Orientador: Carmen Silvia Passos Lima, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-12T11:53:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_Helvia_D.pdf: 1845231 bytes, checksum: 16f227072d706aacb01f06165bd8a553 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Os mecanismos moleculares envolvidos na origem do adenocarcinoma de cólon esporádico (ACE) ainda não estão completamente elucidados. Recentemente, o método da análise seriada da expressão gênica (SAGE) foi descrito como eficaz para identificar a expressão total de genes de tipos celulares diversos, mas esta análise não foi realizada em células epiteliais purificadas do ACE moderadamente diferenciado. Nós caracterizamos pelo método SAGE a expressão gênica total de células epiteliais neoplásicas do cólon de um paciente com ACE moderadamente diferenciado (SAGE CC) e de células epiteliais normais do cólon de um paciente com megacólon chagásico (SAGE CN). Foram geradas, após o seqüenciamento automático, 44.004 e 43.570 tags totais das bibliotecas SAGE CC e SAGE CN, representando 16.484 e 13.479 tags únicas, respectivamente. Na comparação entre as bibliotecas, 171 transcritos diferencialmente expressos foram identificados (P< 0,001; expressão diferencial = 5), incluindo 10% de transcritos que podem representar genes não descritos. As expressões de 10 genes diferencialmente expressos foram quantificadas pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) na amostra de células epiteliais neoplásicas (SAGE CC), com o intuito de validar os resultados obtidos pelo SAGE, e, posteriormente, em amostras de células epiteliais de outros cinco pacientes com o mesmo tipo de doença. As expressões foram concordantes em 80% dos genes (CEACAM6, KLK6, LYZ, PFN1, S100A8, S100A9, VIL2 e ZFHX1B) e discordantes nos demais 20% (PLA1A e ZNF277). As expressões dos genes de interesse, quantificadas pelos dois métodos, foram similares na amostra SAGE CC e nas amostras dos demais pacientes com a doença. Foram observadas expressões anormais de genes envolvidos com a proliferação e diferenciação celular e com a resposta ao stress em células epiteliais neoplásicas. Foram também visualizadas expressões anormais de genes não relacionados com a doença e de genes ainda não identificados. Em conjunto, os nossos resultados podem contribuir para a identificação de genes relacionados com a origem ou a progressão do ACE moderadamente diferenciado e, ainda, para a descoberta de agentes terapêuticos específicos que controlem a proliferação anormal das células neoplásicas. / Abstract: The molecular mechanisms involved in sporadic colon adenocarcinoma (SCA) are still not completely elucidated. Recently, the serial analysis of gene expression (SAGE) method has allowed the global analysis of genes expressed in diverse cellular types but there are no studies in purified epithelial cells of SCA moderately differenciated. We have characterized through SAGE the global gene expression of neoplastic epithelial cells from a SCA moderately differenciated patient (SAGE CC) and normal epithelial cells from a megacolon patient (SAGE CN). After automatic sequencing, a total of 44.004 tags from SAGE CC and 43.570 tags from SAGE CN profiles were generated, representing 16.484 and 13.479 unique tags, respectively. Comparing both profiles, 171 differentially expressed transcripts were identified (P< 0.001; fold = 5), including 10.0% that may represent novel transcripts. The expression of 10 selected genes was further investigated by realtime polymerase chain reaction (qPCR) in the SCA moderately differenciated epithelial cells sample (SAGE CC), with the purpose of to validate the results obtained by the SAGE method, and also in five epithelial cells samples from the same type of SCA patients. Similar expressions were seen in 80% (CEACAM6, KLK6, LYZ, PFN1, S100A8, S100A9, VIL2 e ZFHX1B) and discordant expressions were seen in 20% (PLA1A e ZNF277) of analysed genes. On SAGE CC sample and samples of the SCA patients, all genes presented similar expressions measured by both methods. We observed abnormal expression of genes involved with cell proliferation and differentiation, and with response to stress in neoplastic epithelial cells. Also, were found abnormal expressions of genes not related with the disease and not identified genes. Together, our results may contribute for the identification of genes involved in the origin or progression of SCA moderately differenciated, as well as for the discovery of new therapeutical agents, with specific action on abnormal proliferation of the neoplastic cells. / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientadores: Carlos Eduardo Steiner, Claudia Vianna Maurer Morelli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T22:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Scherrer_DanielZanetti_D.pdf: 3629453 bytes, checksum: 18c59f0316e08a663d1352236ede8f6e (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Cutis laxa autossômica tipo II (CLAR tipo II) é um distúrbio raro do tecido conectivo em que a pele perde sua firmeza, cedendo excessivamente e conferindo ao indivíduo um aspecto envelhecido. Sugere-se que CLAR tipo II seja a mesma entidade descrita como "síndrome da pele enrugada" e gerodermia osteodisplástica. Tal confusão quanto à nomenclatura é, em parte, causada pelo conhecimento limitado de suas bases biológicas. O presente estudo visou analisar três famílias não aparentadas com quadro típico de CLAR tipo II para mutações nos genes ATP6V0A2, SCYL1BP1 e PYCR1. Nenhuma mutação foi identificada nos genes ATP6V0A2 e SCYL1BP1. Por outro lado, a triagem de mutações por sequenciamento direto do DNA no gene PYCR1, que desempenha um papel crítico na biossíntese de prolina, revelou duas novas variantes (p.Q10X e p.A241V), com efeito patogênico predito por análises de bioinformática. Em complementação, foi determinado o perfil de expressão gênica em tecido de pele e fibroblasto a partir de dois indivíduos com CLAR tipo II pela investigação de microarranjos, identificando os genes e as vias metabólicas possivelmente alteradas em tal condição, com a finalidade de entender os mecanismos subjacentes a este tipo de cutis laxa. Foi utilizado o Human Genome U133 Plus 2.0 array (Affymetrix¿), e analisados por meio dos pacotes Affy e RankProd do BioConductor. O perfil transcricional apresentado por pele fresca pela análise de microarranjos nos indivíduos com CLAR tipo II detectou 542 genes diferencialmente expressos em comparação com controles saudáveis pareados por sexo, idade e topografia anatômica. A análise de enriquecimento das categorias de ontologia gênica, utilizando o programa DAVID, incluiu a diferenciação e desenvolvimento epidérmico, ectodérmico e de queratinócitos. As vias de sinalização mais ativadas analisadas por software Ingenuity foram relacionadas a doenças e condições dermatológicas, além de "câncer, desenvolvimento e função do tecido conjuntivo, esquelético e muscular", bem como o metabolismo lipídico. Este é o primeiro estudo utilizando investigação de microarranjos na doença CLAR tipo II. Os resultados incluíram duas novas alterações genéticas (p.Q10X e p.A241V), além de fornecer uma visão completa das vias celulares diferencialmente expressas em tal condição. Desta forma, estes resultados contribuem para uma melhor compreensão da CLAR tipo II quanto aos mecanismos moleculares e nosologia / Abstract: Autosomal recessive cutis laxa, type 2 (ARCL2), is a rare disorder of connective tissue in which the skin sags excessively, giving to the individual an aged aspect. It has been suggested that ARCL2 is the same entity described under the denominations of wrinkly skin syndrome and gerodermia osteodysplastica. Such confusion is caused, in part, due to limited knowledge of its molecular basis. In the present study three unrelated families with ARCL2 were analyzed for mutations in ATP6V0A2, SCYL1BP1, and PYCR1. No causative mutations were identified in ATP6V0A2 and SCYL1BP1. However, screening for mutations in PYCR1 revealed two new variant (p.Q10X and p.A241V) by direct DNA sequencing, with predicted pathogenic effect on bioinformatic analysis. In complementation, in order to shed some light into the molecular mechanisms underlying this type of cutis laxa, gene expression profile in skin tissue and fibroblast were studied in two patients with ARCL2 using microarray investigation. This study was performed using the Human Genome U133 Plus 2.0 array (Affymetrix¿), and analyzed using Affy and RankProd packages from Bioconductor. Transcriptional profiling in skin tissue by microarray analysis from ARCL2 patients detected 542 differentially expressed genes compared to healthy controls matched by gender, age, and anatomic region. The top enriched gene ontology categories analyzed by DAVID included the differentiation and development of keratinocytes, epidermis and ectoderm. Among the most activated signaling pathways analyzed by Ingenuity software were related diseases and dermatological conditions and "cancer, connective tissue development and function, skeletal and muscular systems" as well as lipid metabolism. This is the first study using microarray investigation in the ARCL2 disease. Our results include two new genetic alterations (p.Q10X and p.A241V) and also provide a complete view of cellular pathways differentially expressed in such condition. The present study contributed to a better understanding of ARCL2 molecular mechanisms and nosology of this group / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas