Cette thèse porte sur la prérogative la plus importante du pape durant la première modernité, c’est-à-dire le pouvoir que lui donnaient les clefs du royaume des cieux. Cette faculté de lier et de délier tous les hommes dans l’économie du salut fut contestée au XVIe siècle par la Réforme protestante et par les monarchies européennes. L’enjeu est de comprendre comment la papauté affirma la nature spirituelle de sa suprématie tout en prétendant donner à celle-ci des effets politiques. Une première partie est consacrée aux controverses sur le pouvoir ecclésiastique du concile de Pise à la Réforme luthérienne. Une seconde partie examine les relations entre la papauté et les États à travers l’exercice du pouvoir de déposition. En raison de la richesse de la documentation conservée à l’Archivio Segreto Vaticano, une enquête approfondie est menée sur le cas de l’excommunication et de l’absolution d’Henri IV. Ce travail explique ainsi comment la politique romaine permit à la papauté de rester un acteur politique majeur dans l’Europe du XVIe siècle. / This PhD thesis deals with the most important prerogative of the pope during the early modern period, i. e. the power that the keys of the kingdom of heaven gave to him. This power to bind and to loose all men in the economy of Salvation was contested during the Sixteenth Century by the Protestant Reformation and by the european monarchies. What is at stake is to understand how the papacy asserted the spiritual value of the papal supremacy while asserting its political effects. A first part turns on the controversies about ecclesiastical power from the council of Pisa to the Lutheran Reformation. A second part deals with the relationship between the papacy and the states through the use of the deposing power. Owing to the richness of the documentation conserved in the Archivio Segreto Vaticano, a thorough inquiry is conducted on the case of the excommunication and of the absolution of Henry IV. This work explains thus how the roman policy enabled the papacy to remain a political actor of first importance in the Europe of the Sixteenth Century.