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PCR-based detection of microorganisms in complex biological samplesLantz, Pär-G. January 1998 (has links)
Thesis (doctoral)--Lund University, 1998.
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PCR-based detection of microorganisms in complex biological samplesLantz, Pär-G. January 1998 (has links)
Thesis (doctoral)--Lund University, 1998.
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Intelligent techniques for optimization and estimation /Ngatchou, Patrick. January 2006 (has links)
Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (p. 139-149).
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Characterization and use of a multiplex PCR-based system random amplified polymorphic DNA /Halldén, Christer. January 1998 (has links)
Thesis (doctoral)--Lund University, 1998. / Includes bibliographical references.
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Characterization and use of a multiplex PCR-based system random amplified polymorphic DNA /Halldén, Christer. January 1998 (has links)
Thesis (doctoral)--Lund University, 1998. / Includes bibliographical references.
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Avaliação da microbiota subgengival por PCR, antes e após a terapia mecânica, em pacientes com periodontite crônica: estudo da eficácia do tratamentoGuiducci, Rodrigo Célio 20 April 2010 (has links)
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-09-22T11:47:33Z
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Previous issue date: 2010-04-20 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A periodontite é conceituada como uma doença infecciosa persistente, com resposta inflamatória dos tecidos de suporte que envolve os dentes, incluindo ligamento periodontal, cemento e osso alveolar. O reflexo clínico do envolvimento das estruturas de suporte é a formação de bolsas subgengivais, perda de inserção clínica e sangramento gengival. O objetivo deste estudo foi verificar a eficácia da terapia periodontal mecânica como forma de tratamento da periodontite, analisando pacientes antes e após terapia para dados clínicos como profundidade de bolsa subgengival, índice de placa e sangramento a sondagem. Foi avaliada a presença e ou ausência de microrganismos subgengivais periodontopatogênicos como Agreggatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivallis, Tannerela forsythia, Prevotella nigrescens, Eikenella corrodens, Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Campylobacter rectus, Prevotella intermedia nos momentos pré e pós terapia através da Reação da Polimerase em Cadeia (PCR). Obteve se índices de sucesso na redução qualitativa destes patógenos, implicando diretamente na efetiva melhoria da redução da profundidade de bolsa subgengival, redução do número de pacientes com sangramento e do índice de placa encontrado nestes pacientes após terapia. Espécies como Porphyromonas gingivallis quando reduzidas pela terapia implicam na maior média de redução de profundidade de bolsa e espécies como Agreggatibacter actinomycetemcomitans e Prevotella intermedia quando reduzidos refletem na recuperação de sangramento e cálculo periodontal nos doentes periodontais. Pode-se concluir que a doença periodontal é multifatorial existindo uma interdependência entre as bactérias responsáveis por sua etiologia, e que a terapia periodontal mecânica pode reduzir estas bactérias, mas não erradicá-las. Ao final de 3 meses após terapia, existe uma recolonização bacteriana, sendo preponderante a higiene bucal do paciente e sua predisposição
para novos ciclos de ativação da doença periodontal. A reação da polimerase em cadeia (PCR) mostrou se efetiva ferramenta para diagnóstico e prognóstico da doença periodontal. / Periodontitis is defined as a persistent infectious disease with inflammation of supporting tissues surrounding the teeth, including periodontal ligament, cementum and alveolar bone. The reflection of the clinical involvement of the supporting structures is the formation of subgingival pockets, clinical attachment loss and gingival bleeding. The aim of this study was to assess the effectiveness of mechanical periodontal therapy as treatment of periodontitis by examining patients before and after therapy to clinical data as subgingival pocket depth, plaque index and bleeding on probing. Was evaluated and the presence or absence of subgingival microorganisms as periodontopathogenic Agreggatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivallis, Tannerela forsythia, Prevotella nigrescens, Eikenella corrodens, Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Campylobacter rectus, Prevotella intermedia in the moments before and after therapy by the Polymerase Reaction chain reaction (PCR). Obtained if the success rate in reducing these pathogens qualitative, involving directly in the effective improvement of reduced depth of subgingival pocket, reducing the number of patients with bleeding and plaque index found in these patients after therapy. Species such as Porphyromonas gingivallis reduced by therapy implies the highest average reduction of pocket depth and species as Agreggatibacter actinomycetemcomitans and Prevotella intermedia as reflected in reduced recovery of periodontal bleeding and calculus in periodontal patients. It can be concluded that periodontal disease is multifactorial and there is an interdependence between the bacteria responsible for its etiology, and that mechanical periodontal therapy may reduce these bacteria, but not eradicate them. At the end of three months after therapy, there is a bacterial recolonization, being predominantly oral hygiene of patients and their predisposition to new cycles of
activation of periodontal disease. The polymerase chain reaction (PCR) has proved to be an effective tool for diagnosis and prognosis of periodontal disease.
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Staphylococcus aureus isolados de linguiças suínas e de frango do tipo frescal: perfil de suscetibilidade e caracterização molecular / Staphylococcus aureus isolated from fresh pork and chicken sausages: profile of susceptibility and molecular characterizationBernardo, Larissa Gomes 30 March 2015 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-05T11:28:33Z
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Previous issue date: 2015-03-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This study aimed to isolate and identify Staphylococcus aureus in fresh sausages that were handmade or industrially produced, and characterize isolates for susceptibility to antimicrobial agents and the presence of virulence genes. We collected 86 samples of fresh sausages, pork and chicken, in butchers of the city of Aparecida de Goiânia, Goiás. The temperature of the sausages was also measured at the time of collection. After microbiological analysis, the isolates were submitted to the antibiogram by disk diffusion technique, to typing by Pulsed Field Gel Electrophoresis and to detection of virulence genes by Polymerase Chain Reaction. Most sausages collected (68.6%) showed temperature above 4 ° C, ranging from 4.98 °C to 9.89 °C. Six samples were contaminated with Staphylococcus sp., with seven isolates, but with scores within the standard set by the Brazilian law (5.0 x 103 colony forming units per gram). Of the seven isolates obtained from different brands, collected in different butchers, three were identified as Staphylococcus aureus by detection of the femA gene, were sensitive to all antibiotics tested and showed 100% similarity by Pulsed Field. The genes encoding the hemolysins A and B, and enterotoxin H were detected in three of S. aureus strains and in one of them were already detected the genes encoding enterotoxins G and I. The survey allowed to detect S. aureus in fresh sausages, and the possibility of expression of enterotoxins genes., The presence of isolates genetically identical identified in samples obtained of distinct brands and from different butchers indicate common source of contamination or spread of particular strains in this type of food. It should be noted therefore the need to observe the product's storage conditions such as temperature when that significant amounts of toxins are not produced and become risk for the occurrence of outbreaks. / Este estudo teve como objetivo isolar e identificar Staphylococcus aureus em linguiças frescais, fabricadas artesanalmente ou de modo industrial, e caracterizar os isolados quanto à suscetibilidade a antimicrobianos e à presença de genes de virulência. Foram coletadas 86 amostras de linguiças frescais, suína e de frango, em açougues do Município de Aparecida de Goiânia, Goiás. A temperatura das linguiças foi aferida no momento da coleta. Após análise microbiológica, realizou-se o antibiograma pela técnica de disco-difusão, tipagem microbiana por eletroforese em gel em campo pulsado e detecção de genes de virulência pela Reação em Cadeia de Polimerase. A maioria das linguiças coletadas (68,6%) apresentaram temperatura superior a 4 ºC, variando de 4,98 ºC a 9,89 ºC. Seis amostras estavam contaminadas por
Staphylococcus sp., sendo obtidos sete isolados, porém com contagens conforme o padrão estabelecido pela legislação brasileira em vigor (5,0 x 103 unidades formadoras de colônia por grama). Dos sete isolados, três obtidos de amostras de marcas distintas, coletados em açougues diferentes, foram identificados como Staphylococcus aureus pela detecção do gene femA, apresentaram sensibilidade a todos os antibióticos testados e 100% de similaridade pela técnica de Pulsed Field. Foi detectada a presença de genes que codificam as hemolisinas A e B e a enterotoxina H nos três isolados de S. aureus e em um deles ainda foram detectados os genes que codificam as enterotoxinas G e I. A pesquisa permitiu detectar S. aureus em linguiças frescais e a possibilidade de expressão de genes de enterotoxinas. A presença de isolados semelhantes geneticamente, identificados em amostras oriundas de açougues diferentes e de marcas distintas, indicam origem comum de contaminação ou difusão de linhagens particulares neste tipo de alimento. Ressalta-se portanto, a necessidade de se observar as condições de armazenamento do produto como a temperatura, para que quantidades expressivas de toxinas não sejam produzidas e se tornem risco para a ocorrência de surtos de origem alimentar.
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