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Filolegrafia e fluxo gênico em espécies do gênero Caryocar / Phylogeograghy and gene flow in species of Caryocar genusSOUZA NETO, Advaldo Carlos de 12 March 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012-03-12 / The genus Caryocar is formed by tree species and is distributed in the neotropical region. Many species of the genus are found in forested biomes, but three species are found in the dry diagonal that cuts the two Brazilian biomes of tropical forests: C. brasiliense, C. coriaceum and C. cuneatum. Understand the phylogeographic pattern of these species may help to comprehend the historic events responsible for the actual biogeographic patterns of the region. In this context, the aim of our study was evaluate the genetic variability of the species that are found in the Brazilian dry diagonal, observe how it s distributed in the sampled populations and, from the data, try to construct a phylogeographic hypothesis for the origin of these species. We sequenced two chloroplastic regions, trnH-psbA and trnC-ycf6, from nine species of the genus Caryocar, for a better understanding of the dry diagonal group origin relative to the species that are found in the tropical forests biomes. We inferred the genetic diversity indices; the relationship between the species, using a network and a Bayesian phylogenetic tree; and we inferred the Time to the Most Recent Common Ancestor of the groups of interest using coalescence based methods. We analyzed 785 base pairs and found 23 haplotypes, some of them are shared between species, demonstrating the possibility of incomplete lineage sorting or hybridization between species of the genus. The species presented low genetic diversity indices, and we found genetic structure in the Caryocar brasiliense populations. The populations from the northern and western threshold of the C. brasiliense distribution presented evidences that they may have functioned as a source of migrants to the other populations. The date of the divergence time reveals that the dry diagonal group has originated around 2,48 millions years before present, and the ancestor of the C. coriaceum e C. cuneatum appeared around 1,21 million years before present, at the beginning of the glacial periods, at Pleistocene. It suggests that these glacial periods had influenced the actual distribution of the species. / O gênero Caryocar é composto por espécies arbóreas, distribuído na região neotropical. A maioria das espécies do gênero ocupa biomas florestais, porém três espécies se distribuem na diagonal seca que corta os dois biomas de floresta tropical brasileira sendo elas C. brasiliense, C. coriaceum e C. cuneatum. Entender o padrão filogeográfico dessas espécies pode ajudar na compreensão de eventos históricos responsáveis pelos padrões biogeográficos atuais da região. Nesse contexto, o objetivo de nosso estudo foi avaliar a variabilidade genética existente nas espécies que ocupam a diagonal seca brasileira, observar como ela se encontra distribuída nas populações amostradas e a partir dos dados tentar construir uma hipótese filogeográfica para a origem dessas espécies. Foram sequenciadas duas regiões do genoma cloroplastidial, trnH-psbA e trnC-ycf6, de nove espécies do gênero Caryocar, para a melhor compreensão da origem do grupo da diagonal seca em relação às espécies que ocupam biomas de florestas tropicais. Foram inferidos os índices de diversidade genética; a relação de parentesco entre as espécies por meio de uma rede de haplótipos e de uma árvore filogenética Bayesiana; a estrutura genética das populações; mudanças demográficas históricas; e por fim, o cálculo dos tempos de divergência do grupo em interesse foi realizado por meio da metodologia baseada na teoria de coalescência. Foram analisados 785 pares de base e foram encontrados 23 haplótipos, alguns deles compartilhados entre espécies, demonstrando a possibilidade de retenção de polimorfismo ancestral ou hibridização entre as espécies do gênero. As espécies apresentaram baixos índices de diversidade genética, e foi encontrada estruturação dessa variabilidade na espécie C. brasiliense (ΦST = 0,363). No geral, não houve evidências de grandes mudanças demográficas históricas nas espécies em estudo. As populações do limite norte e oeste da distribuição de C. brasiliense apresentaram evidências de que podem ter funcionado como fonte de migrantes para as demais populações. A datação dos períodos de divergência revelou que o grupo da diagonal seca se originou por volta de 2,48 milhões de anos (Ma) atrás, e o ancestral das espécies C. cuneatum e C. coriaceum surgiu por volta de 1,21 Ma, sugerindo um possível efeito das glaciações pleistocênicas na distribuição atual das espécies.
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Microclima e bioindicadores paleoclimáticos em paisagens com ocorrência de areais em São Francisco de Assis, RS, BrasilSilva, Dakir Larara Machado da January 2009 (has links)
A tese que fundamenta esta pesquisa centra-se na idéia de que as cactáceas encontradas na área de estudo são bioindicadoras de climas pretéritos. Suas características em escala micro são similares aos seus ambientes de origem ou, ao sofrerem transformações, apresentam condições para estabelecimento e proliferação nesses ambientes. Mais especificamente, o objetivo é de analisar em escala microclimática, diferentes compartimentos da paisagem em áreas de ocorrência de areais, no município de São Francisco de Assis, Rio Grande do Sul, Brasil. Isso possibilitará o reconhecimento das condições ambientais que dão suporte à variação e densidade de cactáceas e demais espécies (arbóreas e arbustivas) que compõem a cobertura vegetal em diferentes setores e, sua possível identificação como indicadores bioclimáticos. Derivada da necessidade de pesquisa em escala climática de detalhe elaborou-se, preliminarmente, uma análise em escala local. Posteriormente, através de um estudo experimental realizado através de medições de parâmetros climáticos ao longo de um ano experimental, analisamos o microclima da área objeto de investigação tomando como suporte unidades de paisagem. Identificamos, para cada unidade, a distribuição das diferentes espécies de cactáceas, além da caracterização de algumas espécies arbóreas e arbustivas. A presença de espécies de cactáceas em paisagens de ocorrência de areais e, em especial na área de estudo, retrata a característica bioindicadora deste táxon quanto aos aspectos climáticos pretéritos. Estas se constituíram ao longo do seu processo evolutivo, como um conjunto de espécies que, na sua relação com as particularidades geoecológicas atuais, apresentaram uma extrema amplitude modulativa (resposta fisiológica). Tal característica as possibilitou existirem mesmo com as alterações climáticas presenciadas durante o Pleistoceno/Holoceno, constituindo-se em palimpsestos geoecológicos em áreas restritas. Em síntese, esta pesquisa permite concluir que a área objeto de estudo se apresenta diversa sob diferentes escalas. Revela ainda diferentes ambientes do presente e do passado, os quais se constituem em unidades amostrais de espaços mais amplos, mais frios e secos no passado, mais quentes e úmidos nos tempos atuais. Contribuiu, em nosso entendimento, para decifrar as mudanças na paisagem ao longo do tempo e, por conseguinte, acrescentar elementos na construção da Teoria dos Refúgios. / The thesis that supports this research is center on the idea that cacti found in the study area are bioindicators of past climates. Micro-scale features are similar to their environments of origin or, when suffering transformations, present conditions for establishment and proliferation in these environments. More specifically, the objective is to analize in microclimatic scale, different compartments of the landscape in areas of occurrence of sandy deposits in the municipality of São Francisco de Assis, Rio Grande do Sul, Brazil. This will make possible the recognition of environmental conditions that support the change and density of cacti and other species (tree and shrub) that compose the vegetation cover in different sectors and their possible identification as bioclimatic indicators. Derived from the need for research on climate scale of detail is developed, initially, an analysis on a local scale. Later, through an experimental study carried out by measurements of climate parameters over one year trial, we analyzed the microclimate of the area taking as object of research support units of landscape. We identify, for each unit, the distribution of the different species of cacti, besides the characterization of some tree and shrub species. The presence of species in landscapes cacti occurrence of sandy deposits and, in particular in the study area, shows the characteristic of this bioindicator taxon as to the climatic past. These are formed along its evolutionary process, as a set of species that in its relationship to the geoecological particularities current showed an extreme amplitude modulated (physiological response). Such characteristic made it possible for them to exist, even with climate change that occurred over during the Pleistocene/Holocene, making them as geoecological palimpsest. In synthesis, this research allows to conclude that the study area object presents a significant diversity under different scales. Also shows different environments of the present and past, which are sample units of larger spaces, more cold and dry in the past, warmer and wetter in the current times. Helped in our understanding, to decipher the changes in landscape over time and therefore add elements in the construction of the Refuges Theory.
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Microclima e bioindicadores paleoclimáticos em paisagens com ocorrência de areais em São Francisco de Assis, RS, BrasilSilva, Dakir Larara Machado da January 2009 (has links)
A tese que fundamenta esta pesquisa centra-se na idéia de que as cactáceas encontradas na área de estudo são bioindicadoras de climas pretéritos. Suas características em escala micro são similares aos seus ambientes de origem ou, ao sofrerem transformações, apresentam condições para estabelecimento e proliferação nesses ambientes. Mais especificamente, o objetivo é de analisar em escala microclimática, diferentes compartimentos da paisagem em áreas de ocorrência de areais, no município de São Francisco de Assis, Rio Grande do Sul, Brasil. Isso possibilitará o reconhecimento das condições ambientais que dão suporte à variação e densidade de cactáceas e demais espécies (arbóreas e arbustivas) que compõem a cobertura vegetal em diferentes setores e, sua possível identificação como indicadores bioclimáticos. Derivada da necessidade de pesquisa em escala climática de detalhe elaborou-se, preliminarmente, uma análise em escala local. Posteriormente, através de um estudo experimental realizado através de medições de parâmetros climáticos ao longo de um ano experimental, analisamos o microclima da área objeto de investigação tomando como suporte unidades de paisagem. Identificamos, para cada unidade, a distribuição das diferentes espécies de cactáceas, além da caracterização de algumas espécies arbóreas e arbustivas. A presença de espécies de cactáceas em paisagens de ocorrência de areais e, em especial na área de estudo, retrata a característica bioindicadora deste táxon quanto aos aspectos climáticos pretéritos. Estas se constituíram ao longo do seu processo evolutivo, como um conjunto de espécies que, na sua relação com as particularidades geoecológicas atuais, apresentaram uma extrema amplitude modulativa (resposta fisiológica). Tal característica as possibilitou existirem mesmo com as alterações climáticas presenciadas durante o Pleistoceno/Holoceno, constituindo-se em palimpsestos geoecológicos em áreas restritas. Em síntese, esta pesquisa permite concluir que a área objeto de estudo se apresenta diversa sob diferentes escalas. Revela ainda diferentes ambientes do presente e do passado, os quais se constituem em unidades amostrais de espaços mais amplos, mais frios e secos no passado, mais quentes e úmidos nos tempos atuais. Contribuiu, em nosso entendimento, para decifrar as mudanças na paisagem ao longo do tempo e, por conseguinte, acrescentar elementos na construção da Teoria dos Refúgios. / The thesis that supports this research is center on the idea that cacti found in the study area are bioindicators of past climates. Micro-scale features are similar to their environments of origin or, when suffering transformations, present conditions for establishment and proliferation in these environments. More specifically, the objective is to analize in microclimatic scale, different compartments of the landscape in areas of occurrence of sandy deposits in the municipality of São Francisco de Assis, Rio Grande do Sul, Brazil. This will make possible the recognition of environmental conditions that support the change and density of cacti and other species (tree and shrub) that compose the vegetation cover in different sectors and their possible identification as bioclimatic indicators. Derived from the need for research on climate scale of detail is developed, initially, an analysis on a local scale. Later, through an experimental study carried out by measurements of climate parameters over one year trial, we analyzed the microclimate of the area taking as object of research support units of landscape. We identify, for each unit, the distribution of the different species of cacti, besides the characterization of some tree and shrub species. The presence of species in landscapes cacti occurrence of sandy deposits and, in particular in the study area, shows the characteristic of this bioindicator taxon as to the climatic past. These are formed along its evolutionary process, as a set of species that in its relationship to the geoecological particularities current showed an extreme amplitude modulated (physiological response). Such characteristic made it possible for them to exist, even with climate change that occurred over during the Pleistocene/Holocene, making them as geoecological palimpsest. In synthesis, this research allows to conclude that the study area object presents a significant diversity under different scales. Also shows different environments of the present and past, which are sample units of larger spaces, more cold and dry in the past, warmer and wetter in the current times. Helped in our understanding, to decipher the changes in landscape over time and therefore add elements in the construction of the Refuges Theory.
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Microclima e bioindicadores paleoclimáticos em paisagens com ocorrência de areais em São Francisco de Assis, RS, BrasilSilva, Dakir Larara Machado da January 2009 (has links)
A tese que fundamenta esta pesquisa centra-se na idéia de que as cactáceas encontradas na área de estudo são bioindicadoras de climas pretéritos. Suas características em escala micro são similares aos seus ambientes de origem ou, ao sofrerem transformações, apresentam condições para estabelecimento e proliferação nesses ambientes. Mais especificamente, o objetivo é de analisar em escala microclimática, diferentes compartimentos da paisagem em áreas de ocorrência de areais, no município de São Francisco de Assis, Rio Grande do Sul, Brasil. Isso possibilitará o reconhecimento das condições ambientais que dão suporte à variação e densidade de cactáceas e demais espécies (arbóreas e arbustivas) que compõem a cobertura vegetal em diferentes setores e, sua possível identificação como indicadores bioclimáticos. Derivada da necessidade de pesquisa em escala climática de detalhe elaborou-se, preliminarmente, uma análise em escala local. Posteriormente, através de um estudo experimental realizado através de medições de parâmetros climáticos ao longo de um ano experimental, analisamos o microclima da área objeto de investigação tomando como suporte unidades de paisagem. Identificamos, para cada unidade, a distribuição das diferentes espécies de cactáceas, além da caracterização de algumas espécies arbóreas e arbustivas. A presença de espécies de cactáceas em paisagens de ocorrência de areais e, em especial na área de estudo, retrata a característica bioindicadora deste táxon quanto aos aspectos climáticos pretéritos. Estas se constituíram ao longo do seu processo evolutivo, como um conjunto de espécies que, na sua relação com as particularidades geoecológicas atuais, apresentaram uma extrema amplitude modulativa (resposta fisiológica). Tal característica as possibilitou existirem mesmo com as alterações climáticas presenciadas durante o Pleistoceno/Holoceno, constituindo-se em palimpsestos geoecológicos em áreas restritas. Em síntese, esta pesquisa permite concluir que a área objeto de estudo se apresenta diversa sob diferentes escalas. Revela ainda diferentes ambientes do presente e do passado, os quais se constituem em unidades amostrais de espaços mais amplos, mais frios e secos no passado, mais quentes e úmidos nos tempos atuais. Contribuiu, em nosso entendimento, para decifrar as mudanças na paisagem ao longo do tempo e, por conseguinte, acrescentar elementos na construção da Teoria dos Refúgios. / The thesis that supports this research is center on the idea that cacti found in the study area are bioindicators of past climates. Micro-scale features are similar to their environments of origin or, when suffering transformations, present conditions for establishment and proliferation in these environments. More specifically, the objective is to analize in microclimatic scale, different compartments of the landscape in areas of occurrence of sandy deposits in the municipality of São Francisco de Assis, Rio Grande do Sul, Brazil. This will make possible the recognition of environmental conditions that support the change and density of cacti and other species (tree and shrub) that compose the vegetation cover in different sectors and their possible identification as bioclimatic indicators. Derived from the need for research on climate scale of detail is developed, initially, an analysis on a local scale. Later, through an experimental study carried out by measurements of climate parameters over one year trial, we analyzed the microclimate of the area taking as object of research support units of landscape. We identify, for each unit, the distribution of the different species of cacti, besides the characterization of some tree and shrub species. The presence of species in landscapes cacti occurrence of sandy deposits and, in particular in the study area, shows the characteristic of this bioindicator taxon as to the climatic past. These are formed along its evolutionary process, as a set of species that in its relationship to the geoecological particularities current showed an extreme amplitude modulated (physiological response). Such characteristic made it possible for them to exist, even with climate change that occurred over during the Pleistocene/Holocene, making them as geoecological palimpsest. In synthesis, this research allows to conclude that the study area object presents a significant diversity under different scales. Also shows different environments of the present and past, which are sample units of larger spaces, more cold and dry in the past, warmer and wetter in the current times. Helped in our understanding, to decipher the changes in landscape over time and therefore add elements in the construction of the Refuges Theory.
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