La question de la biodiversité apparue au premier plan des préoccupations environnementales au même titre que le changement climatique a fait l'objet au niveau mondial d'une volumineuse littérature et de nombreux rapports alarmistes. Selon que l'on regarde la question du point de vue des sciences de la vie ou des sciences sociales on dispose de vues complémentaires mais aussi contradictoires. On envisage la question de la biodiversité en particulier méditerranéenne sous l'angle de sa gestion territoriale axée sur l'étude comparative de plusieurs cas localisés au sein d'espaces marqués par d'intenses interactions hommes-milieux où la prise en compte de cet enjeu est questionnée dans un contexte décisionnel conflictuel. Cette thèse porte sur le management territorial et sur l'approche de la biodiversité qui ressort des pratiques en rapport de l'état de la biodiversité, des phénomènes qui la menacent. On confronte ce savoir avec les pratiques managériales quand celles-ci sont contraintes par des événements conflictuels révélant les valeurs de multiples parties prenantes. On en déduit trois modèles de relations « Homme-Nature » et les implications de régulation qui en découlent et on fait ressortir les paradoxes des politiques publiques orientées sur la biodiversité. On montre alors le caractère déterminant de ces modèles, explicites et implicites, mobilisés par les décideurs aux niveaux individuel et institutionnel. On apporte ainsi un éclairage à la faiblesse de l'institutionnalisation de l'enjeu de la biodiversité, balbutiante. Ceci nous amène à fournir des recommandations pour une intégration de cet enjeu dans les pratiques managériales tant publiques que privées / The issue of biodiversity has been at the forefront of environmental concerns in the same way as climate change, and has been the subject of a voluminous literature and numerous alarmist reports worldwide. Depending on whether one looks at the question from the point of view of the life sciences or the social sciences one has complementary but also contradictory views. The issue of biodiversity, particularly in the Mediterranean, is considered from the angle of its territorial management, which focuses on the comparative study of several localized cases in areas marked by intense interactions between men and the environment, where the consideration for this issue is questioned in a conflictual decision-making context. This thesis deals with territorial management and the approach to biodiversity that emerges from practices related to the state of biodiversity, the phenomena that threaten it. This knowledge is confronted with managerial practices when they are constrained by conflicting events revealing the values of multiple stakeholders. We deduce three models of « Man-Nature » relationships and the regulatory implications that arise from them, and we highlight the paradoxes of public policies oriented towards biodiversity. We then show the determinative nature of these explicit and implicit models, mobilized by decision makers at the individual and institutional levels. This brings to light the weakness of the institutionalization of the issue of biodiversity, stammering. This leads us to provide recommendations for the integration of this issue into managerial practices, both public and private