The aim of this study was to evaluate the National Neonatal Screening Program in Sergipe State in Brazil Northeastern (PNTN/SE) for phenylketonuria (PKU). It was performed a cross-sectional study. Variables assessed were: phenylalanine blood concentrations at filter paper collected from the heel of 43.449 children (PKUneo); blood phenylalanine concentrations obtained by venipuncture in the children with abnormal PKUneo; children s age in the different program phases from January 2007 to June 2008; and the coverage in 2007. The suspected children were selected when PKUneo were above the cut-off level of 5 mg/dL. Furthermore, these children were classified by the venous concentration of phenylalanine in according to the literature, thereby obtaining the prevalence of hyperphenylalaninemy (HPA) and phenylketonuria from January 2007 to June 2008. The cases diagnosed before 2007 were not analysed. Finally, we verified the venous concentrations of phenylalanine at those children on dietetic treatment for the disease as much as the amount of phenylalanine present on their diet. The children s age at PKUneo collection was 107 days (MDP), the age when the assay was done was 2813 days and at the venous collection in the diagnosis confirmation was 5317 days. Twelve children were called based on the PKUneo cut-off. From these, the concentrations of phenylalanine collected by venipuncture were normal in five children, one child was classified as hyperphenylalaninemy and five as PKU with the prevalence of 1/43449 and 1/8690, respectively. The treatment for PKU began with 5112 days. The coverage of PNTN/SE/2007 was 78.93%, besides, 11% of the Sergipe´s children that have private health care. In conclusion, PNTN/SE presented satisfactory coverage, PKU and hyperphenylalaninemy prevalences compatible with the literature and adequate cut-off. On the other hand, the collection of PKUneo is late and the onset of treatment is delayed. / O objetivo deste trabalho foi avaliar o Programa Nacional de Triagem Neonatal no Estado de Sergipe no Nordeste do Brasil (PNTN/SE) para a fenilcetonúria (PKU). Foi realizado um estudo transversal. As variáveis estudadas foram: concentrações de fenilalanina no sangue coletado em papel-filtro do calcanhar de 43.449 crianças (PKUneo); concentrações de fenilalanina no sangue coletado por punção venosa realizada nas crianças convocadas após resultado de PKUneo alterado; idade das crianças nas diferentes fases do PNTN/SE, no período entre janeiro de 2007 a junho de 2008, e a cobertura do programa no ano de 2007. As crianças suspeitas foram selecionadas quando apresentavam concentrações de PKUneo acima do ponto de corte de 5 mg/dL. Além disso, classificamos estas crianças segundo as concentrações venosas de fenilalanina de acordo com a literatura, calculando, assim, a prevalência de PKU e da hiperfenilalaninemia (HPA) no período de janeiro de 2007 a junho de 2008, não utilizando os casos diagnosticados antes de janeiro de 2007 e depois de junho de 2008. Por fim, foram acompanhadas as concentrações venosas de fenilalanina das crianças classificadas como fenilcetonúricas e hiperfenilalaninêmicas em tratamento dietético, assim como a quantidade de fenilalanina ingerida na alimentação. A idade das crianças, na coleta do PKUneo, foi de 107 dias (MDP), na realização do ensaio foi de 2813 dias e na coleta para confirmação do diagnóstico foi de 5317 dias. Foram convocadas doze crianças após resultado de PKUneo alterado, das quais cinco tiveram concentrações venosas normais de fenilalanina, uma foi classificada como hiperfenilalaninêmica e cinco como fenilcetonúricas com prevalência de 1/43449 e 1/8690, respectivamente. A terapia nas cinco crianças com PKU foi iniciada com 5112 dias. A cobertura do PNTN/SE em 2007 foi de 79%, não sendo considerados nesse resultado os 11% da população coberta por planos privados de saúde. Deste modo, o PNTN/SE apresentou no período estudado cobertura satisfatória, prevalências de PKU e HPA compatíveis com àquelas encontradas na literatura e ponto de corte adequado. Em contrapartida, a coleta do PKUneo é tardia e o início do tratamento é demorado.