Comment devrait être assurée, de façon efficiente, la protection des données à caractère personnel dans le domaine de la recherche scientifique ? Telle est la problématique de cette thèse. Question cruciale à l'heure où les traitements de données sont appelés à multiplier à l'avenir dans tous les domaines de recherche, et dont les finalités ne sont pas toujours clairement définies ni perçues. A cette question, l'application de la loi Informatique et Libertés, loi à vocation généraliste pour l'encadrement des traitements de données à caractère personnel, a laissé apparaître, dès son adoption, de nombreuses difficultés dans le domaine de la recherche scientifique. Diverses modifications et adaptations sont intervenues – 1986, 1994, 2004 – à l'aune desquelles, il fallait déterminer l'encadrement des traitements de données personnelles à des fins de recherche scientifique. De cette investigation, il résulte que la loi Informatique et Libertés pose les principes de base de la protection des données traitées dans le domaine de la recherche scientifique en prévoyant un encadrement a priori de la collecte des données et un suivi et un contrôle a posteriori de la mise en œuvre du traitement. L'encadrement a priori vise principalement à la garantie de la qualité scientifique des projets de recherches. Inhérent à la finalité scientifique du traitement des données, le suivi a posteriori tend, quant à lui, à garantir le respect de certaines règles comme la compatibilité des réutilisations des données, la présentation et l'utilisation des résultats de la recherche dans des conditions ne devant pas porter atteinte aux personnes. Parce que ne pouvant pas relever de la seule intervention du responsable du traitement, le suivi a posteriori se complète d'un contrôle a posteriori opéré autant par la personne concernée, la CNIL, les juridictions. Dans le domaine de la recherche scientifique, ces différents contrôles pourraient opportunément se compléter par une intervention de la communauté des chercheurs en question. Il s'agit de l'autorégulation. En définitive, une protection efficiente des données à caractère personnel résultera d'un système de régulation à plusieurs niveaux et acteurs dont chacun doit effectivement utiliser les moyens d'action qui lui sont reconnus. / How should the protection of personal data in scientific research be efficiently ensured ? This is the main question of this dissertation. Important issue at a time personal data processing are to be increased in the future in all scientific research fields, but whose aims are neither clearly defined nor always clearly perceived. To this question, the enforcement of data protection act which is a general law for the management of personal data processing has shown, since its adoption, many problems in scientific research. Many changes and adaptations have been made in 1986, 1994 and 2004, on the basis of which it was necessary to determine the management of personal data processing to scientific research purposes. This investigation reveals that data protection act lays the basic principles of the protection of personal data processed in scientific research by forecasting an a priori data gathering, a follow-up and an a posteriori control of the data processing implementation. The a priori management mainly aims at guaranteeing the scientific quality of research projects. As for the a posteriori follow-up which is inherent in scientific aim of data processing, its objective is to guarantee the enforcement of some rules such as the accountancy of data reuse, the presentation and the use of the research results in conditions that should not be harmful to people. As it cannot depend on the sole intervention of the responsible for the processing, the a posteriori follow-up is completed by an a posteriori control carried out by the affected person as well as the CNIL and the courts. In scientific research, these different controls could opportunely complement one another by an intervention of the community of researchers in question. This is self regulation. At the end, an efficient protection of personal data will result from a multiple step regulation system in which participants and everyone must actually use the means of actions which are acknowledged to them.