Le fonctionnement écologique des écosystèmes côtiers est soumis à l’action synergique des changements climatiques et des pressions anthropiques. Au sein du Bassin d’Arcachon, l’huître Crassostrea gigas, montre depuis quelques années une modification du cycle reproductif (i.e. faible formation des gamètes, retard de ponte), qui semble lié aux modifications globales des conditions thermiques et trophiques du milieu. L’objectif de ce travail consiste à réaliser un état des lieux de la variabilité spatio-temporelle de l’état reproductif des huîtres dans le Bassin d’Arcachon, en lien avec l’origine, la quantité et la qualité de la ressource trophique. Les résultats obtenus ont permis de révéler d’importants gradients spatiaux de variabilité du développement gonadique et du signal trophique chez C. gigas, entre les parties internes sous influences des rivières (sud-est et nord-est), et la partie externe sous influences océaniques. Deux facteurs clés se sont révélés en partie explicatifs de cette variabilité, le temps d’immersion et le temps de renouvellement océanique. Un comparatif de la gamétogenèse et du pool nutritif entre les parties sud-est et nord-est du bassin a permis de démontrer une variabilité temporelle de la composition phytoplanctonique associée à une variabilité des apports en acides gras essentiels à la formation et la maturité des gamètes. La dynamique de la mise en réserves ainsi que le déclenchement des pontes chez C. gigas se sont révélés synchrones à la variabilité saisonnière de la quantité et la qualité du pool nutritif. Ces résultats représentent une première étape vers le développement d’un modèle prédictif des besoins énergétiques de l’espèce sous l’effet des changements globaux des conditions environnementales. / The ecological functioning of coastal ecosystems is subjected to the synergistic action of climate change and anthropogenic pressures. In Arcachon Bay, the reproductive cycle of the oyster Crassostrea gigas has changed in recent years (e.g. weak gametogenesis, spawning delay). This pattern seems to be associated with global changes in thermal and trophic conditions. The aim of this work was to characterize the spatio-temporal variability in the reproductive investment of oysters in Arcachon Bay. This variability has been investigated in relation to the origin, quantity and quality of the trophic resources. The results revealed important spatial gradients of variability in gonadal development and trophic signal in C. gigas, between inner parts of the bay influenced by river inputs (south-east and north-east) and the external part of the bay, which is influenced by oceanic inputs. Two hydrodynamic factors explained most of the observed variability: immersion time and oceanic water renewal. A comparison of C. gigas gametogenesis and the nutritional value of available food sources between the south-eastern and north-eastern parts of the bay revealed temporal variability in the composition of phytoplankton. This variability was associated with variability in the amounts of essential fatty acids, necessary for gametogenesis. Changes in energy reserves and gamete release cycle were synchronized with the seasonal nutrient variability. These results constitute a first approach in the development of a model predicting the evolution of the energetic needs of C. gigas under the global change in environmental conditions.

Les estuaires, situés à l’interface entre les domaines continental et marin, constituent des zones essentielles dans les échanges de matières. Ils jouent dès lors un rôle capital pour les cycles biogéochimiques et biologiques et subissent, par ailleurs, des pressions climatiques et anthropiques croissantes depuis plusieurs décennies. Le présent travail a été focalisé sur les peuplements benthiques et pélagiques présents dans la partie fluviale (Garonne et Dordogne) de l’estuaire de la Gironde, zone àtrès faible salinité où ces peuplements n’avaient encore jamais été étudiés. Alors que la méiofaune, composée principalement de Nématodes, s’est avérée relativement abondante dans les domaines intertidal et subtidal, le macrobenthos est apparu composé essentiellement d’Oligochètes en intertidal et complètement absent en subtidal. La grande plasticité du copépode dominant Eurytemora affinis a été confirmée, celui-ci occupant une niche écologique différente dans la partie fluviale de l’estuaire par rapport à la zone haline. L’importance de la température plutôt que la qualité du pool nutritif sur la productivité d’E. affinis a été démontrée, mettant en évidence une fois de plus la grande adaptabilité de cette espèce dans un habitat très fluctuant. L’étude de l’habitat benthique et pélagique, notamment en terme de qualité du pool nutritif disponible pour les organismes, a démontré que la contribution de la matière organique réfractaire d’origine terrestre est dominante. La contribution du micro phytobenthos à la composition de la matière organique sédimentaire et pélagique a aussi été mise en évidence. Enfin,l’étude des communautés planctoniques dans la partie fluviale de l’estuaire de la Gironde a montré que l’espèce E. affinis y occupe une position clef. / Being at the interface between continental and marine systems, estuaries are essential areas for matter exchanges. Therefore, they play a crucial role in biological and biogeochemical cycles. In addition to natural fluctuations, these systems have also undergone increasing climate and anthropogenic pressures for several decades. The present work focused on the benthic and pelagic assemblages in the fluvial section (Garonne and Dordogne rivers) of the Gironde estuary, a low salinity area where these communities had never been studied. Meiofauna, mainly composed ofnematodes, was found in relatively high abundance in both intertidal and subtidal zones.Macrozoobenthos was essentially composed of oligochaetes in the intertidal, while it was totally absent in the subtidal areas. The high plasticity of the dominant copepod Eurytemora affinis was confirmed, with a different ecological niche in the freshwater section of the estuary compared to the haline area downstream. The importance of temperature rather than the quality of the nutrient pool on the productivity of E. affinis was demonstrated, thereby confirming the great adaptability of thisspecies to a highly fluctuating habitat. Study of benthic and pelagic habitat, especially in terms of quality of the nutrient pool available to the organisms, showed that the contribution of refractoryorganic matter with a terrestrial origin is dominant. A significant contribution of microphytobenthos to the composition of sedimentary and pelagic organic matter was also highlighted. Finally, the study of planktonic communities in the fluvial part of the Gironde estuary showed that the species E. affinis occupies a key position in this part of the estuary.