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Statistical modelling of data from insect studies / Modelagem estatística de dados provenientes de estudos em entomologia

Rafael de Andrade Moral 19 December 2017 (has links)
Data from insect studies may present different features. Univariate responses may be analyzed using generalized linear models (continuous and discrete data), survival models (time until event data), mixed effects models (longitudinal data), among other methods. These models may be used to analyse data from experiments which assess complex ecological processes, such as competition and predation. In that sense, computational tools are useful for researchers in several fields, e.g., insect biology and physiology, applied ecology and biological control. Using different datasets from entomology as motivation, as well as other types of datasets for illustration purposes, this work intended to develop new modelling frameworks and goodness-of-fit assessment tools. We propose accelerated failure rate mixed models with simultaneous location and scale modelling with regressors to analyse time-until-attack data from a choice test experiment. We use the exponential, Weibull and exponentiated-Weibull models, and assess goodness-of-fit using half-normal plots with simulation envelopes. These plots are the subject of an entire Chapter on an R package, called hnp, developed to implement them. We use datasets from different types of experiments to illustrate the use of these plots and the package. A bivariate extension to the N-mixture modelling framework is proposed to analyse longitudinal count data for two species from the same food web that may interact directly or indirectly, and example datasets from ecological studies are used. An advantage of this modelling framework is the computation of an asymmetric correlation coefficient, which may be used by ecologists to study the degree of association between species. The jointNmix R package was also developed to implement the estimation process for these models. Finally, we propose a goodness-of-fit assessment tool for bivariate models, analogous to the half-normal plot with a simulation envelope, and illustrate the approach with simulated data and insect competition data. This tool is also implemented in an R package, called bivrp. All software developed in this thesis is made available freely on the Comprehensive R Archive Network. / Dados provenientes de estudos com insetos podem apresentar características diferentes. Respostas univariadas podem ser analisadas utilizando-se modelos lineares generalizados (dados contínuos e discretos), modelos de análise de sobrevivência (dados de tempo até ocorrência de um evento), modelos de efeitos mistos (dados longitudinais), dentre outros métodos. Esses modelos podem ser usados para analisar dados provenientes de experimentos que avaliam processos ecológicos complexos, como competição e predação. Nesse sentido, ferramentas computacionais são úteis para pesquisadores em diversos campos, por exemplo, biologia e fisiologia de insetos, ecologia aplicada e controle biológico. Utilizando diferentes conjuntos de dados entomológicos como motivação, assim como outros tipos de dados para ilustrar os métodos, este trabalho teve como objetivos desenvolver novos modelos e ferramentas para avaliar a qualidade do ajuste. Foram propostos modelos de tempo de vida acelerado mistos, com modelagem simultânea dos parâmetros de locação e de escala com regressores, para analisar dados de tempo até ataque de um experimento que avaliou escolha de predadores. Foram utilizados modelos exponencial, Weibull e Weibull-exponenciado, e a qualidade do ajuste foi avaliada utilizando gráficos meio-normais com envelope de simulação. Esses gráficos são o assunto de um Capítulo inteiro sobre um pacote para o software R, chamado hnp, desenvolvido para implementá-los. Foram utilizados conjuntos de dados de diferentes tipos de experimentos para ilustrar o uso desses gráficos e do pacote. Uma extensão bivariada para os modelos chamados \"N-mixture\" foi proposta para analisar dados longitudinais de contagem para duas espécies pertencentes à mesma teia trófica, que podem interagir direta e indiretamente, e conjuntos de dados provenientes de estudos ecológicos são usados para ilustrar a abordagem. Uma vantagem dessa estratégica de modelagem é a obtenção de um coeficiente de correlação assimétrico, que pode ser utilizado por ecologistas para inferir acerca do grau de associação entre espécies. O pacote jointNmix foi desenvolvido para implemetar o processo de estimação para esses modelos. Finalmente, foi proposta uma ferramenta de avaliação de qualidade do ajuste para modelos bivariados, análoga ao gráfico meio-normal com envelope de simulação, e a metodologia _e ilustrada com dados simulados e dados de competição de insetos. Essa ferramenta está também implementada em um pacote para o R, chamado bivrp. Todo o software desenvolvido nesta tese está disponível, gratuitamente, na Comprehensive R Archive Network (CRAN).
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Análise do impacto de perturbações sobre medidas de qualidade de ajuste para modelos de equações estruturais / Analysis of the impact of disturbances over the measures of goodness of fit for structural equation models

Renata Trevisan Brunelli 11 May 2012 (has links)
A Modelagem de Equações Estruturais (SEM, do inglês Structural Equation Modeling) é uma metodologia multivariada que permite estudar relações de causa/efeito e correlação entre um conjunto de variáveis (podendo ser elas observadas ou latentes), simultaneamente. A técnica vem se difundindo cada vez mais nos últimos anos, em diferentes áreas do conhecimento. Uma de suas principais aplicações é na conrmação de modelos teóricos propostos pelo pesquisador (Análise Fatorial Conrmatória). Existem diversas medidas sugeridas pela literatura que servem para avaliar o quão bom está o ajuste de um modelo de SEM. Entretanto, é escassa a quantidade de trabalhos na literatura que listem relações entre os valores de diferentes medidas com possíveis problemas na amostra e na especicação do modelo, isto é, informações a respeito de que possíveis problemas desta natureza impactam quais medidas (e quais não), e de que maneira. Tal informação é importante porque permite entender os motivos pelos quais um modelo pode estar sendo considerado mal-ajustado. O objetivo deste trabalho é investigar como diferentes perturbações na amostragem, especicação e estimação de um modelo de SEM podem impactar as medidas de qualidade de ajuste; e, além disso, entender se o tamanho da amostra influencia esta resposta. Simultaneamente, também se avalia como tais perturbações afetam as estimativas, dado que há casos de perturbações em que os parâmetros continuam sendo bem ajustados, mesmo com algumas medidas indicando um mau ajuste; ao mesmo tempo, há ocasiões em que se indica um bom ajuste, enquanto que os parâmetros são estimados de forma distorcida. Tais investigações serão realizadas a partir de simulações de exemplos de amostras de diferentes tamanhos para cada tipo de perturbação. Então, diferentes especicações de modelos de SEM serão aplicados a estas amostras, e seus parâmetros serão estimados por dois métodos diferentes: Mínimos Quadrados Generalizados e Máxima Verossimilhança. Conhecendo tais resultados, um pesquisador que queira aplicar a técnica de SEM poderá se precaver e, dentre as medidas de qualidade de ajuste disponíveis, optar pelas que mais se adequem às características de seu estudo. / The Structural Equation Modeling (SEM) is a multivariate methodology that allows the study of cause-and-efect relationships and correlation of a set of variables (that may be observed or latent ones), simultaneously. The technique has become more diuse in the last years, in different fields of knowledge. One of its main applications is on the confirmation of theoretical models proposed by the researcher (Confirmatory Factorial Analysis). There are several measures suggested by literature to measure the goodness of t of a SEM model. However, there is a scarce number of texts that list relationships between the values of different of those measures with possible problems that may occur on the sample or the specication of the SEM model, like information concerning what problems of this nature impact which measures (and which not), and how does the impact occur. This information is important because it allows the understanding of the reasons why a model could be considered bad fitted. The objective of this work is to investigate how different disturbances of the sample, the model specification and the estimation of a SEM model are able to impact the measures of goodness of fit; additionally, to understand if the sample size has influence over this impact. It will also be investigated if those disturbances affect the estimates of the parameters, given the fact that there are disturbances for which occurrence some of the measures indicate badness of fit but the parameters are not affected; at the same time, that are occasions on which the measures indicate a good fit and there are disturbances on the estimates of the parameters. Those investigations will be made simulating examples of different size samples for which type of disturbance. Then, SEM models with different specifications will be fitted to each sample, and their parameters will be estimated by two dierent methods: Generalized Least Squares and Maximum Likelihood. Given those answers, a researcher that wants to apply the SEM methodology to his work will be able to be more careful and, among the available measures of goodness of fit, to chose those that are more adequate to the characteristics of his study.
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Análise do impacto de perturbações sobre medidas de qualidade de ajuste para modelos de equações estruturais / Analysis of the impact of disturbances over the measures of goodness of fit for structural equation models

Brunelli, Renata Trevisan 11 May 2012 (has links)
A Modelagem de Equações Estruturais (SEM, do inglês Structural Equation Modeling) é uma metodologia multivariada que permite estudar relações de causa/efeito e correlação entre um conjunto de variáveis (podendo ser elas observadas ou latentes), simultaneamente. A técnica vem se difundindo cada vez mais nos últimos anos, em diferentes áreas do conhecimento. Uma de suas principais aplicações é na conrmação de modelos teóricos propostos pelo pesquisador (Análise Fatorial Conrmatória). Existem diversas medidas sugeridas pela literatura que servem para avaliar o quão bom está o ajuste de um modelo de SEM. Entretanto, é escassa a quantidade de trabalhos na literatura que listem relações entre os valores de diferentes medidas com possíveis problemas na amostra e na especicação do modelo, isto é, informações a respeito de que possíveis problemas desta natureza impactam quais medidas (e quais não), e de que maneira. Tal informação é importante porque permite entender os motivos pelos quais um modelo pode estar sendo considerado mal-ajustado. O objetivo deste trabalho é investigar como diferentes perturbações na amostragem, especicação e estimação de um modelo de SEM podem impactar as medidas de qualidade de ajuste; e, além disso, entender se o tamanho da amostra influencia esta resposta. Simultaneamente, também se avalia como tais perturbações afetam as estimativas, dado que há casos de perturbações em que os parâmetros continuam sendo bem ajustados, mesmo com algumas medidas indicando um mau ajuste; ao mesmo tempo, há ocasiões em que se indica um bom ajuste, enquanto que os parâmetros são estimados de forma distorcida. Tais investigações serão realizadas a partir de simulações de exemplos de amostras de diferentes tamanhos para cada tipo de perturbação. Então, diferentes especicações de modelos de SEM serão aplicados a estas amostras, e seus parâmetros serão estimados por dois métodos diferentes: Mínimos Quadrados Generalizados e Máxima Verossimilhança. Conhecendo tais resultados, um pesquisador que queira aplicar a técnica de SEM poderá se precaver e, dentre as medidas de qualidade de ajuste disponíveis, optar pelas que mais se adequem às características de seu estudo. / The Structural Equation Modeling (SEM) is a multivariate methodology that allows the study of cause-and-efect relationships and correlation of a set of variables (that may be observed or latent ones), simultaneously. The technique has become more diuse in the last years, in different fields of knowledge. One of its main applications is on the confirmation of theoretical models proposed by the researcher (Confirmatory Factorial Analysis). There are several measures suggested by literature to measure the goodness of t of a SEM model. However, there is a scarce number of texts that list relationships between the values of different of those measures with possible problems that may occur on the sample or the specication of the SEM model, like information concerning what problems of this nature impact which measures (and which not), and how does the impact occur. This information is important because it allows the understanding of the reasons why a model could be considered bad fitted. The objective of this work is to investigate how different disturbances of the sample, the model specification and the estimation of a SEM model are able to impact the measures of goodness of fit; additionally, to understand if the sample size has influence over this impact. It will also be investigated if those disturbances affect the estimates of the parameters, given the fact that there are disturbances for which occurrence some of the measures indicate badness of fit but the parameters are not affected; at the same time, that are occasions on which the measures indicate a good fit and there are disturbances on the estimates of the parameters. Those investigations will be made simulating examples of different size samples for which type of disturbance. Then, SEM models with different specifications will be fitted to each sample, and their parameters will be estimated by two dierent methods: Generalized Least Squares and Maximum Likelihood. Given those answers, a researcher that wants to apply the SEM methodology to his work will be able to be more careful and, among the available measures of goodness of fit, to chose those that are more adequate to the characteristics of his study.

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