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Regulation of protein turnover in fission yeast

Schmidt, Michael. January 2008 (has links)
Stuttgart, Univ., Diss., 2008.
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Proteomanalyse neuronaler Stammzellen

Maurer, Martin Henrik. January 2005 (has links)
Heidelberg, Univ., Habil.-Schr., 2005.
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Methodenoptimierung für die automatisierte Proteinidentifikation

Bender, Björn Heiko January 2009 (has links)
Zugl.: Giessen, Univ., Diss., 2009
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Differentielle Proteomanalyse porciner Hirnkapillarendothelzellen

Raab, Armin. January 2003 (has links)
Darmstadt, Techn. Univ., Diss., 2003. / Dateien im PDF-Format
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Proteomanalyse der Blut-Hirn-Schranke

Märten, Stefan. Unknown Date (has links)
Techn. Universiẗat, Diss., 2004--Darmstadt.
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Transkriptom- und proteomanalytische Charakterisierung der Small-colony-Variante von Staphylococcus aureus

Müller, Daniel. Unknown Date (has links) (PDF)
Universiẗat, Diss., 2004--Bonn. / Erscheinungsjahr an der Haupttitelstelle: 2003.
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Weiterentwicklung der Intramertechnologie zur Charakterisierung von Cytohesin-2 als neuen Effektor der MAP-Kaskade in HeLa-Zellen

Theis, Mirko G. Unknown Date (has links) (PDF)
Universiẗat, Diss., 2004--Bonn.
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Identifizierung und Analyse von Proteininteraktionen bei zwei Mitgliedern der MAGUK-p55-Subfamilie, MPP4 und MPP5 / Identification and analysis of protein interactions of two members of the MAGUK p55 subfamily, MPP4 and MPP5

Förster, Johanna R. January 2009 (has links) (PDF)
Gegenstand der vorliegenden Untersuchungen waren das retinaspezifische palmitoylierte Membranprotein 4 (engl. membrane palmitoylated protein 4, MPP4) und das ubiquitär exprimierte MPP5, die beide zur großen Familie der Membran-assoziierten Guanylatkinasen (engl. membrane-associated guanylate kinases, MAGUKs) gehören. Beide Proteine haben wichtige organisatorische Funktionen als Adapterproteine in der Netzhaut. MPP4 ist am Aufbau von präsynaptischen Proteinkomplexen in den Photorezeptor-Ribbonsynapsen beteiligt. Ein Fehlen von MPP4 in Mäusen führt zum Verlust von einigen präsynaptischen Proteinen von der Ribbonsynapse, was eine wichtige Rolle von MPP4 für die Organisation dieses Komplexes indiziert. Um neue Komponenten dieses Multiproteinkomplexes zu identifizieren, wurde in der vorliegenden Arbeit ein proteomischer Ansatz etabliert. Dazu wurde der MPP4-assoziierte Proteinkomplex aus Proteinextrakten der bovinen Retina durch Immunaffinitätschromatographie isoliert, mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese aufgetrennt und resultierende Protein-spots massenspektrometrisch analysiert. Diese Untersuchungen identifizierten 18 kopräzipitierte Proteine. Darunter waren der bekannte Interaktionspartner Veli3 und das MAGUK-Protein PSD95. Für letzteres konnte gezeigt werden, dass speziell die β-Isoform von PSD95 mit MPP4 über die N-terminalen L27-Domänen heterodimerisiert. Daneben konnte die Assoziation von MPP4 mit Hsc70 und Recoverin durch unabhängige Bindungs-assays verifiziert werden, wobei diese Interaktionen indirekt waren und möglicherweise von retinaspezifischen Proteinen vermittelt werden. Diese Ergebnisse unterstützen die herausragende Rolle von MPP4 als Gerüstprotein für die Organisation eines Proteinkomplexes der Photorezeptorsynapse, der an der Regulierung der Ca2+-Homöostase in den präsynaptischen Enden, sowie vermutlich auch an der Exozytose der synaptischen Vesikel beteiligt ist. Die übrigen kopräzipitierten Proteine waren Bestandteile des Zytoskeletts und verschiedener Signalwege und wahrscheinlich unspezifische Kontaminanten. Das MPP5-Protein ist Teil eines evolutionär konservierten Proteinkomplexes, der für die Entstehung und Aufrechterhaltung der apikobasalen Polarität in Epithelzellen eine wichtige Rolle spielt und in der Netzhaut für die speziellen Zellverbindungen zwischen Müller-Gliazellen und Photorezeptoren in der externen limitierenden Membran essentiell ist. Mutationen, die zu Störungen in der Funktion dieses Proteinkomplexes führen, verursachen retinale Defekte bei Mensch (z.B. Retinitis Pigmentosa, Lebersche kongenitale Amaurose), Maus, Zebrafisch und Fruchtfliege. Die PDZ-Domäne von MPP5 bindet an den C-Terminus der CRB-Proteine. In der vorliegenden Arbeit wurde die Auswirkung einer Punktmutation in der PDZ-Domäne von MPP5 (V301N), funktionell untersucht. Diese hat im Zebrafisch eine fehlende Photorezeptoradhäsion und die Zerstörung der retinalen Architektur zur Folge. Es wurde gezeigt, dass die V301N-Mutation die Interaktion zwischen MPP5 und den drei CRB-Isoformen verhindert. Außerdem führt sie zu einer Fehllokalisierung von heterolog exprimiertem MPP5V301N in MDCK-Zellen, die zudem einen erhöhten transepithelialen Widerstand aufweisen. Über quantitative real-time PCR wurde in diesen Zellen eine verminderte Genexpression von Untereinheiten des apikalen epithelialen Natriumkanals ENaC und der basolateralen Na+/K+-ATPase festgestellt, was die Ursache für einen verminderten Ionenfluss durch die Zellschicht darstellen könnte. Somit übt heterolog exprimiertes MPP5V301N in MDCK-Zellen einen dominanten Effekt aus, der möglicherweise über einen Einfluss auf die Genregulation bestimmter Proteine vermittelt wird. Zur Untersuchung welche Auswirkungen die MPP5V301N-Mutation in vivo hat, wurde eine MPP5V301N-knock-in-Mauslinie generiert. Die bisherige Charakterisierung der Mäuse zeigte bei heterozygoten Tieren keinen äußerlich erkennbaren Phänotyp, wohingegen homozygote Mäuse nicht lebensfähig waren. Vermutlich führt das Vorkommen beider mutanter Allele in frühen embryonalen Stadien zum Abstoßen der Embryos. Das Mausmodell bietet die Basis für weitere Untersuchungen über die molekularen Konsequenzen einer Expression von MPP5V301N in der Netzhaut und anderen Geweben und wird Beiträge zur Aufklärung von Entstehungsmechanismen CRB1-MPP5-assoziierter Netzhauterkrankungen liefern. / The objects of the present study were the retina specific membrane palmitoylated protein 4 (MPP4) and the ubiquitous expressed MPP5 protein which belong to the large family of the membrane-associated guanylate kinase homologs (MAGUKs). Both proteins have important organizational functions as adaptor proteins in the retina. MPP4 is involved in the assembly of presynaptic protein complexes in the photoreceptor synapses. The absence of MPP4 in mice leads to the loss of several presynaptic proteins from the ribbon synapse indicating an important role for MPP4 in organizing this complex. This work was aimed to identify new components of this multiprotein complex by establishing a proteomic approach. More precisely, the MPP4-associated protein complex was isolated with immunoaffinity chromatography from bovine retinal protein extracts followed by two-dimensional electrophoresis and analysis of the resulting protein spots by mass spectrometry. This analysis identified 18 co-precipitated proteins. Among these molecules the known interacting partner Veli3 and the MAGUK protein PSD95 were detected. For the latter, a selective association between MPP4 and the PSD95-β isoform was demonstrated showing specific heterodimerization of their N-terminal L27 domains. Additionally independent binding assays verified the association of MPP4 with recoverin and Hsc70. These interactions seem to be indirect and are presumably mediated by retina specific proteins in vivo. In summary, these findings support a protruding role for MPP4 as scaffolding protein for the organization of a protein complex of the photoreceptor synapses, which is involved in the regulation of Ca2+ homeostasis within the presynaptic terminals and eventually plays a role in synaptic vesicle exocytosis. The remaining co-precipitated proteins represented cytoskeletal constituents and components of different pathways and were probably unspecific contaminants. The MPP5 protein, a member of the evolutionarily conserved CRB protein complex, plays an important role in establishing and maintaining the apicobasal polarity of epithelial cells. Furthermore, this complex is essential for specific cell junctions between Müller glia cells and photoreceptors in the outer limiting membrane of the retina. Mutations that disrupt the function of this protein complex were reported to cause retinal defects in human (e.g. retinitis pigmentosa, Leber’s congenital amaurosis), mouse, zebrafish and fruit fly. The PDZ domain of MPP5 binds to the C-terminus of the CRB proteins. The present study aimed to analyze the consequences of a point mutation within the PDZ domain of MPP5 (V301N). In zebrafish, this mutation resulted in the loss of photoreceptor adhesion and in the disruption of retinal layers. It was demonstrated that the V301N mutation prevents the interaction between MPP5 and the three CRB isoforms. Additionally, heterologously expressed MPP5V301N mislocalizes in MDCK cells which furthermore develop an increased transepithelial resistance. Quantitative real-time PCR revealed decreased gene expression levels for subunits of the apical epithelial sodium channel (ENaC) and the basolateral Na+/K+-ATPase, supposedly causing the reduced ion movement through the cell layer. Thus, heterologously expressed MPP5V301N apparently has a dominant effect in MDCK cells which might be mediated by an influence on the gene expression of other yet unknown proteins. To further elucidate the MPP5V301N mutation in vivo, a knock in mouse line was generated. So far the characterization of these mice revealed no apparent phenotype for heterozygous animals, whereas homozygous mice were not viable. The presence of both mutant alleles presumably results in a rejection at early embryonic stages. The mouse model provides the basis to further analyze molecular consequences of MPP5V301N expression in the retina and other tissues and will contribute to enlighten the development of CRB1-MPP5-associated retinal diseases.
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Identification of proteins controlling gastrulation movements by a proteomic approach in zebrafish

Link, Vinzenz 20 March 2006 (has links) (PDF)
During vertebrate gastrulation, a well-orchestrated series of cell movements leads to the formation of the three germ layers: ectoderm, mesoderm and endoderm. In zebrafish, a model organism for vertebrate development, the mesendodermal progenitor cells separate from the ectodermal cells and migrate towards the animal pole. To identify proteins controlling these processes, I used a comparative proteomic approach following two alternative strategies: (1) Based on the notion that Wnt11 regulates cell movement and morphology during gastrulation independent of transcriptional regulation, I performed a screen aimed at the identification of proteins phosphorylated upon Wnt11 signalling. To regulate Wnt11 expression tightly, I engineered a transgenic slb/wnt11-/- fish line expressing wnt11 under the control of a heat shock promoter. Using this line, I performed a quantitative comparison of protein phosphorylation with or without Wnt11 pathway activation by analysing 32P-labelled embryo extracts on 2D gels. (2) Since these experiments did not reveal any Wnt11 targets, I addressed, in the second approach, proteomic differences causal for the changes in cell adhesion and motility observed in mesendodermal cells upon involution. Quantitative 2D gel analysis comparing ectodermal and mesendodermal cells revealed 37 significantly regulated spots, 36 of which I identified by mass spectrometry. Interestingly, the majority of these proteins were not regulated on a transcriptional level as determined by an accompanying microarray analysis confirming the complementary nature of proteomics and transcriptomics. Among the identified targets, several proteins, including Ezrin2, had previously been assigned a cytoskeleton-related function. I characterised Ezrin2 in more detail showing that Ezrin2 is specifically activated by phosphorylation in mesendodermal cells and that it is required for proper gastrulation movements. In the course of this study, I developed techniques for proteomic analysis of early zebrafish embryos, including a protocol to remove the yolk. I identified several cytoskeleton-related proteins in a comparative proteomic screen for regulators of gastrulation movements. The subsequent characterisation of Ezrin2 confirmed the power of proteomics for the analysis of developmental processes. In conclusion, this work provides a foundation to study developmental and cell biological questions in early zebrafish embryos using proteomics.
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Reaktionen einer Weizen-Wildkraut Gemeinschaft auf erhöhtes CO 2 im FACE Experiment Proteomik, Physiologie und Bestandesentwicklung /

Weber, Simone. January 2006 (has links)
Hohenheim, Univ., Diss., 2006.

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