Thesis (Ph. D.)--University of Missouri-Columbia, 2001. / Typescript. Vita. Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Thesis (Ph. D.)--University of Missouri-Columbia, 2001. / Typescript. Vita. Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Thesis (M.S.)--Virginia Polytechnic Institute and State University, 1990. / Vita. Abstract. Includes bibliographical references (leaves 102-104). Also available via the Internet.

Muscadinia rotundifolia est une espèce de la famille des Vitaceae. C’est un sous-genre du genre Vitis, le deuxième sous-genre étant celui des Euvitis qui comprend l’espèce cultivée Vitis vinifera (2n=38). M. rotundifolia (2n=40) est une source de résistance aux maladies très importante pour l’amélioration de la vigne. Son génome commence seulement à être décrit avec deux cartes génétiques récemment publiées. Ma thèse a consisté à utiliser des ressources génomiques chez M. rotundifolia cv Regale (banque BAC, collection de séquence d’extrémités de BAC ou BES et séquences de BACs) pour caractériser le génome de cette espèce en comparaison avec celui de V. vinifera. Les résultats obtenus ne montrent pas de différence importante entre les génomes des deux espèces en termes de composition du génome en bases (GC%), en séquences codantes ou en éléments répétés. De même, à une échelle globale, la famille de gènes NBS-LRR semble être similaire en termes de nombre et de balance entre les sous-familles. A une échelle plus fine cependant (carte physique et séquences de BAC), des remaniements relativement importants sont observés dans des régions portant cette famille de gènes, aboutissant parfois à des contenus différents en gènes, de région normalement homologues : duplication différentielles de gènes, présence/absence de gènes. / Muscadinia Rotundifolia is a species of the Vitaceae family. It is a sub-genus of the Vitis genus along with the Euvitis sub-genus, which the cultivated species Vitis vinifera belongs to. M. rotundifolia (2n=40) is a very important source of resistance to diseases in grapevine breeding programs. Its genome is only starting to be described with the recent publication of two genetic maps. The present study aimed at using M. rotundifolia cv Regale genomic resources (BAC library, BAC end sequences or BES, BAC sequences) in order to characterize the genome of this species in comparison with the genome of V. vinifera. The results showed that there is no striking difference between the two species in term of base composition (GC %), repeats frequency and gene space. The NBS LRR gene family also seems to be globally quite similar between the two species in terms of numbers and balance between subfamilies. At a finer scale (physical map and BAC sequence), frequent rearrangements are observed in genomic regions carrying the NBS-LRR gene family sometimes clearly associated with a different gene content between the two species in homologous regions: differential gene duplication, presence/absence of genes.

Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences Candidate: Bc. Anna Crhová Supervisor: RNDr. Lucie Stuchlíková Raisová, Ph.D. Title of diploma thesis: Biotransformation of monepantel in plants (Campanula rotundifolia, Plantago lanceolata) Anthelmintics are veterinary drugs used to eliminate disease caused by parasitic worms. Monepantel (MOP) is a representative of amino-acetonitrile derivatives. This relatively new group of drugs is effective on helminthic strains, which are resistant to classic therapy (benzimidazoles, makrocyklic lactones, imidazothiazoles). Due to high consuption of these drugs, it is important to find out their fate in the exposed organisms. Anthelmintics are in contact with the environment and they can affect terrestrial and aquatic organisms. Their various forms can be accumulate in plants. These plants can be eaten by the animal, which may lead to development of resistance in helminths. In addition, the physiology of plants and animals may be disrupt and, consequently, biodiversity loss may occur. The aim of this study was to determine the biotransformation processes occurring in ribwort plantain (Plantago lanceolata) and harebell (Campanula rotundifolia) after low concentrations of MOP. Suspensions of both plants cells...

The impact of nutrient addition on growth and nutrient accumulation in insectivorous plants was studied in field populations and greenhouse plantings. Drosera rotundifolia was studied in the field, and D. binata var. multifida and D. capensis were studied in long-established plantings in the greenhouse. In each case, experiments were performed by enclosing insects and/or adding phosphorus and/or nitrogen to the soil. None of the species significantly benefitted from insect capture nutritionally or energetically in nutrient-poor or rich soils. Added nutrients to the soil or by foliar insect feeding decreased phosphorus retention in hibernacula by 50% (D. rotundifolia). Nutrient additions reduced D. rotundifolia vegetative growth in both N and P addition treatments. In addition, reproductive output (inflorescences) decreased flowering by 98% when N was added to the soil. Nutrient addition to soil increased nutrient concentration significantly in D. rotundifolia (N and P), and to a greater extent in D. capensis (N and P) and D. binata (P), and increased growth in D. capensis (N and P). In natural settings, insectivory was not found to be a significant source of nutrients for the species of Drosera studied. Larger subtropical species such as D. capensis and D. binata var. multifida is found in relatively richer (nutrient) soil than cool temperate species (D. rotundifolia) and are better able to utilize available nutrients in a substrate by high absorption rates and luxury consumption. / Master of Science

La technique d’introgression par backcross est utilisée dans les programmes de sélection pour introduire des facteurs de résistance issus de Muscadinia rotundifolia chez la vigne cultivée, Vitis vinifera, tout en éliminant ses défauts culturaux et organoleptiques. Cependant, les croisements entre les deux espèces sont difficiles. C’est pourquoi il est nécessaire d’identifier (1) les caractéristiques génomiques limitant les croisements entre les deux espèces, (2) les caractères spécifiques de M. rotundifolia à éliminer. Pour cela, la morphologie, la phénologie et les métabolites secondaires des feuilles et des baies de chaque espèce ont été comparés pour identifier les caractères spécifiques de M. rotundifolia. Des cartes génétiques à haute-densité ont été établies pour trois populations de différents niveaux de pseudo-backcross et l’origine de chaque segment chromosomique a été déterminée. Les variations du taux de recombinaison le long des chromosomes et le déterminisme génétique des caractères spécifiques de M. rotundifolia ont été étudiés. / Backcross-based introgression has been used in French breeding programmes to transfer resistance factors from Muscadinia rotundifolia into cultivated grapevine Vitis vinifera while eliminating the unwanted cultural traits and off-flavours. However, crosses between the two species have a low success rate. In this context, it is essential to identify (1) the genomic features that impede crosses between the two species, (2) the traits specific to M. rotundifolia that have to be eliminated during crosses. To this end, morphology, phenology and metabolites of leaves and berries were compared in accessions of both species to identify traits specific to M. rotundifolia. Genotyping-by-sequencing was used to establish high-density genetic linkage maps of three mapping populations generated by pseudo-backcrosses and to determine the origin of each segment of the chromosomes. These maps were used to study variation of recombination rate along the chromosomes and to establish the genetic determinism of the traits specific to M. rotundifolia.

The thesis deals with phenotypic, ploidy and genetic variation of two Campanula species occurring in the Krkonoše Mts., namely the endemic C. bohemica and widespread C. rotundifolia subsp. rotundifolia. For comparative purposes subspecies sudetica of the latter species was also included. The main aim was to get insight into population structure and assess the threat of interspecific hybridization to the survival of the endemic bluebell. Flow cytometry, distance-based morphometrics and molecular analysis were used to address these questions. Three distinct groups of fluorescence intensities were revealed by flow cytometry, corresponding to DNA diploids, tetraploids and pentaploids. While diploids morphologically matched the nominate subspecies of C. rotundifolia, tetraploids corresponded either to C. rotundifolia subsp. sudetica or C. bohemica. Most populations from the Krkonoše Mts. were uniform although a sympatric growth of diploids and tetraploids was encountered in 12 populations. Only two pentaploids individuals, most likely of hybrid origin, were found, which indicated that interspecific hybridization is much less common than previously assumed. The two tetraploid taxa were distinguished by molecular markers. A combination of flow cytometry and molecular analyses thus allowed reliable...

Le travail présenté porte sur le développement d’une nouvelle technologie innovante, nommée PAT Friday®, visant à produire des protéines recombinantes au sein des sécrétions extracellulaires de plantes carnivores génétiquement modifiées. Deux objectifs ont été fixés : Réaliser la preuve de concept de la technologie sur le modèle expérimental Drosera rotundifolia, en transformant la plante avec des gènes marqueurs et humains afin de mettre en évidence la présence des protéines recombinantes dans la glu ; et développer, après évaluation, la technologie sur un modèle potentiellement industrialisable, Nepenthes alata. Les résultats ont indiqué la présence des deux protéines marqueurs GFP et GUS dans les tissus et dans la glu de Drosera rotundifolia transformées. Les plantes ont également été transformées génétiquement avec les gènes humains de l’interféron gamma et du facteur intrinsèque. Les protéines recombinantes humaines ont été mises en évidence au sein des tissus végétaux. Le potentiel industriel du modèle Nepenthes alata a ensuite été étudié : 10 à 15 kg de protéines totales par hectare et par an peuvent être produits, grâce notamment à des récoltes successives non destructrices, et la possibilité de contrôler l’activité des protéases digestives naturelles. L’élaboration d’un protocole de régénération de la plante a été entreprise par embryogénèse somatique et organogénèse indirecte, en vue de sa transformation génétique. La technologie PAT Friday®, avec des étapes simplifiées d’extraction et de purification des protéines d’intérêt produites dans le liquide digestif, offre de nouvelles perspectives dans le domaine des protéines thérapeutiques produites à partir de plantes / The present work focuses on the development of a new innovating technology, called PAT Friday®, aiming at producing recombinant proteins into the extra-foliar fluid of modified carnivorous plants. Two objectives were assigned to this work : 1- to realize a proof of concept of the technology on the experimental model Drosera rotundifolia, transformed with marker and human genes, to confirm the occurence of the recombinant proteins into glu ; and 2 - to evaluate and develop, the technology on the model Nepenthes alata, more adapted to industrial scaling-up. The results indicate the presence of two marker proteins GUS and GFP inside the tissues and into the glu of modified Drosera rotundifolia plants. The same plant species has also been transformed with human gamma interferon and intrinsic factor genes. The corresponding human recombinant proteins have been detected into the plant tissues. Potential industrial scaling-up has been studied with the species Nepenthes alata. The results show a potential productivity of 10 to 15 kg of total proteins per hectare per year, thanks to non-destructive repeated harvests, and possibility to efficiently control the natural proteinase activity. The elaboration of a regeneration protocol has been undertaken through indirect organogenesis and somatic embryogenesis, with a view to transform genetically this plant. PAT Friday® technology, with simplified extraction and purification methods of the proteins of interest targeted into the liquid secretions, opens new perspectives in the field of therapeutical proteins produced in plants

Les variétés traditionnelles de vigne nécessitent de très nombreux traitements phytosanitaires pour lutter contre les maladies cryptogamiques qui touchent leurs parties herbacées, comme le mildiou et l’oïdium, causés par Plasmopara viticola et Erysiphe necator respectivement. Ces traitements, coûteux et préjudiciables pour l'environnement, pourraient être réduits par l’emploi de variétés résistantes. La vigne cultivée européenne (Vitis vinifera, 2n=38) est très sensible au mildiou et à l'oïdium. En conséquence, la résistance doit être introduite à partir d’autres Vitaceae ayant un niveau de résistance plus élevé à ces maladies. Plusieurs origines de résistance ont déjà été observées et inventoriées, en particulier chez l’espèce d’origine américaine Muscadinia rotundifolia (2n=40). Ces facteurs sont d'un intérêt majeur pour la sélection de variétés résistantes. Cependant, lors du processus d'introgression, des difficultés à obtenir des pépins viables en F1 ainsi que des anomalies phénotypiques dans les descendances en rétrocroisement ont été constatées. Afin d’optimiser la gestion des résistances provenant de cette espèce dans les programmes d’amélioration variétale, il est nécessaire de comprendre l’organisation génétique et génomique de M. rotundifolia, et de compléter la connaissance des facteurs de résistance issus de cette espèce. Dans ce contexte, les objectifs de la thèse sont : (i) de réaliser une analyse comparative des génomes de V. vinifera et M. rotundifolia et (ii) d’identifier de nouveaux facteurs de résistance chez M. rotundifolia utilisables à terme en sélection. Pour cela, une carte génétique de M. rotundifolia a été développée à partir d’une population de 200 individus issue de l’autofécondation de M. rotundifolia cv. Regale. Parallèlement, la même population a été testée pour son niveau de résistance au mildiou et à l’oïdium. Une carte génétique couvrant 950 cM a été réalisée. Elle comprend 191 marqueurs microsatellites répartis sur les 20 chromosomes de M. rotundifolia, et permet de conclure à un niveau de macrosynténie très élevé avec V. vinifera. Le groupe de liaison 20 de M. rotundifolia correspondrait à la partie inférieure du groupe de liaison 7 de V. vinifera. Par ailleurs, un QTL de résistance au mildiou a été détecté sur le groupe de liaison 18 de M. rotundifolia, au niveau d’une région riche en gènes de type NBS-LRR, et un nouveau QTL de résistance majeur à la l’oïdium a été mis en évidence sur le groupe de liaison 14 de M. rotundifolia. Ce QTL, nommé Ren5 pour ‘Resistance to Erysiphe necator 5’, montre une action précoce dans l’arrêt de la croissance du mycélium du pathogène, dès l’établissement des premiers stades de biotrophie du champignon. De plus, le QTL Ren5 a été confronté à deux souches supplémentaires d’E. necator, appartenant aux deux groupes d’oïdium retrouvés dans vignobles européens, contre lesquelles il reste efficace. Les données de cartographie génétique générées pour M. rotundifolia dans ce travail, ainsi que la mise en évidence de Ren5 et de son mode d’action, permettront d’améliorer la gestion des facteurs de résistance issus de cette espèce pour la sélection de variétés résistantes au mildiou et à l’oïdium. / Grapevine requires numerous harmful plant-health treatments, in particular to control downy and powdery mildews, caused by Plasmopara viticola and Erysiphe necator, respectively. One way to reduce the use of fungicides in viticulture is to create resistant grapevine cultivars. European cultivated grapevine (Vitis vinifera, 2n=38) is susceptible to mildews, whereas related species such as Muscadinia rotundifolia (2n=40) exhibit high levels of resistance. In breeding programs, resistance factors from these related species are introduced into the susceptible elite varieties. Nevertheless, difficulties in obtaining viable seeds in the siblings of Vitis x Muscadinia crosses are observed. In order to optimize the management of resistance factors from M. rotundifolia in breeding programs, it is necessary to understand the genomic organisation of this species, and to complete the knowledge of these factors. Thus, the main objectives of this work are : (i) making a comparative analysis of V. vinifera and M. rotundifolia genomes and (ii) identifying new resistance factors from M. rotundifolia. For this purpose a framework genetic map of M. rotundifolia cv. Regale has been created, using a 200 individual S1 population. This population has also been screened for its resistance to downy and powdery mildew. A 950 cM genetic map has been generated, including 191 SSR markers distributed across the 20 chromosomes of M. rotundifolia. A high level of macrosynteny has been observed between the Muscadinia map and the genetic maps available for V. vinifera. Linkage group (LG) 20 of M. rotundifolia matches with the lower part of V. vinifera LG7. Furthermore, a QTL for resistance to downy mildew has been identified on M. rotundifolia LG18, and a major QTL for resistance to powdery mildew has been mapped on LG14. The latest, called Ren5 for ‘Resistance to Erysiphe necator 5’, acts during an early stage to stop E. necator’s mycelium growth, since the first stages of biotrophy have been established for the fungus. Moreover, Ren5 has been confronted to two additional powdery mildew strains, belonging to the two European groups of E. necator, and it remained efficient. Gathering knowledge about the genetic organization of M. rotundifolia, and the mechanism and spectrum of action of newly identified resistance factors such as Ren5, will be useful to optimize the management of M. rotundifolia resistance traits in breeding programs aiming to create new resistant varieties to downy and powdery mildews