O lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença autoimune com forte componente genético, caracterizada por inflamação crônica e produção de autoanticorpos. O objetivo deste trabalho foi determinar o perfil de variação no número de cópias (CNVs) e de regiões de perda de heterozigose (LOH) na patogênese do LES. A detecção de CNVs e LOH foi feita pela metodologia Cytoscan HD array em pacientes com LES (n = 23) e indivíduos saudáveis (n = 110). Devido à formação tri-híbrida da população brasileira, foi desenvolvido e validado um painel de 345 marcadores informativos de ancestralidade, a partir dados provenientes do próprio array, para estimar as proporções de ancestralidade individual e, em última instância, inseri-las nos modelos de regressão logística como variável de controle nas análises de distribuição de CNVs e LOH. O perfil de CNVs evidenciou que o número e o tamanho de duplicações são maiores nos indivíduos saudáveis do que nos pacientes com LES. Duplicações nos genes FCGR3B e ADAM3A foram descritas como fator de proteção ao LES, quando tais genes foram avaliados por PCR quantitativa em maior grupo amostral de pacientes (n = 135) e controles (n = 200). Além disso, mostrou-se o efeito sinérgico da presença da deleção em ambos os loci FCGR3B e ADAM3A no aumento do risco para desenvolver a doença. Deleções em pacientes com LES envolvendo os genes CFHR4, CFHR5 e HLA-DPB2, previamente descritos em associação com o LES na literatura, foram identificadas por array e confirmadas por PCR digital. O protocolo desenvolvido para identificação de variantes raras, resultou em um conjunto de 21 CNVs raras em pacientes com LES. Em relação às regiões de perda de heterozigose, não foram encontradas evidências de que o número médio e a extensão dos segmentos LOH seja diferente entre pacientes e indivíduos saudáveis. No entanto, os cromossomos 6 e 12 em pacientes exibem regiões de perda de heterozigose em maior quantidade e tamanho do que os de indivíduos saudáveis, além de apresentarem 17 segmentos LOH restritos ao grupo de pacientes com LES. Os resultados aqui descritos evidenciam que novos loci de susceptibilidade ao LES podem ser encontrados quando a distribuição de CNVs é analisada em todo o genoma, em que a investigação de sua relação com a patogênese pode contribuir para a compreensão da base genética da doença. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease with a strong genetic background characterized by chronic inflammation and autoantibody production. The purpose of this study was to determine the copy number variation (CNV) and loss of heterozygosity (LOH) profiles in the susceptibility to SLE. The detection of CNVs and LOH was performed by the Cytoscan HD array methodology in SLE patients (n = 23) and healthy subjects (n = 110). Due to the tri-hybrid composition of the Brazilian population, a panel of 345 ancestral informative markers was developed and validated, based on data from the array itself, to estimate the proportions of individual ancestry and, ultimately, to insert them into the logistic regression models as a control variable in the analysis of CNV and LOH distribution. The CNVs profile showed that the burden and the size of duplications are higher in healthy individuals than in SLE patients. Duplications in FCGR3B and ADAM3A genes were described as a protective factor for SLE, when these genes were evaluated by quantitative PCR in a larger SLE (n = 135) and control (n = 200) groups. In addition, the synergistic effect of the presence of deletion in both FCGR3B and ADAM3A loci increase the risk of developing the disease. Deletions in SLE patients encompassing the CFHR4, CFHR5 and HLA-DPB2 genes, previously described in the literature in association to SLE, were identified by the array and confirmed by droplet digital PCR. The pipeline developed here for the identification of rare variants resulted in a set of 21 rare CNVs in SLE patients. Regarding the loss of heterozygosity regions, no evidence was found that the mean number and extent of LOH segments is different between patients and healthy individuals. However, the chromosomes 6 and 12 in SLE patients exhibit greater quantity and size of LOH than those of healthy individuals, besides showing 17 LOH segments restricted to the group of SLE. The results described here show that novel susceptibility loci to SLE can be found once the distribution of variants is analyzed throughout the genome, in which the investigation of its relation to the pathogenesis may contribute to the understanding of the genetic basis of the disease.

A incidência dos tumores adrenocorticais na região sul do Brasil é 10-15 vezes maior que a incidência mundial. Mutações no gene supressor tumoral p53, localizado na região 17p13.1 têm sido identificadas em diversos tumores humanos. Uma distinta mutação germinativa, Arg337His, localizada no domínio de tetramerização da proteína supressora tumoral P53 foi identificada em 35 de 36 crianças da região sul do Brasil. No presente trabalho, investigamos a presença da mutação Arg337His em 71 pacientes não relacionados, 41 adultos e 30 crianças, portadores de tumores adrenocorticais benignos e malignos. Adicionalmente, análise de perda de heterozigose do locus p53, mapa de deleção do cromossomo 17 e instabilidade cromossômica foram estudados em DNA genômico destes pacientes. Nenhum dos pacientes estudados apresentava histórico familial compatível com a síndrome de Li-Fraumeni. Sequenciamento automático permitiu a identificação da mutação Arg337His, em DNA extraído a partir de sangue periférico e/ou tecido tumoral, em 29 (24 crianças e 5 adultos) dos 71 pacientes. Nas 10 famílias em que foi possível analisar o DNA genômico de ambos os pais verificamos que a mutação Arg337His tem caráter hereditário. Por outro lado, esta mutação não foi encontrada em DNA de 160 indivíduos do grupo controle, não relacionados, analisados por sequenciamento automático e/ou digestão enzimática. A análise pareada de DNA gênomico de sangue periférico e de tecido tumoral revelou perda de heterozigose para o locus p53 em 18 de 21 (86%) pacientes portadores da mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a presença desta mutação e o comportamento maligno dos tumores. O estudo de dois marcadores polimórficos intragênicos do p53, pelo programa de análise de tamanho de fragmento GeneScan, evidenciou um mesmo haplótipo associado à mutação Arg337His em 91% dos pacientes com tumores adrenocorticais, configurando uma origem comum para esta mutação. O estudo de 6 marcadores polimórficos ao longo do cromossomo 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351 e D17S928) em DNA genômico pareado de 29 pacientes demonstrou uma freqüência elevada (81%) de perda do cromossomo 17 em associação à mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a perda do cromossomo 17 e a agressividade tumoral nestes pacientes. Instabilidade cromossômica envolvendo os cromossomos 2, 9 e 11 nos 17 pacientes que perderam o cromossomo 17 foi identificada em 47%, 47% e 71%, respectivamente. Perda dos cromossomos 2 e 11 foi evidenciada em tumores benignos e malignos. A perda do cromossomo 9 foi evidenciada exclusivamente nos tumores malignos, assim como a perda concomitante de 3 ou mais cromossomos. Em conclusão, confirmamos uma freqüência elevada da mutação Arg337His em crianças brasileiras com tumores adrenocorticais benignos e malignos. Esta mutação também foi encontrada no grupo de adultos, embora em menor freqüência. Não houve correlação entre sua presença e o comportamento maligno dos tumores adrenocorticais. Efeito fundador para a mutação Arg337His e inativação bialélica do p53, caracterizada pela presença da mutação Arg337His e a perda do cromossomo 17 foram demonstradas na maioria dos casos analisados. Finalmente, a instabilidade cromossômica envolvendo três ou mais cromossomos contribuiu para o diagnóstico de carcinoma adrenocortical / The incidence of adrenocortical tumors in the South region of Brazil is 10 to 15 times higher than the worldwide one. Mutations in the tumor suppressor p53 gene, located in chromosome 17p13.1, have been described in different human tumors. A germline mutation, Arg337His, in the tetramerization domain of the tumor suppressor P53 was identified in 35 of 36 children from the South region of Brazil. In the present study we have searched for Arg337His mutation in genomic DNA of 71 non-related patients, 41 adults and 30 children, with benign or malignant adrenocortical tumors. Additionally, we also analyzed the loss of heterozigosity of p53 locus, deletion mapping of chromosome 17 and chromosome instability, in genomic DNA of these patients. None of the patients had a familial history of Li-Fraumeni syndrome. Automatic sequencing identified the Arg337His mutation in genomic DNA from peripheral leukocytes and/or tumor tissues in 29 (24 children and 5 adults) of these 71 patients. In 10 families in which the study of both parent\'s DNA was possible, the Arg337His mutation was inherited from one of the parents. Sequencing analysis and/or enzymatic restriction showed that this mutation was not present in DNA of 160 non-related control subjects. Paired analysis of genomic DNA of peripheral leukocytes and tumor tissue revealed loss of heterozigosity of p53 locus in 18/21 (86%) patients with Arg337His mutation. There was no correlation between the presence of this mutation and the malignant behavior of these tumors. The study of two intragenic polymorphic markers of p53 through GeneScan software showed the association of the same haplotype with the Arg337His mutation in 91% of patients with adrenocortical tumors, indicating a common origin of this mutation. The study of 6 polymorphic markers along chromosome 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351, D17S928) in paired genomic DNA of 29 patients showed an increased frequency (81%) of chromosome 17 loss in association with the presence of the Arg337His mutation. We did not observe any correlation between the loss of chromosome 17 and aggressive tumor behavior in these patients. In the 17 patients who lost chromosome 17, chromosome instability of chromosomes 2, 9 and 11 was identified in 47%, 47% e 71%, respectively. Loss of chromosomes 2 and 11 was observed in benign and malignant tumors, whereas the loss of chromosome 9 was observed exclusively on malignant tumors. Similarly, the concomitant loss of 3 or more chromosomes was only observed in malignant tumors. In conclusion we confirmed an increased frequency of Arg337His mutation in Brazilian children with benign or malignant adrenocortical tumors. This mutation was also found in the adult group, although at a lower frequency. There was no correlation between the presence of the mutation and the malignant behavior of adrenocortical tumor. We demonstrated a founder effect for this mutation and also a biallelic inactivation of p53 characterized by the presence of the Arg337His mutation and the loss of chromosome 17 in most of the cases studied. Finally, chromosome instability involving 3 or more chromosomes contributed for the diagnosis of adrenocortical carcinoma in these

A incidência dos tumores adrenocorticais na região sul do Brasil é 10-15 vezes maior que a incidência mundial. Mutações no gene supressor tumoral p53, localizado na região 17p13.1 têm sido identificadas em diversos tumores humanos. Uma distinta mutação germinativa, Arg337His, localizada no domínio de tetramerização da proteína supressora tumoral P53 foi identificada em 35 de 36 crianças da região sul do Brasil. No presente trabalho, investigamos a presença da mutação Arg337His em 71 pacientes não relacionados, 41 adultos e 30 crianças, portadores de tumores adrenocorticais benignos e malignos. Adicionalmente, análise de perda de heterozigose do locus p53, mapa de deleção do cromossomo 17 e instabilidade cromossômica foram estudados em DNA genômico destes pacientes. Nenhum dos pacientes estudados apresentava histórico familial compatível com a síndrome de Li-Fraumeni. Sequenciamento automático permitiu a identificação da mutação Arg337His, em DNA extraído a partir de sangue periférico e/ou tecido tumoral, em 29 (24 crianças e 5 adultos) dos 71 pacientes. Nas 10 famílias em que foi possível analisar o DNA genômico de ambos os pais verificamos que a mutação Arg337His tem caráter hereditário. Por outro lado, esta mutação não foi encontrada em DNA de 160 indivíduos do grupo controle, não relacionados, analisados por sequenciamento automático e/ou digestão enzimática. A análise pareada de DNA gênomico de sangue periférico e de tecido tumoral revelou perda de heterozigose para o locus p53 em 18 de 21 (86%) pacientes portadores da mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a presença desta mutação e o comportamento maligno dos tumores. O estudo de dois marcadores polimórficos intragênicos do p53, pelo programa de análise de tamanho de fragmento GeneScan, evidenciou um mesmo haplótipo associado à mutação Arg337His em 91% dos pacientes com tumores adrenocorticais, configurando uma origem comum para esta mutação. O estudo de 6 marcadores polimórficos ao longo do cromossomo 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351 e D17S928) em DNA genômico pareado de 29 pacientes demonstrou uma freqüência elevada (81%) de perda do cromossomo 17 em associação à mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a perda do cromossomo 17 e a agressividade tumoral nestes pacientes. Instabilidade cromossômica envolvendo os cromossomos 2, 9 e 11 nos 17 pacientes que perderam o cromossomo 17 foi identificada em 47%, 47% e 71%, respectivamente. Perda dos cromossomos 2 e 11 foi evidenciada em tumores benignos e malignos. A perda do cromossomo 9 foi evidenciada exclusivamente nos tumores malignos, assim como a perda concomitante de 3 ou mais cromossomos. Em conclusão, confirmamos uma freqüência elevada da mutação Arg337His em crianças brasileiras com tumores adrenocorticais benignos e malignos. Esta mutação também foi encontrada no grupo de adultos, embora em menor freqüência. Não houve correlação entre sua presença e o comportamento maligno dos tumores adrenocorticais. Efeito fundador para a mutação Arg337His e inativação bialélica do p53, caracterizada pela presença da mutação Arg337His e a perda do cromossomo 17 foram demonstradas na maioria dos casos analisados. Finalmente, a instabilidade cromossômica envolvendo três ou mais cromossomos contribuiu para o diagnóstico de carcinoma adrenocortical / The incidence of adrenocortical tumors in the South region of Brazil is 10 to 15 times higher than the worldwide one. Mutations in the tumor suppressor p53 gene, located in chromosome 17p13.1, have been described in different human tumors. A germline mutation, Arg337His, in the tetramerization domain of the tumor suppressor P53 was identified in 35 of 36 children from the South region of Brazil. In the present study we have searched for Arg337His mutation in genomic DNA of 71 non-related patients, 41 adults and 30 children, with benign or malignant adrenocortical tumors. Additionally, we also analyzed the loss of heterozigosity of p53 locus, deletion mapping of chromosome 17 and chromosome instability, in genomic DNA of these patients. None of the patients had a familial history of Li-Fraumeni syndrome. Automatic sequencing identified the Arg337His mutation in genomic DNA from peripheral leukocytes and/or tumor tissues in 29 (24 children and 5 adults) of these 71 patients. In 10 families in which the study of both parent\'s DNA was possible, the Arg337His mutation was inherited from one of the parents. Sequencing analysis and/or enzymatic restriction showed that this mutation was not present in DNA of 160 non-related control subjects. Paired analysis of genomic DNA of peripheral leukocytes and tumor tissue revealed loss of heterozigosity of p53 locus in 18/21 (86%) patients with Arg337His mutation. There was no correlation between the presence of this mutation and the malignant behavior of these tumors. The study of two intragenic polymorphic markers of p53 through GeneScan software showed the association of the same haplotype with the Arg337His mutation in 91% of patients with adrenocortical tumors, indicating a common origin of this mutation. The study of 6 polymorphic markers along chromosome 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351, D17S928) in paired genomic DNA of 29 patients showed an increased frequency (81%) of chromosome 17 loss in association with the presence of the Arg337His mutation. We did not observe any correlation between the loss of chromosome 17 and aggressive tumor behavior in these patients. In the 17 patients who lost chromosome 17, chromosome instability of chromosomes 2, 9 and 11 was identified in 47%, 47% e 71%, respectively. Loss of chromosomes 2 and 11 was observed in benign and malignant tumors, whereas the loss of chromosome 9 was observed exclusively on malignant tumors. Similarly, the concomitant loss of 3 or more chromosomes was only observed in malignant tumors. In conclusion we confirmed an increased frequency of Arg337His mutation in Brazilian children with benign or malignant adrenocortical tumors. This mutation was also found in the adult group, although at a lower frequency. There was no correlation between the presence of the mutation and the malignant behavior of adrenocortical tumor. We demonstrated a founder effect for this mutation and also a biallelic inactivation of p53 characterized by the presence of the Arg337His mutation and the loss of chromosome 17 in most of the cases studied. Finally, chromosome instability involving 3 or more chromosomes contributed for the diagnosis of adrenocortical carcinoma in these

O lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença autoimune com forte componente genético, caracterizada por inflamação crônica e produção de autoanticorpos. O objetivo deste trabalho foi determinar o perfil de variação no número de cópias (CNVs) e de regiões de perda de heterozigose (LOH) na patogênese do LES. A detecção de CNVs e LOH foi feita pela metodologia Cytoscan HD array em pacientes com LES (n = 23) e indivíduos saudáveis (n = 110). Devido à formação tri-híbrida da população brasileira, foi desenvolvido e validado um painel de 345 marcadores informativos de ancestralidade, a partir dados provenientes do próprio array, para estimar as proporções de ancestralidade individual e, em última instância, inseri-las nos modelos de regressão logística como variável de controle nas análises de distribuição de CNVs e LOH. O perfil de CNVs evidenciou que o número e o tamanho de duplicações são maiores nos indivíduos saudáveis do que nos pacientes com LES. Duplicações nos genes FCGR3B e ADAM3A foram descritas como fator de proteção ao LES, quando tais genes foram avaliados por PCR quantitativa em maior grupo amostral de pacientes (n = 135) e controles (n = 200). Além disso, mostrou-se o efeito sinérgico da presença da deleção em ambos os loci FCGR3B e ADAM3A no aumento do risco para desenvolver a doença. Deleções em pacientes com LES envolvendo os genes CFHR4, CFHR5 e HLA-DPB2, previamente descritos em associação com o LES na literatura, foram identificadas por array e confirmadas por PCR digital. O protocolo desenvolvido para identificação de variantes raras, resultou em um conjunto de 21 CNVs raras em pacientes com LES. Em relação às regiões de perda de heterozigose, não foram encontradas evidências de que o número médio e a extensão dos segmentos LOH seja diferente entre pacientes e indivíduos saudáveis. No entanto, os cromossomos 6 e 12 em pacientes exibem regiões de perda de heterozigose em maior quantidade e tamanho do que os de indivíduos saudáveis, além de apresentarem 17 segmentos LOH restritos ao grupo de pacientes com LES. Os resultados aqui descritos evidenciam que novos loci de susceptibilidade ao LES podem ser encontrados quando a distribuição de CNVs é analisada em todo o genoma, em que a investigação de sua relação com a patogênese pode contribuir para a compreensão da base genética da doença. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease with a strong genetic background characterized by chronic inflammation and autoantibody production. The purpose of this study was to determine the copy number variation (CNV) and loss of heterozygosity (LOH) profiles in the susceptibility to SLE. The detection of CNVs and LOH was performed by the Cytoscan HD array methodology in SLE patients (n = 23) and healthy subjects (n = 110). Due to the tri-hybrid composition of the Brazilian population, a panel of 345 ancestral informative markers was developed and validated, based on data from the array itself, to estimate the proportions of individual ancestry and, ultimately, to insert them into the logistic regression models as a control variable in the analysis of CNV and LOH distribution. The CNVs profile showed that the burden and the size of duplications are higher in healthy individuals than in SLE patients. Duplications in FCGR3B and ADAM3A genes were described as a protective factor for SLE, when these genes were evaluated by quantitative PCR in a larger SLE (n = 135) and control (n = 200) groups. In addition, the synergistic effect of the presence of deletion in both FCGR3B and ADAM3A loci increase the risk of developing the disease. Deletions in SLE patients encompassing the CFHR4, CFHR5 and HLA-DPB2 genes, previously described in the literature in association to SLE, were identified by the array and confirmed by droplet digital PCR. The pipeline developed here for the identification of rare variants resulted in a set of 21 rare CNVs in SLE patients. Regarding the loss of heterozygosity regions, no evidence was found that the mean number and extent of LOH segments is different between patients and healthy individuals. However, the chromosomes 6 and 12 in SLE patients exhibit greater quantity and size of LOH than those of healthy individuals, besides showing 17 LOH segments restricted to the group of SLE. The results described here show that novel susceptibility loci to SLE can be found once the distribution of variants is analyzed throughout the genome, in which the investigation of its relation to the pathogenesis may contribute to the understanding of the genetic basis of the disease.