Les nématodes gastro-intestinaux sont des parasites de la caillette des petits ruminants qui posent des contraintes majeures pour l’élevage de ces animaux dans le monde. Récemment leur impact économique a augmenté notamment à cause de l’apparition de nématodes résistants aux anthelminthiques. La sélection génétique pourrait être une stratégie complémentaire des traitements chimiques. Dans cette thèse, nous avons exploré la variabilité génétique disponible qui permettrait une sélection sur la résistance aux nématodes. Les résultats obtenus en termes d’héritabilités, corrélations génétiques et QTLs, suggèrent que la variation génétique des populations étudiées pourrait satisfaire les requis d’un objectif de sélection permettant à la fois d’améliorer la résistance aux nématodes et la croissance des animaux. En outre, l’identification de loci SNP associés à la variation observée sur les caractères de résistance aux nématodes pourrait nous permettre d’améliorer la réponse à la sélection. / Abomasal nematodes are a major constraint to small ruminants industry worldwide. Recently their economic impact has increased due to the recrudescence of anthelmintic resistance among many parasite populations. Genetic selection might be a valid strategy for enhancing the efficacy of anthelmintics. We explored the genetic variability, in both sheep and goat, possibly available for a breeding plan featuring parasite resistance as its breeding goal. The results obtained in terms of heritabilities, genetic correlations and QTLs, suggest that the variation in the genetic pool of the population under study might comply with the requirements of a breeding goal including both parasite resistance and production traits. Furthermore, marker assisted selection could be a feasible option to enhance the selection response.

L'objectif de la thèse est de caractériser la variabilité génétique de la tolérance à la chaleur chez le porc P.n r.roissance.Dans un premier temps, l'effet de deux envîrnnnements climatiques (tempéré, TEMP vs. tropical humide, TROP) sur les performances de production et les réponses thermorégulatrices des porcs en croissance a été évalué.Dans un deuxième temps, nous avons caractérisé le déterminisme génétique de l'adaptation à la chaleur chez le porc en croissance.Les 2 analyses ont permis de proposer des régions qui affectent significativement: les caractères de croissance, l'ingestion, l'efficacité alimentaire, l'épaisseur de lard et les caractères de réponse de thermorégulation sur le chromosome sur SSC 2, 5, 8, 10, 11 et 15. Les mutations des gènes MC4R et IGF2 semblent avoir un effet sur les températures corporelles. Des interactions entre ces mutations et des ré ions sur le énome ont été détectées. / The aim of the thesis is to characterize the genetic variability of heat tolerance in pork P.ngrowth.Initially, the effect of two climatic events (temperate, TEMP vs. tropical moist, TROP) on production performance and thermoregulatory responses of growing pigs was evaluated.In a second step, we characterized the genetic determinism of heat adaptation in growing pigs.The two analyzes made it possible to propose regions that significantly affect: growth characteristics, ingestion, feed efficiency, blubber thickness and thermoregulatory response characteristics on the chromosome on SSC 2, 5, 8, 10, 11, and 15. Mutations in the MC4R and IGF2 genes appear to have an effect on body temperatures. Interactions between these mutations and ions on the enome have been detected.

Les régions tropicales sont caractérisées par des contraintes climatiques importantes pour la production porcine pouvant induire une diminution des performances des animaux et du revenu de l'éleveur. Lorsque la température dépasse 22°C, la truie allaitante se trouve en situation de stress thermique. Elle réduit alors son ingestion d'aliment, ce qui généralement a des conséquences négatives sur ses performances de lactation et ses performances ultérieures de reproduction. Cependant, la plupart des travaux disponibles ont été réalisés en milieu tempéré avec des conditions difficilement transposables à celles rencontrées en milieu tropical humide. Les objectifs du travail de thèse sont de déterminer et de caractériser les facteurs qui affectent les performances de lactation et de reproduction des truies élevées sous un climat tropical humide. Une attention particulière a été portée sur les effets du rang de portée, du type génétique et de leurs interactions respectives avec la saison. A partir des données climatiques mesurées à proximité de l'élevage, deux saisons ont été déterminées: une saison fraîche et une saison chaude. L'hygrométrie moyenne étant comparable (i.e., environ 83%) d'une saison à l'autre, les deux saisons sont discriminées principalement par le niveau de température ambiante (23,7°C en saison fraîche et 26,0°C en saison chaude). Dans notre étude, les performances des truies ont été mesurées pendant 5 années sur deux races "extrêmes", une race dite "conventionnelle", la truie Large White (LW), et la race locale caribéenne, la truie Créole (CR). A partir de la base de données constituée, nous avons dans un premier temps étudié les effets de la saison et du rang de portée sur les performances de lactation de 106 truies LW (301 lactations). Une 2ème expérience nous a permis de prendre en considération les effets du type génétique de la truie (30 CR et 41 LW sur un total de 179 lactations) sur les performances et le comportement alimentaire en lactation. Dans une 3ème expérience, les effets du climat tropical sur les performances de reproduction ont été étudié sur 255 truies LW (1 181 saillies). Enfin, une 4ème étude a porté sur les facteurs affectant la température rectale (TR) des truies en lactation (222 lactations de 43 CR et 42 LW). Les performances des truies en lactation sont plus faibles en saison chaude qu'en saison fraîche: la consommation d'aliment des truies et la croissance de la portée sont fortement réduites et le niveau de réserves corporelles mobilisées augmente en saison chaude. La TR des truies allaitantes est plus élevée en saison chaude qu'en saison fraîche (38,9 vs. 38,6°C) et plus faible chez les multipares que chez les primipares (38,7 vs. 38,9°C). La truie CR se caractérise par un plus faible poids et une plus grande adiposité (-70 kg et + 20 mm d'épaisseur de lard à la mise bas) que la LW. Elle consomme moins d'aliment que la LW (3,4 vs. 4,8 kg/j) en relation à sa faible vitesse d'ingestion (80 vs 150 g/min). Cela se traduit par une réduction de la taille des repas des CR (390 vs. 550 g/repas), alors que le nombre de repas est semblable entre types génétiques (9,0 repas/j). La baisse d'appétit en saison chaude est plus prononcée chez les truies LW multipares que chez les primipares (-1,0 vs. -0,4 kg/j) et chez les truies LW que chez les CR (-1,0 vs. -0,5 kg/j). Les performances de reproduction mesurées après le sevrage des truies sont plus faibles en saison chaude, en particulier chez les primipares. L'intervalle sevrage-oestrus et l'intervalle sevrage saillie fécondante des truies augmentent en saison chaude, et le taux de conception est réduit pendant cette période de l'année. Les performances de reproduction des truies CR sont moins affectées par la saison, ce qui indique qu'elles pourraient mieux tolérer la chaleur. Ce résultat est conforté par une moindre augmentation de la TR en saison chaude chez les CR que les LW (+ 0,2 vs. +0,4°C). En conclusion, nos résultats contribuent de manière significative à la caractérisation des performances des truies élevées en milieu tropical humide. Dans nos conditions expérimentales, il existe une forte variabilité interindividuelle de la réponse des truies au stress thermique, dont une partie non négligeable semble être d'origine génétique (résultats préliminaires). Il semble y avoir beaucoup à espérer de programmes de sélection intégrant des critères d'adaptation aux températures élevées pour l'amélioration de la production porcine en régions tropicales humides