En Suède boréale, les techniques de régénération forestière utilisées par la foresterie moderne, notamment les préparations de sols précédant la plantation, endommagent les pâtures de lichen terricoles (Cladina spp.), et sont devenues une source de conflit entre forestiers et éleveurs de rennes Sami. L'objet de cette thèse est d'étudier des stratégies de régénération forestière pouvant réduire les perturbations et promouvoir le ré-établissement du lichen des rennes. Les savoirs et les pratiques des éleveurs Sami sur la ressource en lichen sont également analysés. Les effets de préparations de sol moins perturbatrices sur le ré-établissement du tapis de lichen, le pâturage des rennes et l'établissement de plants de Pinus sylvestris furent étudiés. L'utilisation de l'HuMinMix, technique mélangeant le couvert de lichen avec la couche d'humus et le sol minéral, est favorable à la régénération du tapis de lichen par comparaison aux préparations de sols conventionnelles. Cependant, l'établissement des jeunes pins est supérieur suivant une préparation exposant seulement le sol minéral. L'occurrence de dégâts mécaniques, possiblement causés par le piétinement des rennes, est un argument pour éviter la plantation dans les parcelles fortement fréquentées par les rennes, au profit de la régénération naturelle ou de l'ensemencement afin d'éviter les conflits avec les propriétaires forestiers. La régénération complète du tapis de lichen suivant la préparation de sol HuMinMix est estimée à une dizaine d'année comparé à plus de cinquante ans suivant les techniques conventionnelles. Les possibilités de dispersion artificielle du lichen, par exemple dans des parcelles fortement endommagées par les préparations de sol, sont également étudiées. La nature du substrat s'avère être un facteur clé pour l'établissement du lichen dispersé. Le sol minéral se révèle être un substrat ne permettant pas l'immobilisation des fragments de lichen, alors que les substrats organiques sont favorables à l'établissement et à la croissance du lichen. Au cours du suivi de 17 parcelles en régénération, toutes les espèces du genre Cladina furent observées colonisant naturellement les sols scarifiés. Néanmois la présence d'espèces de lichen pionnières semble favoriser l'établissement des lichens du genre Cladina. Toutes les méthodes de dispersion testées résultèrent en un établissement effectif du lichen. Néanmoins l'établissement suivant la transplantation de thalles lichéniques entiers, non-fragmentés, fût sévèrement réduit par le pâturage des rennes, alors que l'établissement à partir de thalles fragmentés le fût beaucoup moins. Une étude ethnolinguistique permit également de démontrer que, contrairement à son usage dans la culture occidentale où le mot ‘pâture' est associé à une communauté végétale spécifique, l'usage par les éleveurs Sami du même mot (guohtun en Sami) inclut l'effet de la neige sur les pâtures de lichen et leur pâturage par les rennes. Les éleveurs de rennes Samis utilisent leurs savoirs sur l'influence de la végétation forestière sur les conditions de neige, et donc les conditions de pâturage, pour élaborer des stratégies de pâturage au cours de l'hiver. C'est pourquoi il est nécessaire d'intégrer le savoir des éleveurs Sami sur les pâturages hivernaux en tenant compte des conséquences de la régénération forestière sur le développement et la structure du peuplement, afin d'améliorer la compréhension des effets de la production forestière sur le pâturage hivernal des rennes, et pour développer des stratégies qui satisfassent les gestionnaires forestiers et les éleveurs de rennes.

Les pratiques de gestion des sols ont un impact direct sur leurs propriétés physico-chimiques et biologiques. Afin d'évaluer l'impact de ces pratiques sur les caractéristiques physico-chimiques du sol, une expérimentation à longue durée sur une rotation maïs-soja a été établie en 1992 à la Ferme expérimentale de l'Acadie de l'Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), située dans l'est du Canada. En 2017, lors de la 25e année de cette expérimentation, les parcelles, situées sur un sol loam argileux, ont été analysées. La combinaison factorielle des traitements de travail du sol [labour conventionnel (LC) vs. semis direct (SD)] et de fertilisation azotée appliquée pour le maïs [0 kg N ha-1 (0N), 80 kg N ha-1 (1N), et 160 kg N ha-1 (2N)] a été analysée. Deux horizons de sol (0-5 cm et 5-20 cm) ont été prélevés pour l'étude. Dans un premier temps, nous avons examiné l'effet de ces pratiques sur les caractéristiques physico-chimiques du sol et la productivité du soja. Il en ressort que le SD a augmenté les stocks d'éléments dans le sol, suivant l'ordre décroissant P > Zn > Ntot > Ctot > B > K > Ca > Pb > Cd > Cu. Ni le travail du sol ni la fertilisation azotée n'ont augmenté le rendement en grains du soja. Nous avons également observé une augmentation de la concentration d'aluminium dans le traitement LC. Concernant la physique des sols, une densité plus faible a été notée dans l'horizon supérieur dans les deux systèmes, mais la macro-agrégation était favorisée dans le système SD. Les analyses métagénomiques de la communauté bactérienne du sol ont été réalisées par séquençage à haut débit (SHD) via la plateforme Illumina MiSeq®. Les résultats indiquent que les méthodes de travail du sol et l'horizon d'échantillonnage influencent le microbiome bactérien du sol, la fertilisation ayant une influence moindre. Le semis direct augmente la diversité bactérienne avec des genres comme *Terrabacter, Patulibacter, Blastococcus,* contribuant à la décomposition de la matière organique et au cycle des nutriments. Cette méthode montre une stratification claire entre les horizons du sol et une forte présence de bactéries spécialistes. En contraste, le labour conventionnel a une composition bactérienne plus homogène et moins diversifiée. Le semis direct, favorisant des « hubs » bactériens, renforce la résilience et la stabilité de la communauté microbienne du sol, tandis que le labour conventionnel présente une moindre complexité microbienne, pouvant affecter la santé du sol. Ainsi, l'analyse du microbiome bactérien est essentielle pour évaluer l'impact des pratiques de gestion des sols sur leur santé, et le semis direct se révèle plus avantageux pour la santé du sol. / Soil management practices have a direct impact on their physicochemical and biological properties. To assess the impact of these practices on the physicochemical characteristics of the soil, a long-term experiment on a corn-soybean rotation was established in 1992 at the Experimental Farm of Acadia of Agriculture and Agri-Food Canada (AAC), located in Eastern Canada. In 2017, during the 25th year of this experiment, the plots, located on clay loam soil, were analyzed. The factorial combination of soil management treatments [conventional tillage (CT) vs. no-till (NT)] and nitrogen fertilization applied to corn [0 kg N ha⁻¹ (0N), 80 kg N ha⁻¹ (1N), and 160 kg N ha⁻¹ (2N)] was analyzed. Two soil horizons (0-5 cm and 5-20 cm) were sampled for the study. Initially, we examined the effect of these practices on the physicochemical characteristics of the soil and the productivity of soybeans. It turns out that NT increased the stocks of elements in the soil, following the descending order P > Zn > Ntot > Ctot > B > K > Ca > Pb > Cd > Cu. Neither soil tillage nor nitrogen fertilization increased soybean grain yield. We also observed an increase in aluminum concentration in the CT treatment. Regarding soil physics, a lower density was noted in the upper horizon in both systems, but macro-aggregation was favored in the NT system. Metagenomic analyses of the soil bacterial community were conducted through high-throughput sequencing (HTS) using the Illumina MiSeq platform®. The results indicate that the methods of soil management and the sampling horizon influence the soil bacterial microbiome, with fertilization having a lesser influence. No-till increases bacterial diversity with genera such as *Terrabacter, Patulibacter, Blastococcus,* contributing to the decomposition of organic matter and nutrient cycling. This method shows a clear stratification between soil horizons and a strong presence of specialist bacteria. In contrast, conventional tillage presents a more homogeneous and less diversified bacterial composition. No-till, promoting bacterial 'hubs,' enhances the resilience and stability of the soil microbial community, while conventional tillage shows reduced microbial complexity, which could affect soil health. Therefore, the analysis of the bacterial microbiome is essential to assess the impact of soil management practices on their health, and no-till proves to be more advantageous for soil health.

La pratique du «semis direct» ou no-till (NT) se développe rapidement comme méthode de conservation des sols. Cette pratique modifie nombre de propriétés du sol comme, par exemple, la répartition du phosphore (P) dans le profil du sol. L’objectif de cette thèse est d’analyser les impacts après plusieurs décennies sous la gestion de NT sur le cycle biogéochimique du P et d’intégrer ces effets dans un modèle de fonctionnement. Nous avons utilisé un essai au champ de longue durée sous maïs-soja (L’Acadie, Québec, Canada) implanté sur un sol argilo-limoneux. Le dispositif était un split-plot à 4 blocs avec le labour conventionnel ou « mouldboard plough » (MP) et sans labour (NT) en parcelles prioncipales et 3 doses de fertilisation en P minéral [0 (0P), 17.5 (0.5P), 35 (1P) kg P ha⁻¹] apportées sur le maïs et localisées à 5 cm de profondeur et à 5 cm du rang de maïs, en sous-parcelles. La concentration en ions phosphates dans le sol (Cp) était relativement uniforme dans la couche labourée (0-20 cm) (0.08 mg P L⁻¹), puis baissait légèrement dans la couche 20-30 cm (0.05 mg P L⁻¹) et davantage au-delà (0.01 mg P L⁻¹). Sous les traitements [NT, 0.5P] et [NT, 1P] traitements, le Cp était plus élevé dans la couche 0-10 cm (0.28 et 0.19 mg P L⁻¹) que dans la couche labourée mais baissait rapidement avec la profondeur. Cette stratification verticale sous NT était également observée pour les teneurs en P-Olsen, P-M3 et autres nutriments comme C, N et K. Après 23 et 24 années d’essai, il y avait tendanciellement moins de racines du maïs sous NT (-14%) que sous MP, probablement à cause de la présence plus importante d’adventices sous NT. Pour le soja, il y avait beaucoup plus de racines dans la couche 0-10 cm sous NT (44% de longueur total) que sous MP (21%) et inversement dans la couche 10-20 cm. Ces différences de distribution des racines sous NT et MP correspondaient à la stratification de N, P, et K. Ce jeu de données sur la distribution des racines et du phosphore a été utilisé pour i) évaluer un modèle 1D décrivant la dynamique du P dans la couche labourée du sol sur plusieurs décennies, ii) proposer un mode d’estimation de la distribution du prélèvement dans le profil de sol, et iii) développer un modèle spatialisé 2D décrivant la dynamique du P pour le traitement sans labour. Ce modèle permet de simuler l’évolution de la disponibilité en P du sol sur le long terme quelque soient les modes de préparation du sol et le régime de fertilisation P. Même si le modèle surestime parfois la disponibilité en P à proximité de la zone fertilisée, il permet de prédire la stratification du P du sol en NT et ses conséquences sur le prélèvement de P en relation avec les propriétés du sol et le développement du système racinaire. Il contribue à améliorer le raisonnement de la fertilisation phosphatée dans le contexte du sans-labour. Mots clés : labour, sans-labour, semis direct, agriculture de conservation, fertilisation phosphatée, agrosystèmes, stocks et flux, interception racinaire, sol, fertilité, bilan. / The no-till (NT) is gaining great attention for soil preparation. This practice modifies number of soil properties such as the distribution of phosphorus (P) in the soil profile. This work aims to analyze the impacts on the biogeochemical P cycle after decades of NT and to incorporate those effects in an operational model. We used a long-term field experiment under corn-soybean rotation established on a clay loam soil (L’Acadie, Quebec, Canada). The design was a split-plot plan with 4 blocks under moldboard plough (MP) and NT as main plots, subdivided by 3 doses of P [0 (0P), 17.5 (0.5P), 35 (1P) kg P ha⁻¹] applied in corn phase and localized to 5-cm deep and 5-cm from the corn row, as sub-plots. The phosphate ion concentration under MP was relatively constant (0.08 mg P L⁻¹) in the tilled layer (0-20 cm), slightly lower in 20-30 cm (0.05 mg P L⁻¹) and much lower below (0.01 mg P L⁻¹). In [NT, 0.5P] and [NT, 1P] plots, Cp was higher (0.28 et 0.19 mg P L⁻¹) in the 0-10 cm layer compared to the tilled layer in MP, but decreased sharply with depth. This vertical stratification in NT was also observed for P-Olsen, P-M3 and other nutrients as C, N, and K. After 23- and 24-year of experimentation, maize roots tended to be fewer (-14%) under NT than MP, probably because of increased weed infestation under NT. For soybean, more roots accumulated in the 0-10 cm layer under NT (44% of total length) than MP (21%) and vice versa for the 10-20 cm layer. Those differences in root distribution under NT and MP corresponded to the stratification of N, P, and K. This data set on the distribution of roots and phosphorus was used i) to develop a 1D model describing P dynamics over several decades in MP, ii) to test a method to assess the spatial P uptake distribution according local root length density and soil P availability, and iii) to develop a spatial 2D model describing P dynamic in NT. This model simulates the soil P availability dynamic on long term according soil properties and crop root distribution within the soil profile for different soil preparation regimes and P fertilization rates. Although the model overestimates the P availability near the localized P fertilizer, it can predict soil P stratification in the NT treatment and its consequences on crop P uptake. This new model will be a useful tool to improve P fertilization management in context of no-till practices. Keywords: tillage, no-till, direct drilling, conservation agriculture, phosphate fertilizer, agro-systems, stocks and flows, root interception, soil fertility, P budget.