Il n'existe aucune étude sur l'épidémiologie du blanc du fraisier, Sphaerotheca macularis f. sp. fragariae, réalisée sous nos conditions. Ainsi, les objectifs de cette étude étaient de déterminer la sensibilité variétale et la résistance ontogénique au blanc des feuilles de fraisiers à jour neutre et conventionnels; de comparer des systèmes prévisionnels développés pour le blanc du fraisier et d'autres cultures; et d'étudier l'influence des conditions météorologiques sur la concentration des spores de blanc dans l'air. Ce projet a permis d'acquérir une meilleure connaissance du blanc, de valider et d'améliorer un système prévisionnel du blanc du fraisier basé sur son épidémiologie et sur les conditions climatiques du Québec. Les nouvelles connaissances permettront de mieux définir les fenêtres d'application de fongicides, ce qui pourrait permettre de réduire l'utilisation de ceux-ci en diminuant le nombre total d'applications, et par le fait même, les impacts économiques et environnementaux associés à la lutte contre cette maladie.

La silice (Si) est utilisée depuis longtemps pour ses propriétés prophylactiques envers différents agents pathogènes chez les plantes. Cependant, le mode d'action par lequel la silice parvient à protéger la plante, ses effets sur la croissance ainsi que le mode d'application à utiliser pour une efficacité optimale restent encore controversés. Dans cette étude, nous avons 1) déterminé, grâce à la technique de microanalyses à rayons X, l'existence de l'accumulation de silice dans les feuilles de blé, 2) évalué l'effet de différentes formulations à base de silice sur l'interaction blé/blanc et 3) comparé l'efficacité des applications racinaires par rapport aux applications foliaires. Les résultats de notre étude ont indiqué que les plants ayant reçu un amendement racinaire de silice avaient absorbé l'élément dans leurs tissus, de façon beaucoup plus marquée. Par ailleurs, les plants de blé traités à la silice via le système racinaire ont mieux résisté à la maladie que les plants ayant reçu une application foliaire. L'étude n'est pas parvenue à démontrer un rôle fertilisant de la silice, indépendamment du mode d'application ou de la formulation. Les résultats de ce projet appuient le concept stipulant que la silice doit être absorbée par le système racinaire et distribuée dans la plante pour fournir un effet prophylactique optimal.

L’ascomycota Podosphaera aphanis est responsable de la maladie du blanc du fraisier, ce qui nécessite plusieurs applications de fongicide afin de le réprimer. Plusieurs recherches ont démontré qu’un amendement racinaire de silicium (Si), peut réduire le blanc chez différentes espèces de plantes. Par conséquent, il est probable que le Si pourrait être utilisé chez le fraisier afin de réduire l’utilisation de fongicides, une forte problématique chez cette culture. Cette étude a été réalisée afin d’évaluer le rôle prophylactique du Si contre P. aphanis. Trois et six cultivars ont été testés en 2014 et 2015, respectivement, afin de déterminer leur sensibilité à l’infection par P. aphanis en fonction de leur absorption de Si sous grand tunnel. Les fraisiers traités avec Si ont démontré une quantité significativement plus élevée de Si dans les feuilles comparativement aux plants témoins sans Si lors des deux années (P< 0,0001). Il y a eu une variation significative d’absorption de Si entre cultivars ayant le traitement de Si en 2014 et 2015 sauf lors de la période de septembre 2015 (P=0.2804). Par contre, en général, les jours courts ont absorbé plus de Si que les jours neutres de façon significative (P< 0,0001). Les deux années, le traitement de Si a réduit significativement l’intensité et l’incidence de P. aphanis sur les feuilles et les fruits (P< 0,0001) avec les cultivars Verity et Charlotte démontrant la plus grande réduction. Finalement, les plants traités avec Si ont produit significativement plus de fruits vendables en 2014 et 2015. Ces résultats appuient l’hypothèse que le Si peut être utilisé à titre préventif contre P. aphanis dans un contexte commercial. / The Ascomycota Podosphaera aphanis is responsible for strawberry powdery mildew and requires multiple fungicide applications to be controlled. Several studies have shown that silicon (Si), in the form of soil amendments, reduces powdery mildew in multiple crops. Therefore, it is probable that Si could be used for strawberry in order to reduce pesticide input which is problematic for strawberry culture. This study was conducted to evaluate the prophylactic role of Si against P. aphanis. Three and six day neutral cultivars were tested in 2014 and 2015, respectively, for their susceptibility to P. aphanis and their absorption rate of Si in a high tunnel setting. Strawberries supplied with Si showed a significant increase in Si content in leaves compared to untreated plants in both years (P< 0.0001). There was a significant difference in absorption between cultivars that had the Si treatment in 2014 and 2015 except during the period of September 2015 (P=0.2804). On the other hand, in general, June-bearing cultivars absorbed significantly more Si compared to day neutral cultivars (P< 0.0001). In both years, Si treatment significantly reduced P. aphanis intensity and incidence on leaves and fruits (P< 0.0001) with cvs. Verity and Charlotte showing the greatest reduction. Finally, plants treated with Si produced significantly more marketable fruits in both 2014 and 2015. These results support the hypothesis that Si could be used as a preventive control measure against P. aphanis in a commercial setting.

L'utilisation des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) pourrait constituer une alternative potentielle aux traitements fongicides conventionnels pour lutter contre les maladies cryptogamiques des plantes. Notre travail a consisté à étudier l'éventuel effet protecteur de la mycorhization arbusculaire chez le blé tendre (triticum aestivum L.) contre Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt), un champignon biotrophe responsable de l'oïdium, une maladie affectant les parties aériennes de la plante. L'inoculation mycorhizienne du blé avec le CMA Funneliformis mosseae (FM), en conditions controlées et optimisées, nous a permis d'obtenir parallèlement à un taux de mycorhization de 38% des plants de blé, une amélioration significative de la biomasse et un taux de protection contre Bgt estimé à 78%. Ces résultats suggèrent l'induction d'une résistance systémique des réactions de défense du blé par mycorhization (Mycorrhiza-Induced Resistance, MIR). Cette protection serait liée à une accumulation de composés phénoliques et de preoxyde d'hydrogène dans les cellules épidermiques des feuilles de blé mycorhizé, au niveau du site de pénétration de Bgt. Une surexpression des gènes POX, PAL, CH11 et NPR1 codant pour des marqueurs de défense a également été mise en évidence dans les feuilles en absence d'infection par Bgt. Enfin, nos travaux ont également souligné l'intégration de divers paramètres pour optimiser l'utilisation des CMA comme agents de biocontrôle chez le blé. La meilleure protection contre l'oïdium a été obtenue aec un apport en phosphore réduit de 5 fois par rapport à celui préconisé au champ et un inoculum mycorhizien à base de Fm, que ce soit chez un cultivar modérément sensible ou un cultivar plus résistant. / The use of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) could be an innovative alternative to chemicals against fungal plant diseases. Our work aimed at studying the possible protective effect of arbuscular mycorrhization in the bread wheat (Triticum aestivum L.) against Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt), a biotrophic fungi responsible of wheat powdery mildew, a disease affecting the aerial plant organs. Wheat mycorrhizal inoculation by Funneliformis mosseae (Fm), under controlled and optimized conditions, allowed us to obtain concomitantly a micorrhizal rate of 38%, a significant increase of plant biomass and a protection level against Bgt estimated at 78%. These results suggest the induction of systemic wheat defense reactions resulting from mycorrhization (Mycorrhiza-Induced Resistance - MIR). This protection is linked to an accumulation of phenolic compounds and hydrogen peroxide at the Bgt penetration sites in epidermal leaf cells of mycorrhized wheat plants. Up-regulations of POX, PAL, NPR1 and CH11 genes encoding for defense markers were also pointed out in leaves of mycorrhizal wheat in the absence of Bgt infection. Moreover, our study highlighted the importance of taking into account various parameters to optimize the use of AMF as biocontrol agents. The highest protection against powdery mildew was obtained with a 5-fold reduced phosphorus input compared to that recommended in the field and with the mycorrhizal inoculum Fm, in both a moderately susceptible or a more resistant cultuva

La phénologie du débourrement est un caractère majeur d’adaptation des arbres à leurenvironnement en milieu tempéré. Notre objectif a été de caractériser les contraintes biotiques (oïdium) etabiotiques (températures hivernales et printanières / gels tardifs) s’exerçant sur le débourrement afind’expliquer les patrons de variation phénologique intra et inter populationnelle observés chez le chêne(Quercus petraea) le long d’un gradient altitudinal. Nous avons utilisé une approche combinantobservations in situ, expérimentation, et modélisation. Nous avons mis en évidence que l’évitement desgels tardifs printaniers est un caractère adaptatif majeur le long du gradient altitudinal. La tardiveté dudébourrement pourrait être due à des besoins plus importants en température de forcing. Par ailleurs, lechampignon n’est pas adapté localement à la phénologie de son hôte et les individus et les populationssont alors inégalement exposés à la maladie. En montant en altitude, les chênes sont de plus en plusexposés au champignon, mais les facteurs environnementaux sont défavorables à une plus forte infection.A basse altitude, l’oïdium et les gels tardifs favorisent des phénotypes phénologiques opposés(respectivement précoces vs. tardifs) ; la combinaison des deux contraintes pourrait donc contribuer aumaintien de la forte diversité phénologique observée. D’autre part, nous avons observé que l’infection parl’oïdium engendre une augmentation du polycyclisme chez les semis de chêne au cours de la saison decroissance, ce qui les rend moins résistants aux gels hivernaux. Nous montrons qu’il est important que lesmodèles phénologiques à visée prédictive intègrent la phase de chilling aboutissant à la levée dedormance. Le manque de chilling ne semble pas encore un facteur limitant, mais la tendance actuelle à undébourrement de plus en plus précoce sera probablement freinée voire inversée au milieu du siècle enbasse altitude, dans la marge sud de distribution de Q. petraea. / Budburst phenology is a major adaptive trait of trees to the environment in temperateclimate. Our aim was to characterize the biotic (powdery mildew) and abiotic (winter and springtemperatures / spring frost) constraints acting on budburst in view to explain the patterns of intra and interpopulations’ phenological variation observed in sessile oak (Quercus petraea) along an elevation gradient.We based our approach on in situ monitoring, experimentation and modeling. Our results highlight that theavoidance of late spring frosts is a major adaptive trait along the elevation gradient. The lateness inbudburst might be due to higher requirements in forcing temperatures. Otherwise, the fungus is not locallyadapted to its host phenology so oak individuals and populations are unequally exposed to the disease.With increasing elevation, oaks are more and more exposed to the fungus, but the environmental factorsare unfavorable to higher infection. At low elevation, powdery mildew and late spring frosts favor oppositephonological phenotypes (early-flushing vs. late-flushing trees, respectively); the combination of the twopressures may thus contribute to the maintenance of the observed high phenological diversity. We alsoshowed that powdery mildew infection induced an increased polycyclism during the growing season in oakseedlings, which made them less resistant to winter frosts. Predictive phenological models will have toinclude the chilling phase which conditions dormancy breaking. Although the lack of chilling is not yet alimiting factor, the current trend in increasingly advanced budburst will certainly be slowed or even reversedin the middle of the century at low elevation, in the southern margin of the distribution area of Q. petraea.

Le silicium (ou silice), sous forme d'acide silicique, est un élément reconnu pour son effet prophylactique contre divers agents pathogènes des plantes. Toutefois son utilisation est limitée par la faible solubilité et la polymérisation rapide de l'acide silicique. Afin d'en accroître la solubilité in planta, trois composés de dégradation du silicone, les polydiméthylsiloxanes, ont été évalués comme substituts à l'acide silicique. Bien que plus solubles, ces composés ont été peu absorbés par le blé et n'ont pu prévenir l'établissement du blanc. Ils ont également induit des symptômes de phytotoxicité assez sévères. Cette étude est la première à évaluer, sous conditions contrôlées, l'impact de dérivés de silicone sur la croissance des plantes. Selon nos résultats, ces composés sont peu intéressants pour stimuler les défenses des plantes et leur rejet dans l'environnement sur des terres agricoles devrait se faire avec précaution. / Soluble silicon in the form of silicic acid is well known for its prophylactic effect against fungal plant pathogens. However, its practical use is limited by the low solubility and rapid polymerization of silicic acid. In order to overcome these constraints, three degradation products of silicone. polydimethylsiloxanes, were evaluated as a substitute for silicic acid. Although more soluble, these compounds were poorly absorbed by the plant and could not prevent wheat powdery mildew infection under our experimental conditions. They also induced severe symptoms of phytotoxicity. This study is the first one to thoroughly assess under controlled conditions the effect of silicone-derived compounds on plant growth. Based on our results, these compounds do not appear to have any prophylatcic effect on plants and should further be monitored with care when released in the environment on agricultural lands.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2007-2008. / Le but de ce travail était de mettre en évidence la production de composés antifongiques chez le blé (Triticum aestivum) infecté par le blanc (Blumeria graminis f. sp. tritici) en relation avec un traitement à la silice soluble (Si). À cette fin, trois objectifs ont été définis : (1) mise en évidence de la résistance du blé induite par la silice et de la production de composés antifongiques suite à l'élaboration des procédés d'extraction; (2) mise au point d'une méthode d'extraction et de purification à grande échelle de composés putativement impliqués dans la résistance, vérification de la fongitoxicité et identification structurale des composés purifiés; (3) étude de la cinétique de production des composés identifiés chez le blé dans les jours suivant l'infection afin d'établir une relation entre cette production et la résistance à la maladie. Il a été montré que, comparés aux plants témoins, les plants de blé traités à la silice présentaient une meilleure résistance au blanc. De surcroît et suite à des analyses en microscopie, cette résistance semblait liée à la production de composés antifongiques nouvellement formés. Pour l'étude de ces composés, la mise au point de différents procédés d'extraction a permis la purification et la caractérisation de l'acide 5,6-O-methyl frans-aconitique, un composé antifongique fortement induit par la silice en réponse à l'infection chez le blé. Des études complémentaires ont aussi mis en évidence la présence d'autres dérivés méthylés ou encore de la forme non méthylée de cet acide aconitique chez le blé. Dans le cadre de l'étude de la cinétique, alors que les formes non méthylées de l'acide aconitique se sont accumulées dans la plante saine au cours de sa croissance, la quantité d'acide aconitique a suivi un profil inverse chez les plants infectés par le blanc. Parallèlement à cette diminution des formes non méthylées, la concentration en formes méthylées a augmenté et cet effet était plus marqué chez les plants ayant reçu un traitement à la silice. Fort de ces résultats, l'hypothèse de l'utilisation de l'acide aconitique en tant que précurseur pour produire des formes méthylées antifongiques de l'acide aconitique a été formulée. Une corrélation a également été observée entre l'augmentation de ces formes antifongiques méthylées de l'acide aconitique et une meilleure résistance au blanc chez le blé. L'ensemble de ces travaux a ainsi démontré pour la première fois la production de formes méthylées de l'acide aconitique chez le blé en lien avec la résistance contre le blanc et le traitement prophylactique par la silice. / The main goal of this project was to highlight the production of antifungal compounds in wheat (Triticum aestivum) infected with the powdery mildew fungus (Blumeria graminis f. sp. tritici) in relation with a treatment with soluble silicon (Si). To this end, the objectives of this study were threefold: (1) to establish a link between examination of Si-induced wheat resistance and antifungal compounds production following extraction processes; (2) to develop a bulk extraction and purification procedure of compounds putatively involved in disease resistance in wheat and to determine the antifungal activity and structural identity of such compounds; (3) to conduct a kinetic study of identified compounds produced in wheat following the infection and establish how their production could relate to disease resistance. Our results consistently showed that Si-treated wheat plants displayed a better resistance against powdery mildew than control plants. Based on microscopic observations, this resistance appeared to be linked with the production of neo-synthesized antifungal compounds in wheat. In an effort to identify these compounds, different extraction processes were developed and tested which led to the purification and the characterization of 5,6- O-methyl frans-aconitic acid, an antifungal compound strongly induced by Si in response to infection in wheat. In addition, the presence of mono-methylated and non-methylated forms of aconitic acid in wheat was recorded. When studied over time, aconitic acid concentration increased steadily in healthy plants but decreased slightly in infected plants. Concomitant with this decrease, the concentration of methylated forms of aconitic acid augmented, a phenomenon more prevalent in Si-amended plants. This suggests that aconitic acid can act as a precursor to methylated antifungal forms. A relationship between the presence of methylated forms of aconitic acid and a higher resistance to powdery mildew in wheat was also observed.

L’oïdium est une des maladies les plus communes sur chêne en Europe. Cette maladie a été signalée à partir du début du 20ème siècle. Toutefois, peu de données sont disponibles sur l’identité de l’agent causal et de son interaction avec l’hôte. L’objectif de cette étude est d’améliorer les connaissances sur ce pathosystème : (1) caractériser son agent causal avec un marqueur moléculaire (ADN ribosomal) et étudier la distribution spatiale des différentes lignées ; (2) étudier l’adaptation locale du parasite à son hôte ; (3) explorer le déterminisme génétique de la résistance de l’hôte. L’étude de l’ADN ribosomal (ITS=Internal transcribed region et IGS= Intergenic spacer) a mis en évidence l’existence de quatre haplotypes, dont trois seulement avaient été associés à des agents d’oïdium sur chêne en Europe. Erysiphe alphitoïdes, classiquement considéré comme responsable de l’épidémie du XXème siècle est bien l’espèce prépondérante (environ 80% des détections), E. hypophylla et Phyllactinia sp étant détectés à fréquence beaucoup plus faible. Un résultat inattendu est la détection d’une quatrième séquence, présentant 100% d’homologie avec celle de plusieurs agents d’oïdium d’arbres tropicaux et avec Erysiphe quercicola, très récemment décrit sur chêne en Asie et Australie mais jusqu’alors inconnu en Europe. L’ITS de E. quercicola est détecté dans toutes les régions de France, à une fréquence non négligeable (de l’ordre de 15% en moyenne). On le trouve dans les mêmes parcelles et parfois sur les mêmes arbres, voire dans les mêmes lésions que E. alphitoides. La mise au point d’une méthode d’inoculation artificielle a permis d’étudier de façon quantitative l’interaction chêne-oïdium. Une expérimentation d’inoculations réciproques montre que les souches d’oïdium sont plus performantes sur les descendants des arbres dont elles ont été isolées que sur ceux d’autres arbres, suggèrant une adaptation trans- générationnelle. Des inoculations artificielles, complétées par des observations en conditions naturelles, ont également permis de démontrer un déterminisme génétique de la résistance des chênes, avec l’identification de plusieurs QTL. Certains de ces QTL co-localisent avec des QTL de phénologie, en accord avec l’importance de la résistance ontogénique des chênes à l’oïdium. L’ensemble de l’étude amène à reconsidérer l’oïdium du chêne comme un probable complexe d’espèces cryptiques, dont l’histoire de l’invasion et la co-existence en Europe restent à préciser. Les résultats acquis sur l’héritabilité de la résistance et l’adaptation locale du parasite constituent une première étape dans la compréhension des interactions démo-génétiques entre hôte et parasite dans ce pathosystème. / Powdery mildew is the most common disease on oaks in Europe where it was first recorded at the beginning of the 20th century. Yet, little is known about the identity of the causal agent and his interaction with its host. The objective of this study was: (1) to characterize the species responsible of oak powdery mildew with a molecular marker (ribosomal DNA); to study the spatial distribution of these different lineages and (2) to study local adaptation of the parasite to its host (3) to explore the genetic determinism of host resistance. The study of the ITS (internal transcribed region) and IGS (intergenic spacer) diversity revealed the existence of four haplotypes, only three had been already associated with oak powdery mildew in Europe. Erysiphe alphitoïdes, for a long time considered as sole responsible for the epidemic of the XXth century, was the predominant species (~ 80% of detections), E. hypophylla and Phyllactinia sp. were detected at lower frequencies. An unexpected result is the detection of a fourth sequence which show 100% homology with ITS sequences of several powdery mildew agents of tropical trees and Erysiphe quercicola, recently described on oak in Asia and Australia but previously unknown in Europe. E. quercicola ITS was detected in all French regions, at a significant frequency (~ 15%). The study showed that E. alphitoides was often found in association with different ITS types in the same region, the same tree, and even in the same lesion. The development of an artificial inoculation method allowed the quantitative evaluation of the oak-powdery mildew interaction. A reciprocal inoculation experiment showed that powdery mildew strains were more efficient on their mother tress and their descendants than on the other trees, suggesting a trans-generational adaptation. Artificial inoculations, supplemented by observations in natural conditions, have also demonstrated a genetic determination of resistance of oak trees, with the identification of several QTL. Some of these QTL co-localize with QTL controlling phenology, in agreement with the importance of oaks ontogenic resistance to powdery mildew. The entire study leads to reconsider oak powdery mildew as a probable complex of cryptic species; the invasion history and the co-existence in Europe are still to be determined. The results achieved on the heritability of resistance and localization of the parasite are a first step in understanding the demo-genetic interactions between host and parasite in this pathosystem.

Comment concilier productivité et réduction de l'usage des pesticides ? Le développement de l'oïdium, maladie majeure en viticulture, peut être limité (service de régulation de l'oïdium) par un faible niveau de développement végétatif de la vigne associé à une forte porosité du couvert. Or, de telles caractéristiques limitent également la quantité de rayonnement intercepté par la vigne, et donc la production de biomasse par photosynthèse, et finalement le rendement (service d'approvisionnement). Peut-on augmenter la régulation de l'oïdium sans diminuer le rendement de la vigne ? Autrement dit, existe-t-il une relation de compromis entre ces deux services ? Pour répondre à cette question, deux expérimentations ont été mobilisées : une expérimentation au champ réalisée près de Montpellier de 2010 à 2012 (Syrah), et un réseau de témoins non traités suivis par l'IFV dans la région de Bordeaux de 2007 à 2013. L'analyse des données issues de ces expérimentations a permis de montrer (i) que l'effet des stress hydrique et azoté sur la formation des inflorescences dans les bourgeons latents à la floraison de l'année n-1 détermine 65 à 70 \% du rendement de la vigne lors de l'année n ; (ii) que l'effet du développement végétatif de la vigne sur le développement de l'oïdium n'est significatif que dans le cas d'épidémies de précocité moyenne, dont les premiers symptômes ont été détectés sur feuilles entre la floraison et la fermeture de la grappe. Le développement végétatif de la vigne à la floraison est donc un indicateur pertinent du service de régulation de l'oïdium. Ces résultats ont ensuite permis de confirmer expérimentalement l'hypothèse de l'existence d'un compromis entre rendement de la vigne et régulation de l'oïdium et d'identifier le stress hydrique à la floraison comme un déterminant partagé de ces deux services. Ce dernier point a alors été transcrit dans un modèle simple dans lequel le rendement de la vigne de l'année n dépend principalement de l'année n-1, et le développement végétatif dépend seulement de l'année n. L'analyse des propriétés mathématiques de ce modèle a permis de montrer que la réalisation de compromis favorables entre ces deux services (i.e. un fort niveau des deux services) est possible mais déterminée par l'occurrence de séquences climatiques particulières (une année humide suivie d'une année sèche). Ainsi, les compromis favorables ne peuvent être atteints deux années consécutives et ne sont donc pas stables dans le temps. Les règles de décisions d'application des traitements phytosanitaires pourraient ainsi être adaptées en fonction de la variabilité climatique inter-annuelle et de ses conséquences sur les compromis entre le rendement de la vigne et la régulation des maladies cryptogamiques. / How to combine crop productivity and reduction in pesticide use ? A reduction in plant growth and an increase in crop canopy porosity has been shown to limit the development of the grapevine powdery mildew (powdery mildew regulation service), which is a major disease in viticulture. However, this could also limit grapevine yield through a reduction in light interception and biomass production through photosynthesis. Can regulation of powdery mildew be increased without grapevine yield impairment ? In other words, do these two services trade off ? To address this question, two experiments were used. A field experiment was conducted in Montpellier from 2010 to 2012 on Shiraz, and a network of non-sprayed vineyard plots was monitored by the French Institute of Vine and wine in the Bordeaux region from 2007 to 2013. Data analyses showed that: (i) 65 to 70 \% of grapevine yield in year n were determined by the effect of water and nitrogen stresses on inflorescence formation in the latent buds at flowering in year n-1; (ii) the effect of grapevine vegetative development on powdery mildew depended on epidemic earliness and was significant only when first symptoms were detected on leaves between flowering and bunch closure. Grapevine vegetative development at flowering was therefore a relevant indicator of the powdery mildew regulation service. Based on these results, the hypothesis of a trade-off between grapevine yield and powdery mildew regulation was experimentally confirmed and water stress at flowering was identified as a shared driver of these two services. Then, a simple model was built that accounted for the effect of water stress at flowering on the two services, where grapevine yield depended mostly on year n-1 and grapevine vegetative development depended only on year n conditions. Analysis of the model's mathematical properties showed that "win-win" scenarios (high level of both services) did exist and were reached when specific climatic sequences occured (a wet year followed by a dry year). The "win-win" scenarios could not be reached two consecutive years and were therefore temporally unstable. Decision rules for pesticides application may be adapted in function of the inter-annual climatic variability and its effect on the trade-off between grapevine yield and regulation powdery mildew.

Afin d'améliorer nos pratiques agricoles dans le contexte d'une agriculture durable, plusieurs agents de lutte biologique (ALB) ont été développés, testés et sont maintenant utilisés dans le monde pour combattre les pertes de rendements causées par les maladies. Blumeria graminis f. sp. hordei ( Bgh) est l'agent pathogène responsable du blanc de l'orge et peut réduire les rendements de cette culture jusqu'à 40%. Un champignon épiphyte, Pseudozyma flocculosa, a été découvert et identifié en 1987 en association étroite avec le blanc du trèfle. Les chercheurs ont alors remarqué que ce champignon exhibait une forte activité antagoniste contre le blanc en détruisant les structures de l'agent pathogène. Suite à d'autres travaux, il est apparu que ce comportement antagoniste était dirigé contre tous les membres des Erysiphales et semblait lié à la synthèse d'un glycolipide antifongique soit la flocculosine. Toutefois, on n'est toujours pas parvenus à associer l'efficacité de l'ALB avec la production de ce glycolipide. Ces observations suggèrent que d'autres facteurs seraient impliqués lorsque les deux protagonistes, l'ALB et le blanc, sont en contact. L'objectif principal de ce projet était donc de chercher d'autres mécanismes moléculaires pouvant expliquer l'interaction P. flocculosa-blanc et orge, en faisant une analyse transcriptomique complète des trois protagonistes en même temps. L'interaction tripartite a été échantillonnée à différents temps suivant l'inoculation de P. flocculosa sur des feuilles d'orge présentant déjà une intensité de blanc d'environ 50%. Les échantillons de feuilles prélevés ont ensuite été utilisés pour l'extraction de l'ARN qui ont été ensuite transformés en ADNc pour la préparation des librairies. Cinq répliquats ont été effectués pour chaque temps et le tout a été séquencé à l'aide de séquençage par synthèse Illumina HiSeq. Les séquences obtenues (reads) ont ensuite été analysées à l'aide du logiciel CLC Genomics Workbench. Brièvement, les séquences obtenues ont été cartographiées sur les trois génomes de référence. Suite à la cartographie, les analyses d'expression ont été conduites et les gènes exprimés de façon différentielle ont été recherchés. Cette étape a été conduite en portant une attention particulière aux gènes codant pour un groupe de protéines appelées CSEP pour “candidate secreted effector proteins” qui seraient possiblement impliquées dans l'interaction tripartite. Parmi les protéines exprimées de façon différentielle en présence du blanc ou en absence de ce dernier, nous avons pu constater que certaines CSEP étaient fortement exprimées en présence du blanc. Ces résultats sont prometteurs et nous offrent une piste certaine pour l'élucidation des mécanismes impliqués dans cette interaction tripartite.