Thèse (M. Sc.)--Université Laval, 2005. / Titre de l'écran-titre (visionné le 13 févr. 2008). Bibliogr.

Bien que longtemps considérés stériles, il est maintenant confirmé que les poumons sont peuplés d’une communauté microbienne diversifiée. De plus, il a récemment été observé que les microorganismes peuplant le corps humain peuvent influencer le développement du cancer et son traitement dans l’intestin et le pancréas. Cependant, peu d’études ont tenté de caractériser le microbiote pulmonaire et son impact sur le cancer du poumon. Davantage d’efforts se doivent d’y être consacrés. L’absence de standardisation méthodologique et de considération pour les contraintes de l’environnement pulmonaire diminuent par contre la validité des résultats obtenus et des conclusions qui peuvent être faites actuellement. Le présent projet propose donc le développement d’une démarche expérimentale appropriée à la caractérisation du microbiote tumoral pulmonaire. Nous avons mis sur pied une marche à suivre complète, allant du recrutement de patients au traitement des données bioinformatiques. Nous avons minimisé l’incorporation de microorganismes contaminants et avons établi des points de contrôle afin de les détecter et de les retirer des échantillons. La combinaison de méthodes d’homogénéisation enzymatiques et mécaniques et d’une trousse d’extraction d’ADN commerciale a permis une détection rapide et fiable du microbiote. L’utilisation des communautés microbiennes de composition connue, autant de cellules entières («whole») que de génomes, a permis de confirmer que notre capacité de récupération bactérienne est adéquate et que l’abondance d’ADN humain dans les extraits pulmonaires n’a pas d’influence significative sur notre capacité de détection. La signature bactérienne des tissus cancéreux et sains de cinq patients a pu être différenciée de celles des contrôles méthodologiques. Nos travaux approfondissent les connaissances nécessaires à l’étude d’environnements microbiens faiblement peuplés. Ils sont un point de départ vers la standardisation méthodologique et l’implémentation de précautions d’échantillonnage appropriées pour l’étude du microbiote pulmonaire. / Although historically considered sterile, the lung is now known to harbor a diverse microbial community. It has also been recently observed that microorganisms that populate the human body can influence the development of cancer and its treatment in the intestine and pancreas. However, very few studies have attempted to characterize the composition of the pulmonary microbiota to correlate it to lung cancer, a deeper look into this possible interaction seems mandatory. To this day, the absence of methodological standardization and considerations for the constraint of the pulmonary environment reduces the validity of the results collected and the conclusions drawn. This project aims at developing an appropriate experimental approach for the characterization of the pulmonary microbiota. We developed a complete pipeline from patient enrollment to bioinformatics analyses. We minimized the incorporation of contaminating microorganisms and established controls to detect and account for them in lung samples. A combination of enzymatic and mechanical homogenization technic with adapted commercially available DNA extraction kit allowed for a fast and reliable extraction of bacterial DNA. The use of bacterial communities of known composition, whole cells or genomic, allowed us the confirm our ability to recover bacterial DNA adequately and that the abundance of human DNA in sample does not influence our detection efficiency. The bacterial signature of the cancerous and healthy lung tissue of five patients could also be distinguished from methodological controls. Our work expands our understanding on the analysis of low microbial burden environments. It is to be a starting point in the standardization of methods used in pulmonary microbiota study and the implementation of appropriates sampling considerations.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. 75-83. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèse (Ph.D.)--Université Laval, 2002. / Bibliogr.: f. 173-195. Publié aussi en version électronique.

Thèse (M.Sc. )--Université Laval, 2005. / Titre de l'écran-titre (visionné le 28 septembre 2005). Bibliogr.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2002. / Bibliogr.: f. 75-86. Publié aussi en version électronique.

Les patients atteints de maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) sont généralement considérés comme ayant une survie à long-terme inférieure et un taux de complications post-opératoires plus élevé, lorsque comparés avec des patients non-MPOC, à la suite d’une chirurgie de résection pour cancer pulmonaire. Ce qui demeurait à préciser était de savoir si l’on avait également un impact sur la survie et sur le décours post-opératoire chez les patients ayant une MPOC de sévérité légère à modérée. Ce projet visait donc à caractériser et à comparer l’évolution post-opératoire de patients MPOC et non-MPOC en termes de complications et de survie à long-terme à la suite d’une chirurgie pour cancer pulmonaire ainsi que d’évaluer l’effet de la sévérité de la MPOC sur ces points. Dans cette étude, nous avons pu constater que la proportion de patients MPOC est élevée chez les patients opérés pour cancer pulmonaire et que ceux-ci ont en effet tendance à développer davantage de complications en post-opératoire. Nous n’avons constaté aucune influence statistiquement significative de la MPOC ou de sa sévérité sur la survie à long-terme à la suite de la chirurgie cependant. Les résultats de cette étude s’appliquent principalement aux patients ayant une MPOC de sévérité légère à modérée. / Patients suffering from chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are generally considered to have diminished long-term survival and higher rate of post-operative complications, when compared with non-COPD, following a resection surgery for lung cancer. What remained to be clarified was to know if the presence of mild to moderate COPD has an impact on survival and on post-operative evolution. This project aimed at characterizing and comparing the post-operative course of COPD and non-COPD patients in terms of complications and long-term survival following a surgery for lung cancer and to evaluate the effect of the severity of COPD on these outcomes. In this study, we observed that the proportion of patients with COPD was high in patients operated for lung cancer and that they indeed developed more complications in the post-operative period. However, we found no statistically significant influence of COPD or of its severity on long-term survival following the surgery. The results of this study are mainly applicable to mild and moderate COPD patients

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Les cryobiopsies transbronchiques (cBTB) ont démontré des résultats prometteurs dans l'investigation des maladies pulmonaires interstistielles (MPI), mais les données les comparant à l'étalon-d'or, la biopsie pulmonaire chirurgicale (BPC), sont conflictuelles. Nous avons donc mené une étude multicentrique prospective ayant pour but d'évaluer la concordance diagnostique intra et inter centre au niveau histopathologique ainsi qu'au niveau de la discussion pluridisciplinaire (DPD) entre les diagnostics obtenus par CBTB et BPC lors de l'investigation des MPI. Vingt patients ont subi des CBTB et BPC appariées qui ont démontré une concordance diagnostique intra centre en DPD chez 37 des 60 cas appariés (61.7%) (k = 0,46 (IC95 0,29-0,63)). Notre étude démontre une concordance diagnostique modérée entre le DPD obtenu par CBTB lorsque comparé au diagnostic obtenu par l'étalon-d'or, la BPC / Transbronchial cryobiopsies (TBCB) for the investigation of interstitial lung disease (ILD) obtained promising early results but data comparing them to the gold standard, surgical lung biopsies (SLB), are conflicting. We performed a prospective multicenter study to evaluate concordance between and with in center in histopathologic and multidiscriplinary discussion (MDD) diagnosis obtained with TBCB and SLB in the investigation of ILD. Twenty patients underwent contemporaneous TBCB and SLB. Within center diagnostic concordance at MDD was obtained in 37 of 60 matched cases (61.7%) (k = 0,46 (IC95 0,29-0,63)). This study demonstrates moderate diagnostic concordance at MDD between TBCB and, gold standard, SLB

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2008. / Bibliogr. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2003. / Bibliogr.: f. [68]-79. Publié aussi en version électronique.