Tesis entregada a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al grado de Magíster en Ciencias Biológicas / La arqueología y la historia del Valle de Aconcagua dan cuenta de una gran variabilidad cultural. Recientes prospecciones arqueológicas sugieren que desde el Periodo Alfarero Temprano se visualizan dos áreas diferenciadas culturalmente: valle de Putaendo y valle de Los Andes. Estas áreas muestran diferencias en relación al tipo de cerámica, desarrollo de petroglifos y patrones mortuorios. Junto con ello, las características geográficas del valle de Aconcagua, específicamente la presencia del río Aconcagua se presenta como una posible barrera geográfica que influiría en el flujo de personas. A pesar de las implicancias que puede traer el estudiar poblaciones mestizas, las poblaciones de Aconcagua presentan características demográficas que permitirían acercarnos a dilucidar estas diferencias, por lo que en este estudio se evaluó la existencia de diferencias genéticas entre las poblaciones del Curso Superior del río Aconcagua (valle de Aconcagua) dada las diferencias culturales y la presencia del río Aconcagua en el área. Se genotipificaron 40 individuos del valle de Putaendo, 28 individuos del valle de Santa María y 45 individuos del valle de Los Andes para 148 SNPs informativos de ancestría. Los resultados de ancestría muestran que las tres poblaciones presentan en promedio proporciones de los componentes ancestrales europeo (~54%), africano (~6%), indígena del norte (~13%) e indígena del sur (~27%) muy similares. El análisis de componentes principales muestra que no existe subestructuración genética entre las poblaciones del valle de Aconcagua, formando un único clúster. Los valores de FST entre las poblaciones son muy bajos, lo cual es congruente con una escasa diferenciación genética entre las poblaciones. El análisis Discriminante de Componentes Principales muestra una sutil diferencia entre el valle de Putaendo y el valle de Santa María y el valle de Los Andes. El análisis de asignación es coherente con los demás resultados, mostrando que el ~39% de los individuos es asignado correctamente a la población a la cual pertenece. Los resultados sugieren una baja señal de diferenciación genética entre las poblaciones en estudio, aunque esta puede haber sido influenciada por el proceso de mestizaje durante la colonización europea, la cantidad de marcadores usados y/o la potencia de éstos para distinguir dicha diferenciación o que el río Aconcagua no funcionó necesariamente como una barrera el flujo de personas entre los valles existentes, sino más bien como una barrera cultural y, posteriormente político-administrativa. / The archaeology and history of the Aconcagua Valley account for a great cultural variability. Recent archaeological surveys suggest that from the Early Potter Period two culturally differentiated areas are visualized: Putaendo valley and Los Andes valley. These areas show differences in relation to the type of ceramics, development of petroglyphs and mortuary patterns. Along with this, the geographical characteristics of the Aconcagua Valley, specifically the presence of the Aconcagua River, is presented as a possible geographic barrier that would influence the flow of people. Despite the implications of studying mestizo populations, the populations of Aconcagua have demographic characteristics that would allow us to elucidate these differences, so in this study, the existence of genetic differences between the Upper Aconcagua River courses (Aconcagua Valley) was evaluated, given the cultural differences and the presence of the river in the area. Forty individuals from the Putaendo Valley, 28 individuals from the Santa María Valley and 45 individuals from the Los Andes Valley were genotyped for 148 ancestry information SNPs. The ancestry results show that the three populations present on average proportions of the European (~ 54%), African (~ 6%), northern (~ 13%) and southern indigenous (~ 27%) ancestral components very similar. The analysis of Principal Components shows that there is no genetic substructure among the populations of the Aconcagua Valley, forming a single cluster. The values of FST between the populations are very low, which is consistent with a low genetic differentiation among the populations. The Principal Components Discriminant analysis shows a subtle difference between the Putaendo Valley and the Santa María Valley and the Los Andes Valley. The allocation analysis is consistent with the other results, showing that ~ 39% of the individuals are correctly assigned to the population to which they belong. The results suggest a low signal of genetic differentiation among the populations studied, although this may have been influenced by the process of crossbreeding during European colonization, the amount of markers used and/or the potency of these to distinguish this differentiation or that the Aconcagua river did not necessarily function as a barrier to the flow of people between the existing valleys, but rather as a cultural barrier and, subsequently, politicaladministrative