This master thesis was performed at the personal genomics company DNA-Guide Europa AB. The goal was to create DNA tests for drug response and to update the already existing DNA test for autosomal ancestry. The DNA tests for drug response: The objective of this part of the master thesis was to create individual DNA test for response to each drug within different groups of medicines. The tests were meant to interest private customers. DNA-Guide uses a microarray technique for the DNA-analysis and this delimited the choice of SNPs. Inserts, deletions, repeats and copies of a whole gene can be difficult to implement on the microarray chip. The SNPs and studies used as a base for the tests had to fulfil several criteria. The studies must be large enough to prove that the association between the genotype and the response to the drug is valid among Europeans, since it’s the clientele of the company. The found association must also be strong enough to be of interest for a DNA test at DNA-Guide. If the SNPs could be implemented on the microarray chip a customer report was created about the possible results. The report had the same structure and design as those for the existing DNA tests at DNA-Guide. The work resulted in DNA tests and reports for medicines within the seven groups of medicines; anticoagulants, medicine against high cholesterol, blood pressure lowering medicine, asthma inhalers, antidepressants, birth-control pills and antiretroviral drugs. The DNA test for autosomal ancestry: The purpose of the update was to enhance to customers understanding of their results and the construction of the test. The update resulted in a description of how the used algorithm processes the results (from the DNA analysis) and a guide to interpret the results of the test. Conclusions: Both the DNA tests for drug response and the updated DNA test for autosomal ancestry can add value for the customers at DNA-Guide. The DNA tests for drug response can offer an explanation to why a medicine does not have an effect or reveal if the customer has higher risk of adverse effects. Even though recommendations for dosage or treatment could not be provided in almost all of the created DNA tests, being aware of the higher risk can be the first step to avoid adverse effects. The update of the DNA test report for autosomal ancestry resulted in a better description of the algorithm and limitations of the test, which can enhance the customers’ understanding of their results.

Η υπηρεσία γενετικής και φαρμακογονιδιωματικής ανάλυσης έχει τη δυνατότητα να εξασφαλίσει τη βέλτιστη θεραπεία και την καλύτερη χρήση φαρμακευτικής αγωγής σε έναν αυξανόμενο αριθμό ασθενειών, ενώ η εξατομικευμένη και η γονιδιωματική ιατρική θα γίνουν όλο και πιο χρήσιμες με αποτέλεσμα τη σταδιακή αύξηση των διαθέσιμων γενετικών εξετάσεων κατά τα επόμενα έτη. Επί του παρόντος, το επίπεδο της ευαισθητοποίησης του κοινού για τη γενετική ανάλυση και τις επιπτώσεις της είναι πιθανώς χαμηλό, το ίδιο ισχύει και για τους επαγγελματίες υγείας, οι οποίοι είναι σε πρώτη θέση να παρέχουν τις γενετικές υπηρεσίες στο ευρύ κοινό. Η έλλειψη της ευαισθητοποίησης των επαγγελματιών υγείας για την υπηρεσία της γενετικής και φαρμακογονιδιωματικής ανάλυσης αποτελεί ένα σημαντικό εμπόδιο για την προώθηση της εφαρμογής της γονιδιωματικής ιατρικής.Η παρούσα διδακτορική διατριβή αποκαλύπτει τις απόψεις των επαγγελματιών υγείας σε σχέση με τη γενετική και φαρμακογονιδιωματική ιατρική. Στόχος της διατριβής αποτελεί η διερεύνηση και η συγκριτική μελέτη του επίπεδου κατανόησης και εμπειρίας των επαγγελματιών υγείας, ειδικά των γιατρών και των φαρμακοποιών, σε σχέση με τη γενετική και φαρμακογονιδιωματική ανάλυση στην Ελλάδα. Ειδικότερα, θα εξακριβωθούν οι απόψεις τους στα διάφορα θέματα που αφορούν τον τομέα της γενετικής ανάλυσης και της εξατομικευμένης ιατρικής και των επιπτώσεών τους στην ελληνική κοινωνία. Η έρευνα παρέχει νέες ιδέες και για άλλες ευρωπαϊκές χώρες όπου έχουν στόχο να εμπλακούν πιο ενεργά οι πάροχοι υγειονομικής περίθαλψης έχουν στόχο να εμπλακούν πιο ενεργά σε όλες τις πτυχές της γενετικής ιατρικής και να ενσωματώσουν την εξατομικευμένη ιατρική στην καθημερινή κλινική πρακτική τους. / Genetic and pharmacogenomic testing has the potential to ensure better therapy and medication use in a growing number of diseases, while personalized medicine and genomics will become more useful resulting in gradual increase of available genetic tests in the coming years. Currently, the level of awareness of genetic tests and the impacts is rather low and the same is true for the healthcare professionals who have been entrusted to be in the front-line of delivering these services to the general public. The lack of awareness among health professionals of genetic and pharmacogenomic testing constitutes a major barrier to expediting the implementation of genomic medicine, with its potential to adjust conventional treatment modalities according to a patient’s genomic profile. The purpose of this thesis is to determine the level of awareness of healthcare professionals with respect to genetics and pharmacogenomics and their potential benefits to society, together with the challenges and pitfalls that need to be overcome. Especially to ascertain healthcare professionals’ views and opinions, specifically physicians and pharmacists, on various issues pertaining to genomics, personalized medicine and their impact on society. This study provides novel insights, which we hope will be useful to other European countries that are aiming to more actively engage healthcare providers in all aspects of genomic medicine. This will in turn expedite the incorporation of personalized medicine into daily clinical practice.The results of this thesis provide new insights that should facilitate integration of genetics and pharmacogenomics into patient care in Greece.

Introduction : Les statines ont prouvé leur efficacité dans le traitement des dyslipidémies. Cependant, ces molécules sont associées à des effets secondaires d’ordre musculaire. Puisque ces effets peuvent avoir des conséquences graves sur la vie des patients en plus d’être possiblement à l’origine de la non-observance d’une proportion importante des patients recevant une statine, un outil pharmacogénomique qui permettrait d’identifier a priori les patients susceptibles de développer des effets secondaires musculaires induits par une statine (ESMIS) serait très utile. L’objectif de la présente étude était donc de déterminer la valeur monétaire d’un tel type d’outil étant donné que cet aspect représenterait une composante importante pour sa commercialisation et son implantation dans la pratique médicale courante. Méthode : Une première simulation fut effectuée à l’aide de la méthode de Markov, mais celle-ci ne permettait pas de tenir compte de tous les éléments désirés. C’est pourquoi la méthode de simulation d'évènements discrets fut utilisée pour étudier une population de 100 000 patients hypothétiques nouvellement initiés sur une statine. Cette population virtuelle a été dupliquée pour obtenir deux cohortes de patients identiques. Une cohorte recevait le test et un traitement approprié alors que l'autre cohorte recevait le traitement standard actuel—i.e., une statine. Le modèle de simulation a permis de faire évoluer les deux cohortes sur une période de 15 ans en tenant compte du risque de maladies cardio-vasculaires (MCV) fatal ou non-fatal, d'ESMIS et de mortalité provenant d’une autre cause que d’une MCV. Les conséquences encourues (MCV, ESMIS, mortalité) par ces deux populations et les coûts associés furent ensuite comparés. Finalement, l’expérience fut répétée à 25 reprises pour évaluer la stabilité des résultats et diverses analyses de sensibilité ont été effectuées. Résultats : La différence moyenne des coûts en traitement des MCV et des ESMIS, en perte de capital humain et en médicament était de 28,89 $ entre les deux cohortes pour la durée totale de l’expérimentation (15 ans). Les coûts étant plus élevés chez celle qui n’était pas soumise au test. Toutefois, l’écart-type à la moyenne était considérable (416,22 $) remettant en question la validité de l’estimation monétaire du test pharmacogénomique. De plus, cette valeur était fortement influencée par la proportion de patients prédisposés aux ESMIS, par l’efficacité et le coût des agents hypolipidémiants alternatifs ainsi que par les coûts des traitements des ESMIS et de la valeur attribuée à un mois de vie supplémentaire. Conclusion : Ces résultats suggèrent qu’un test de prédisposition génétique aux ESMIS aurait une valeur d’environ 30 $ chez des patients s’apprêtant à commencer un traitement à base de statine. Toutefois, l’incertitude entourant la valeur obtenue est très importante et plusieurs variables dont les données réelles ne sont pas disponibles dans la littérature ont une influence importante sur la valeur. La valeur réelle de cet outil génétique ne pourra donc être déterminée seulement lorsque le modèle sera mis à jour avec des données plus précises sur la prévalence des ESMIS et leur impact sur l’observance au traitement puis analysé avec un plus grand nombre de patients. / Introduction: Statins have proven their efficacy in the treatment of dyslipidemias. However, these molecules are associated with muscular side effects. Since these side effects may have adverse consequences on patients’ daily life and have an important role in the discontinuation of statin therapy in a large proportion of patients, it would be useful to develop a pharmacogenomic test that identifies a priori the individuals who are likely to develop statin-related muscular side effects (SRMSE). The objective of the present study was to determine of the monetary value of such a type of test considering that this aspect would represent an important component of its marketing and implementation into medical practice. Method: The first simulation was carried out using the method of Markov, but this one did not allow consider all the desired elements. This is why the discrete events simulation method have been used to study a population of 100 000 hypothetical patients newly initiated on a statin. This virtual population was duplicated to have two identical cohorts of patients. The first one was administered the test and a suitable treatment while the second received the current standard treatment—that is, a statin. The model allowed the two cohorts to evolve over a period of 15 years taking into account the risks of fatal and non fatal cardiovascular diseases (CVD), SRMSE and mortality from other causes than CVD. The consequences (CVD, SRMSE, death) incurred in these two populations and the associated costs were then compared. Finally, the process was repeated 25 times to assess the stability of the results and various sensitivity analyses were carried out. Results: The mean difference of CVD and SRMSE treatments, lost of human capital and drugs costs between the two cohorts was of 28.89 $, these costs being higher in the cohort who was not administered the test. However, the standard deviation with the average was considerable (416.22 $) calling in question the validity of the monetary estimate of the test pharmacogenomic.This difference varied a lot as a function of the proportion of patients being predisposed to SRMSE, the efficacy and the costs of the alternative treatments, the SRMSE cost, and the value assigned to one additional month of life. Conclusion: The results suggest that a test of genetic predisposition to SRMSE would have a value around 30 $ in patients who start a statin treatment. However, uncertainty surrounding the value obtained is very important and several variables for which the real data are not available in the literature have an important influence on the value. The real value of this genetic tool could thus be given only when the model is updated with more precise data on the prevalence of the ESMIS and their impact on the observance at the treatment and then analyzed with a higher number of patients.

Introduction : Les statines ont prouvé leur efficacité dans le traitement des dyslipidémies. Cependant, ces molécules sont associées à des effets secondaires d’ordre musculaire. Puisque ces effets peuvent avoir des conséquences graves sur la vie des patients en plus d’être possiblement à l’origine de la non-observance d’une proportion importante des patients recevant une statine, un outil pharmacogénomique qui permettrait d’identifier a priori les patients susceptibles de développer des effets secondaires musculaires induits par une statine (ESMIS) serait très utile. L’objectif de la présente étude était donc de déterminer la valeur monétaire d’un tel type d’outil étant donné que cet aspect représenterait une composante importante pour sa commercialisation et son implantation dans la pratique médicale courante. Méthode : Une première simulation fut effectuée à l’aide de la méthode de Markov, mais celle-ci ne permettait pas de tenir compte de tous les éléments désirés. C’est pourquoi la méthode de simulation d'évènements discrets fut utilisée pour étudier une population de 100 000 patients hypothétiques nouvellement initiés sur une statine. Cette population virtuelle a été dupliquée pour obtenir deux cohortes de patients identiques. Une cohorte recevait le test et un traitement approprié alors que l'autre cohorte recevait le traitement standard actuel—i.e., une statine. Le modèle de simulation a permis de faire évoluer les deux cohortes sur une période de 15 ans en tenant compte du risque de maladies cardio-vasculaires (MCV) fatal ou non-fatal, d'ESMIS et de mortalité provenant d’une autre cause que d’une MCV. Les conséquences encourues (MCV, ESMIS, mortalité) par ces deux populations et les coûts associés furent ensuite comparés. Finalement, l’expérience fut répétée à 25 reprises pour évaluer la stabilité des résultats et diverses analyses de sensibilité ont été effectuées. Résultats : La différence moyenne des coûts en traitement des MCV et des ESMIS, en perte de capital humain et en médicament était de 28,89 $ entre les deux cohortes pour la durée totale de l’expérimentation (15 ans). Les coûts étant plus élevés chez celle qui n’était pas soumise au test. Toutefois, l’écart-type à la moyenne était considérable (416,22 $) remettant en question la validité de l’estimation monétaire du test pharmacogénomique. De plus, cette valeur était fortement influencée par la proportion de patients prédisposés aux ESMIS, par l’efficacité et le coût des agents hypolipidémiants alternatifs ainsi que par les coûts des traitements des ESMIS et de la valeur attribuée à un mois de vie supplémentaire. Conclusion : Ces résultats suggèrent qu’un test de prédisposition génétique aux ESMIS aurait une valeur d’environ 30 $ chez des patients s’apprêtant à commencer un traitement à base de statine. Toutefois, l’incertitude entourant la valeur obtenue est très importante et plusieurs variables dont les données réelles ne sont pas disponibles dans la littérature ont une influence importante sur la valeur. La valeur réelle de cet outil génétique ne pourra donc être déterminée seulement lorsque le modèle sera mis à jour avec des données plus précises sur la prévalence des ESMIS et leur impact sur l’observance au traitement puis analysé avec un plus grand nombre de patients. / Introduction: Statins have proven their efficacy in the treatment of dyslipidemias. However, these molecules are associated with muscular side effects. Since these side effects may have adverse consequences on patients’ daily life and have an important role in the discontinuation of statin therapy in a large proportion of patients, it would be useful to develop a pharmacogenomic test that identifies a priori the individuals who are likely to develop statin-related muscular side effects (SRMSE). The objective of the present study was to determine of the monetary value of such a type of test considering that this aspect would represent an important component of its marketing and implementation into medical practice. Method: The first simulation was carried out using the method of Markov, but this one did not allow consider all the desired elements. This is why the discrete events simulation method have been used to study a population of 100 000 hypothetical patients newly initiated on a statin. This virtual population was duplicated to have two identical cohorts of patients. The first one was administered the test and a suitable treatment while the second received the current standard treatment—that is, a statin. The model allowed the two cohorts to evolve over a period of 15 years taking into account the risks of fatal and non fatal cardiovascular diseases (CVD), SRMSE and mortality from other causes than CVD. The consequences (CVD, SRMSE, death) incurred in these two populations and the associated costs were then compared. Finally, the process was repeated 25 times to assess the stability of the results and various sensitivity analyses were carried out. Results: The mean difference of CVD and SRMSE treatments, lost of human capital and drugs costs between the two cohorts was of 28.89 $, these costs being higher in the cohort who was not administered the test. However, the standard deviation with the average was considerable (416.22 $) calling in question the validity of the monetary estimate of the test pharmacogenomic.This difference varied a lot as a function of the proportion of patients being predisposed to SRMSE, the efficacy and the costs of the alternative treatments, the SRMSE cost, and the value assigned to one additional month of life. Conclusion: The results suggest that a test of genetic predisposition to SRMSE would have a value around 30 $ in patients who start a statin treatment. However, uncertainty surrounding the value obtained is very important and several variables for which the real data are not available in the literature have an important influence on the value. The real value of this genetic tool could thus be given only when the model is updated with more precise data on the prevalence of the ESMIS and their impact on the observance at the treatment and then analyzed with a higher number of patients.

Les troubles des conduites alimentaires (TCA) et les troubles des conduites suicidaires (TCS) sont des pathologies mentales graves. Ces deux troubles représentent un problème de santé publique majeur. En effet, il s’agit de pathologies pour lesquelles les pronostics sont médiocres, ayant un impact lourd sur la vie des patients et de leur entourage et représentant un coût élevé pour la société. Il n’existe actuellement aucun biomarqueur validé dans l’une ou l’autre de ces pathologies. L’objectif de ce travail est de réussir à identifier de potentiels biomarqueurs dans ces deux troubles. L’identification de biomarqueurs potentiels pourrait être utile dans divers domaines : faciliter le diagnostic des patients, améliorer la prise en charge des patients et enfin servir de cibles thérapeutiques dans le but d’élaborer de nouveaux traitements plus efficaces. Nous présenterons dans ce travail l’intérêt et l’utilisation des biomarqueurs en psychiatrie puis deux axes d’exploration des TCA ainsi qu’un axe d’exploration des TCS: l’approche neuropsychologique ainsi que l’approche biologique pour les TCA et l’approche génétique pour les TCS. Concernant les TCA, nos résultats suggèrent un intérêt potentiel des oestro-progestatifs dans l’amélioration des fonctions cognitives des patientes. Au sujet des TCS, il semblerait que deux des polymorphismes génétiques que nous avons étudiés (l’un du gène MOR et l’autre du gène SKA2) soient associés avec le risque d’émergence d’idées suicidaires au cours de l’initiation d’un traitement antidépresseur. Si ces études étaient répliquées, ces divers éléments pourraient s’avérer être des outils diagnostics et thérapeutiques. / Eating Disorders (EDs) and Suicidal Behavior (SB) are severe mental illnesses. Those two disorders represent a major public health problem. Indeed, those pathologies present a poor prognosis, induce a heavy impact on patient and their families and represant an important cost for society. There is currently no validated biomarker in one or the other disorder. The goal of this work is to successfully identify potential biomarkers in both disorders. The identification of potential biomarkers could be useful in various areas: facilitating patient’s diagnosis, improving patient management, and serving as therapeutic targets for the development of new and more effective treatments. We will present in this work the interest and the use of biomarkers in psychiatry then two axes of exploration of EDs and finally an axis of exploration of SB: the neuropsychological approach as well as the biological approach for EDs and genetic approach for SB. Regarding TCA, our results suggest a potential interest of estrogen-progestins in improving the cognitive functions of patients. With regards to SB, it appears that two of the genetic polymorphisms we studied (one from the MOR gene and the other from the SKA2 gene) are associated with the risk of suicidal ideation during the initiation of suicide an antidepressant treatment. If those studies are replicated, those elements could peep out diagnostic and therapeutic tools.