La Esquizofrenia es una enfermedad mental crónica y compleja que afecta al 1% de la población. El gen que codifica a la enzima catecol o-metil transferasa (COMT) es candidato de riesgo porque participa en el catabolismo de la dopamina. El polimorfismo funcional Val/Met (rs4680) en el gen COMT genera actividad enzimática diferencial, es variable en las poblaciones y ha sido asociado a la esquizofrenia. En el Perú, no existen estudios de asociación genética y es necesario implementarlas para la prevención, diagnóstico, pronóstico y farmacogenética de la enfermedad. El objetivo fue establecer la asociación entre el polimorfismo Val/Met en el gen COMT y la esquizofrenia en una muestra peruana. Se ha realizado un estudio tipo casos-controles, previo consentimiento informado, con una muestra de 50 pacientes esquizofrénicos del hospital nacional Hermilio Valdizán y 150 personas saludables, sin diagnóstico de la enfermedad, residentes en la ciudad de Lima. El análisis molecular del polimorfismo Val/Met se realizó mediante la técnica PCR-RFLP y confirmado por secuenciamiento automático. En los controles y los pacientes las frecuencias genotípicas fueron similares (Val/Val=40-44%, Val/Met=46-52%, Met/Met=8-10%), y evaluados según el modelo de herencia codominante, no se han encontrado diferencias significativas [p>0.05; Val/Met: OR=0.80 (IC 95%: 0.41-1.58) y Met/Met: OR=1.14 (IC 95%: 0.36-3.64)]; la tendencia es similar bajo los modelos de herencia dominante, recesivo, sobredominante y aditivo. Asimismo, las frecuencias alélicas en ambos grupos (Val=66-67%, Met=33-34%), no muestran diferencias (p>0.05). Además, el género no interactúa en la asociación con la enfermedad según genotipos Val/Met (p>0.05). Los resultados nos indican que no existe asociación entre el polimorfismo Val/Met en el gen COMT y la susceptibilidad a la esquizofrenia en esta muestra peruana evaluada. En perspectiva, es necesario estudiar un mayor número de muestra, incluir otras subpoblaciones peruanas según ancestralidad, evaluar en conjunto con otros genes y epigenes, considerar los endofenotipos clínicos y utilizar tecnologías de secuenciamiento de ADN de alto rendimiento.