Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-05Bitstream added on 2014-06-13T19:21:40Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_dc_dr_botib.pdf: 7342126 bytes, checksum: f60231df4de70ed801aa7a9d087f9671 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Uma grande fração do genoma dos eucariotos é constituída de sequências repetitivas, que estão divididas em duas classes. Na primeira classe estão as sequências repetidas em cadeia, (satélites, minissatélites e microssatélites) e na segunda estão as sequências repetidas dispersas, que podem ser divididas em transposons e retrotransposons. Poucos estudos têm sido realizados acerca dessas sequências para elucidar sua função no genoma, que até pouco tempo eram conhecidas como DNA egoísta ou lixo. Porém, estudos recentes tem revelado que essas sequências estão envolvidas na diferenciação cromossômicas sexuais e na organização funcional e estrutural do genoma, além dessas sequências repetitivas constituírem bons marcadores cromossômicos. A subfamília Hypoptopomatina é caracterizada citogeneticamente por apresentar-se conservada quando ao número diplóide, que é de 2n=54 cromossomos para a maioria das espécies analisadas e uma distribuição da hetecocromatina bastante heterogênea, o que torna as espécies dessa subfamília bastante interessantes para os estudos das sequências repetidas, uma vez que essas sequências se localizam preferencialmente em regiões heterocromáticas. No presente trabalho foi estudada a localização de sequências repetidas dispersas Rex1, Rex3 via PCR em quatorze espécies da subfamília Hypoptopomatinae e do elemento disperso HLBa isolado do genoma de Hisonotus leucofrenatus por digestão enzimática. Os elementos Rex1 e Rex3 apresentaram-se conservados no genoma da subfamília Hypoptopomatinae, bem como em espécies distantes filogeneticamente. Tanto Rex1 e Rex3 quanto HLBam se encontram dispersos no genoma, porém este forma blocos em regiões heterocromáticas. Além disso, foi isolado o satélite PTHind do genoma de Pseudotocinclus tientensis, que encontra-se exclusivamente no genoma da espécie isolada, constituindo... / A great fraction of eukaryotic genomic is based on repeated sequences, which are divided in two classes. The first are in tandem (satellites , minisatellites and micro satellites and in the second class are diverse repeated sequences, that can be divided in transposons and retrotransposons. Only few studies had been conducted with these sequences to bring into the light its genomic function, known by the moment as selfish DNA or junk DNA. However, the few researches conducted may indicate that these sequences are related to sexual chromosome deferential and functional and structural genomic organization. In addition, repeated sequences can be used as effective chromosome markers. The subfamily Hypoptopomatinae's cytogenetic characteristics are the conservation of diploid number, which are 2n=54 chromosomes and heterogenic heterochromatic distribution. Based on that, the species of this subfamily became very interesting for analyze and study repeated sequences and also by the fact of these sequences are mostly located in heterochromatic regions. In the present study, Rex1 and Rex3 dispersed repeated sequences were isolated by PCR in fourteen species of Hypoptomatinae subfamily and the dispersed HLBam element was isolated in Hisonotus leucofrenatus genomic by enzymatic digestion. The Rex1 and Rex3 elements are conserved in Hypoptopomatinae subfamily genomic, likewise in phylogenetic distant species. Either Rex1, Rex3 or HLBam are dispersed in genomic, however, in block form inside heterochromatic regions. Moreover, the PTHind satellite was isolated from Pseudotocinclus tientensis genomic, which is exclusively encountered in the genomic of this isolate specie and may be a good marker for the specie. Additionally, sex-specific sequences were isolated by the AFLP technique from the genomic of Hisonotus leucofrenatus females. In Hypoptopomatinae subfamily the major part of current... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Paulino Martinez Portella / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Lígia Souza Lima Silveira da Mota / Resumo: Uma grande fração do genoma dos eucariotos é constituída de sequências repetitivas, que estão divididas em duas classes. Na primeira classe estão as sequências repetidas em cadeia, (satélites, minissatélites e microssatélites) e na segunda estão as sequências repetidas dispersas, que podem ser divididas em transposons e retrotransposons. Poucos estudos têm sido realizados acerca dessas sequências para elucidar sua função no genoma, que até pouco tempo eram conhecidas como DNA egoísta ou lixo. Porém, estudos recentes tem revelado que essas sequências estão envolvidas na diferenciação cromossômicas sexuais e na organização funcional e estrutural do genoma, além dessas sequências repetitivas constituírem bons marcadores cromossômicos. A subfamília Hypoptopomatina é caracterizada citogeneticamente por apresentar-se conservada quando ao número diplóide, que é de 2n=54 cromossomos para a maioria das espécies analisadas e uma distribuição da hetecocromatina bastante heterogênea, o que torna as espécies dessa subfamília bastante interessantes para os estudos das sequências repetidas, uma vez que essas sequências se localizam preferencialmente em regiões heterocromáticas. No presente trabalho foi estudada a localização de sequências repetidas dispersas Rex1, Rex3 via PCR em quatorze espécies da subfamília Hypoptopomatinae e do elemento disperso HLBa isolado do genoma de Hisonotus leucofrenatus por digestão enzimática. Os elementos Rex1 e Rex3 apresentaram-se conservados no genoma da subfamília Hypoptopomatinae, bem como em espécies distantes filogeneticamente. Tanto Rex1 e Rex3 quanto HLBam se encontram dispersos no genoma, porém este forma blocos em regiões heterocromáticas. Além disso, foi isolado o satélite PTHind do genoma de Pseudotocinclus tientensis, que encontra-se exclusivamente no genoma da espécie isolada, constituindo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A great fraction of eukaryotic genomic is based on repeated sequences, which are divided in two classes. The first are in tandem (satellites , minisatellites and micro satellites and in the second class are diverse repeated sequences, that can be divided in transposons and retrotransposons. Only few studies had been conducted with these sequences to bring into the light its genomic function, known by the moment as "selfish DNA" or "junk DNA". However, the few researches conducted may indicate that these sequences are related to sexual chromosome deferential and functional and structural genomic organization. In addition, repeated sequences can be used as effective chromosome markers. The subfamily Hypoptopomatinae's cytogenetic characteristics are the conservation of diploid number, which are 2n=54 chromosomes and heterogenic heterochromatic distribution. Based on that, the species of this subfamily became very interesting for analyze and study repeated sequences and also by the fact of these sequences are mostly located in heterochromatic regions. In the present study, Rex1 and Rex3 dispersed repeated sequences were isolated by PCR in fourteen species of Hypoptomatinae subfamily and the dispersed HLBam element was isolated in Hisonotus leucofrenatus genomic by enzymatic digestion. The Rex1 and Rex3 elements are conserved in Hypoptopomatinae subfamily genomic, likewise in phylogenetic distant species. Either Rex1, Rex3 or HLBam are dispersed in genomic, however, in block form inside heterochromatic regions. Moreover, the PTHind satellite was isolated from Pseudotocinclus tientensis genomic, which is exclusively encountered in the genomic of this isolate specie and may be a good marker for the specie. Additionally, sex-specific sequences were isolated by the AFLP technique from the genomic of Hisonotus leucofrenatus females. In Hypoptopomatinae subfamily the major part of current... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T18:35:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2172966 bytes, checksum: 0eb6762ecc7c34a948c26db12b8331bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T18:35:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2172966 bytes, checksum: 0eb6762ecc7c34a948c26db12b8331bf (MD5) Previous issue date: 2005-05-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A traíra Hoplias malabaricus é um caraciforme de ampla distribuição, ocorrendo em todas as grandes bacias hidrográficas brasileiras, com pequena diferenciação morfológica, comportamento sedentário e grande variabilidade cariotípica, apresentando populações com pelo menos dois diferentes cariótipos nas drenagens da costa leste do Brasil. Dados seus hábitos sedentários e ampla distribuição, esta espécie representa um ótimo modelo para compreensão da relação histórica entre as bacias hidrográficas na região neotropical, particularmente da idade e do tipo de fatores que determinaram os padrões observados. A universalidade das hipóteses geradas pode ser testada com os padrões de distribuição de outras espécies não aparentadas. Com o objetivo de determinar a divergência genômica entre populações de traíras Hoplias malabaricus na costa leste brasileira, estimativas temporais de vicariância, bem como de formular uma hipótese biogeográfica preliminar de relação entre estas populações, foram realizadas estimativas de divergência molecular baseadas em haplótipos de mtDNA e a partir de três primers RAPD- PCR. As divergências moleculares mostraram-se consistentes com os dados citogenéticos conhecidos para H. malabaricus, sendo reconhecidos dois grupos denominados São Francisco (SF) e Leste (LE), a partir da variabilidade em alelos RAPD. A acidentada topografia e a inferência de um paleoclima árido no Banco Abrolhos sugerem que esta extensão da plataforma continental atua como barreira às trocas gênicas entre populações de traíras em SF e LE. Este padrão é ainda corroborado pela distribuição das espécies de peixes das bacias costeiras que, salvo raras exceções, ocorrem em apenas uma das regiões separadas por Abrolhos. As seqüências de mtDNA subdividem o grupo LE em três clados, enquanto as bacias do grupo SF apresentaram suas populações em um único clado, com valto suporte estatístico. Uma bacia contígua às do Leste brasileiro, a bacia do rio Uruguai, apresentou três clados, sendo a única bacia estudada com simpatria de haplótipos. Estimativas baseadas em taxas de mutação sugerem uma diferenciação miocênica entre os clados costeiros, enquanto eventos pleistocênicos explicariam as diferenças observadas dentro de cada clado. A concordância entre dados moleculares, cariotípicos e de distribuição de espécies sugere que fatores históricos compartilhados por diferentes linhagens tiveram um importante papel na distribuição contemporânea da diversidade ictiofaunística da costa leste brasileira. / The common trahira, H. malabaricus is a widespread characin in the Neotropical region. It is a nonmigratory species characterized by complex patterns of morphological variation and high levels of karyotypic differentiation, with seven karyotypes (cytotypes) described in South America. Its sedentary habits makes this species a particularly informative model for phylogeographic studies. This study characterized the genomic divergence of this species along the eastern Brazilian coast and proposed a temporal frame for vicariant events in this region. Data were obtained from RAPD-PCR markers and mitochondrial DNA divergence. The molecular patterns were congruent with known diploid numbers. RAPD-PCR alleles showed two well-defined São Francisco and Eastern groups. Further resolution was obtained with mitochondrial DNA. According to maximum parsimony and maximum likelihood cladograms, the Eastern group is subdivided in three clades, whereas the São Francisco group remained undivided. A major vicariant event berween the São Francisco and Eastern groups was interpreted as a result of arid and hipersaline environmental conditions favored by a projection of the Abrolhos platform on the continent that was particularly active during glacial periods. All eastern basins were characterized by allopatric cytotypes, in contrast with neighboring basins such as the Paraná and the Uruguay drainages, where 2n= 40 and 2n= 42 cytotypes are sympatric. A molecular clock-based hypothesis suggests a Miocenic age for lineage splitting between the São Francisco and Eastern coastal clades whereas Pleistocenic events would explain more shallow divergences observed within each clade.