Es coneix com era post-genòmica els anys posteriors a la seqüenciació massiva dels genomes d'organismes i espècies superiors (entre elles la humana) i que ens permeten per primer cop, tenir una visió global dels mecanismes biològics que regulen la vida de cèl·lula. En aquests primers anys d'aquesta nova era, s'ha donat especial rellevància a la identificació i estudi funcional de motius de seqüència en el genoma, assumint la hipòtesi que la capa física (la molècula d'ADN) es un mer suport per a un codi que és interpretat per la cèl·lula. El treball exposat en aquesta memòria posa en relleu la importància del nivell físic de l'ADN (ja sigui en la molècula de doble hèlix o en estructures d'ordre superior), en tots els aspectes funcionals de la molècula. Els resultats exposats en les publicacions científiques que integren aquest treball es demostra la relació entre la estructura de l'ADN i les regions reguladores dels gens (els promotors). Es prova també la viabilitat de l'ús d'estructures no canòniques de l'ADN (com per exemple les triple hèlices) en teràpies anti-gèniques. Finalment es descriu la implementació d'una plataforma bioinformàtica que permet per primer cop, l'estudi dels factors fisicoquímics en escala genòmica. / The post-genomics era is known as the years before the massive sequencing of genomes (the human between others) and that allow us for the first time have a global vision of biological systems that regulates the cellular activity. The main studies of the first years of this new era prioritized the identification of sequence motives and the study of their functionality, assuming the hypothesis that the physical layer behind (the DNA molecule) is just a support for code that is interpreted by the cell.The work presented in this document highlight the relevance of the DNA physical layer (from the double helices to higher level structures and chromatin) in all the cellular aspects.The results of this thesis prove the relationship between DNA structure and gene regulatory regions (the promoters). The feasibility of using non-canonic DNA conformations (as DNA triple helices) in anti-gene therapies is also shown. Finally the implementation of a bioinformatics platform to study for the first time the physicochemical factors of DNA at genomics scale is described.