Neben Infektionen und Graft-versus-Host-Reaktionen nach allogener Stammzelltransplantation, stellen das Rezidiv der Grunderkrankungen und die Transplantatabstoßung die schwerwiegendsten Probleme bei diesem Patientenklientel dar. Um jene frühzeitig zu erkennen, werden Chimärismusanalysen eingesetzt, mit deren Hilfe das Auftauchen kleinster Mengen an Empfängerknochenmarkszellen im peripheren Blut nachgewiesen werden können. Hierfür stehen verschiedene Möglichkeiten mit unterschiedlichen Sensitivitäten und Anwendungsbereichen zur Verfügung, wie die Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH), die Amplifikation von short tandem repeats (STR) mittels Polymerasekettenreaktion (PCR) und die allelspezifische quantitative Real-time-PCR (qRT-PCR) mittels TaqMan, um die es in dieser Arbeit geht. Mit Hilfe von speziellen Zielsequenzen auf unterschiedlichen Allelen, die Alizadeh et al. 2002 veröffentlichten, kann in der qRT-PCR bereits eine von 1000 Zellen nachgewiesen werden und somit zu einem frühen Zeitpunkt ein mögliches Rezidiv oder eine Abstoßung erkannt werden. In dieser Arbeit wurden für die beschriebenen Allele und das SRY-Gen Standardreihen mit unterschiedlichen Konzentrationsstufen erstellt, mit Hilfe derer man die Ergebnisse der PCR aus Patientenproben einordnen und den Chimärismus berechnen konnte. Eine zusätzliche Kalibrierung der Proben wurde mit Standardreihen vorbestimmter Konzentrationsstufen des Housekeeping-Gens HCK durchgeführt, das auch bei der Auswertung der Patientenproben zum Einsatz kam. Somit war es im Rahmen der Etablierung der PCR an der Uniklinik Würzburg möglich, in dieser Arbeit 395 Proben zu bestimmen, von denen 127 Proben von 26 Patienten ausgewertet und mit extern ermittelten STR-PCR-Ergebnissen verglichen werden konnten. Die hieraus gewonnenen Daten wurden mit den von Alizadehet al.[59] veröffentlichten Daten verglichen bezüglich der Anwendbarkeit der allelspezifischen PCR auf das Patientenkollektiv der Uniklinik Würzburg und der Auswertung ihrer Sensitivität sowie klinischen Verwendbarkeit. 50 Um die ermittelten Chimärismen in einen klinischen Zusammenhang zu stellen, erfolgte die Zuordnung zu vier Gruppen mit verschiedenen Prozentspannen, bei denen unterschiedliche Szenarien in der klinischen Bewertung durchgespielt wurden. Die Schwächen der etablierten PCR bestanden vor allem darin, dass 12,5% der Proben dieser Methode nicht zugänglich waren und angenommen werden muss, dass der Assay z.T. zu sensitiv war. Gerade in einem Bereich von > 5%igen Chimärismen stimmten die erhobenen Daten nicht mehr mit den Kontrollen überein, sondern gaben möglicherweise falsch hohe Chimärismen an. Fehlende prospektive Daten machten es nicht möglich, in der Arbeit unstimmige Werte durch Beobachtung des weiteren klinischen Verlaufs auf ihre Richtigkeit zu prüfen. Für die weitere Bewertung des Assays wäre es wichtig, dies in zukünftige Untersuchungen mit einzubeziehen. / The most common complications after hematopoetic stemcell transplantation are replapse of the malignant disease, rejection of the transplant, infections and graft-versus-host-disease. Therefore the development and use of chimerism analysis is a major component of the management after stem cell transplantation to detect even smallest ammounts of recipient cells in the peripheral blood. There are different possibilities to detect the chimerism status. FISH (fluorescent-in-situ hybridisation), amplification of short tandem repeats by PCR (STR-PCR) or allele specific quantitative real-time-PCR (qRT-PCR) with TaqMan can be used. In the presented thesis qRT-PCR was evaluated in a 80 patient cohort. Based on specific sequence polymorphisms in 11 different alleles, Alizadeh et al. published a RT-PCR-based assay in 2002, which is able to detect 1 of 1000 chimeric cells. According to this assay, an earlier detection of relapse or rejection seems possible than before. The published alleles from Alizadeh and the SRY-gene were used for developing different dilution series to calculate the chimerism status of patient blood samples. An additional calibration was realized by using dilution series of the housekeeping gene HCK, which was also necessary for the calculation of the chimerism value of the samples. In this thesis 395 samples from patients treated at the university hospital Würzburg, were tested and 127 samples from 26 patients were evaluated and compared with external data of STR-PCR. The sensitivity of the presented assay and its clinical use were compared to the assay and data published by Alizadeh et al. . Four groups of differentially ranges of chimerism were established to classify the results in the clinical context. 12,5 % of the samples were not analyzed because of identical alleles between donor and recipient. In addition, the samples with chimerism status greater than > 5 % weren’t able to compare with external data because the values were so different from the STR-PCR ones.

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Thesis (M. Med. Sc.)--University of Hong Kong, 2001. / Includes bibliographical references (leaves 29-33)f.

Thesis (M.S.P.H.)--University of South Florida, 2003. / Title from PDF of title page. Document formatted into pages; contains 57 pages. Includes bibliographical references.

published_or_final_version / Medical Sciences / Master / Master of Medical Sciences

Mip1p is the highly processive monomeric mitochondrial DNA polymerase in Saccharomyces cerevisiae. Despite differences in enzyme structure, substrate topology, and possible nucleoid interactions, Mip1p continues to be used as a model for human mitochondrial DNA polymerase (POLG) variants associated with various human mitochondrial diseases. Structurally, Mip1p functions as a monomer, whereas, the POLG holoenzyme contains a catalytic subunit (POLGA) complexed with a dimeric form of an accessory subunit (POLGB) which functions by loading the enzyme onto mitochondrial DNA and enhancing processivity. However, Mip1p does contain a 279-residue carboxyl-terminal extension (CTE) absent in the structure of POLG. The function of the CTE has not yet been determined although studies of truncation variants identify 74 N-terminal residues are essential for Mip1p wild-type activity. Furthermore, regions encompassing Mip1p residues N1033 – E1038 and Y1039 – A1049 are suggested to function in mitochondrial DNA maintenance and fidelity, respectively. This study has developed a mutagenic strategy to systematically replace the residues in the mitochondrial DNA maintenance region with glycine in order to identify residues critical for Mip1p function. Using in vivo respiratory competence and erythromycin resistance assays accompanied by an in vitro non-radioactive DNA polymerase assay, this study has identified two key residues, E1036 and D1037 that may function in the exonuclease-polymerase coupling mechanism of Mip1p.

Mip1p is the highly processive monomeric mitochondrial DNA polymerase in Saccharomyces cerevisiae. Despite differences in enzyme structure, substrate topology, and possible nucleoid interactions, Mip1p continues to be used as a model for human mitochondrial DNA polymerase (POLG) variants associated with various human mitochondrial diseases. Structurally, Mip1p functions as a monomer, whereas, the POLG holoenzyme contains a catalytic subunit (POLGA) complexed with a dimeric form of an accessory subunit (POLGB) which functions by loading the enzyme onto mitochondrial DNA and enhancing processivity. However, Mip1p does contain a 279-residue carboxyl-terminal extension (CTE) absent in the structure of POLG. The function of the CTE has not yet been determined although studies of truncation variants identify 74 N-terminal residues are essential for Mip1p wild-type activity. Furthermore, regions encompassing Mip1p residues N1033 – E1038 and Y1039 – A1049 are suggested to function in mitochondrial DNA maintenance and fidelity, respectively. This study has developed a mutagenic strategy to systematically replace the residues in the mitochondrial DNA maintenance region with glycine in order to identify residues critical for Mip1p function. Using in vivo respiratory competence and erythromycin resistance assays accompanied by an in vitro non-radioactive DNA polymerase assay, this study has identified two key residues, E1036 and D1037 that may function in the exonuclease-polymerase coupling mechanism of Mip1p.

Thesis (M.App.Sc.)--University of South Australia, 1995.

xvii, 111, xiii leaves : ill. / Title page, contents and abstract only. The complete thesis in print form is available from the University Library. / Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, Dept. of Biochemistry, 1972

Konstanz, Univ., Diss., 2008.