacting via a Lennard-Jones attraction force and impenetrability constraints. Energy dissipation by inelastic collisions between primary particles leads to the plastic nature of particle deformations. This model was used to investigate the compaction and shear behavior of soft-particle systems. We find that the compressibility is strongly nonlinear as the packing fraction increases beyond that of a random close packing of rigid particles. In continuous shearing, a critical state is reached with a dilatancy that depends on the confining pressure. In this state, we investigate the shear resistance, distributions of particle shapes, fabric properties and inter-particle forces as a function of the confining pressure. We also compare our results with those obtained by using the Material Point Method (MPM) with elastic particles.

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