Tesis presentada a la Universidad de Chile para optar al grado académico de Magíster en Bioquímica área de especialización en Bioquímica Clínica y Memoria para optar al título profesional de Bioquímico / Pneumocystis jirovecii es un microorganismo fúngico capaz de infectar el tracto respiratorio de individuos con algún tipo de inmunocompromiso, y causarles neumonía por Pneumocystis (PCP). Investigaciones más recientes han comprobado que P. jirovecii también se puede hallar en el tracto respiratorio de personas aparentemente inmunocompetentes, sobre todo en lactantes menores de un año de edad, en quienes se denomina “infección primaria”. Aquellos hospederos en quienes se ha detectado el microorganismo en muestras respiratorias, pero que no presentan sintomatología de PCP, se consideran “colonizados” por Pneumocystis. A pesar de los avances en la investigación básica, clínica y epidemiológica de Pneumocystis, no se ha comprobado si el hongo contribuye a la morbilidad de enfermedades respiratorias que a veces presentan pacientes adultos colonizados o lactantes con infección primaria. En vista de lo anterior, y considerando el inconveniente que Pneumocystis no es un hongo cultivable hasta el momento, ha surgido la necesidad de desarrollar nuevos métodos de detección y cuantificación de Pneumocystis que permitan estudiar más a fondo su relevancia clínica y epidemiológica, sobre todo en los grupos de pacientes inmunocompetentes antes mencionados. A este respecto, durante la última década se ha aplicado la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa en Tiempo Real (q-PCR [quantitative]) para la detección de Pneumocystis, la cual permite cuantificar carga de microorganismo en muestras biológicas, incluso cargas bajísimas que comúnmente no son detectadas por los métodos convencionales. Pero, además de esto, q-PCR permite comparar carga de P. jirovecii entre muestras distintas procedentes del mismo o de distintos pacientes, si se realiza el procedimiento de cuantificación relativa. Esto consiste en normalizar la carga absoluta de microorganismo con la cantidad de DNA humano hallado en la misma muestra, de modo que el cociente resultante es la carga relativa. Teniendo estos antecedentes, se montó y estandarizó el método de q-PCR para cuantificar P. jirovecii en pacientes colonizados, tanto adultos como lactantes de diversas edades, mediante el análisis de muestras invasivas (tejido pulmonar) y no invasivas (aspirado nasofaríngeo, gargarismo e hisopado nasofaríngeo). Se escogió como gen blanco a MSG, un gen multicopia que codifica para la principal glicoproteína de superficie de Pneumocystis. La cuantificación relativa de P. jirovecii mostró que hay cargas significativamente distintas del microorganismo entre ciertos grupos etarios de lactantes colonizados fallecidos por Síndrome de Muerte Súbita (SMS). En otros grupos de pacientes colonizados (adultos y lactantes sanos) no se observaron diferencias significativas de carga relativa de P. jirovecii entre distintas edades. Se evidenció en la mayoría de los grupos de pacientes que la cuantificación relativa presenta un patrón de cargas distinto para cada rango de edad, respecto al patrón obtenido de la cuantificación absoluta. Además, se investigó cuánto afecta la naturaleza de las muestras en la precisión de los resultados. En el caso de las muestras que no son homogéneas, como secreciones respiratorias, se obtuvieron cantidades muy variables de DNA humano, independientemente del tamaño de la muestra, lo cual produjo resultados con mayor variabilidad respecto a los obtenidos para muestras más homogéneas, como tejido pulmonar. En conclusión, este trabajo demuestra la importancia de utilizar resultados expresados como cuantificación relativa, que a diferencia de la absoluta, permite comparar carga de Pneumocystis entre distintas muestras, tras haber eliminado ciertos factores que inducen a obtener conclusiones distorsionadas. Además se evidenció la necesidad de escoger el tipo de muestra más apropiado para obtener resultados más confiables y precisos, al menos para el área de investigación. Esta investigación contribuye a validar una valiosa herramienta de detección que permite comparar carga de Pneumocystis entre distintas muestras. Su alta sensibilidad hace posible su aplicación incluso en muestras de pacientes colonizados por Pneumocystis, cuyas cargas de microorganismo generalmente son demasiado bajas e indetectables por otros métodos. El contar con esta nueva herramienta en nuestro país, nos permitirá investigar más a fondo la trascendencia clínica de P. jirovecii en la salud de pacientes colonizados y lactantes con infección primaria, con o sin enfermedades respiratorias. Así, este trabajo de tesis aporta un respaldo científico a la nueva aplicación de comparar muestras, utilizando el método más avanzado de diagnóstico molecular de Pneumocystis. / Pneumocystis jirovecii is a fungal microorganism that infects the respiratory tract of immunocompromised patients and it may cause Pneumocystis pneumonia (PCP). Recent research has demonstrated that P. jirovecii can also be found in the respiratory tract of apparently immunocompetent patients, especially in infants younger than one year of age; in this case it is called “primary infection”. Those hosts that show this microorganism in their respiratory samples, but who have no PCP symptoms, are known as “Pneumocystis colonized”. Despite of the recent advances in basic, clinical and epidemiologic investigation of Pneumocystis, there is no demonstration whether this fungus affects morbidity of respiratory diseases, which are sometimes present in colonized adult patients or infants with primary infection. In view of this, and considering the inconvenience that, to date, Pneumocystis cannot be cultured, it is necessary to develop new methods to detect and to quantify Pneumocystis in order to study its clinical and epidemiological relevance more deeply, especially in the immunocompetent patients mentioned before. On that score, during the last decade, the technology of Real Time Polymerase Chain Reaction (q-PCR [quantitative]) has been applied for the detection of Pneumocystis. This technology allows to quantify load of microorganism in biological samples, even in very low loads which cannot be commonly detected by conventional methods. In addition to this, q- PCR allows the comparison of P. jirovecii loads among different samples taken from the same or different patients, if relative quantification is calculated. In procedure, the absolute load of microorganisms is normalized with the amount of human DNA found in the same sample, so the result is the relative load. With this information, we established and standarized a q-PCR method in order to quantify P. jirovecii in colonized patients, both adults and infants at several ages, through the analysis of invasive (pulmonary tissue) and non invasive samples (nasopharyngeal aspirate, oral wash and nasopharyngeal swab). MSG was chosen as target gene, this is a multicopy gene which codes for the Major Surface Glycoprotein of Pneumocystis. The relative quantification of P. jirovecii showed significantly different loads of microorganism between several age groups of colonized infants who had died of Sudden Infant Death Syndrome (SIDS). Within others colonized patient groups ―healthy adults and infants― no significantly differences were observed in relative load of P. jirovecii between different ages. In most patient groups, it was apparent that relative quantification shows a different load tendency for each age range, compared with the tendency obtained from absolute quantification. In addition, we investigated the influence of sample composition on the precision of the results. In case of non homogeneous samples, such as respiratory samples, variable quantities of DNA were obtained, independent of the sample size. This produced more variability of results, with regard to those obtained from homogeneous samples, such as pulmonary tissue. In conclusion, this work demonstrates the relevance of using results expressed as relative quantification, which, unlike absolute quantification, allows the comparison of Pneumocystis load between different samples, by eliminating some factors which drive to wrong conclusions. Furthermore, the need of choosing the best sample type in order to obtain results more reliable and precise, at least for research purpose, was demonstrated. This research work contributes to the validation of a useful detection tool, which allows comparing Pneumocystis load between different samples. Its high sensitivity makes it possible to use this technology even in Pneumocystis colonized patients, in which loads of microorganism are generally too low to be detected by other methods. To have this novel tool in our country, will allow us to investigate in depth the clinical relevance of P. jirovecii in health of colonized patients and infants with primary infection ―with or without respiratory diseases. Therefore, this thesis work provides a scientific support to the novel application of comparing samples, using the most advanced, molecular diagnostic method for Pneumocystis.

Introdução: A Fibrose Cística é uma doença autossômica recessiva associada a infecções respiratórias crônicas e que leva a considerável morbidade e mortalidade. O Pneumocystis jirovecii é um fungo que causa pneumonia em imunossuprimidos e cuja colonização em várias doenças pulmonares mostrou ser um fenômeno clínico importante. Objetivo: Avaliar a taxa de colonização e a distribuição dos genótipos do P. jirovecii entre pacientes com Fibrose Cística. Material e métodos: Foram estudados 34 pacientes com Fibrose Cística que realizaram broncoscopia no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre março de 2004 e agosto de 2007. A detecção do P. jirovecii no lavado broncoalveolar (LBA) foi feita através de nested-PCR com a utilização dos primers pAZ 102-E e pAZ 102-H no primeiro round e pAZ 102-X e pAZ 102-Y no segundo. A caracterização do gene da Diidropteroato sintetase (DIPS) e da Grande Subunidade do RNA ribossômico mitocondrial (mtLSUrRNA) foi realizada através do uso de enzimas de restrição e de seqüenciamento genético, respectivamente. Os dados clínico-demográficos dos pacientes foram obtidos dos prontuários médicos e analisados quanto à presença de colonização. Resultados: A colonização pelo P. jirovecii foi detectada em 38,2% (13/34) dos pacientes com Fibrose Cística. Nenhum dado clínico-demográfico pôde ser associado significativamente (p<0,05) à presença da colonização nos 34 pacientes estudados. Na caracterização genotípica da DIPS, o genótipo selvagem - ausência de mutações nas posições 55 e 57 – foi observado em todos os casos. Na tipagem da mtLSUrRNA, o genótipo 1 (85C/248C) foi observado em 41,6% dos casos, o genótipo 2 (85A/248C) em 16,6% , o genótipo 3 (85T/248C) em 25% e o genótipo misto 1 e 3 em 16,6% dos casos. Conclusão: Foi observada uma alta taxa (38,2%) de colonização pelo P. jirovecii entre os 34 pacientes. Este achado sugere que os portadores de Fibrose Cística podem constituir um reservatório significativo do fungo, uma importante fonte de infecção do microorganismo a outros pacientes. Quanto a uma possível associação entre a colonização pelo P. jirovecii e o curso clínico da doença, faz-se necessário estudar um número maior de pacientes. Os resultados da distribuição genotípica da mtLSUrRNA do P. jirovecii confirmam a predominância dos subtipos 1 e 3 entre os portadores da Fibrose Cística. / Introduction: Cystic Fibrosis is na autosomal recessive disorder associated to chronic respiratory infections, which leads to considerable morbidity and mortality. Pneumocystis jirovecii is a fungus that causes pneumonia in immunosuppressed patients and its colonization rate on several pulmonary diseases is a significant clinical phenomenon. Objective: Assess the rate of P. jirovecii genotypes colonization and distribution in patients with Cystic Fibrosis. Material and methods: 34 patients with Cystic Fibrosis who have undergone bronchoscopy at Hospital de Clínicas de Porto Alegre between March 2004 and August 2007 were evaluated. Detection of P. jirovecii by analysis of bronchoalveolar lavage (BAL) was carried out with nested-PCR, with the use of primers pAZ 102-E and pAZ 102-H in the first round, and pAZ 102-X and pAZ 102-Y in the second round. Characterization of the diihydropteroate synthase (DHPS) gene and the mitochondrial Large Subunit ribosomal RNA (mtLSUrRNA) was performed with the use of restriction enzymes and genetic sequencing, respectively. The clinical and demographic data of patients was obtained from their medical records and analyzed for the presence of colonization. Results: P. jirovecii colonization was detected in 38,2% (13/34) of the patients with Cystic Fibrosis. No clinical-demographic data was significantly associated (p<0,05) to the presence of colonization in the 34 studied patients. Genotypical characterization of DHPS, the wild genotype – absence of mutations in the 55 and 57 positions – was observed in all the cases. In mtLSUrRNA typing genotype 1 (85C/248C) was observed in 41,6% of the cases, genotype 2 (85A/248C) in 16,6%, genotype 3 (85T/248C) in 25% and mixed genotype 1 and 3 in 16,6% of the cases. Conclusion: A high rate (38,2%) of P. jirovecii colonization was found in the 34 patients. This finding suggests that Cystic Fibrosis patients may constitute a major reservoir and source of infection for other patients. As for a possible association between P. jirovecii colonization and the clinical evolution of the disease, further research with a greater number of subjects is needed. The results of P. jirovecii mtLSUrRNA genotypical distribution confirm the predominance of subtypes 1 and 3 among Cystic Fibrosis patients.

Introdução: A Fibrose Cística é uma doença autossômica recessiva associada a infecções respiratórias crônicas e que leva a considerável morbidade e mortalidade. O Pneumocystis jirovecii é um fungo que causa pneumonia em imunossuprimidos e cuja colonização em várias doenças pulmonares mostrou ser um fenômeno clínico importante. Objetivo: Avaliar a taxa de colonização e a distribuição dos genótipos do P. jirovecii entre pacientes com Fibrose Cística. Material e métodos: Foram estudados 34 pacientes com Fibrose Cística que realizaram broncoscopia no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre março de 2004 e agosto de 2007. A detecção do P. jirovecii no lavado broncoalveolar (LBA) foi feita através de nested-PCR com a utilização dos primers pAZ 102-E e pAZ 102-H no primeiro round e pAZ 102-X e pAZ 102-Y no segundo. A caracterização do gene da Diidropteroato sintetase (DIPS) e da Grande Subunidade do RNA ribossômico mitocondrial (mtLSUrRNA) foi realizada através do uso de enzimas de restrição e de seqüenciamento genético, respectivamente. Os dados clínico-demográficos dos pacientes foram obtidos dos prontuários médicos e analisados quanto à presença de colonização. Resultados: A colonização pelo P. jirovecii foi detectada em 38,2% (13/34) dos pacientes com Fibrose Cística. Nenhum dado clínico-demográfico pôde ser associado significativamente (p<0,05) à presença da colonização nos 34 pacientes estudados. Na caracterização genotípica da DIPS, o genótipo selvagem - ausência de mutações nas posições 55 e 57 – foi observado em todos os casos. Na tipagem da mtLSUrRNA, o genótipo 1 (85C/248C) foi observado em 41,6% dos casos, o genótipo 2 (85A/248C) em 16,6% , o genótipo 3 (85T/248C) em 25% e o genótipo misto 1 e 3 em 16,6% dos casos. Conclusão: Foi observada uma alta taxa (38,2%) de colonização pelo P. jirovecii entre os 34 pacientes. Este achado sugere que os portadores de Fibrose Cística podem constituir um reservatório significativo do fungo, uma importante fonte de infecção do microorganismo a outros pacientes. Quanto a uma possível associação entre a colonização pelo P. jirovecii e o curso clínico da doença, faz-se necessário estudar um número maior de pacientes. Os resultados da distribuição genotípica da mtLSUrRNA do P. jirovecii confirmam a predominância dos subtipos 1 e 3 entre os portadores da Fibrose Cística. / Introduction: Cystic Fibrosis is na autosomal recessive disorder associated to chronic respiratory infections, which leads to considerable morbidity and mortality. Pneumocystis jirovecii is a fungus that causes pneumonia in immunosuppressed patients and its colonization rate on several pulmonary diseases is a significant clinical phenomenon. Objective: Assess the rate of P. jirovecii genotypes colonization and distribution in patients with Cystic Fibrosis. Material and methods: 34 patients with Cystic Fibrosis who have undergone bronchoscopy at Hospital de Clínicas de Porto Alegre between March 2004 and August 2007 were evaluated. Detection of P. jirovecii by analysis of bronchoalveolar lavage (BAL) was carried out with nested-PCR, with the use of primers pAZ 102-E and pAZ 102-H in the first round, and pAZ 102-X and pAZ 102-Y in the second round. Characterization of the diihydropteroate synthase (DHPS) gene and the mitochondrial Large Subunit ribosomal RNA (mtLSUrRNA) was performed with the use of restriction enzymes and genetic sequencing, respectively. The clinical and demographic data of patients was obtained from their medical records and analyzed for the presence of colonization. Results: P. jirovecii colonization was detected in 38,2% (13/34) of the patients with Cystic Fibrosis. No clinical-demographic data was significantly associated (p<0,05) to the presence of colonization in the 34 studied patients. Genotypical characterization of DHPS, the wild genotype – absence of mutations in the 55 and 57 positions – was observed in all the cases. In mtLSUrRNA typing genotype 1 (85C/248C) was observed in 41,6% of the cases, genotype 2 (85A/248C) in 16,6%, genotype 3 (85T/248C) in 25% and mixed genotype 1 and 3 in 16,6% of the cases. Conclusion: A high rate (38,2%) of P. jirovecii colonization was found in the 34 patients. This finding suggests that Cystic Fibrosis patients may constitute a major reservoir and source of infection for other patients. As for a possible association between P. jirovecii colonization and the clinical evolution of the disease, further research with a greater number of subjects is needed. The results of P. jirovecii mtLSUrRNA genotypical distribution confirm the predominance of subtypes 1 and 3 among Cystic Fibrosis patients.

Introdução: A Fibrose Cística é uma doença autossômica recessiva associada a infecções respiratórias crônicas e que leva a considerável morbidade e mortalidade. O Pneumocystis jirovecii é um fungo que causa pneumonia em imunossuprimidos e cuja colonização em várias doenças pulmonares mostrou ser um fenômeno clínico importante. Objetivo: Avaliar a taxa de colonização e a distribuição dos genótipos do P. jirovecii entre pacientes com Fibrose Cística. Material e métodos: Foram estudados 34 pacientes com Fibrose Cística que realizaram broncoscopia no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre março de 2004 e agosto de 2007. A detecção do P. jirovecii no lavado broncoalveolar (LBA) foi feita através de nested-PCR com a utilização dos primers pAZ 102-E e pAZ 102-H no primeiro round e pAZ 102-X e pAZ 102-Y no segundo. A caracterização do gene da Diidropteroato sintetase (DIPS) e da Grande Subunidade do RNA ribossômico mitocondrial (mtLSUrRNA) foi realizada através do uso de enzimas de restrição e de seqüenciamento genético, respectivamente. Os dados clínico-demográficos dos pacientes foram obtidos dos prontuários médicos e analisados quanto à presença de colonização. Resultados: A colonização pelo P. jirovecii foi detectada em 38,2% (13/34) dos pacientes com Fibrose Cística. Nenhum dado clínico-demográfico pôde ser associado significativamente (p<0,05) à presença da colonização nos 34 pacientes estudados. Na caracterização genotípica da DIPS, o genótipo selvagem - ausência de mutações nas posições 55 e 57 – foi observado em todos os casos. Na tipagem da mtLSUrRNA, o genótipo 1 (85C/248C) foi observado em 41,6% dos casos, o genótipo 2 (85A/248C) em 16,6% , o genótipo 3 (85T/248C) em 25% e o genótipo misto 1 e 3 em 16,6% dos casos. Conclusão: Foi observada uma alta taxa (38,2%) de colonização pelo P. jirovecii entre os 34 pacientes. Este achado sugere que os portadores de Fibrose Cística podem constituir um reservatório significativo do fungo, uma importante fonte de infecção do microorganismo a outros pacientes. Quanto a uma possível associação entre a colonização pelo P. jirovecii e o curso clínico da doença, faz-se necessário estudar um número maior de pacientes. Os resultados da distribuição genotípica da mtLSUrRNA do P. jirovecii confirmam a predominância dos subtipos 1 e 3 entre os portadores da Fibrose Cística. / Introduction: Cystic Fibrosis is na autosomal recessive disorder associated to chronic respiratory infections, which leads to considerable morbidity and mortality. Pneumocystis jirovecii is a fungus that causes pneumonia in immunosuppressed patients and its colonization rate on several pulmonary diseases is a significant clinical phenomenon. Objective: Assess the rate of P. jirovecii genotypes colonization and distribution in patients with Cystic Fibrosis. Material and methods: 34 patients with Cystic Fibrosis who have undergone bronchoscopy at Hospital de Clínicas de Porto Alegre between March 2004 and August 2007 were evaluated. Detection of P. jirovecii by analysis of bronchoalveolar lavage (BAL) was carried out with nested-PCR, with the use of primers pAZ 102-E and pAZ 102-H in the first round, and pAZ 102-X and pAZ 102-Y in the second round. Characterization of the diihydropteroate synthase (DHPS) gene and the mitochondrial Large Subunit ribosomal RNA (mtLSUrRNA) was performed with the use of restriction enzymes and genetic sequencing, respectively. The clinical and demographic data of patients was obtained from their medical records and analyzed for the presence of colonization. Results: P. jirovecii colonization was detected in 38,2% (13/34) of the patients with Cystic Fibrosis. No clinical-demographic data was significantly associated (p<0,05) to the presence of colonization in the 34 studied patients. Genotypical characterization of DHPS, the wild genotype – absence of mutations in the 55 and 57 positions – was observed in all the cases. In mtLSUrRNA typing genotype 1 (85C/248C) was observed in 41,6% of the cases, genotype 2 (85A/248C) in 16,6%, genotype 3 (85T/248C) in 25% and mixed genotype 1 and 3 in 16,6% of the cases. Conclusion: A high rate (38,2%) of P. jirovecii colonization was found in the 34 patients. This finding suggests that Cystic Fibrosis patients may constitute a major reservoir and source of infection for other patients. As for a possible association between P. jirovecii colonization and the clinical evolution of the disease, further research with a greater number of subjects is needed. The results of P. jirovecii mtLSUrRNA genotypical distribution confirm the predominance of subtypes 1 and 3 among Cystic Fibrosis patients.

Orientadores: Francisco Hideo Aoki, Ângela Maria de Assis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-28T00:12:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_CristinaRodrigues_M.pdf: 1833064 bytes, checksum: 4087a171a36bf726cff1abdcd0bd4cf8 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O Pneumocystis jirovecii é um fungo ascomiceto que pode causar pneumonia (PPC) em indivíduos imunossuprimidos e eventualmente em imunocompetentes. Os métodos laboratoriais de baixo custo para detecção ainda é a coloração em lâmina. Os métodos moleculares são considerados mais eficientes e tem oferecido alternativas para o entendimento da biologia e da doença causada por esse microrganismo. O objetivo desse estudo foi detectar a presença de Pneumocystis jirovecii em pacientes com doença pulmonar. O método adotado foi a técnica de coloração de lâmina com azul de toluidina para detecção de cistos, PCR para detecção do fragmento mitocondrial pAZ102-H/E, Nested PCR com primers internos pAZ102-X/Y e sequenciamento pelo método de Sanger para detecção de alterações moleculares na região genômica estudada. Foram coletadas 139 amostras, sendo 102 de lavado broncoalveolar (LBA), 7 de escarro, 10 amostras de sangue periférico (fracionadas em hemácias/leucócitos e plasma) e 10 amostras de soro. Nos resultados da coloração pela técnica de azul de toluidina, 2 amostras de escarro e 1 de LBA foram positivas. Através dos métodos moleculares, 6 amostras foram positivas na primeira PCR e 91 amostras foram positivas pela Nested PCR. Os fragmentos pAZ102-X de 51 amostras foram sequenciadas, 18 amostras apresentaram mutação nos seguintes códon/posição 4406/13217, 4419/13257, 4431/13294, 4439/13316, 4440/13321, 4446/13338, 4452/13357, 4456/13367 e 4457/13371. Os pacientes que apresentaram essas alterações tinham um perfil com doenças pulmonares ou fatores de risco associados à infecção por P. jirovecii. Como a detecção de P. jirovecii, diagnóstico e prevenção de PPC são ligadas a história clínica do paciente, os avanços moleculares podem ser um caminho para diagnóstico de PPC, diferenciando essa pneumonia dos casos de colonização por esse fungo / Abstract: Pneumocystis jirovecii is an ascomycete fungus that can cause pneumonia (PCP) in immunocompromised individuals and possibly in immunocompetent. The low cost of laboratory methods for detection is with conventional staining methods. Molecular methods are considered more efficient and have offered alternatives to the understanding of biology and disease caused by this organism. The aim of this study was to detect the target DNA fragment (mtLSUrRNA) of P. jirovecii in patients with lung disease. We compared the staining technique with molecular methods using toluidine blue for microscopy and "in house" DNA extraction, PCR and Nested PCR for molecular detection and sequencing by the Sanger method to detect molecular alterations in the genomic region studied. It was analyzed 139 samples, such as, 102 bronchoalveolar lavage (BAL), 7 sputum, 10 samples of peripheral blood (fractionated in red blood cells / leukocytes and plasma) and 10 serum samples. The results of the toluidine blue staining technique, two sputum samples and 1 BAL were positive. Through molecular methods, 6 samples were positive in the first PCR and 91 samples were positive by Nested PCR. The pAZ102-X fragments of 51 samples were sequenced, 18 samples had mutations in codon/position 4406/13217, 4419/13257, 4431/13294, 4439/13316, 4440/13321, 4446/13338, 4452/13357, 4456 / 13367 and 4457/13371. Patients who presented these alterations had a profile with lung diseases or risk factors associated with infection by P. jirovecii. As the detection of P. jirovecii, diagnosis and prevention of PCP are linked to clinical history, molecular advances can be a way for diagnosis of PCP, differentiating this pneumonia cases of colonization by the fungus. OBSERVAÇÃOPor favor manter essa palavra em itálico: Pneumocystis jirovecii / Mestrado / Clinica Medica / Mestra em Ciências

Resumo não disponível

Estudo retrospectivo de 80 casos de pneumonia por Pneumocystis jirovecii (PCP), diagnosticados no Laboratório de Micologia, Santa Casa-Complexo Hospitalar – Porto Alegre (RS), de agosto de 1984 à janeiro de 2006. Dos 80 pacientes, 23 (36,3%) já tinham diagnóstico de Aids; 40 (50%) tiveram diagnóstico de infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) concomitantemente com o diagnóstico de PCP. O fator predisponente mais encontrado foi a linfopenia associada à síndrome da imunodeficiência adquirida (Aids), com mediana da dosagem de CD4+ 36,5 células/mm3. Os achados clínicos mais frequentes foram tosse (81,3%), febre e dispnéia (76,3%). Na radiologia de tórax 92,5% apresentavam infiltrado pulmonar intersticial. Os diagnósticos foram feitos por fibrobroncoscopia com lavado broncoalveolar em 67,5%. Apenas 11,6% dos pacientes com Aids faziam uso de terapia antiretroviral; e apenas 6,3% de todos os pacientes do estudo faziam profilaxia para pneumocistose. O tratamento da PCP constituiu de sulfametoxazol-trimetoprim (SMX+TMP) em 92,3%. A maior incidência de PCP foi entre pacientes infectados pelo HIV (86,3%). Os pacientes apresentaram uma mortalidade de 34,3%, e 74,1% naqueles que necessitaram de ventilação mecânica. Complicações ocorreram em 40% dos casos, aumentando os dias de internação e de outras medicações com aumento de custo do tratamento. / The present study is based on a retrospective research of 80 cases with Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP), diagnosed at the Mycology Laboratory - Santa Casa Complexo Hospitalar Porto Alegre (RS), from August 1984 to January 2006. Out of those 80 patients, 23 (36.3%) had diagnosis of AIDS, 40 (50%) were diagnosed with infection by human immunodeficiency virus (HIV) concomitantly with PCP diagnosis. The most common predisposing factor was lymphopenia associated with AIDS, with a median dose of CD4 + 36.5 cells/mm3. The clinical manifestations most frequent were cough (81.3%), fever and dyspnea (76.3%). Chest x-ray findings had interstitial pulmonary infiltrates in 92.5%. The diagnoses were made by bronchoscopy with bronchoalveolar lavage in 67.5% samples. Only 11.6% of patients with AIDS received antiretroviral therapy, and only 6.3% of all patients received prophylaxis for PCP. The treatment for PCP was trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP + SMX) in 92.3% of patients. The highest incidence of PCP was among HIVinfected patients (86.3%). The mortality rate were 34.3% and 74.1% in those who required mechanical ventilation. Complications occurred in 40% of cases, increasing days of hospitalization and other medications, which increased the cost of treatment.

Estudo retrospectivo de 80 casos de pneumonia por Pneumocystis jirovecii (PCP), diagnosticados no Laboratório de Micologia, Santa Casa-Complexo Hospitalar – Porto Alegre (RS), de agosto de 1984 à janeiro de 2006. Dos 80 pacientes, 23 (36,3%) já tinham diagnóstico de Aids; 40 (50%) tiveram diagnóstico de infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) concomitantemente com o diagnóstico de PCP. O fator predisponente mais encontrado foi a linfopenia associada à síndrome da imunodeficiência adquirida (Aids), com mediana da dosagem de CD4+ 36,5 células/mm3. Os achados clínicos mais frequentes foram tosse (81,3%), febre e dispnéia (76,3%). Na radiologia de tórax 92,5% apresentavam infiltrado pulmonar intersticial. Os diagnósticos foram feitos por fibrobroncoscopia com lavado broncoalveolar em 67,5%. Apenas 11,6% dos pacientes com Aids faziam uso de terapia antiretroviral; e apenas 6,3% de todos os pacientes do estudo faziam profilaxia para pneumocistose. O tratamento da PCP constituiu de sulfametoxazol-trimetoprim (SMX+TMP) em 92,3%. A maior incidência de PCP foi entre pacientes infectados pelo HIV (86,3%). Os pacientes apresentaram uma mortalidade de 34,3%, e 74,1% naqueles que necessitaram de ventilação mecânica. Complicações ocorreram em 40% dos casos, aumentando os dias de internação e de outras medicações com aumento de custo do tratamento. / The present study is based on a retrospective research of 80 cases with Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP), diagnosed at the Mycology Laboratory - Santa Casa Complexo Hospitalar Porto Alegre (RS), from August 1984 to January 2006. Out of those 80 patients, 23 (36.3%) had diagnosis of AIDS, 40 (50%) were diagnosed with infection by human immunodeficiency virus (HIV) concomitantly with PCP diagnosis. The most common predisposing factor was lymphopenia associated with AIDS, with a median dose of CD4 + 36.5 cells/mm3. The clinical manifestations most frequent were cough (81.3%), fever and dyspnea (76.3%). Chest x-ray findings had interstitial pulmonary infiltrates in 92.5%. The diagnoses were made by bronchoscopy with bronchoalveolar lavage in 67.5% samples. Only 11.6% of patients with AIDS received antiretroviral therapy, and only 6.3% of all patients received prophylaxis for PCP. The treatment for PCP was trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP + SMX) in 92.3% of patients. The highest incidence of PCP was among HIVinfected patients (86.3%). The mortality rate were 34.3% and 74.1% in those who required mechanical ventilation. Complications occurred in 40% of cases, increasing days of hospitalization and other medications, which increased the cost of treatment.

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