Thesis (M.Sc.). / Written for the Dept. of Neurology and Neurosurgery. Title from title page of PDF (viewed 2009/06/29). Includes bibliographical references.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Univ., 2002. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2002. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Univ., 2004. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2003. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2006. / Härtill 5 uppsatser.

Thesis (Ph. D.)--Case Western Reserve University, 2006. / [School of Medicine] Department of Epidemiology and Biostatistics. Includes bibliographical references. Available online via OhioLINK's ETD Center.

Orientadores: Eliana Cotta de Faria, Helena Coutinho Franco de Oliveira, Daniel Zanetti Scherrer / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T20:49:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zago_VanessaHelenadeSouza_D.pdf: 5059555 bytes, checksum: 854d9d1d1674a14d2ebcf5798acc31b3 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Dado o importante papel desempenhado pelos transportadores ATP binding cassete A1 (ABCA1), G1 (ABCG1), G5 (ABCG5), G8 (ABCG8) e pelo scavenger receptor class B type I (SR-BI) para a homeostase corpórea de colesterol e desenvolvimento da aterosclerose, este trabalho se propôs a: (i) investigar a relação dos polimorfismos rs2275543 (ABCA1), rs1893590 (ABCG1), rs6720173 (ABCG5), rs6544718 (ABCG8) e rs5888 (SCARB1) com gênero, idade e índice de massa corpórea (IMC) e suas interações sobre variáveis clínicas e bioquímicas (n=654); (ii) determinar a repercussão destes polimorfismos sobre os parâmetros estudados na população total e de forma gênero-específica (n=590) e (iii) avaliar se os miRNAs hsa-miR-33a e hsa-miR-128a são diferencialmente expressos em um subgrupo da população (n=51) e averiguar sua associação com as concentrações plasmáticas do colesterol da lipoproteína de alta densidade (HDL-C), aterosclerose subclínica e expressão de ABCA1, ABCG1 e SCARB1. Para tanto, foram selecionados voluntários normolipidêmicos e assintomáticos, de ambos os gêneros, com idade entre 20 e 75 anos. Dados clínicos e antropométricos foram obtidos, assim como sangue venoso periférico para as determinações bioquímicas e extração de DNA e RNA. O subgrupo de 51 voluntários foi classificado de acordo com HDL-C (mg/dL) em hipoalfalipoproteinêmicos (hipo, HDL-C?39), hiperalfalipoproteinêmicos (hiper, HDL-C?68) e controles (CTL, HDL-C?40<68) e determinadas a espessura íntimo-medial das artérias carótidas e proteínas relacionadas ao metabolismo de HDL. Determinamos que o rs1893590 interage com a idade e o IMC, modulando as concentrações de HDL-C, bem como o tamanho e volume da partícula, sugerindo que este pode modificar seu metabolismo e composição. Nas análises comparativas o rs2275543 apresentou efeitos diferentes, porém benéficos para ambos os gêneros; adicionalmente, o rs6720173 determinou um fenótipo lipoproteico proaterogênico no gênero masculino, enquanto as variantes rs5888 e rs6544718 repercutiram sobre marcadores de adiposidade no gênero feminino. A análise dos cinco polimorfismos nesta população fornece evidências de que estes atuam em diferentes vias do metabolismo lipoproteico, e tem na maioria dos casos características gênero-específicas. Adicionalmente, a avaliação da expressão de hsa-miR-33a, hsa-miR-128a, ABCA1, ABCG1 e SCARB1 revelou que os indivíduos hiper apresentam um aumento da expressão de ABCA1 e ABCG1 em relação ao grupo CTL, somado a uma redução de 72% na expressão do hsa-miR-33a; em conjunto, estes resultados indicam um potencial papel regulatório deste miRNA em indivíduos assintomáticos, possivelmente contribuindo para o aumento do efluxo e do transporte reverso de colesterol / Abstract: Given the important role played by ATP binding cassete transporters A1 (ABCA1), G1 (ABCG1), G5 (ABCG5), G8 (ABCG8) and by scavenger receptor class B type I (SR-BI) on body cholesterol homeostasis and atherosclerosis development, this study proposes to: (i) investigate the relationship of polymorphisms rs2275543 (ABCA1), rs1893590 (ABCG1), rs6720173 (ABCG5), rs6544718 (ABCG8) e rs5888 (SCARB1) with gender, age and body mass index (BMI) and its interactions with clinical and biochemical variables (n=654); (ii) determine the effects of these polymorphisms on the studied parameters in the total population and in a gender-specific manner (n=590) and (iii) evaluate if miRNAs hsa-miR-33a e hsa-miR-128a are differentially expressed in a subgroup of the population (n=51) and verify its association with plasma levels of high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C), subclinical atherosclerosis plus ABCA1, ABCG1 and SCARB1 expression. Thus, normolipidemic and asymptomatic volunteers from both genders, with ages ranging from 20 to 75 years were selected. Clinical and anthropometric data were obtained, as well as peripheral venous blood for biochemical determinations plus DNA and RNA extraction. The subgroup of 51 individuals was classified according HDL-C (mg/dL) in hypoalphalipoproteinemics (hypo, HDL-C?39), hyperalphalipoproteinemics (hyper, HDL-C?68) and controls (CTL, HDL-C?40<68); then, were determinated the carotid intima-media thickness and proteins related to HDL metabolism. The polymorphism rs1893590 interacts with age and BMI, modulating HDL-C levels as well as the particle size and volume, suggesting its role on HDL metabolism and composition. Comparative analysis demonstrated that rs2275543 has different, but beneficial repercussions in both genders; furthermore, rs6720173 determines a pro-atherogenic lipoprotein profile in males, while the variants rs5888 and rs6544718 affect positively adiposity markers in females. The analyses of the five studied polymorphism in this population provide evidences of its role in several pathways of lipoproteins metabolism, in most cases in a gender-specific manner. Moreover, the ABCA1, ABCG1, SCARB1, hsa-miR-33a and hsa-miR-128a expression analysis revealed that hyper group presents a significant increase of ABCA1 and ABCG1 expression in relation to the control group; additionally, hsa-miR-33a decreased by 72%. Together, these results indicate a potential regulatory role of this miRNA in asymptomatic individuals, probably contributing to increased cholesterol efflux and reverse cholesterol transport / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutora em Ciências Médicas

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / Abstract: The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ... / Mestre

Orientador: Henrique de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de "chips" de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip "Illumina BovineHD BeadChip". Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia "Relative Extended Haplotype Homozygosity" (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do "National Center for Biotechnology Information"- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor