Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-13T11:57:28Z No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 13320 bytes, checksum: 1edb4e9bce2bdf6b0150e4021e10fe37 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T11:57:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 13320 bytes, checksum: 1edb4e9bce2bdf6b0150e4021e10fe37 (MD5) Previous issue date: 2002-11-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A diversidade genética de vinte e sete isolados de leveduras coletadas em laticínios, utilizando como referências dos gêneros Kluyveromyces e Debaryomyces, foi averiguada por meio de RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA). A amplificação resultou em um total de oitenta e oito fragmentos polimórfico de DNA, utilizando treze oligonucleotídeos decâmeros aleatórios. As distâncias genéticas variaram de 6,5 a 71%, gerando na análise gráfica, cinco grupos geneticamente divergentes. Nas avaliações da região ITS do rDNA foi observado um polimorfismo de tamanho que variou de 380 a 710 pb. A análise de agrupamento utilizando valores da distância genética resultou na formação de oito grupos, sugerindo a existência de pelo menos oito espécies de leveduras. Na análise por PCR-RFLP da região ITS do rDNA, os produtos das amplificações foram hidrolisados com diferentes endonucleases de restrição evidenciando o padrão polimórfico, e os valores das distâncias genéticas foram utilizados para o agrupamento, resultando na formação de quinze grupos. Os agrupamentos obtidos com os marcadores moleculares possibilitaram a diferenciação genética dos isolados. Os resultados sugerem que quatro dos vinte e sete isolados pertencem à espécie Kluyveromyces lactis. / The genetic diversity of twenty-seven yeasts collected at dairies, was evaluated by RAPD using Kluyveromyces and Debaryomyces reference genera. Amplification using thirteen random oligonucleotides resulted in eighty-eight DNA polymorphic fragments. The Genetic distances varied from 6,5 to 71%, and generated a Dendrogram with five different genetic groups. The amplification of the ITS 18SrDNA region from the yeast resulted in DNA fragments with length polymorphism (380 and 710 bp). The clustering analysis using the genetic distance value produced eight groups, reflecting at least eight yeasts species. The amplification products of the rDNA ITS region using PCR-RFLP analyses were cleaved with different restriction endonucleases showing polymorphic patterns. The values of the genetic distances were used for the clustering resulted in fifteen groups. The clusters obtained using the molecular markers showed genetic difference between you isolates. The results suggest that four of the twenty-seven isolates can be identified as the yeast Kluyveromyces lactis.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissCCS.pdf: 1405492 bytes, checksum: 1ccf925c4d6d2952c26ebbf9e80a1949 (MD5) Previous issue date: 2004-08-31 / Molecular markers were used to examine the genetic variability of eight landraces of peach palm (Bactris gasipaes var. gasipaes) and two wild populations (B. gasipaes var. chichagui), their relationships and genetic structures. Two hundred plants of these 8 races were used and 18 plants of the two wild populations, one from the Magdalena River, Colômbia, and the other from the Xingu River, Pará, Brasil. Eight primers were used to generate RAPD markers, of which 124 markers were obtained with 101 polymorphic. The observed heterozygosity of the set of landraces and wild populations was 0.38, with 93 % polymorphism, both slightly greater than in earlier studies. The Amazonian landraces had greater heterozygosity and % polymorphism than the Central American race. The structure of the dendrogram based on Nei s (1972) distances with the four previously studied landraces was similar to that study, essentially validating it and confirming two landrace groups one Occidental and one Oriental. When the Juruá landrace was added to the analysis, it joined with the other Occidental races, as expected by its geographic position. When the other landraces (with small sample sizes) were added to the analysis, a consistency and some problems were observed. The consistency was that all the landraces joined the Occidental group, expected by their geographic positions. The problems were the grouping of the Vaupés landrace with the Juruá landrace, which are geographically distant and have different fruit sizes and shapes. The relationship between the Cauca landrace and the Inirida landrace was also problematic, since they are geographically separated. These problems can only be resolved with new germplasm collections in the appropriate geographic areas and with an appropriate number of individuals. The two wild populations joined the landraces at a great distance, suggesting that they did not participate in the domestication of the cultivated landraces and indirectly reenforcing the hypothesis of a single origin in southwestern Amazonia. / Marcadores moleculares foram utilizados para verificar a variabilidade genética de oito raças primitivas de pupunha (Bactris gasipaes var. gasipaes) e duas populações silvestres (B. gasipaes var. chichagui), suas relações e estruturas genéticas. Foram utilizadas 200 plantas das 8 raças primitivas de pupunha e 18 plantas de duas populações silvestres, sendo uma do rio Magdalena, Colômbia, e outra do rio Xingu, Pará, Brasil. Oito iniciadores foram usados para gerar marcadores RAPD, obtendo 124 marcadores, dos quais 101 polimórficos. A heterozigosidade observada do conjunto de raças e populações foi de 0,38, com porcentagem de polimorfismo de 93%, ambas um pouco maior que nos estudos anteriores. As raças da Amazônia apresentaram maiores heterozigosidades e % polimorfismo que a raça de América Central. A estrutura do dendrograma baseado nas distâncias de Nei (1972) para as quatro raças estudadas anteriormente foi muito similar a este primeiro estudo, essencialmente validando esta, e confirmando dois grupos de raças um Ocidental e um Oriental. Quando a raça Juruá foi adicionada à análise, se agrupou com as raças Ocidentais, como esperado pelo posicionamento geográfico. Quando as outras raças (com tamanhos amostrais insuficientes) foram adicionadas à análise, observou-se algumas consistências e problemas. A consistência principal foi o agrupamento de todas as raças ocidentais no lado ocidental do dendrograma. Os problemas foram os agrupamentos da raça Vaupés com a raça Juruá, que são distantes geograficamente e possuem formatos e tamanhos de fruto muito diferentes. A relação entre Cauca e Inirida também foi problemática, pois são geograficamente separadas. Estes problemas somente podem ser resolvidos com novas coletas de germoplasma nas áreas geográficas apropriadas com um número apropriado de indivíduos. As duas populações silvestres se agruparam muito longe das raças, sugerindo que não participaram da domesticação das populações cultivadas e indiretamente reforçando a hipótese de uma origem no sudoeste da Amazônia.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4513_1.pdf: 733474 bytes, checksum: 96d9ff147d1527b544a0ce02910e2af1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / A antracnose foliar ou mal-das-sete-voltas na cebola, causada pelo fungo Colletotrichum gloeosporioides, destaca-se como uma das principais doenças em locais de produção da cebola no estado de Pernambuco. O presente trabalho objetivou estudar a patogenicidade na cebola de isolados de C. gloeosporioides e analisar a variabilidade genética pelo uso dos marcadores moleculares RAPD e a região ITS do rDNA. No trabalho foram utilizados 11 isolados do fungo, obtidos de diferentes substratos e hospedeiros e 5 isolados obtidos de cebola de diferentes regiões de Pernambuco e um do Amazonas. O teste de patogenicidade foi realizado em mudas e bulbos da cebola Os isolados mais agressivos foram quatro provenientes de cebola nos dois testes. Nas análises de RAPD foram utilizados sete primers de seqüências arbitrárias. Os produtos de amplificação foram separados em gel de agarose a 1,4%. e mostraram bandas polimórficas que permitiram avaliar a distância genética entre os 15 isolados. Estes foram classificados em quatro grupos distintos. Os produtos de amplificação dos lócus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com primer ITS1 e ITS4 também apresentaram polimorfismo e foram digeridos com três enzimas de restrição, Dra I, Hae III e Msp I. Apenas as duas últimas foram eficientes em mostrar variações genéticas entre os isolados. Os dois marcadores utilizados foram capazes de diferenciar o isolado do Amazonas dos demais de Pernambuco. Os resultados obtidos com os marcadores moleculares não mostraram relação com o grau de patogenicidade dos mesmos à cebola

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4539_1.pdf: 2994862 bytes, checksum: 47749e2ac452270d83ec4a6ac83056aa (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A antracnose causada pelo fungo Colletotrichum gloeosporioides é uma das doenças mais graves da mangueira, sendo um fator limitante à produção de frutos sadios e comercializáveis. O presente trabalho objetivou analisar a variabilidade de isolados de C. gloeosporioides, quanto à patogenicidade a frutos de mangueira, marcadores RAPD e região ITS do rDNA. Foram utilizados cinco isolados obtidos de cebola e 10 de mangueiras de diferentes regiões do estado de Pernambuco. O teste de patogenicidade foi realizado em frutos das variedades Rosa e Espada. Para a análise de RAPD foram utilizados os iniciadores OPX-15, OPX-02, OPX-06, OPA-11 e OPA-02 e para a amplificação do locus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA, os iniciadores ITS1 e ITS4. Os isolados oriundos de mangueiras com sintomas de antracnose foram mais agressivos para as duas variedades estudadas do que os isolados de cebola. Do dendrograma gerado pela análise do RAPD, dois grupos foram delineados, separando todos os isolados de mangueiras dos isolados de cebola. Não houve polimorfismo entre os isolados de C. gloeosporioides pela análise dos produtos de amplificação da região ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA, porém, a digestão do produto com a enzima Msp I evidenciou diferença para o isolado URM 4596 (Mangifera indica L./Ilha de Itamaracá-PE)

Breed characterization is a primary step in designing appropriate management and conservation programs of livestock in developing countries. Since cattle represent a major food animal species in Zambia, its conservation is a major goal for both the government and non-governmental organizations. To support the conservation effort, the objective of this thesis research was to assess the phenotypic and molecular characteristics of indigenous Zambian cattle breeds including Angoni, Barotse, Tonga, and Baila based on body measurements and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers, respectively. A total of 100 animals, 25 from each of the four breeds associated with different tribes and region of Zambia, were used in the molecular analysis research. Additionally, 10 Holstein x Jersey crossbred animals were used as a reference and to test the extent of cross-breeding, if any, of the indigenous stock with exotic breeds. To further compare the Zambian indigenous breeds, morphometric measurements including body length, heart girth, and height at withers on 50 animals of each breed were measured. Blood was collected from animals at randomly selected farms and DNA isolated by standard protocols in Zambia. A total of 10 primers, of the 20 evaluated for informativeness, were used in the RAPD-PCR analyses. Differences among the four breeds for all the three morphometric measurements were significant with the Barotse significantly higher than the other three (P<0.05). The average number of bands per primer was 7.1 and the percentage of polymorphic bands per primer ranged from 40 to 71.4 with an average of 64.8%. Breed divergence was highest between the Tonga and the Barotse and lowest between the Tonga and Baila breeds. Both the morphometric measurements and RAPD-based distance estimates suggest that the Barotse may be different from the other indigenous breeds while the Tonga and Baila were more closely related. In addition, the genetic distance estimates imply that the Holstein x Jersey crosses are different from the four Zambian indigenous cattle breeds evaluated. This thesis research provides, for the first time, the basic genetic information necessary for conservation of Zambian cattle breeds and the use of these populations for effective crossbreeding. The data suggest that though there is isolated by geographic distance and cultural differences among the tribes, two of the breeds are significantly related. / Master of Science

Neste trabalho desenvolvemos métodos analíticos e moleculares para a detecção, isolamento e classificação filogenética de Alicyclobacillus spp. a partir de sucos de laranja e frutos ácidos, pelas técnicas: RT-PCR, nested RT-PCR, RAPD, seqüenciamento do 16S rRNA e análise por métodos eletroforéticos. A sensibilidade na detecção dos A. acidoterrestris foi melhorada por meio de reações de nested RT-PCR, utilizando primers internos (amplicon de 191 bp) que foram desenhados a partir do primeiro amplicom de 294 bp. O limite de detecção foi estudado com as reações RT-PCR e nested RT-PCR, sendo capazes de detectar concentrações de 0,1 UFC mL-1 para culturas puras e 2 UFC mL-1 em sucos de laranja artificialmente inoculados. A inibição de esporos de A. acidoterrestris também foi estudada para monitorar a diminuição da viabilidade com tratamento térmico e Sapindus saponaria (200 mg L-1), utilizando RT-PCR e nested RT-PCR. Com o tratamento térmico de 99 oC por 1 h o grau de inibição dos esporos foi de 96,3%. Enquanto que, com a fração purificada de S. saponaria (200 mg L-1) incubada à 45 oC por 2 dias foi de 93,6%, mas com incubação de 99 oC por 1 h foi de 98,7%, na mesma concentração de saponina. Todas as análises de quantificação de produtos de RT-PCR e nested RT-PCR foram analisadas por meio de eletroforese em gel de agarose e eletroforese capilar em microchip no Bioanalyzer 2100 (Agilent), com os kits DNA 500 e DNA 1000 LabChip®, obtendo-se maior sensibilidade nos microchips. A classificação molecular de dezenove cepas, isoladas a partir de diferentes sucos e frutos ácidos, foram estudadas utilizando RAPD-PCR e eletroforese capilar em microchips. Utilizando cinco primers aleatórios nas reações de RAPD, foi possível estudar os polimorfismos analisados nos microchips. Segundo as análises eletroforéticas, as cepas de suco concentrado e diluído de laranja (1, 2, 6) suco concentrado de limão (lim) e suco de laranja in natura (T2, T3), apresentaram similaridades genéticas com a A. acidoterrestris. O estudo de análise filogenética baseada na comparação de seqüências de DNA da região variável do gene 16S rRNA de Alicyclobacillus acidoterrestris, foi utilizado para identificar e agrupar onze cepas isoladas de superfícies e sucos de frutos ácidos. Na árvore filogenética gerada pelo método neighbor joining e bootstrap 1000x, as cepas analisadas mostraram similaridades de 99% entre todas elas, observando-se uma maior similaridade do controle A. acidoterretris (C2) com a cepa isolada de suco concentrado de limão (lim), e uma boa discriminação entre controles das espécies A. acidocaldarius, A. cicloheptanicus, A. sendaiensis e Sulfobacillus acidophilus. / In this work, we developed analytical and molecular methods for detection, isolation and phylogenetic classification of Alicyclobacillus spp. from orange juice and acid fruits using RT-PCR, nested RT-PCR, RAPD and sequencing of 16S rRNA techniques and electrophoretic methods of analysis. The sensitivity on the detection of A. acidoterrestris in orange juice was improved by nested RT-PCR, using internal primers (amplicon of 191 bp) that were designed after sequencing the first amplicon (294 bp). The detection limit was studied with RT-PCR and nested RT-PCR assay, it was able to detect concentrations of 0.1 UFC mL-1 for media culture and 2 UFC mL-1 in inoculated orange juice. The inhibition in spores from A. acidoterrestris was also studied to monitoring the diminution of viability with heat treatment and Sapindus saponaria (200 mg mL-1), using RT-PCR and nested RT-PCR assays. The inhibition by heat treatment at 99 oC for 1 h was 96.3%. However, incubation with S. saponaria at 45 oC for 2 days inhibited 93,6%, however, with incubation of 99 oC for 1 h was 98,7%, in the same concentration of saponin. The quantification of the RT-PCR and nested RT-PCR amplification product were accomplished by capillary electrophoresis in microchips using the Bioanalyzer 2100 in conjunction with the LabChip (TM) DNA 500 and DNA 1000. The molecular classification of nineteen strains isolated from different juice and acidic fruit, were studied using RAPD-PCR and capillary electrophoresis in microchips. Using five random primers in the RAPD assay, it was possible to study the polymorphisms analyzed in microchips. According to electrophoresis analyses, the strains from concentrated and diluted orange juices (1, 2, 6), lemon concentrated juice (lim) and natural orange juice (T2, T3), showed genetic similarities with the A. acidoterrestris. The study of the phylogenetic analyses based on DNA comparison sequences of the variable region of 16S rRNA gene from Alicyclobacillus acidoterrestris, was utilized for the identification and grouping of eleven strains isolated from surface and juice of acid fruits. In the phylogenetic tree produced by neighbor joining and bootstrap 1000, the strains showed similarities of 99% among all strains, showing a high similarity of A. acidoterrestris with a strain isolated from lemon concentrate juice (lim), and a good discrimination between the species A. acidocaldarius, A. cycloheptanicus, A. sendaiensis and Sulfobacillus acidophilus.

Neste trabalho desenvolvemos métodos analíticos e moleculares para a detecção, isolamento e classificação filogenética de Alicyclobacillus spp. a partir de sucos de laranja e frutos ácidos, pelas técnicas: RT-PCR, nested RT-PCR, RAPD, seqüenciamento do 16S rRNA e análise por métodos eletroforéticos. A sensibilidade na detecção dos A. acidoterrestris foi melhorada por meio de reações de nested RT-PCR, utilizando primers internos (amplicon de 191 bp) que foram desenhados a partir do primeiro amplicom de 294 bp. O limite de detecção foi estudado com as reações RT-PCR e nested RT-PCR, sendo capazes de detectar concentrações de 0,1 UFC mL-1 para culturas puras e 2 UFC mL-1 em sucos de laranja artificialmente inoculados. A inibição de esporos de A. acidoterrestris também foi estudada para monitorar a diminuição da viabilidade com tratamento térmico e Sapindus saponaria (200 mg L-1), utilizando RT-PCR e nested RT-PCR. Com o tratamento térmico de 99 oC por 1 h o grau de inibição dos esporos foi de 96,3%. Enquanto que, com a fração purificada de S. saponaria (200 mg L-1) incubada à 45 oC por 2 dias foi de 93,6%, mas com incubação de 99 oC por 1 h foi de 98,7%, na mesma concentração de saponina. Todas as análises de quantificação de produtos de RT-PCR e nested RT-PCR foram analisadas por meio de eletroforese em gel de agarose e eletroforese capilar em microchip no Bioanalyzer 2100 (Agilent), com os kits DNA 500 e DNA 1000 LabChip®, obtendo-se maior sensibilidade nos microchips. A classificação molecular de dezenove cepas, isoladas a partir de diferentes sucos e frutos ácidos, foram estudadas utilizando RAPD-PCR e eletroforese capilar em microchips. Utilizando cinco primers aleatórios nas reações de RAPD, foi possível estudar os polimorfismos analisados nos microchips. Segundo as análises eletroforéticas, as cepas de suco concentrado e diluído de laranja (1, 2, 6) suco concentrado de limão (lim) e suco de laranja in natura (T2, T3), apresentaram similaridades genéticas com a A. acidoterrestris. O estudo de análise filogenética baseada na comparação de seqüências de DNA da região variável do gene 16S rRNA de Alicyclobacillus acidoterrestris, foi utilizado para identificar e agrupar onze cepas isoladas de superfícies e sucos de frutos ácidos. Na árvore filogenética gerada pelo método neighbor joining e bootstrap 1000x, as cepas analisadas mostraram similaridades de 99% entre todas elas, observando-se uma maior similaridade do controle A. acidoterretris (C2) com a cepa isolada de suco concentrado de limão (lim), e uma boa discriminação entre controles das espécies A. acidocaldarius, A. cicloheptanicus, A. sendaiensis e Sulfobacillus acidophilus. / In this work, we developed analytical and molecular methods for detection, isolation and phylogenetic classification of Alicyclobacillus spp. from orange juice and acid fruits using RT-PCR, nested RT-PCR, RAPD and sequencing of 16S rRNA techniques and electrophoretic methods of analysis. The sensitivity on the detection of A. acidoterrestris in orange juice was improved by nested RT-PCR, using internal primers (amplicon of 191 bp) that were designed after sequencing the first amplicon (294 bp). The detection limit was studied with RT-PCR and nested RT-PCR assay, it was able to detect concentrations of 0.1 UFC mL-1 for media culture and 2 UFC mL-1 in inoculated orange juice. The inhibition in spores from A. acidoterrestris was also studied to monitoring the diminution of viability with heat treatment and Sapindus saponaria (200 mg mL-1), using RT-PCR and nested RT-PCR assays. The inhibition by heat treatment at 99 oC for 1 h was 96.3%. However, incubation with S. saponaria at 45 oC for 2 days inhibited 93,6%, however, with incubation of 99 oC for 1 h was 98,7%, in the same concentration of saponin. The quantification of the RT-PCR and nested RT-PCR amplification product were accomplished by capillary electrophoresis in microchips using the Bioanalyzer 2100 in conjunction with the LabChip (TM) DNA 500 and DNA 1000. The molecular classification of nineteen strains isolated from different juice and acidic fruit, were studied using RAPD-PCR and capillary electrophoresis in microchips. Using five random primers in the RAPD assay, it was possible to study the polymorphisms analyzed in microchips. According to electrophoresis analyses, the strains from concentrated and diluted orange juices (1, 2, 6), lemon concentrated juice (lim) and natural orange juice (T2, T3), showed genetic similarities with the A. acidoterrestris. The study of the phylogenetic analyses based on DNA comparison sequences of the variable region of 16S rRNA gene from Alicyclobacillus acidoterrestris, was utilized for the identification and grouping of eleven strains isolated from surface and juice of acid fruits. In the phylogenetic tree produced by neighbor joining and bootstrap 1000, the strains showed similarities of 99% among all strains, showing a high similarity of A. acidoterrestris with a strain isolated from lemon concentrate juice (lim), and a good discrimination between the species A. acidocaldarius, A. cycloheptanicus, A. sendaiensis and Sulfobacillus acidophilus.

Foram coletadas amostras de água de piscinas térmicas e não térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil entre os meses de maio de 2006 e março de 2007, com o objetivo de determinar a presença do gênero Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e trofozoítos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. O potencial patogênico foi avaliado usando testes de osmotolerância e termotolerância. Das 65 amostras analisadas, 13 (20%) foram positivas para amebas de vida livre e identificados morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 9 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 4 com o grupo III. Todos os isolados identificados morfologicamente quando submetidos à Reação de PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba e 38% (5/13) dos isolados foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Neste estudo, o método molecular de RAPD ("Random Amplified Polymorphic-DNA") foi utilizado para investigar a relação genética entre os 13 isolados de piscinas e dois isolados de referência da ATCC. De 10 oligonucleotídeos decaméricos testados, quatro foram selecionados por gerarem produtos de amplificação passíveis de análise. A similaridade entre os isolados foi calculada utilizando-se o coeficiente de Jaccard e o dendrograma construído pelo método da média das distâncias entre grupos ("Average Linkage"). Quatro grupos distintos (G1-G4) de isolados foram formados de acordo com a similaridade genética entre eles. Sugeriu-se que os isolados do G1 por agruparem-se aos isolados de referência de A. castellanii (ATCC 30010 e 50492) possam pertencer a esta espécie. Os dados fenotípicos, tais como, morfologia e testes de tolerância foram relacionados aos dados genotípicos de RAPD e permitiram a caracterização dos isolados. Os resultados deste primeiro estudo de isolamento e caracterização de Acanthamoeba de água de piscinas na cidade de Porto Alegre-RS, Brasil confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana. / Water samples were collected from both heated and unheated swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil between May 2006 and March 2007, to determine the presence of Acanthamoeba in the water of swimming pools as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Escherichia coli. The identification of the isolates was based on the trophozoites and cysts morphology and on the amplification through PCR with genus-specific oligonucleotides. The potential pathogenic was assessed by osmotolerance and temperature tolerance assays. From the 65 samples analyzed, 13 (20%) were positive for free-living amoebae, and the isolates morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 9 presented characteristics compatible with morphological group II, and 4 with group III. All the morphologically identified isolates, when submitted to PCR, were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba, and 38% (5/13) of the isolates were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature tolerance assays. In this study, the molecular RAPD method (Random Amplified Polymorphic-DNA) was used to investigate the genetic relationship among 13 isolates from swimming pools and two strains from the ATCC reference. From the ten decameric oligonucleotides tested, four were selected for generating products of amplification possible to be analyzed. The similarity between isolates was calculated using the Jaccard coefficient and the dendrogram constructed by using the method of the average distances between groups ("Average Linkage"). Four distinct groups (G1-G4) of isolates were separated according to genetic similarity between them. It was suggested that the isolates from G1 once group up with the reference isolates of A. castellanii may belong to this species. The phenotypic data such as morphology and tolerance tests were related to RAPD genotypic data and led to the characterization of isolates. The results of this study about isolation and characterization of Acanthamoeba in swimming pools water at Porto Alegre, RS, Brazil confirm the presence of potentially pathogenic isolates which can present risks to human health.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-09T14:05:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T14:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) Previous issue date: 2001-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cromossomos B são cromossomos extras ao complemento normal, dispensáveis e que seguem suas próprias vias evolutivas, ou seja, têm um padrão de herança distinto do usual (mendeliano) entre os indivíduos que os carreiam. Eles podem se originar tanto intraespecificamente, a partir de quebra dos cromossomos do complemento normal, como interespecificamente, por transposição ou hibridação interespecífica. Estes cromossomos possuem uma característica típica resultante da sua evolução molecular, que os torna heterocromatinizados, com acúmulo de seqüências repetitivas e elementos transponíveis, ás vezes possuindo genes que podem ter efeitos diretos ou indiretos no “fitness” dos indivíduos que os apresentam. Em Partamona helleri foram encontrados indivíduos com até quatro cromossomos B. No intuito de obter informações sobre a origem e estrutura dos cromossomos B dessa espécie foi utilizada a técnica de RAPD para se isolar fragmentos de DNA associados a esses cromossomos. Verificou-se que a técnica de RAPD é útil para detectar seqüências específicas dos indivíduos portadores de cromossomos B. Um marcador RAPD associado aos cromossomos B em Partamona helleri, identificado previamente, foi isolado, clonado e seqüenciado. Os clones obtidos serão muito importantes para a construção de uma sonda específica para cromossomos B em Partamona helleri. Isto permitirá posterior hibridização in situ dessa sonda no genoma desta espécie e de outras relacionadas fornecendo dados sobre a origem dos cromossomos B. Um dos clones do marcador RAPD associado aos cromossomos B isolado foi seqüenciado. Uma análise desta seqüência mostrou que a mesma não codifica nenhuma proteína conhecida, não apresenta homologia com nenhuma outra seqüência específica de cromossomos B e possivelmente é característica de regiões de DNA repetitivo desses cromossomos de Partamona helleri. / B chromosomes are additional dispensable chromosomes that follow their own evolutionary pathway showing an unusual pattern of heredity (non-mendelian) among the individuals that carry them. The B chromosomes could be arised intraespecificaly as fragments of normal chromosomes, or interespecificaly for transposition or hybridization. The typical morphological traits of these chromosomes are results of their molecular evolution that become them heterochromatic, with repeated sequences and transposable elements, sometimes show genes affecting directly or indirectly the fitness of the individuals. Partamona helleri presented at most for chromosomes B per individual. In order to obtain information about the origin and structure of the B chromosomes of Partamona helleri was used a RAPD technical to isolated DNA fragments joined with these chromosomes. The work verified RAPD technical is useful to detect specific sequences of the individual with B chromosomes. One RAPD marker joined with B chromosomes in Partamona helleri, previously identified, was isolated, cloned and sequenced. The clones got will be so important to make specific probe to B chromosomes in Partamona helleri. This becomes possible in situ hybridization of this probe in the genome of this specie and other related species supply information about the origin of the B chromosomes. One of the clones of the RAPD marker joined with B chromosomes isolated was sequenced. Analysis of this sequence showed that it does not codify any protein known, does not present homology with any other B chromosome specific sequence and probably it is characteristic of repetitive DNA regions of the Partamona helleri B chromosomes. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-04-18Bitstream added on 2014-06-13T19:13:01Z : No. of bitstreams: 1 amaral_al_me_jabo.pdf: 755163 bytes, checksum: 38fef006637923d725907da11533302e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Estudos laboratoriais foram realizados com o objetivo de estudar a caracterização genética de plantas de Euphorbia heterophylla, provenientes de áreas em que a resistência aos herbicidas inibidores da ALS (Acetolactase) estava caracterizada (Santo Ângelo, RS), em processo de desenvolvimento (Sonora, MS) e onde nunca havia sido aplicado herbicida com este mecanismo de ação (Jaboticabal, SP). Testes preliminares comprovaram elevada resistência para as plantas provenientes de Santo Ângelo, moderada resistência para plantas de Sonora e elevada susceptibilidade para plantas provenientes de Jaboticabal. A análise dos resultados através das isoenzimas revelou que existem pequenas diferenças entre as três populações estudadas. A análise do DNA dos indivíduos das diferentes populações através de marcadores moleculares RAPD, permitiu a construção do Dendrograma de Cluster, que mostra uma similaridade mínima de 88% e máxima de 99% entre os diferentes indivíduos, quer pertencentes à mesma população, quer pertencentes às diferentes populações. Tal análise permitiu inferir que, apesar dos indivíduos analisados mostrarem grande similaridade entre si, apresentam variabilidade genética entre os indivíduos e as populações estudadas, de acordo com a conclusão obtida quando da utilização das isoenzimas. Crescendo em condições similares, o biótipo da Santo Ângelo apresentou maior absorção de fósforo em comparação com os demais, e maior absorção de potássio em relação ao biótipo de Jaboticabal. Comparando a densidade estomática, houve diferença estatística entre os três biótipos, sendo maior para o biótipo mais tolerante ao herbicida e menor para o susceptível. Não foi possível estabelecer qualquer relação confiável entre as características morfológicas e de crescimento das plantas e a resistência ao imazethapyr. / Laboratory studies were carried out aim to characterize genetically Euphorbia heterophylla plants were collect in three regions. At Santo Ângelo (RS) region this plant is highly resistant to ALS inhibitors herbicides, but moderately at Sonora (MS) and susceptible at Jaboticabal region. Greenhouse tests confirmed the plants reaction in face of imazethapyr spraying. The isoenzymes studies showed small differences between the three populations. The DNA analysis using molecular markers make feasible the Cluster dendrogram showing 88-99% of similarity comparing plants, regardless the plant origin. Besides the high similarity index between the plants, it was possible to determine lower genetic variation in Jaboticabal and Santo Ângelo populations using isoenzymes technique. The nitrogen and potassium contents in the plants shoot was higher in the Santo Ângelo byotipe, although there was no difference between the K contents when the Jaboticabal and Sonora byotipes were compared. The stomata and trichomes densities decreased in the same order of the plant tolerance to herbicide: Santo Ângelo > Sonora > Jaboticabal. None correlation between biotype resistance to imazethapyr and the plant morphology features for the three biotypes studied. The differences in the plant feature may be attributable to the adaptative mechanism of the plant to the regional characteristics they were collected.