Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-01-30T13:05:53Z No. of bitstreams: 2 Paola Karoline de Sousa Rodrigues.pdf: 3369870 bytes, checksum: 78277f23bc133bdbafbac9add205cf5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-30T13:05:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Paola Karoline de Sousa Rodrigues.pdf: 3369870 bytes, checksum: 78277f23bc133bdbafbac9add205cf5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The estimation of population parameters in fish is essential for the interpretation of the life aspects of the strategy linked to its reproduction and growth, providing subsidies for the development of effective measures in the management of fishery resources. Cardinal tetra (Paracheirodon axelrodi) is a commercially important species in the ornamental fishery in the state of Amazonas, however, its dynamic population is little known. This study aimed to describe and evaluate the population structure of six streams with ornamental history fishing present on the left bank of the middle Rio Negro. The collections were carried out monthly from February 2016 to January 2017 by using three traps Cacuri for one hour in each stream. In the laboratory, the specimens were measured (SL in mm), weighed (g) and had their sex determined. The analyzes included determination of the length structure, growth parameters (L∞ and k), sex ratio, weight - length ratio, condition factor, duration of first sexual maturation (L50), reproductive period and fecundity. A total of 15.618 specimens were collected, females reached greater length than males in all streams. However, considering all collections, the mean length and recruitment period are similar for all collections in all streams. The asymptotic length of the specie was 28,35 mm and an growth rate was 0,59.year1. The sex ratio varied between 1F:1M and 1,3F: 1 M in all streams. The weight-length relation is of the positive allometric type in all the streams and the condition factor was significant in all the streams between the sexes, suggesting a better condition for the females and males in the reproductive period. The length of first sexual maturation was 14.95 mm for males and 15.44 mm for females with a period of reproduction of cardinal tetra occurring in the period of flood and fertility ranging from 234 to 1386 oocytes with total spawning. With the obtained results, it is possible to propose measures that permeate the conservation of the species, emphasizing the due care of the fishing in the period by which the reproduction takes place and the recruitment of the young that is directly connected to the seasonality. / A estimativa dos parâmetros populacionais de peixes é essencial para a interpretação de aspectos da estratégia de vida ligados à reprodução e crescimento, fornecendo subsídios para a elaboração de medidas eficientes na gestão dos estoques pesqueiros. O tetra cardinal (Paracheirodon axelrodi) é uma espécie comercialmente importante no âmbito da atividade de pesca ornamental no estado do Amazonas, entretanto pouco se conhece sobre a sua dinâmica populacional. Este estudo teve o objetivo de descrever e avaliar a estrutura populacional da espécie em seis igarapés com histórico de pesca ornamental, todos da margem esquerda do médio rio Negro. As coletas foram realizadas mensalmente de fevereiro/2016 a janeiro/2017, utilizando armadilha passiva (cacuri) durante uma hora em cada igarapé. Em laboratório os exemplares foram medidos (CP em mm), pesados (g) e o sexo determinado. Foram determinados a estrutura em comprimento, os parâmetros de crescimento (L∞ e k), a razão sexual, a relação peso comprimento, o fator de condição, comprimento de primeira maturação sexual (L 50 ), período reprodutivo e a fecundidade. Foram coletados um total de 15.618 exemplares. As fêmeas atingiram tamanhos maiores que os machos, em todos os igarapés. Entretanto, considerando todos os exemplares analisados o comprimento médio e o período de recrutamento é semelhante para os exemplares de todos os igarapés. O comprimento assintótico da espécie foi de 28,35 mm e uma taxa de crescimento em 0,59.ano1. A razão sexual variou entre 1F:1M a 1,3 F:1M entre os garapés. A relação peso comprimento é do tipo alométrica positiva em todos os igarapés e o fator de condição foi significativo em todos os igarapés entre os sexos sugerindo uma melhor condição para as fêmeas e machos no período reprodutivo. O comprimento de primeira maturação sexual foi de 14,95 mm para os machos e de 15,44 mm para as fêmeas com um período de reprodução do tetra cardinal ocorrendo no período de enchente com uma fecundidade variando de 234 a 1386 oócitos e desova do tipo total. Com os resultados obtidos, é possível propor medidas que permeiem a conservação da espécie, ressaltando o devido cuidado da pesca no período em que ocorre a reprodução, e o recrutamento dos jovens que está diretamente ligado a sazonalidade.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-08-29T13:06:25Z No. of bitstreams: 2 OLIVEIRA, 1997. Determinacao da idade e dinamica do curimata.doc: 10865152 bytes, checksum: a5dd6e3c5928d3be6863e169923ada74 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T13:06:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 OLIVEIRA, 1997. Determinacao da idade e dinamica do curimata.doc: 10865152 bytes, checksum: a5dd6e3c5928d3be6863e169923ada74 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 1997-03-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The studies of age and aspects of the population dynamics of the Curimatã P. nigricans of Central Amazonia were performed, using 769 specimens obtained from experimental and commercial fishing. Age was determined using the growth marks in the scales of 270 specimens obtained from commercial fishing along a hydrological cycle (May / 92 to May / 93). The periodicity of formation of the main brands was determined by the variation of the marginal increment (IM) throughout the year, confirmed by the comparison with data observed in the nature, by Bayley (1983) and related to the variation of the water level and with seasonal events of the life cycle. Two falls in monthly MI values ​​indicative of the period of formation of the marks were observed throughout the year. One between September and October, at the end of the ebb and another between December and January, at the beginning of the flood. The migration during the ebb and flood, at the expense of the fat accumulated in the flood, would explain the decrease in the rhythm of growth and the consequent formation of the marks in the scales. In the flood, the environmental conditions propitiate the feeding and the improvement of the physiological condition, besides not occurring migration, favoring the fast growth of the species. Curimatan growth is very rapid in the first year of life, when the species reaches 19 cm on average, of standard length. After the second year, the growth rate decreases, when individuals, at 27 cm on average, have already reached sexual maturity. It is a kind of short life (A95 = 6 years), rapid growth (K = 0.465 / year) and high natural mortality rate (M = 0.51). / Os estudos de idade e de aspectos da dinâmica populacional do curimatã P. nigricans da Amazônia Central foram realizados, utilizando-se 769 exemplares obtidos da pesca experimental e comercial. A idade foi determinada utilizando-se as marcas de crescimento nas escamas de 270 exemplares obtidos da pesca comercial ao longo de um ciclo hidrológico (maio/92 a maio/93). A periodicidade de formação das marcas principais foi determinada pela variação do incremento marginal (IM) ao longo do ano, confirmada pela comparação com dados observados na natureza, por Bayley (1983) e relacionada com a variação do nível da água e com eventos sazonais do ciclo de vida. Duas quedas nos valores mensais do IM, indicativas do período de formação das marcas foram observadas ao longo do ano. Uma entre setembro e outubro, no final da vazante e outra entre dezembro e janeiro, no início da enchente. A migração durante a vazante e enchente, às custas da gordura acumulada na cheia, explicaria a diminuição no ritmo de crescimento e a conseqüente formação das marcas nas escamas. Na cheia, as condições ambientais propiciam a alimentação e a melhoria da condição fisiológica, além de não ocorrer migração, favorecendo o crescimento rápido da espécie. O crescimento do curimatã é muito rápido no primeiro ano de vida, quando a espécie atinge 19 cm em média, de comprimento padrão. Após o segundo ano, a taxa de crescimento diminui, quando os indivíduos, com 27 cm em média, já atingiram a maturidade sexual. Trata-se de uma espécie de vida curto (A95= 6 anos), crescimento rápido (K= 0,465/ano) e taxa de mortalidade natural alta (M= 0,51).

Submitted by Alejandro Barrera Carvajal null (alejandrobarreracarvajal@gmail.com) on 2017-10-05T04:26:06Z No. of bitstreams: 1 Dissertaçao_Alejandro_Barrera_Carvajal.pdf: 1237994 bytes, checksum: b3cc225c970d5d4a261bca85aee4a212 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-10-09T16:57:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 barreracarvajal_a_me_jabo.pdf: 1237994 bytes, checksum: b3cc225c970d5d4a261bca85aee4a212 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-09T16:57:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 barreracarvajal_a_me_jabo.pdf: 1237994 bytes, checksum: b3cc225c970d5d4a261bca85aee4a212 (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O conhecimento da estrutura de uma população é importante quando se deseja manter a variabilidade genética em programas de melhoramento genético. As estimativas dos parâmetros genéticos permitem identificar as características de interesse econômico que podem responder a seleção direta ou indireta. Neste trabalho, objetivou-se avaliar a estrutura genética populacional e estimar os parâmetros genéticos para as características peso corporal da fêmea na entrada (PEP) e na saída (PSP) da primeira estação de monta, idade ao primeiro parto (IPP), peso corporal da vaca ao primeiro parto (PPP), peso corporal da vaca ao primeiro desmame (PPD) e perímetro escrotal aos 378 dias (PE378) em bovinos da raça Caracu, para avaliar critérios de seleção e os procedimentos de acasalamento para manter a variabilidade genética da população. A estrutura genética da população foi avaliada pelo tamanho efetivo (Ne), número efetivo de fundadores (fe), número efetivo de ancestrais (fa), intervalos de geração, coeficiente de endogamia (F), coeficiente de parentesco médio (AR) e integridade do pedigree. Os parâmetros genéticos foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita (REML) por meio de modelo animal multi-característica. Os resultados obtidos para Ne na geração máxima, completa e equivalente, foram 180,90; 57,39; e 92,38, respectivamente. O valor para fe foi de 199 e para fa de 27. O coeficiente de endogamia médio e o parentesco médio foram 2,14% e 5,72%, respectivamente. Na avaliação da integridade do pedigree foram identificados 94,83% das mães e 93,82% dos pais com registros de origem. As estimativas de herdabilidade para as características de peso corporal variaram de 0,37 ± 0,09 (PPP) a 0,46 ± 0,08 (PPD). Para as características reprodutivas, as estimativas de herdabilidade foram 0,31 ± 0,10 para PE378 e 0,10 ± 0,06 para IPP. As correlações genéticas variaram de -0,37 ± 0,30 (PE378 e IPP) a 0,94 ± 0,06 (PSP e PPP). As correlações genéticas entre os pesos corporais medidos durante o primeiro ciclo reprodutivo e IPP indicaram que a seleção visando controlar o peso corporal nesse período não irá afetar a idade ao primeiro parto. A correlação genética favorável obtida entre PE378 e IPP (-0,37±0,30) indicou que a seleção para PE378 nos machos poderá favorecer a redução de idade ao primeiro parto das fêmeas. A partir dos parâmetros populacionais, concluiu-se que a variabilidade genética da população tem sido mantida, assim como os níveis de endogâmia, em decorrência do controle dos acasalamentos no decorrer das gerações. / The knowledge of the structure of the population is important to desired to maintain genetic variability in breeding programs. The genetic parameters estimates allow identifying economic interest traits that can respond to direct or indirect selection. The goal of this study was to evaluate the population genetic structure and to estimate the genetic parameters for the body weight of the cow at the beginning (WBF) and at the end (WEF) of the first breeding season, age at first calving (AFC), body weight of cow at first calving (WFC), body weight of cow at first weaning (WFW) and scrotal circumference measured at 378 days (SC378) in Caracu beef cattle, to assess the selection criteria and to indicate mating procedures to maintain the genetic diversity of the population. The genetic structure of the population was verified of the effective population size (Ne), the effective number of the founders (fe), the effective number of the ancestors (fa), the generational intervals, the inbreeding coefficient (F), the average relatedness (AR) and of the pedigree integrity. The restricted maximum likelihood method (REML) was used to estimate the genetic parameters under multitrait animal model. The maximum, complete and equivalent generation for Ne was 180.90; 57.39 and 92.38, respectively. For the fe were 199 and for fa 27. The average of the inbreeding coefficient and the AR were 2.14% and 5.72%, respectively. The integrity of the pedigree identified was 94.83% of the dam and 93.82% of the sire with known initial records Estimates of heritability for body weight traits ranged from 0.37 ± 0.09 (WFC) to 0.46 ± 0.08 (WFW). For the reproductive traits, the heritability estimates were 0.31 ± 0.10 for SC378 and 0.10 ± 0.06 for AFC. Genetic correlations ranged from -0.37 ± 0.30 (SC378 and AFC) to 0.94 ± 0.06 (WEF and WFC). Genetic correlations between body weights measured during the first reproductive cycle and the AFC indicated that selection to control body weight in this period will not affect age at first calving. The favorable genetic correlation obtained between SC378 and AFC (-0.37 ± 0.30) indicated that selection for SC378 of males may reduce the age at first calving of females. The population parameters showed that the genetic variability of the population has been maintained, as well as the levels of the inbreeding due to the control of mating during the generations.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-06-15T14:32:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Yuri Dissertação - FINAL(BC)!.pdf: 1147711 bytes, checksum: e5917687135f73da59de59dc191c1f04 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-15T14:32:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Yuri Dissertação - FINAL(BC)!.pdf: 1147711 bytes, checksum: e5917687135f73da59de59dc191c1f04 (MD5) Previous issue date: 2012-09-25 / CAPEs / Estudos populacionais em ambientes tropicais são escassos e necessários para compreensão da ecologia desses ecossistemas. A caatinga é um exemplo típico desta necessidade. O presente trabalho visa descrever aspectos da biologia e ecologia de Gyalophylax hellmayri e Sakesphorus cristatus e sendo estas duas espécies endêmicas da caatinga. Foram utilizados os métodos de captura com rede de neblina, e censos por pontos fixo. Quanto à abundância estas podem ser consideradas duas espécies abundantes, pois foi possível estimar o tamanho populacional dessas espécies através do índice pontual de abundância (IPA). Nos quais como F.O. foi visto que S. cristatus como abundante e G. hellmayri uma espécie comum na área estudada. Já no IPA foi registrada ocorrência freqüente para as duas espécies, porém o S. cristatus foi mais ocorrente nas amostras. Através da freqüência de captura foi possível estimar a população no raio das redes de neblina que foi de 14 indivíduos para G. hellmayri e S. cristatus foi de 17 para um raio de 72 metros. E com os padrões de reprodução e com isso averiguar que o período reprodutivo se limita ao período de chuvas da região. Os dados obtidos nos mostram duas populações fixas e abundantes na área de estudo e, que mesmo com o fator clima, não tiveram suas atividades de muda e reprodução de acordo com o relatado para outras espécies em outros biomas. / Population studies in tropical environments are scarce and needed for understanding the ecology of these ecosystems. The savanna is a typical example of this need . This paper aims to describe aspects of the biology and ecology of Gyalophylax hellmayri and Sakesphorus cristatus and being the two endemic species of the caatinga. Methods were used to capture mist net, and census by fixed points. The abundance of these two species can be considered abundant, it was possible to estimate the population size of these species through the Abundance Index (API). Where as F.O. was seen that S. cristatus as abundant and G. hellmayri a common species in the study area. In the IPA was recorded frequent occurrence for both species, but S. cristatus was most observed in the samples. Through the capture frequency was possible to estimate the population within the mist nets that were 14 individuals for G. hellmayri and S. cristatus was 17 to a radius of 72 meters. And with breeding patterns and thus determine the reproductive period is limited to the rainy season in the region. Data obtained show two stationary populations and abundant in the study area , and that even with the climate factor, did not have their molting and reproduction activities in accordance with that reported for other species in other biomes.

Polimorfismos do tipo indel são os mais abundantes depois dos SNPs, representando 3,6 milhões das variantes caracterizadas pelo projeto 1000 Genomes. Com uma distribuição que pode ser estimada em mais de um indel a cada 1000 pb, são facilmente encontrados em regiões de interesse. A baixa taxa de mutação e a possibilidade de desenhar primers alelo-específicos são as principais características dos indels que os diferenciam de STRs. O uso de primers aleloespecíficos na detecção e dosagem de misturas de DNA apresenta maior sensibilidade e acurácia que as técnicas usualmente empregadas. Aqui foram descritos, para 10 lócus indel, pares de primers flanqueadores e alelo-específicos para ambos os alelos (inserção e deleção) e foi realizado o estudo populacional em 160 indivíduos. A determinação de fenótipos e avaliação de especificidade dos primers, dos quais 28 foram específicos, foi realizada por PCR convencional seguida de PAGE. As análises populacionais e forenses mostraram que esses lócus apresentam alta variabilidade (heterozigose de 30-50%) e consequentemente, alta informatividade. Os valores de PIC, PE e PD variaram de 0,2763 a 0,3750; 0,1381 a 0,1875 e 0,4978 a 0,6250 respectivamente. Os valores cumulativos de PCE e PCD foram respectivamente 0,8508 e 0,9999. Assim, esse conjunto de indels é indicado para serem testados na detecção e quantificação de misturas de DNA a partir da amplificação alelo-específica. / Indels polymorphisms are the most abundant after SNPs, representing 3.6 million of the variants characterized by the 1000 Genomes project. With a distribution that can be estimated at more than one indel per 1000 bp, they are easily found in regions of interest. The low mutation rate and the possibility of designing allele-specific primers are the main characteristics of the indels that differentiate them from STRs. The use of allele-specific primers in the detection and dosage of DNA mixtures is more sensitive and accurate than regularly employed techniques. Here, for 10 indel loci, pairs of flanking primers and allele-specific primers, for both alleles (insertion and deletion), were described and a population study was performed on 160 individuals. Determining phenotypes and evaluation of primers specificity, of which 28 were specific, was performed by conventional PCR followed by PAGE. In population and forensic analysis, these loci showed high variability (heterozygosis of 30-50%) and consequently high informativeness. The values of PIC, PE and PD ranged from 0.2763 to 0.3750, 0.1381 to 0.1875 and 0.49978 to 0.6250 respectively. Combined values of PCE and PCD were respectively 0.8508 and 0.9999. Thus, this set of indels is indicated to be tested for detection and quantification of DNA mixtures using the allele-specific amplification method.

Produzidos pela inserção ou deleção de um ou mais nucleotídeos em um ou ambos os cromossomos homólogos, os marcadores InDel são os polimorfismos mais abundantes depois dos SNPs. Apresentam baixa taxa de mutação quando comparados a outros polimorfismos, ampla distribuição no genoma, simples e rápida genotipagem e frequências alélicas diferentes entre populações distintas. Além disso, uma aplicação relevante dos InDel é a possibilidade de se direcionar a amplificação de sequências alvo específicas, através do desenho de primers que se ligam com regiões de interesse e amplifiquem alelos específicos em um lócus, capacidade esta que melhora a detecção e quantificação do DNA, inclusive do DNA fetal na circulação materna. Apesar de marcadores autossômicos serem os mais utilizados para estudos de mistura em populações, o cromossomo X tem ganhado significativa importância em estudos populacionais e de genética forense, graças ao seu padrão especial de transmissão, a uma deriva genética menor e à sua menor taxa de recombinação. Dessa forma, marcadores genéticos do cromossomo X têm potencial de apresentar parâmetros forenses mais eficientes do que autossômicos em casos de investigação complexa de parentesco, complementar informações fornecidas pelos autossomos e permitir identificar haplótipos com mais facilidade. Neste trabalho, propomos a seleção e descrição formal de um número adequado de lócus do tipo InDel bialélicos ligados ao cromossomo X que possam ser aplicados em estudos de análises populacionais, a fim de complementar os trabalhos de padronização de conjuntos de InDel autossômicos anteriormente desenvolvidos neste laboratório. Foram selecionados sete lócus do cromossomo X que formam dois blocos de haplótipos. Primers flanqueadores e inserção-específicos desenhados para estes lócus tiveram suas condições de PCR convencional padronizadas e foram aplicados na análise fenotípica de uma amostra da população urbana brasileira, composta por 80 trios (Mãe-Filha(o)-Pai), para estimar parâmetros populacionais e de interesse forense. A estimativa das frequências alélicas dos lócus revelou que o alelo inserção é mais frequente para todos os lócus estudados, com exceção do lócus MIDX550. Foram encontrados 60 haplótipos, com o mais frequente correspondendo a 7,5%. Os parâmetros forenses gerados com base nestes lócus estudados mostraram-se eficazes, todos com heterozigose acima de 0,2. Não é possível fornecer afirmações definitivas sobre a paternidade com estes lócus, uma vez que não foi encontrado nenhuma Probabilidade Média de Paternidade W > 99,99%. Entretanto, se combinados com outras informações que aumentem seu poder de discriminação, integrados em painéis e combinados com marcadores autossômicos, os lócus analisados neste trabalho são capazes de fornecer alta informatividade na identificação humana, ancestralidade e quantificação e dosagem de misturas desbalanceadas de DNA. / Originated by the insertion or deletion of one or more nucleotides in one or both homologous chromosomes, InDel markers are the polymorphisms more abundant after SNPs. They have a low mutation rate when compared to other polymorphisms, wide spreading in the genome, simple and rapid genotyping and distinct allelic frequencies between different populations. In addition, a relevant application of the InDel is the possibility to target a specific sequence in PCR, by designing primers that anneal to the regions of interest and amplify specifics alleles in that locus, which improves the DNA detection and quantification in DNA mixtures situations, including fetal DNA in the maternal circulation. Despite being the autosomic markers the most used for DNA mixtures in populations studies, the X chromosome has significant importance in population and forensic genetics studies, thanks to its special transmission pattern, to a lesser genetic drift and to the lower recombination rate. Thus, the genetic markers of the X chromosome have the potential to generate more efficient parameters than the autosomal ones in cases of complex kinship invetigation, adding information in that provided by the autosomes and allow haplotypes with more easily identification. In this work, we propose the selection and formal description of a set of biallelic X-InDel loci that can be applied in population analysis, to complement the standardization work of autosomes InDel sets previously developed in this laboratory. Seven loci of the X chromosome forming two haplotypes blocks were selected. We standardized flanking and insertion-specific primers designed for these loci in conventional PCR conditions. Then, these primers were applied in the phenotypic analysis of a brazilian urban population sample, composed of 80 trios (MotherChild-Father), to estimate the population and forensic interest parameters. The estimation of allele frequencies of loci showed that the insertion allele is more frequent for all the loci studied, with the exception of the MIDX550 locus. Sixty haplotypes were found, most frequently corresponding to 7.5%. The forensic parameters generated for these loci were effective, all with heterozygosis above 0.2. It was not possible to provide statements about paternity with these loci, since no Average Paternity Probability W> 99.99% was found. However, combined with other information that increase its power of discrimination, integrated in panels and combined with the autosomal markers, the analyzed loci in this work are able to provide high informativity for human identification, ancestrality and quantification and dosage of unbalanced DNA mixtures.