Alors que le transport fluvial et les ports fluviaux ont contribué au développement des métropoles, ils ont respectivement connu depuis 1945 une chute des trafics et une déconnexion progressive du tissu urbain. Les modes de production et de distribution des marchandises suivent aujourd'hui une logique routière, mais les politiques de transport, européennes, nationales et métropolitaines, encouragent de plus en plus le recours à des échanges plus durables. L'Ile-de-France, qui se distingue des pays de l'Europe du Nord en termes d'infrastructures et comme en termes de débouchés portuaires, connait néanmoins une croissance des trafics fluviaux. Cette croissance est à mettre en lien avec la présence d'une grande métropole fluviale et d'un ensemble de sites portuaires. Cette thèse met en évidence l'organisation portuaire et des échanges fluviaux à l'échelle de l'Ile-de-France et de l'axe Seine. Elle montre l'originalité de cette organisation en Europe et le fait qu'elle ne se retrouve pas dans d'autres grandes villes européennes. Pour établir ce fait, il s'avère utile de recourir à la fois à l'analyse statistique des trafics portuaires et à des entretiens auprès des acteurs portuaires et métropolitains pour cerner les contradictions entre leurs attentes et leurs démarches respectives. Les résultats soulignent une adaptation des sites portuaires aux besoins de la métropole, par l'autorité portuaire qui a encouragé la spécialisation des trafics et leur mise en réseau, afin de justifier leur présence dans les territoires urbains. L'autorité portuaire Ports de Paris a ainsi dû développer une politique d'aménagement et d'insertion urbaine de ses sites à l'échelle régionale. Cependant, le manque de coordination et de compréhension entre les acteurs portuaires et urbains est le principal frein, pour l'acceptabilité des sites portuaires dans les territoires métropolitains / While waterways and inland ports have contributed to the development of cities, since 1945 they have respectively known a traffic decrease and a progressive disconnection from the urban area. Actual freight production and distribution use road-only mode, but European, national and metropolitan transport policies encourage more sustainable mode of transport. Although the Ile-de-France region is disadvantaged in terms of infrastructure and maritime ports opportunities facing the countries of Northern Europe, Seine river traffic is growing. A large river metropolis and a set of inland ports may explain this feature. This doctoral thesis aims to identify how river ports have followed a different organization from other European territories, due to the presence of Paris. It is therefore useful to use both statistical analysis of port traffic and interviews with Port Authority and metropolitan actors, to identify contradictions in their expectations and their respective approaches. The results highlight an adaptation of inland port to the needs of the metropolis, through traffic specialization and networking, in order to justify their presence in urban areas. Hence, the Port Authority Ports de Paris has developed a policy planning to ensure urban integration of its inland ports. However, lack of coordination and understanding between Port Authority and urban actors are the main obstacles to the acceptability of inland ports in metropolitan areas