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Micro et nano structuration de matériaux : application aux laboratoires sur puce et à l’imagerie médicale / Micro and nano structuration of materials : application to Lab-On-Chips and CT-scan ImagingDe Ville, Magalie 20 October 2014 (has links)
La conception et la fabrication « à façon » de dispositifs microfluidiques requiert très souvent l’utilisation de multiples équipements coûteux en temps et en argent (lithographie notamment). Par ailleurs, l’achat auprès de fournisseurs industriels ne permet pas toujours l’obtention de structures pleinement adaptées aux besoins de l’utilisateur final, notamment dans le contexte médical, où un niveau minimal de biocompatibilité est souhaitable. La première partie de notre étude porte donc sur le développement d’une technique de création personnalisée, rapide et à moindre frais de réseaux microfluidiques à section circulaire, en polydimethylsiloxane. Par suite, la thématique « Lab On Chip » est naturellement liée au développement de techniques de détection. L’imagerie médicale par agents de contraste est l’une de ces voies de détection. Les agents de contraste les plus utilisés sont les produits iodés, qui ne permettent pas toujours l’obtention d’un contraste optimal sur les clichés scanner. L’injection de ces produits peut engendrer de graves complications chez des patients potentiellement allergiques, d’autant plus qu’ils se dispersent dans la totalité de l’organisme. Ainsi le développement de nouveaux produits de contraste plus efficients, et qui pourraient permettre un ciblage biologique plus localisé est un challenge d’actualité. Dans ce but, la synthèse de particules d’or de formes et de tailles variées a été réalisée. Ces particules ont été analysées par imagerie micro-scanner pour petit animal, afin d’optimiser d’une part les protocoles sur équipement réel, et d’autre part vérifier les possibilités de discrimination des différents types d’échantillons, ainsi que le bénéfice engendré comparativement à des échantillons d’agents de contraste iodés. / Conception and fabrication of microfluidic devices is frequently money and time consuming. Furthermore, sophisticated equipments and techniques are required (eg. lithography). Moreover, industrial manufacturers do not provide perfectly adapted devices. Their structures do not completely match with final needs of their users, especially in medicine context, where a minimal level of biocompatibility is desirable. The first part of this study is dedicated to the development of a customizable technique. This method will enable quick and low cost creation of microfluidic networks made of polydimethylsiloxane, with circular channel section. Then, this Lab-On-Chip thematic can be linked to the development of detection techniques. Medical imaging is one of those ways of detection. The most used contrast agents are the iodinated ones, but they do not always give a good enough contrast on the scanner images. Moreover, injection of those iodinated products can produce medical complications as a deadly allergy for some sensitive patients, as they disperse everywhere in the body. Thus, development of new and more efficient contrast agents, able to target more precisely specific zones in the human body is a challenge. To reach this aim, the synthesis of gold micro and nanoparticles with different sizes and shapes have been realised. These particles have been analyzed using a micro-scanner equipment. Those analyses have enabled on the one hand the protocols optimization onto real medical equipment, and on the other hand, they have permitted to verify the possibilities of discrimination of the samples between themselves and the benefit given by the gold particles onto the iodinated samples.
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Transformation of the education city (Doha-Qatar) into a smart city / Transformation de la ville de l'éducation (Doha - Qatar) en une ville intelligenteAl-Naemi, Abdallah 11 March 2019 (has links)
Ce travail de thèse a pour objectif d’établir une solution pour la transformation du campus de l’Education City (Doha, Qatar) en une ville intelligente. Ce campus est construit sur 14 km2 avec près de 80 bâtiments. Il comporte des infrastructures pour le transport, l’eau et l’énergie. La première partie du travail de thèse a comporté une synthèse bibliographique des travaux réalisés sur la transformation des sites existants (quartier, campus,..) en ville intelligente. Ce travail a permis de déterminer la méthodologie à suivre et les éléments permettant la transformation en ville intelligente. La seconde partie a comporté la collecte des données sur le campus et leur intégration dans un SIG. L’analyse de ces données a permis d’identifier les besoins et les défis des infrastructures et de leur gestion. La troisième partie a porté sur la transformation des services d’eau (potable, irrigation, assainissement, protection contre le feu, système de refroidissement) en système intelligent. La 4ème partie a porté sur la transformation du système électrique en un système intelligent. / The aim of the thesis work is to establish a solution for the transformation of the Education City campus (Doha, Qatar) into a smart city. This campus is built on 14 km2with nearly 80 buildings. It includes infrastructures for transportation, water and energy. The first part of the thesis compiled a bibliographical summary of the work that done on the transformation of existing sites (neighborhood, campus, ..) into a smart city. This work allowed to determine the methodology to follow and the elements allowing the transformation into a smart city. The second part involved data collection about the Education City and integration in to a GIS system. Analysis of these data allowed to identify the needs and challenges of infrastructures and their management. The third part focused on the transformation of water services (drinking, irrigation, sanitation, fire protection, cooling system) into intelligent system. The last part concerned the transformation the electrical system into an intelligent system.
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Interconnexion et routage dans les systèmes pair à pairKtari, Salma 14 December 2009 (has links) (PDF)
Les systèmes pair-à-pair sont l'outil de choix pour réaliser un système informatique autonome tout en assurant sa haute disponibilité au coût relativement faible. Ces systèmes sont toutefois complexes à concevoir et posent divers problèmes liés à la gestion de l'espace virtuel (overlay) crée. Nous nous concentrons principalement sur deux aspects de ces environnements : l'organisation des noeuds dans l'overlay dynamique et l'organisation des données dans ce dernier. Concernant l'organisation des noeuds dans l'overlay, nous proposons Power DHT, une nouvelle structure d'interconnexion et de routage. Partant de l'hétérogénéité observée dans les tables de hachage (DHTs) déployées, nous transformons dynamiquement la DHT vers une structure décentralisée, exhibant les propriétés d'un graphe sans échelle (distribution des degrés, faible diamètre). Nous exploitons les propriétés de cette nouvelle structure et implémentons à la fois le routage KBR (Key Based Routing), offrant un diamètre plus court à un coût de signalisation moindre, et le support de la diffusion efficace, réalisant ainsi des recherches floues. Quant à l'organisation des données dans l'espace virtuel, nous employons la réplication pour améliorer la disponibilité et l'accessibilité des objets de l'overlay potentiellement instable. Nous avons implémenté et évalué différentes méthodes de réplication. Nous choisissons d'intégrer à notre structure la réplication symétrique. A partir de ces résultats, nous avons conçu un mécanisme d'inondation efficace pour les systèmes P2P structurés. Ce mécanisme, évalué sur notre plate-forme, exploite la structure de la DHT et les propriétés de la réplication symétrique pour permettre les recherches floues dans les DHTs, tout en limitant le coût de signalisation.
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Techniques adpatatives et classification des canaux a antennes multiplesKharrat, Fatma 20 October 2006 (has links) (PDF)
Ce mémoire se focalise sur les systèmes de communication sans fil ayant plusieurs antennes en réception et en émission. D'abord, on étudie les performances de ces systèmes en se basant sur un schéma de multiplexage spatial en transmission et sur un détecteur ML en réception. On en déduit une bonne approximation de la probabilité d'erreur conditionnelle pour un canal quasi statique. Cette approximation est obtenue dans le cas où différentes modulations seraient appliquées sur les antennes de transmission et pour toute configuration de canal MIMO. Ensuite, on met en avant des techniques adaptatives pour les systèmes MIMO : modulation adaptative et sélection d'antennes. La première adapte les modulations en émission en fonction des conditions radio afin de maximiser l'efficacité spectrale tout en respectant une contrainte sur la probabilité d'erreur. Alors que la deuxième, sélectionne un sous ensemble d'antennes actives pour optimiser le critère de sélection (par exemple : maximiser la capacité, etc.) étant donnée une estimation de canal. Les deux techniques adaptatives ont besoin d'une métrique pour évaluer les performances du système MIMO. On propose donc un nouveau schéma de modulation adaptative et un nouvel algorithme de sélection d'antennes où l'approximation de la probabilité d'erreur obtenue précédemment est utilisée comme métrique. Finalement, on considère la quantification des canaux MIMO. Cette quantification, dans notre terminologie classification, permet de faire une partition de l'ensemble des canaux MIMO en des classes différentes, où chaque classe est identifiée par un représentant. Cette méthode peut être utilisée pour les techniques adaptatives afin de trouver le meilleur jeu de paramètre. Dans ce chapitre, on décrit l'algorithme de classification et on illustre son application pour les systèmes MIMO à boucle fermée comme le " beamforming ".
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Etude bioinformatique du réseau d'interactions entre protéines de transport chez les FungiBrohée, Sylvain 10 November 2008 (has links)
Les protéines associées aux membranes sont d'une importance cruciale pour la cellule. Cependant, en raison d'une plus grande difficulté de manipulation, les données biochimiques les concernant sont très lacunaires, notamment au point de vue de la formation de complexes entre ces protéines.
L'objectif global de notre travail consiste à combler ces lacunes et à préciser les interactions entre protéines membranaires chez la levure Saccharomyces cerevisiae et plus précisément, entre les transporteurs. Nous avons commencé notre travail par l'étude d'un jeu de données d'interactions à grande échelle entre toutes les perméases détectées par une méthode de double hybride spécialement adaptée aux protéines insolubles (split ubiquitin). Premièrement, la qualité des données a été estimée en étudiant le comportement global des données et des témoins négatifs et positifs. Les données ont ensuite été standardisées et filtrées de façon à ne conserver que les plus significatives. Ces interactions ont ensuite été étudiées en les modélisant dans un réseau d'interactions que nous avons étudié par des techniques issues de la théorie des graphes. Après une évaluation systématique de différentes méthodes de clustering, nous avons notamment recherché au sein du réseau des groupes de protéines densément interconnectées et de fonctions similaires qui correspondraient éventuellement à des complexes protéiques. Les résultats révélés par l'étude du réseau expérimental se sont révélés assez décevants. En effet, même si nous avons pu retrouver certaines interactions déjà décrites, un bon nombre des interactions filtrées semblait n'avoir aucune réalité biologique et nous n'avons pu retrouver que très peu de modules de protéines de fonction semblable hautement inter-connectées. Parmi ceux-ci, il est apparu que les transporteurs d'acides aminés semblaient interagir entre eux.
L'approche expérimentale n'ayant eu que peu de succès, nous l'avons contournée en utilisant des méthodes de génomique comparative d'inférence d'interactions fonctionnelles. Dans un premier temps, malgré une évaluation rigoureuse, l'étude des profils phylogénétiques (la prédiction d'interactions fonctionnelles en étudiant la corrééélation des profils de présence - absence des gènes dans un ensemble de génomes), n'a produit que des résultats mitigés car les perméases semblent très peu conservées dès lors que l'on considère d'autres organismes que les extit{Fungi}.
Afin d'étudier la régulation des perméases, nous avons ensuite développé et appliqué une nouvelle méthode qui permet d'inférer un réseau de co-régulation génétique sur base de la similarité des empreintes phylogénétiques découvertes dans tous les gènes de levure. Cette méthode, qui n'utilise que les séquences génomiques pour l'inférence du réseau, a donné de très bons résultats, validés extit{in silico} et expérimentalement et son application à l'ensemble des perméases a permis de retrouver plusieurs régulations bien connues, d'en inférer de nouvelles et de proposer de nouvelles pistes de recherche.
En parallèle à ce travail, nous avons développé et rendu accessible NeAT un ensemble d'outils informatique consacrés à l'analyse de réseaux biologiques.
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Dynamique dans un réseau optique conservatif / Dynamics in a conservative optical latticeDiaz Luque, Julia 23 July 2014 (has links)
Les réseaux optiques sont des structures créées par l'interférence de faisceaux lasers, qui permettent de piéger et d'ordonner les atomes froids. Ils sont devenus un système modèle pour divers domaines de la physique, car il est possible d'imiter d'autres systèmes en changeant la géométrie et les paramètres du réseau. Ces caractéristiques sont faciles à modifier expérimentalement, de sorte qu'il est possible d'obtenir des réseaux optiques conservatifs. Dans cette thèse, nous étudions la dynamique d'un atome piégé dans un réseau optique conservatif à 2D. Cette dynamique dépend des paramètres du réseau, et elle est souvent complexe. Cette thèse se situe donc à l'interface entre le domaine des atomes froids et celui de la dynamique non linéaire. L'étude de la dynamique dans le réseau optique nécessite d'abord un traitement dans la limite classique. Nous examinons premièrement les solutions des équations du mouvement obtenues par intégration numérique, pour les différentes configurations du système. Elles montrent une grande variété de régimes dynamiques possibles. Parmi ces régimes, on observe des phénomènes de synchronisation menant à un mouvement périodique accroché en fréquence. La synchronisation semble inhiber le chaos dans le système. Les principales solutions obtenues numériquement sont aussi étudiées analytiquement. Cette approche permet d'obtenir une description du mouvement pour les différents régimes dynamiques observés. Tous ces régimes sont faciles à reproduire expérimentalement et l'influence de la synchronisation sur l'apparition du chaos mérite d'être étudiée. D'autre part, cette analyse classique du système ouvre la voie à l'étude de sa limite quantique. / Optical lattices are structures created by the interference of laser beams, which make it possible to trap and arrange cold atoms. They have become a model system for several domains in physics, because it is possible to simulate other systems by changing the lattice geometry and its parameters. These characteristics are easy to modify experimentally. In particular, it is possible to obtain conservative optical lattices. In this thesis, we study the dynamics of an atom trapped in a 2D conservative optical lattice. The dynamics of the atom depends on the parameters of the lattice, and it is often complex. In consequence, this thesis is at the interface between the domains of cold atoms and non-linear dynamics. The study of the dynamics in the optical lattice needs to be done firstly in the classical limit. We examine in the first place the solutions to the movement equations obtained by numerical integration, for the different configurations of the system. They show a big variety of possible dynamical regimes. Amongst these regimes we find synchronization phenomena leading to a periodic movement locked in frequency. Synchronization seems to inhibit chaos in the system. The main solutions obtained numerically are also studied analytically. This approach allows us to obtain a description of the movement for the different dynamical regimes observed. All these regimes are easy to reproduce experimentally and the influence of synchronization on the existence of chaos needs to be studied. Additionally, this classical analysis serves as a basis for studying the system in the quantum limit.
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Analysis of the water consumption of the Scientific Campus : to step for the construction of a pilot of a Smart Water system / Analyse de la consommation d'eau du Campus de la Cité Scientifique – une étape pour la construction d'un pilote de système de réseaux intelligentsSuleman, Taghreed 21 October 2013 (has links)
Ce travail fait partie d'un grand projet pour la mise en œuvre d'un réseau urbain intelligent sur le Campus de la Cité Scientifique qui est équivalent à une petite ville d'environ 25000 habitants. Le réseau intelligent comprend (i) la mise en œuvre d’une instrumentation pour le suivi en temps réel et le contrôle du réseau de distribution d'eau et (ii) le développement d'un système expert basé sur l'expérience développée par l'industrie de l'eau ainsi que sur des recherches fondamentales et appliquées pour la gestion optimale des systèmes complexes. L'un des enjeux majeurs de ce système concerne la gestion de la demande en eau. Ce travail a porté sur cette question. Il comporte une synthèse bibliographique et l'analyse de la consommation d'eau du Campus Scientifique. Le travail est organisé en trois parties. La première partie présente une analyse bibliographique des recherches sur la demande d'eau, la localisation des fuites d’eau et le développement des réseaux intelligents dans le secteur de l’eau. Des études de cas sont présentées pour illustrer l'application des innovations dans des projets réels. La deuxième partie concerne la présentation du site du Campus, qui est utilisé dans ce travail de recherche. Ce site présente plusieurs avantages pour l'analyse de la demande en eau. Les bâtiments ont des usages variés: résidence, restauration, sport, administration, recherche, enseignement et enseignement / recherche. Le site est également équipé d'un système de télérelève (AMR). Les données de consommation sont disponibles pour les principaux bâtiments à différentes échelles de temps. La dernière partie présente une analyse de la consommation d'eau des principaux secteurs du campus, qui couvrent les différents usages des bâtiments. L'analyse est menée à différentes échelles de temps: mensuelle, hebdomadaire, journalière et horaire. Il débouche sur l'établissement de profils de consommation des principaux bâtiments, qui seront ensuite intégrés dans le système intelligent de gestion de l’eau. / This work is a part of a large project for the implementation of a smart water system in the Scientific Campus, which is equivalent to a small city with about 25 000 inhabitants. The smart water technology includes (i) the implementation of a real-time monitoring and control of the water distribution system and (ii) the development of an expert system based on the experience developed by the water industry as well as basic and applied researches for the optimal management of complex systems. One of the major issues in this system concerns the water demand management. This work concerned this issue. It included a literature survey and analysis of the water consumption in the Scientific Campus. The work includes three parts. The first part presents a literature analysis of researches ion the water demand, leakage localization and water smart grid. Case studies are presented for the illustration of the implementation of the latest technology and innovations in real projects. The second part concerns the presentation of the site of the Scientific Campus, which is used in this research work. This site presents several advantages for the analysis of the water demand. The buildings have varied usages: students’ residence, restaurant, sport, administration, research, teaching and teaching/research. The site is also equipped by an automatic metering reading (AMR). The consumption data is available for the main buildings at different time scales. The last part presents analysis of the water consumption of the main sectors of the Scientific Campus, which cover different buildings uses: research, teaching, administration, residence and catering. Analysis is conducted at different times scales: monthly, weekly, daily and hourly. It results in establishing consumption profile of the main buildings, which will then be integrated in the smart water system of the Campus.
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Découverte et exploration des modules conservés de transformations chimiques dans le métabolisme / Chemical transformation modules discovery and exploration in the metabolismSorokina, Maria 03 February 2016 (has links)
La proportion de séquences protéiques dont la fonction est inconnue dans les bases de données publiques est encore très importante (42% de séquences dans UniProt sont étiquetées comme "hypothetical", "uncharacterized", "unknown" ou encore "putative"). D’autre part, de nombreuses d’activités enzymatiques (environ 30%) demeurent orphelines de séquences. L’identification de modules fonctionnels conservés dans le métabolisme est une piste pour améliorer l’annotation fonctionnelle des protéines par la découverte de nouvelles réactions enzymatiques et voies métaboliques. C’est dans ce contexte que s’inscrit mon travail de thèse qui propose une nouvelle représentation d’un réseau métabolique global où les réactions partageant le même type de transformation chimique sont regroupées en signatures moléculaires de réactions (RMS). La signature d’une réaction est la différence des descripteurs moléculaires de signatures stéréochimiques (Carbonell et al. 2013, http://molsig.sourceforge.net) des produits et des substrats qui interviennent dans celle-ci. Ces RMS sont calculées pour toutes les réactions présentes dans au moins une voie métabolique, bien équilibrées et dont substrats et les produits sont identifiés et possèdent une structure moléculaire. Les RMS permettent de classifier les réactions d’une façon automatique et expert-indépendante et ont une couverture plus importante de l’ensemble des réactions enzymatiques que la classification de la Commission Enzymatique (EC numbers).En partant d’un réseau orienté de réactions, les nœuds-réactions partageant la même RMS sont regroupés dans un seul nœud et les arêtes conservent la connectivité initiale entre les réactions. Plusieurs scores sont ensuite calculés pour chaque chemin dans le réseau de RMS dans le but d’évaluer la conservation des voies métaboliques connues et afin d’en découvrir des nouvelles. Le premier de ces scores, le scoreRea, est calculé en utilisant le nombre moyen de réactions par RMS, et représente la conservation chimique des chemins dans tout le métabolisme. Le deuxième, scoreProt, est basé sur le nombre de protéines associées à chaque RMS et reflète la conservation enzymatique du chemin au travers de l’arbre du vivant. Le score suivant, scoreTopo, est basé sur la centralité PageRank et illustre l’importance topologique d’un enchainement de RMS dans le réseau métabolique. La dernière métrique, le Pathway Conservation Index (PCI) est le nombre de chemins de réactions différents parmi les voies métaboliques connues regroupés dans un chemin de RMS et représente la conservation des transformations chimiques dans la partie connue du métabolisme. Les chemins de RMS les plus conservés sont ensuite identifiés pour comprendre le lien entre les différents types de conservation (chimique, enzymatique et topologique) et le type de processus des voies métaboliques (comme la biosynthèse ou la dégradation). Cette représentation du métabolisme possède un potentiel prédictif intéressant et peut être utilisée pour identifier les parties les plus conservées du métabolisme, ainsi que pour découvrir de nouveaux modules métaboliques. De plus, la combinaison des différents scores peut être utilisée pour prédire le rôle métabolique des nouvelles voies en utilisant des approches d’apprentissage artificiel. Associés aux données de contexte génomique comme les opérons, les chemins conservés de transformations chimiques seront un outil utile pour l’annotation fonctionnelle des gènes et de groupes de gènes de fonction inconnue. / The proportion of protein sequences of unknown function in public databases stills very important (42% of UniProt sequences are labelled as "hypothetical", "uncharacterized", "unknown" or "putative"). On the other hand, a number of enzyme activities (about 30%) remain orphan (i.e. there is any known sequence that is linked to this activity). Conserved functional modules identification in the metabolism is one of the possible ways to improve protein functional annotation, by discovering new enzyme reactions and new metabolic pathways. It is in this context that has been developed my PhD thesis, proposing a new representation of the global metabolic network, where reactions sharing the same chemical transformation type are grouped in reaction molecular signatures (RMS). A reaction signature is the difference of its products and substrates stereo signatures molecular descriptors involved in this reaction (Carbonell et al. 2013, http://molsig.sourceforge.net). These RMS are computed for all well balanced reactions involved in at least one metabolic pathway, for which all substrates and products are identified and have an available structure. RMS allow reaction classification in an automatic and expert-independent way and a greater coverage of all enzymatic reactions that the classification of the Enzyme Commission (EC numbers).Starting from a directed reaction network, reaction nodes sharing the same RMS are grouped in a single node, and edges conserve the initial connectivity between reactions. Several scores are then computed for each path in the RMS network in order to assess known metabolic pathways conservation and to discover new ones. The first score, scoreRea, is computed using the average reaction number by RMS and represents the chemical conservation of the path in the whole metabolism. The second one, scoreProt, is based on the protein number associated to each RMS and reflects the enzyme conservation of the path through the tree of life. The next score, scoreTopo, is based on the PageRank centrality and depicts the topological importance of an RMS sequence in the metabolic network. The last metric, the Pathway Conservation Index (PCI) is the number of different reaction paths among known metabolic pathways grouped in a same RMS path. It represents the conservation of chemical transformation sequences in the known part of the metabolism. Most conserved RMS paths are next identified in order to understand the linkage between different conservation types (chemical, enzymatic and topologic) and the biological processes type of metabolic pathways (like biosynthesis or degradation).This metabolism representation has an interesting predictive potential and can be used to identify most conserved parts of the metabolism and to discover new metabolic modules. Moreover, combination of different scores can be used to predict the metabolic role of new pathways using machine learning approaches. Conserved paths of chemical transformations associated to genomic context data will be a useful tool for functional annotation of genes and groups of genes of unknown function.
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Enrichissement de profils transcriptomiques par intégration de données hétérogènes : annotation fonctionnelle de gènes d'Arabidopsis thaliana impliqués dans la réponse aux stress / Enrichment of transcription profiles by integration of heterogeneous data : functional annotation of Arabidospis thaliana genes involved in stress responsesZaag, Rim 20 June 2016 (has links)
À l'ère de la biologie computationnelle, l'annotation fonctionnelle reste un défi central. Les méthodes d’annotation récentes reposent sur l’hypothèse d’association par culpabilité et s’appuient sur l’intégration de données pour la recherche de partenaires fonctionnels. Cependant, la majorité de ces méthodes souffrent de l’hétérogénéité des données et du manque de spécificité du contexte biologique ce qui expliquerait un taux élevé de faux positifs parmi les prédictions. Ce travail de thèse développe une approche intégrative de données moléculaires contrôlant leur hétérogénéité pour annoter des gènes d’Arabidopsis thaliana impliqués dans la réponse aux stress. Les contributions majeures de cette thèse sont: (1) l'annotation fonctionnelle de groupes de gènes coexprimés par l'intégration de données omiques (2) la construction d'un réseau de corégulation par une analyse transversale des groupes coexprimés qui renforce les liens fonctionnels entre les gènes. (3) le développement d’une méthode d’apprentissage supervisé pour l’inférence de fonction centrée sur les termes de la GO Slim en contrôlant le FDR. En identifiant une règle de décision par terme, cette méthode a permis de prédire la fonction de 47 gènes partiellement annotés ou orphelins. / In the era of computational biology, functional annotation remains a major challenge. Recent annotation methods are based on the guilt by association assumption and rely on data integration to identify functional partners. However, most of these methods suffer from data heterogeneity and a lack of biological context specificity which would probably explain the high rate of false positives among predictions. This thesis develops an approach of molecular data integration controlling their heterogeneity in order to annotate Arabidopsis thaliana genes involved in stress response. The major contributions of this thesis are: (1) functional annotation of groups of co-expressed genes by omics data integration (2) the construction of a coregulatory gene network through a cross-analysis of the coexpressed groups strengthening the functional links between genes (3) the development of a supervised learning method for the inference of gene function centered on the GO Slim terms with a control of the FDR. By identifying a decision rule by term, this method was used to predict the function of 47 orphan or partially annotated genes.
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Caractérisation des réseaux de diffraction échelle et leur utilisation en instrumentation astronomiqueBoivin, Gabriel 25 March 2024 (has links)
Titre de l'écran-titre (visionné le 7 août 2023) / Le réseau échelle est un élément important de la spectroscopie astronomique du fait de ses caractéristiques qui le différencient des autres réseaux de diffraction tels que sa plus grande résolution spectrale ainsi que sa plus grande dispersion angulaire. Le réseau échelle est donc très utilisé comme élément dispersif dans les spectromètres. De ce fait, il est important que le réseau soit construit avec assez de précision pour que ses performances atteignent celles attendues pour son utilisation. Mon projet porte sur le développement d'un banc de test qui permet de mesurer le pas d'un réseau afin de pouvoir s'assurer de la qualité de sa fabrication. Cette méthode utilise un interféromètre de Fizeau ainsi qu'une platine rotative. La platine rotative permet de trouver la position angulaire d'un ordre précis en configuration Littrow alors que l'interféromètre permet d'apporter des corrections dans les calculs qui permettent une plus grande précision. Ensuite, les données ont été traitées avec des méthodes de calculs à partir des mesures directes ou en passant par une optimisation qui permet d'obtenir des résultats plus précis. Ces méthodes de traitement des données se sont avérées efficaces pour calculer le pas du réseau, quoique celles avec optimisation le sont nettement plus que la méthode directe. Enfin, les corrections obtenues avec l'interféromètre ont eu peu d'impact, sauf pour la correction de l'échelle dans son axe de dispersion. / The echelle diffraction grating is a crucial component in astronomical spectroscopy because of its characteristics that differenciate it from other diffraction gratings like its greater spectral resolution and its greater angular dispersion. Echelle grating are often used as the dispersive element in spectrometers. Therefore, making sure the echelle grating's fabrication was with enough precision is important for the echelle to perform at the expected performance for its utilization. My project is about designing a testing bench to measure the grooves length of an echelle grating to characterized the precision of its fabrication. This method used a Fizeau's interferometer and a rotating plate. The rotating plate allows to find the angular position of a specific order in the Littrow configuration while the interferometer allows to perform corrections in the calculation for a better precision. Then, the data will be processed with different methods of calculation which use the measures directly or after those measures has been optimized for more precise results. Those methods appear to be efficient to calculate the grooves density but the method with optimisation is more accurate than the direct method. Finally, the corrections done with the interferometer didn't yield a great impact on the result except for the correction of the echelle in the axis of dispersion.
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