El trigo pan (Triticum aestivum L.) es el cultivo más extensamente sembrado y consumido como alimento en el mundo. En el año 2020, la población mundial alcanzará 7500 millones de habitantes y esto generará un aumento de la demanda de alimentos. Para incrementar el rendimiento, el mejoramiento es una herramienta fundamental junto con la adopción de nuevas tecnologías de cultivo. El mejoramiento del trigo está enfocado a la obtención de cultivares ampliamente adaptados, con resistencia a enfermedades, buena calidad panadera y altos rendimientos estables a través de un amplio rango de ambientes. Incorporar resistencia a los principales patógenos es una prioridad ya que no es posible lograr rendimientos estables sin adecuada resistencia a las principales enfermedades. Una de las principales enfermedades de origen fúngico que afectan al cultivo de trigo es la Septoriosis ó Mancha de la Hoja (Septoria tritici Roberge in Desmaz. f. asexual; Mycosphaerella graminicola (Fuckel) J. Schroeter, in Cohn f. sexual), la cual produce a nivel mundial daños que oscilan entre 31 y 54% de reducción en el rendimiento y en Argentina entre 17 y 50% dependiendo del estado fenológico en el que ocurre y del índice de infección. El conocimiento de la estructura de las poblaciones del patógeno y la localización de genes y QTL´s en germoplasma resistente a través de herramientas moleculares podría facilitar la incorporación de resistencia genética en los cultivares comerciales. La caracterización de la población de este patógeno ha sido limitada en nuestro país, y los cultivares no han sido probados con aislamientos agrupados por sus patrones moleculares. Esto es importante para conocer si algunos de los genotipos predominan dentro de unasubregión triguera en Argentina. En este sentido, se estudió la diversidad de la población de Mycosphaerella graminicola utilizando un elevado número de aislamientos de distintas localidades de la Región Triguera Argentina, subregión IV (SE de la Provincia de Buenos Aires) y II Sur (parte central de la Provincia de Buenos Aires) a través de su caracterización con marcadores moleculares