Le contexte de la gestion de l'environnement a fortement évolué au cours des dernières décennies : les organisations privées, tout comme les pouvoirs publics, cherchent désormais à prendre en compte le plus largement possible les impacts économiques de leurs stratégies environnementales. Les théories et études empiriques visant à décrire et à tester les relations qui existent entre performance environnementale et performance économique prouvent en outre que des situations « win-win », à travers lesquelles ces deux performances sont conjointement améliorées, existent. Les projets de prévention des pollutions illustrent d'ailleurs tout particulièrement ce point. Il reste que les entreprises font face à d'importantes difficultés lorsqu'elles cherchent à identifier, estimer et suivre leurs coûts environnementaux. Ces difficultés peuvent alors induire une incapacité à correctement évaluer les impacts des projets de préservation de l'environnement. Nous nous proposons, dans cette thèse, de tester un système de « comptabilité environnementale », qui nous parait l'approche la plus à même d'orienter la gestion de l'environnement vers la création de valeur. Notre recherche s'appuie tout particulièrement sur les outils suivant : comptabilité des flux de matières et d'énergie, « Activity Based Costing », « Total Cost Assessment » et simulation de Monté Carlo. A travers ces méthodes, nous cherchons à approfondir et à consolider la connaissance des coûts environnementaux, mais également à en élargir le périmètre et à en étendre l'horizon temporel. Nous avons montré pour une activité industrielle spécifique, qu'une comptabilité environnementale correctement dimensionnée et alimentée, permet l'identification et la traduction des enjeux environnementaux stratégiques, la mise en avant et la quantification des opportunités d'améliorations économiques et écologiques et finalement la prise de décision en toute connaissance de cause. L'extension d'un tel système sur la totalité de l'entreprise doit alors permettre d'orienter la gestion de l'environnement vers la création de valeur.