L’endocardite infectieuse est une maladie grave dont sont victimes chaque année près de 2000 personnes en France et 17000 aux Etats-Unis. Malgré les progrès thérapeutiques, le taux de décès reste encore élevé avec des chiffres d’environ 20% pour la seule période hospitalière. Ces échecs sont en partie la conséquence d’un diagnostic souvent trop tardif et d’une évaluation pronostique insuffisante. En effet, il semble que la stratégie pour réduire la mortalité repose sur l’utilisation de nouveaux outils pour un diagnostic et une stratification du risque plus rapides, une diminution du délai d’instauration du traitement antibiotique, un transfert des patients à haut risque vers des centres médico-chirurgicaux spécialisés, des indications chirurgicales plus larges et un suivi prolongé.Depuis plusieurs années nous avons développé un programme de recherche basé sur une étroite collaboration entre les chercheurs de l’UMR 6236-CNRS et les médecins et chirurgiens des services de cardiologie et de chirurgie cardiaque. Cette thèse rapporte les résultats de cette recherche translationnelle sur la prise en charge des endocardites, synthèse de l’expérience clinique et fondamentale acquise par notre équipe. Nous avons démontré que la standardisation des processus de diagnostic et de décisions chirurgicales au sein d’une équipe multidisciplinaire permet de réduire la mortalité. Afin d’améliorer encore cette prise en charge, des innovations telles que l’utilisation de nouveaux marqueurs biologiques représente une approche importante. A partir d’une analyse du profil transcriptionnel propre à l’endocardite, nous avons pu identifier plusieurs gènes fortement impliqués dans la physiopathologie de la maladie. Ainsi, ces travaux montrent que la métalloproteinase-9 de la matrice extracellulaire, la S100A11 et l’aquaporine-9 constitueraient de nouveaux biomarqueurs pour le diagnostic et la prédiction des complications des endocardites. / Infective endocarditis is a serious disease affecting around 2000 patients in France and 17000 in the United-States. Despite therapeutic progress, in-hospital mortality remains high, around 20%. This is mainly the consequence of a too late diagnosis and insufficiencies in the risk stratification. In fact, novel perspectives on the management of endocarditis are emerging and offer a hope for decreasing the rate of residual deaths by accelerating the process of diagnosis and risk stratification, a reduction of delays of instauration of antimicrobial therapy, the rapid transfer of high-risk patients to specialised medio-surgical centres, the development of new surgical modalities, and close long-term follow-up.Since many years, we have developed, in our institution, a research program based on a close collaboration between the researchers of the UMR 6236-CNRS and the physicians and the surgeons of the Cardiology and Cardiac Surgery Departments. This thesis reports the results of this translational research on the management of endocarditis. We have demonstrated that the standardization of the diagnostic process and of the surgical indications reduces infective endocarditis-related mortality in infective endocarditis. To improve the management, innovations such as the use of new biomarkers represent a critical new approach for this disease. From a transcriptional based approach, we have identified several new genes strongly involved in the pathophysiology of infective endocarditis. Thus, our works shows that the matrix metalloproteinase-9, S100A11 and aquaporin-9 would be potential new biomarkers for the diagnosis and the prediction of complications during infective endocarditis.