Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-06T10:44:32Z No. of bitstreams: 1 TIAGO_PORTO_DEFINITIVA.pdf: 3066953 bytes, checksum: b7413456f225ef7c68ea74f001ddad0b (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-09-26T18:17:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TIAGO_PORTO_DEFINITIVA.pdf: 3066953 bytes, checksum: b7413456f225ef7c68ea74f001ddad0b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-26T18:17:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TIAGO_PORTO_DEFINITIVA.pdf: 3066953 bytes, checksum: b7413456f225ef7c68ea74f001ddad0b (MD5) / FAPESB, CAPES / Objetivo Objetivamos avançar na investigação do modelo mais atual de refúgios da Mata Atlântica, testando duas hipóteses: a adição de variáveis topográficas e de solo às climáticas aumenta a acurácia de modelos de distribuição de espécies endêmicas do bioma; a capacidade explicativa do modelo de refúgios do bioma sobre a localização dos refúgios das espécies é influenciada pela identidade taxonômica e/ou por características de distribuição das espécies (região e área de ocorrência e número de fitofisionomias ocupadas). Local Mata Atlântica do Brasil. Métodos Compilamos e filtramos registros de 14 espécies (aranhas, opiliões, escorpiões, anfíbios, aves, lagartos e mamíferos), e geramos modelos de distribuição utilizando o MAXENT. Para testar a primeira hipótese, comparamos a acurácia dos modelos produzidos a partir de diferentes conjuntos de variáveis ambientais. Para avaliar a segunda, mensuramos a inclusão do refúgio da espécie no refúgio do bioma e o preenchimento do refúgio do bioma pelo refúgio da espécie, e analisamos a influência da distância taxonômica entre as espécies e das características de distribuição sobre estas métricas. Resultados Os modelos mais acurados, numericamente, foram gerados ao adicionar a altitude às variáveis climáticas, embora a qualidade dos modelos com diferentes combinações de variáveis tenha sido similar. As métricas de inclusão e preenchimento não foram influenciadas pela identidade taxonômica das espécies, e as características de distribuição influenciaram apenas o preenchimento, com valores mais altos para espécies amplamente distribuídas e com ocorrência registradas para a região Nordeste-Sudeste do Brasil. Principais conclusões A capacidade preditiva do modelo de refúgios da Mata Atlântica não é mais similar para espécies mais proximamente relacionadas, o que evidencia sua aplicabilidade sem distinção do táxon. Para a inclusão, percebemos que o modelo do bioma pode ser aplicado para espécies com diferentes características de distribuição, sem alteração direcional da capacidade preditiva. Para o preenchimento, percebemos que o modelo do bioma pode ser utilizado tanto para espécies especialistas quanto generalistas com relação às fitofisionomias, e os melhores resultados foram obtidos para espécies mais amplamente distribuídas e com ocorrência na faixa Nordeste-Sudeste da Mata Atlântica. / Salvador

O contato pretérito Amazônia-Mata Atlântica vem sendo recorrentemente citado na literatura para diversos grupos da fauna Neotropical e teria ocorrido por diferentes rotas geográficas e períodos temporais. Segundo esta hipótese, em períodos quentes e úmidos as florestas se expandiram provocando retração/fragmentação das áreas abertas, ao passo que em períodos frios e secos, o inverso ocorreria. Assim, utilizando-se de crotalíneos como modelo, esta tese pretende: (1) testar o pretérito contato Amazônia-Mata Atlântica, assim como o tempo de separação entre as linhagens relictuais nesses ambientes florestados, elucidando a história demográfica das espécies de Bothrops do grupo jararacuçu, do grupo atrox e de B. bilineatus; (2) paralelamente Crotalus durissus, espécie associada à diagonal de áreas abertas da América do Sul (Caatinga, Cerrado e Chaco), foi utilizada para testar a ocorrência de expansão desses ambientes, o que levaria a quebra da hipotetizada ponte florestada Amazônia-Mata Atlântica. Através de dataset multi-locus sob Inferência Bayesiana (quatro genes mitocondriais e cinco nucleares) foram testadas as relações filogenéticas e filogeográficas entre as amostras em Bothrops e Crotalus. Cenários históricos alternativos foram testados com base em simulações coalescentes e ABC (approximate Bayesian computation). Adicionalmente, foi empregado teste de delimitação de linhagens evolutivas para o reconhecimento da diversidade, a nível de espécie, em cada grupo estudado, usando a implementação Bayesiana do algoritimo Generalized Mixed Yule-Coalescent. Os resultados filogenéticos e análises de delimitação de espécies indicam diversidade críptica para os grupos jararacussu, atrox e taeniatus. Os testes de cenários históricos sugerem (1) múltiplas conexões florestais Amazônia-Mata Atlântica nos últimos 2.5 milhões de anos, com intercâmbio faunístico em ambas as direções e (2) expansão das áreas abertas do Cerrado e Caatinga em sincronia temporal com perda de conectividade florestal Amazônia-Mata Atlântica durante o Pleistoceno tardio (3) que a formação e estabilização do Rio Amazonas teve influência na diversificação do grupo jararacuçu, gerando diversidade. Os resultados trazem informações sobre o dinamismo histórico das paisagens florestadas e abertas no Neotrópico ao longo do tempo, assim como o papel dos rios amazônicos na diversificação da fauna. Adicionalmente, os resultados apontam para instabilidade taxonômica e diversidade críptica em diversos grupos em Bothrops e em Crotalus durissus, revelando a necessidade do aprofundamento sistemático para essas serpentes venenosas de importância médica / The hypotetized historical contact Amazon-Atlantic Forest has been recurrently cited in the literature for several groups of Neotropical fauna and would have occurred by different geographic routes and time periods. According to this hypothesis, in hot and humid periods the forests expanded causing retraction / fragmentation of the open areas, while in cold and dry periods, the reverse would occur. Thus, by using Neotropical pit vipers as a model, this thesis aims to: (1) test the historical forest contact Amazon-Atlantic Forest, as well as the time of separation between relict lineages in these forested environments, elucidating the demographic history of Bothrops species from jararacussu group, atrox group and B. bilineatus; (2) Crotalus durissus, a species associated with the diagonal of open areas of South America (Caatinga, Cerrado and Chaco), was used in parallel to test the occurrence of expansion of these environments, which would lead to the breakage of the hypothetical Amazon-Atlantic Forest forested bridge. Phylogenetic and phylogeographic relationships between samples of Bothrops and Crotalus were tested through a multi-locus dataset (four mitochondrial genes and five nuclear) under Bayesian Inference. Alternative historical scenarios were tested based on coalescent simulations and ABC (approximate Bayesian computation). In addition, was inferred independently evolving lineages to recognized species diversity in each group studied, using Bayesian implementation of the molecular species delimitation algorithm Generalized Mixed Yule-Coalescent. Phylogenetic results and analyzes of species delimitation indicate cryptic diversity for the groups jararacussu, atrox and taeniatus. The tests of historical scenarios suggest (1) multiple Amazon-Atlantic Forest forest connections in the last 2.5 million years, with faunal exchange in both directions and (2) expansion of the open areas of the Cerrado and Caatinga in temporal synchrony with loss of forest bridge Amazon-Atlantic Forest during late Pleistocene (3) that the formation and stabilization of the Amazon River influenced the diversification of the jararacussu group, generating diversity. The results provide information on the historical dynamism of forested and open landscapes in the Neotropics over time, as well as the role of Amazonian rivers in the diversification of fauna. Moreover, the results point to taxonomic instability and cryptic diversity in several groups within Brothrops and Crotalus durissus, revealing the need for systematic deepening for these medically important venemous snakes

Por que os trópicos sustentam tanta diversidade? Essa é a pergunta principal que motivou este trabalho. Uma das frentes para contribuir ao entendimento deste fenômeno é estudar a origem da diversidade. Diversas hipóteses de diversificação existem, e existe também uma acalorada discussão no campo de estudo que busca testar essas diferentes hipóteses. Uma das hipóteses mais conhecida, se também não a mais polêmica, é a Hipótese de Refúgios. O objetivo deste trabalho foi, portanto, testar a Hipótese de Refúgios na Floresta Atlântica através de um estudo de caso. Para tanto, inicialmente os padrões de distribuição morfológica e genética do marsupial Didelphis aurita Wied, 1826 foram investigados através do método de quadrantes. As medidas cranianas revelaram uma correlação longitudinal para fêmeas, mas ausência de associação geográfica na variação do crânio dos machos. Entretanto, complementarmente, outro critério foi utilizado. Através de uma Análise de Componentes Principais sobre a variação da latitude e longitude resumiu-se a variação geográfica em apenas uma variável. Esta acaba se refletindo em uma diagonal da latitude e longitude, que acompanha a própria distribuição da Floresta Atlântica na costa brasileira. Agora, os grupos são formados se apresentam diferenças significativas ao longo desta diagonal, permitindo que populações biológicas distintas, mas próximas geograficamente, sejam separadas. Assim, verificou-se que a associação longitudinal das fêmeas provém basicamente da diferenciação das populações da Bahia, e mais, isso também afeta os machos. Contudo, o sinal não aparece através do outro critério devido ao fato de machos também apresentarem diferenciações em menor escala dentro da distribuição ao sul da Bahia, possivelmente devido à presença do ecótone entre a Floresta Atlântica e o cerrado latu sensu. Por usa vez, os dados genéticos como explorados através da variação geográfica do marcador mitocondrial citocromo B, revelaram que também existe uma associação com a longitude, e novamente, ela provém principalmente da diferenciação dos extremos da distribuição. Aqui, não só a mesma quebra na Bahia aparece, mas também uma outra quebra mais ao norte, de indivíduos provenientes de Alagoas. Tanto para os dados morfológicos quanto para os moleculares, demonstrou-se que há isolamento por distância no gambá, entretanto, toda a distribuição ao sul da Bahia se comporta como uma grande população panmítica. Essa ausência de estruturação geográfica, também aparente em análises de diferenciação (Fst), unidas aos testes de neutralidade (D de Tajima e F de Fu) negativos e significativos, que dão sinal de expansão demográfica recente mostram, juntos, as assinaturas esperadas pela Hipótese de Refúgios. Contudo, a divergência entre as populações deste sul datam de aproximadamente 140.000≅60.000 anos, o que não pode ser atribuída como sendo reflexo do último interglacial, esperado em cerca de 20.000 anos. Explorando mais a fundo as análises de Fst e os testes de neutralidade, revelou-se que suas estimativas são altamente influenciadas por desbalanço no tamanho de amostras, assim como baixa representatividade e agrupamentos inadequados que unem populações biológicas distintas. Os aparentes sinais de refúgios obtidos foram, portanto, artefato de três população bem amostradas no Rio de Janeiro. Sendo assim, não se pode atribuir esta hipótese como tendo criado diversidade dentro da espécie D. aurita. / How can the tropics present such diversity? This question lies at the very core of this work. While for the origins of diversity, numerous hypotheses have been put forward over time, the pursuit of empirical proofs for them is almost as old as the hypotheses themselves. One of the better known such hypothesis, and at the same time one of the most controversial, is the Refugee Hypothesis. In this context, the main goal of this thesis has been to test the Refugee Hypothesis in the Atlantic Forest by means of a study case. Initially, the morphologic and genetic distribution patterns of Didelphis aurita Wied, 1826 marsupial have been investigated using the grids method. Cranial measurements revealed a longitudinal correlation for the females and, at the same time, the absence of any geographic correlation in the variation of male skulls. By means of a Principal Component Analysis, the latitudinal and longitudinal variations have been reduced to a geographical variation dependent on one variable only _ a diagonal that follows the extension of the Atlantic Forest along the Brazilian coast. Groups have been formed if they presented significant differences along this diagonal, thus allowing distinct, but geographically close populations, to be differentiated. It could hereby be proven that the longitudinal correlation for females reflects mainly the differentiation between populations from Bahia state, and even more, that this differentiation affects the males as well. The signature does not appear in the grid criterium for the males since they also present lower levels of differentiation in the south of Bahia, possibly due to the presence of the ecotone of the Atlantic Forest with the cerrado latu sensu biome. There is, nevertheless, a break in Bahia for both males and females. As for the geographic variation of the molecular mitochondrial marker cytochrome B, it also presented a longitudinal variation, and a clear differentiation between the two extremes of the analyzed distribution. Here, not only a similar break could be seen in Bahia, but another one further north in the specimens from Alagoas state. For both the morphological and the molecular data, while there is isolation by distance effect for the opossum, all the distribution south of Bahia behaves as a large panmitic population. This lack of geographical structuring, also apparent in differentiation analyzes (Fst), together with neutrality tests (Tajima\'s D and Fu\'s F) which point towards recent geographic expansion, show the signatures expected by the Refugee Hypothesis. Since, however, the data indicates that the divergence of southern populations occurred approximately 140,000≅60,000 years ago, the diversification cannot be due to the last inter-glacial period from 20,000 years ago. To understand this seeming contradiction, further in-depth investigations of the Fst analyzes and the neutrality tests revealed that the estimations had been highly influenced by the heterogeneity in the number of samples, as well as by the low representability of some localities and also inadequate grouping of specimens, which mixed distinct biological populations. The apparent refugee signatures have thus been the misleading consequence of three well-sampled populations from Rio de Janeiro state. Therefore, the Refugee Hypothesis cannot be regarded as an explanation for the existing diversity of the species D. aurita.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-11T15:04:16Z No. of bitstreams: 2 TESE Ivo Abrão da Silva.pdf: 5682932 bytes, checksum: 77aa469515f32844ed9d5364854b67df (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T15:04:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Ivo Abrão da Silva.pdf: 5682932 bytes, checksum: 77aa469515f32844ed9d5364854b67df (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-25 / CNPq / O objetivo dessa pesquisa foi investigar quais os fatores ambientais mais contribuem para determinar o padrão de composição e riqueza de samambaias e licófitas ocorrentes nas Florestas Serranas do Nordeste ao Norte do rio São Francisco. Além disso, foi investigado se essas formações florestais apresentam evidências de refúgios de diversidade para esses grupos de plantas. Foram avaliadas as variações nas riquezas e composições de samambaias e licófitas (epífitas e terrestres) relacionadas a atributos físicos de 28 fragmentos florestais. A riqueza foi avaliada através de análises de regressões múltiplas e Anova dois-fatores, e para a composição foi aplicada uma análise de correspondência canônica. Para detectar evidências de refúgios, 28 fragmentos de Florestas Serranas tiveram os seus resíduos das análises de regressão da relação espécieárea comparados com os resíduos de 23 fragmentos de Florestas de Terras Baixas. Foram registradas 273 espécies de samambaias e licófitas, sendo a riqueza e a composição influenciadas pelo tamanho do fragmento, precipitação sazonal e tipo florestal. Foi verificada uma forte correlação entre as condições ambientais e a distância geográfica, mas a distância geográfica mostrou fraco efeito sobre a similaridade florística. As Florestas Serranas apresentaram resíduos com valores maiores e positivos com mais frequência que os resíduos observados para as Florestas de Terras Baixas. Isso indica uma riqueza maior que à esperada pela relação espécie-área. A interação entre fatores climáticos, tipo florestal e tamanho do fragmento são determinantes para as condições microclimáticas das áreas estudadas e o papel do ambiente é provavelmente mais restritivo que qualquer processo de dispersão ou flutuações aleatórias, indicando o determinismo ambiental como atuante na distribuição das samambaias e licófitas nas Florestas Serranas. Além disso, os resultados trazem evidências de que as Florestas Serranas podem ser refúgios de diversidade de samambaias e licófitas e compõem um elemento de grande relevância para a manutenção da diversidade desses grupos na Floresta Atlântica Nordestina. Nesse sentido, as estratégias de conservação precisam ser de abrangência regional, devido à existência de complementaridade entre as composições de espécies ocorrentes nas Florestas Serranas.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4652_1.pdf: 727749 bytes, checksum: 98266a253c7792c57233b626f106015c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / No presente trabalho foi testada a hipótese de D. Andrade-Lima, segundo a qual as espécies arbóreo-arbustivas da floresta Atlântica do Sul-Sudeste do Brasil estão presentes no Centro de Endemismo Pernambuco, com maior freqüência nas florestas serranas. Foi testada, também, a hipótese de que as florestas serranas do Centro Pernambuco apresentam relações históricas mais estreitas com a floresta Atlântica do Sul-Sudeste do que com a floresta de terras baixas do referido Centro. Foi gerado uma lista base de espécies co-ocorrentes entre essas duas unidades biogeográficas, a qual foi submetida a análises de distribuição altitudinal no Centro Pernambuco. A Análise de Parcimônia de Endemismo (PAE) foi utilizada para encontrar as relações históricas entre distintos núcleos florestais. Pudemos observar um percentual significativamente maior (62%) de espécies ocorrendo exclusivamente nas florestas serranas do Centro Pernambuco. As relações históricas encontradas ratificaram o padrão altitudinal testado, bem como apontaram para uma maior proximidade entre as florestas serranas do Agreste e a floresta de terras baixas no Centro Pernambuco. A hipótese de D. Andrade-Lima foi corroborada e o padrão de distribuição sulatlântico-nordestino apresenta-se cladisticamente estruturado e estatisticamente comprovado

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Advaldo Ecologia.pdf: 1653523 bytes, checksum: f1b37fbab550f36d115f06121fc017e2 (MD5) Previous issue date: 2012-03-12 / The genus Caryocar is formed by tree species and is distributed in the neotropical region. Many species of the genus are found in forested biomes, but three species are found in the dry diagonal that cuts the two Brazilian biomes of tropical forests: C. brasiliense, C. coriaceum and C. cuneatum. Understand the phylogeographic pattern of these species may help to comprehend the historic events responsible for the actual biogeographic patterns of the region. In this context, the aim of our study was evaluate the genetic variability of the species that are found in the Brazilian dry diagonal, observe how it s distributed in the sampled populations and, from the data, try to construct a phylogeographic hypothesis for the origin of these species. We sequenced two chloroplastic regions, trnH-psbA and trnC-ycf6, from nine species of the genus Caryocar, for a better understanding of the dry diagonal group origin relative to the species that are found in the tropical forests biomes. We inferred the genetic diversity indices; the relationship between the species, using a network and a Bayesian phylogenetic tree; and we inferred the Time to the Most Recent Common Ancestor of the groups of interest using coalescence based methods. We analyzed 785 base pairs and found 23 haplotypes, some of them are shared between species, demonstrating the possibility of incomplete lineage sorting or hybridization between species of the genus. The species presented low genetic diversity indices, and we found genetic structure in the Caryocar brasiliense populations. The populations from the northern and western threshold of the C. brasiliense distribution presented evidences that they may have functioned as a source of migrants to the other populations. The date of the divergence time reveals that the dry diagonal group has originated around 2,48 millions years before present, and the ancestor of the C. coriaceum e C. cuneatum appeared around 1,21 million years before present, at the beginning of the glacial periods, at Pleistocene. It suggests that these glacial periods had influenced the actual distribution of the species. / O gênero Caryocar é composto por espécies arbóreas, distribuído na região neotropical. A maioria das espécies do gênero ocupa biomas florestais, porém três espécies se distribuem na diagonal seca que corta os dois biomas de floresta tropical brasileira sendo elas C. brasiliense, C. coriaceum e C. cuneatum. Entender o padrão filogeográfico dessas espécies pode ajudar na compreensão de eventos históricos responsáveis pelos padrões biogeográficos atuais da região. Nesse contexto, o objetivo de nosso estudo foi avaliar a variabilidade genética existente nas espécies que ocupam a diagonal seca brasileira, observar como ela se encontra distribuída nas populações amostradas e a partir dos dados tentar construir uma hipótese filogeográfica para a origem dessas espécies. Foram sequenciadas duas regiões do genoma cloroplastidial, trnH-psbA e trnC-ycf6, de nove espécies do gênero Caryocar, para a melhor compreensão da origem do grupo da diagonal seca em relação às espécies que ocupam biomas de florestas tropicais. Foram inferidos os índices de diversidade genética; a relação de parentesco entre as espécies por meio de uma rede de haplótipos e de uma árvore filogenética Bayesiana; a estrutura genética das populações; mudanças demográficas históricas; e por fim, o cálculo dos tempos de divergência do grupo em interesse foi realizado por meio da metodologia baseada na teoria de coalescência. Foram analisados 785 pares de base e foram encontrados 23 haplótipos, alguns deles compartilhados entre espécies, demonstrando a possibilidade de retenção de polimorfismo ancestral ou hibridização entre as espécies do gênero. As espécies apresentaram baixos índices de diversidade genética, e foi encontrada estruturação dessa variabilidade na espécie C. brasiliense (ΦST = 0,363). No geral, não houve evidências de grandes mudanças demográficas históricas nas espécies em estudo. As populações do limite norte e oeste da distribuição de C. brasiliense apresentaram evidências de que podem ter funcionado como fonte de migrantes para as demais populações. A datação dos períodos de divergência revelou que o grupo da diagonal seca se originou por volta de 2,48 milhões de anos (Ma) atrás, e o ancestral das espécies C. cuneatum e C. coriaceum surgiu por volta de 1,21 Ma, sugerindo um possível efeito das glaciações pleistocênicas na distribuição atual das espécies.

Por que os trópicos sustentam tanta diversidade? Essa é a pergunta principal que motivou este trabalho. Uma das frentes para contribuir ao entendimento deste fenômeno é estudar a origem da diversidade. Diversas hipóteses de diversificação existem, e existe também uma acalorada discussão no campo de estudo que busca testar essas diferentes hipóteses. Uma das hipóteses mais conhecida, se também não a mais polêmica, é a Hipótese de Refúgios. O objetivo deste trabalho foi, portanto, testar a Hipótese de Refúgios na Floresta Atlântica através de um estudo de caso. Para tanto, inicialmente os padrões de distribuição morfológica e genética do marsupial Didelphis aurita Wied, 1826 foram investigados através do método de quadrantes. As medidas cranianas revelaram uma correlação longitudinal para fêmeas, mas ausência de associação geográfica na variação do crânio dos machos. Entretanto, complementarmente, outro critério foi utilizado. Através de uma Análise de Componentes Principais sobre a variação da latitude e longitude resumiu-se a variação geográfica em apenas uma variável. Esta acaba se refletindo em uma diagonal da latitude e longitude, que acompanha a própria distribuição da Floresta Atlântica na costa brasileira. Agora, os grupos são formados se apresentam diferenças significativas ao longo desta diagonal, permitindo que populações biológicas distintas, mas próximas geograficamente, sejam separadas. Assim, verificou-se que a associação longitudinal das fêmeas provém basicamente da diferenciação das populações da Bahia, e mais, isso também afeta os machos. Contudo, o sinal não aparece através do outro critério devido ao fato de machos também apresentarem diferenciações em menor escala dentro da distribuição ao sul da Bahia, possivelmente devido à presença do ecótone entre a Floresta Atlântica e o cerrado latu sensu. Por usa vez, os dados genéticos como explorados através da variação geográfica do marcador mitocondrial citocromo B, revelaram que também existe uma associação com a longitude, e novamente, ela provém principalmente da diferenciação dos extremos da distribuição. Aqui, não só a mesma quebra na Bahia aparece, mas também uma outra quebra mais ao norte, de indivíduos provenientes de Alagoas. Tanto para os dados morfológicos quanto para os moleculares, demonstrou-se que há isolamento por distância no gambá, entretanto, toda a distribuição ao sul da Bahia se comporta como uma grande população panmítica. Essa ausência de estruturação geográfica, também aparente em análises de diferenciação (Fst), unidas aos testes de neutralidade (D de Tajima e F de Fu) negativos e significativos, que dão sinal de expansão demográfica recente mostram, juntos, as assinaturas esperadas pela Hipótese de Refúgios. Contudo, a divergência entre as populações deste sul datam de aproximadamente 140.000≅60.000 anos, o que não pode ser atribuída como sendo reflexo do último interglacial, esperado em cerca de 20.000 anos. Explorando mais a fundo as análises de Fst e os testes de neutralidade, revelou-se que suas estimativas são altamente influenciadas por desbalanço no tamanho de amostras, assim como baixa representatividade e agrupamentos inadequados que unem populações biológicas distintas. Os aparentes sinais de refúgios obtidos foram, portanto, artefato de três população bem amostradas no Rio de Janeiro. Sendo assim, não se pode atribuir esta hipótese como tendo criado diversidade dentro da espécie D. aurita. / How can the tropics present such diversity? This question lies at the very core of this work. While for the origins of diversity, numerous hypotheses have been put forward over time, the pursuit of empirical proofs for them is almost as old as the hypotheses themselves. One of the better known such hypothesis, and at the same time one of the most controversial, is the Refugee Hypothesis. In this context, the main goal of this thesis has been to test the Refugee Hypothesis in the Atlantic Forest by means of a study case. Initially, the morphologic and genetic distribution patterns of Didelphis aurita Wied, 1826 marsupial have been investigated using the grids method. Cranial measurements revealed a longitudinal correlation for the females and, at the same time, the absence of any geographic correlation in the variation of male skulls. By means of a Principal Component Analysis, the latitudinal and longitudinal variations have been reduced to a geographical variation dependent on one variable only _ a diagonal that follows the extension of the Atlantic Forest along the Brazilian coast. Groups have been formed if they presented significant differences along this diagonal, thus allowing distinct, but geographically close populations, to be differentiated. It could hereby be proven that the longitudinal correlation for females reflects mainly the differentiation between populations from Bahia state, and even more, that this differentiation affects the males as well. The signature does not appear in the grid criterium for the males since they also present lower levels of differentiation in the south of Bahia, possibly due to the presence of the ecotone of the Atlantic Forest with the cerrado latu sensu biome. There is, nevertheless, a break in Bahia for both males and females. As for the geographic variation of the molecular mitochondrial marker cytochrome B, it also presented a longitudinal variation, and a clear differentiation between the two extremes of the analyzed distribution. Here, not only a similar break could be seen in Bahia, but another one further north in the specimens from Alagoas state. For both the morphological and the molecular data, while there is isolation by distance effect for the opossum, all the distribution south of Bahia behaves as a large panmitic population. This lack of geographical structuring, also apparent in differentiation analyzes (Fst), together with neutrality tests (Tajima\'s D and Fu\'s F) which point towards recent geographic expansion, show the signatures expected by the Refugee Hypothesis. Since, however, the data indicates that the divergence of southern populations occurred approximately 140,000≅60,000 years ago, the diversification cannot be due to the last inter-glacial period from 20,000 years ago. To understand this seeming contradiction, further in-depth investigations of the Fst analyzes and the neutrality tests revealed that the estimations had been highly influenced by the heterogeneity in the number of samples, as well as by the low representability of some localities and also inadequate grouping of specimens, which mixed distinct biological populations. The apparent refugee signatures have thus been the misleading consequence of three well-sampled populations from Rio de Janeiro state. Therefore, the Refugee Hypothesis cannot be regarded as an explanation for the existing diversity of the species D. aurita.

A garantia de bem-estar animal é essencial para assegurar resultados científicos confiáveis, e as técnicas de enriquecimento ambiental, utilizadas nessa busca, não podem ignorar as preferências e necessidades da espécie em questão, tais como o modo de utilização do espaço disponível. Nosso objetivo foi analisar como 35 gatos domésticos (12 machos e 23 fêmeas) utilizam seu espaço e as influências do enriquecimento ambiental nessa questão, visto que tal grupo contempla características de animais de companhia e também de biotério, sendo modelo em diversas pesquisas científicas. A utilização do espaço vertical foi quantificada a partir de filmagens das camas continuamente disponíveis em 4 níveis (0,60; 0,88; 1,16 e 1,46 m) e de refúgios (enriquecimento) em 3 diferentes alturas: 0, 0,5 e 1,0 m. Os resultados indicaram predileção pelas camas mais elevadas (1,46 m); entretanto, houve diferença significativa no tempo de utilização apenas para os refúgios a 0,5m, reforçando a importância de testar e confrontar as preferências dos animais em diferentes circunstâncias. Quanto ao uso do espaço horizontal, a disponibilização de refúgios alterou a distribuição dos animais na área de teste e aumentou comportamentos ativos e passivos. Testamos a escolha entre refúgios descobertos (100%) e com 50% de cobertura e também entre refúgios com aberturas laterais de 25% e 100%. Preferências não identificadas no primeiro teste (100% e 50% descobertas) tornaram-se aparentes quando as aberturas estavam nas laterais: os refúgios com 25% de abertura lateral foram utilizados por mais tempo. Tais resultados podem estar relacionados a ansiedade dos animais confinados, podendo esse teste ser uma potencial alternativa ao labirinto em cruz elevado para estudos de ansiedade com felinos. As diferenças observadas entre machos e fêmeas podem apontar influência diferenciada entre gêneros do confinamento no comportamento de animais castrados. Nossas conclusões ressaltam a necessidade do enriquecimento ambiental bem fundamentado na manutenção do bem-estar animal e sua interferência no uso do espaço. / The guarantee of animal welfare is essential to ensure reliable scientific results, and the techniques of environmental enrichment, used in this quest, shall not ignore the needs and preferences of the species in question, such as how to use the available space. Our objective was to analyze how 35 cats (12 males and 23 females), use their space and the influences of environmental enrichment on this issue, since this group includes characteristics of pets and also of laboratory animals, being a model in several scientific studies. The use of vertical space was quantified through the filming of the continuously available beds in four levels (0.60, 0.88, 1.16 and 1.46 m) and the refuges (enrichment) in three different heights: 0, 0.5 and 1.0 m. Our results show that there is a preference for the higher beds (1.46 m); however, significant differences in time use was observed only for refuges in 0.5 m, reinforcing the importance of testing and comparing the preferences of animals in different circumstances. Regarding the use of horizontal space, the availability of refuges changed the distribution of animals in the test area and increased active and passive behaviors. We tested the choice between uncovered shelters (100%) and ones with 50% coverage and also shelters with lateral openings between 25% and 100%. Preferences which were not identified in the first test (100% and 50% uncovered) became apparent when the openings were on the sides: refuges with 25% side opening were used for a longer period. This finding may be related to the anxiety of confined animals, and this test may be a potential alternative to the elevated plus maze for studies of anxiety in cats. The differences observed between males and females may indicate the influence between genders of confinement on the behavior of castrated animals. Our findings highlight the need for well founded environmental enrichment in the maintenance of animal welfare and its interference with the use of space.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-02-21T11:36:48Z No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 2289903 bytes, checksum: cfbc98d171674b4ede505fc5d964a8ef (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T11:36:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 2289903 bytes, checksum: cfbc98d171674b4ede505fc5d964a8ef (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / DNA and potencial paleodistribuition of Chiroxiphia pareola shows diversification and historical connections in South America rainforests. Rivers and Pleistocene forest refuges hypothese have been proposed as mechanisms to explain high diversity in Neotropical rainforests. Amazon and Atlantic forest disjunct species are good models to test these hypotheses, because are evidence of possible connections between these forests in South America. Therefore, we use molecular analyse and potential paelodistribution of a bird species with disjunct distribution, Chiroxiphia pareola, to test hypothese mentioned above. We aim to find evidences of possible diversification processes and/or bird populations expansion. We analyzed two mitochondrial and four nuclear genes of samples from sites along the species distribution. 179 location points and 19 climate variables were used to model distribution during the Current, Holocene, Last Glacial Maximum (LGM, 21 kya) and the Last Interglacial (LIG, 120 kya). Our results supported four evolutionary independent lineages in species polytypic C. pareola, which we recommend should be full species: C. regina, C. napensis, C. pareola and New taxon, the latter name recommended in this study. We support the proposal of rivers dynamics as effective diversification mechanisms in Amazon during Plio-Pleistocene. However, we do not corroborate effects of last maximum climatic fluctuations of the Quaternary. Although our results support forest refuges stability during Late Pleistocene in northeastern Atlantic forest, we do not support role of rivers as diversification mechanism in this region. We also suggest a connection route between the Amazon and Atlantic forests during Middle Pleistocene in region between São Francisco river and Chapada Diamantina, in northeastern Brazil. / Hipóteses de rios como barreiras biogeográficas e refúgios florestais pleistocênicos são apontadas como mecanismos para explicar a rica diversidade em florestas no Neotrópico. Espécies disjuntas entre as florestas Amazônica e Atlântica são bons modelos para testar tais hipóteses, pois são evidências de possibilidade de conexões entre essas florestas na América do Sul. Desse modo, usamos análises moleculares e de paelodistribuição potencial da espécie de ave que possui distribuição disjunta, Chiroxiphia pareola, para testar as hipóteses citadas acima, com o objetivo de verificar possíveis processos de diversificação e/ou expansão de suas populações. Seis genes foram analisados, sendo dois mitocondriais e quatro nucleares. As amostras corresponderam a localidades ao longo da distribuição da espécie. Foram utilizados 179 pontos de ocorrência e 19 variáveis climáticas para modelar sua distribuição no Presente, Holoceno, Último Máximo Glacial (LGM, 21 kya) e o último Interglacial (LIG, 120 kya). Nossos resultados suportaram o reconhecimento de quatro linhagens evolutivamente independentes da espécie politípica Chiroxiphia pareola, as quais sugerimos que sejam espécies plenas: C. regina, C. napensis C. pareola e nova espécie, esse último nome recomendado no presente estudo. Suportamos a proposta da dinâmica dos rios como mecanismos eficazes de diversificação na Amazônia, durante o Plio-Pleistoceno, e não corroboramos efeitos das últimas máximas flutuações climáticas do Quaternário. Embora nossos resultados suportem a estabilidade de refúgios florestais pleistocênicos na Floresta Atlântica nordestina, não suportamos o papel de rios como mecanismo de diversificação nessa região, durante o Pleistoceno Superior. Sugerimos ainda uma rota de conexão entre as florestas Amazônica e Atlântica por volta do Pleistoceno Médio na região entre o rio São Francisco e a Chapada Diamantina, no nordeste brasileiro.

A garantia de bem-estar animal é essencial para assegurar resultados científicos confiáveis, e as técnicas de enriquecimento ambiental, utilizadas nessa busca, não podem ignorar as preferências e necessidades da espécie em questão, tais como o modo de utilização do espaço disponível. Nosso objetivo foi analisar como 35 gatos domésticos (12 machos e 23 fêmeas) utilizam seu espaço e as influências do enriquecimento ambiental nessa questão, visto que tal grupo contempla características de animais de companhia e também de biotério, sendo modelo em diversas pesquisas científicas. A utilização do espaço vertical foi quantificada a partir de filmagens das camas continuamente disponíveis em 4 níveis (0,60; 0,88; 1,16 e 1,46 m) e de refúgios (enriquecimento) em 3 diferentes alturas: 0, 0,5 e 1,0 m. Os resultados indicaram predileção pelas camas mais elevadas (1,46 m); entretanto, houve diferença significativa no tempo de utilização apenas para os refúgios a 0,5m, reforçando a importância de testar e confrontar as preferências dos animais em diferentes circunstâncias. Quanto ao uso do espaço horizontal, a disponibilização de refúgios alterou a distribuição dos animais na área de teste e aumentou comportamentos ativos e passivos. Testamos a escolha entre refúgios descobertos (100%) e com 50% de cobertura e também entre refúgios com aberturas laterais de 25% e 100%. Preferências não identificadas no primeiro teste (100% e 50% descobertas) tornaram-se aparentes quando as aberturas estavam nas laterais: os refúgios com 25% de abertura lateral foram utilizados por mais tempo. Tais resultados podem estar relacionados a ansiedade dos animais confinados, podendo esse teste ser uma potencial alternativa ao labirinto em cruz elevado para estudos de ansiedade com felinos. As diferenças observadas entre machos e fêmeas podem apontar influência diferenciada entre gêneros do confinamento no comportamento de animais castrados. Nossas conclusões ressaltam a necessidade do enriquecimento ambiental bem fundamentado na manutenção do bem-estar animal e sua interferência no uso do espaço. / The guarantee of animal welfare is essential to ensure reliable scientific results, and the techniques of environmental enrichment, used in this quest, shall not ignore the needs and preferences of the species in question, such as how to use the available space. Our objective was to analyze how 35 cats (12 males and 23 females), use their space and the influences of environmental enrichment on this issue, since this group includes characteristics of pets and also of laboratory animals, being a model in several scientific studies. The use of vertical space was quantified through the filming of the continuously available beds in four levels (0.60, 0.88, 1.16 and 1.46 m) and the refuges (enrichment) in three different heights: 0, 0.5 and 1.0 m. Our results show that there is a preference for the higher beds (1.46 m); however, significant differences in time use was observed only for refuges in 0.5 m, reinforcing the importance of testing and comparing the preferences of animals in different circumstances. Regarding the use of horizontal space, the availability of refuges changed the distribution of animals in the test area and increased active and passive behaviors. We tested the choice between uncovered shelters (100%) and ones with 50% coverage and also shelters with lateral openings between 25% and 100%. Preferences which were not identified in the first test (100% and 50% uncovered) became apparent when the openings were on the sides: refuges with 25% side opening were used for a longer period. This finding may be related to the anxiety of confined animals, and this test may be a potential alternative to the elevated plus maze for studies of anxiety in cats. The differences observed between males and females may indicate the influence between genders of confinement on the behavior of castrated animals. Our findings highlight the need for well founded environmental enrichment in the maintenance of animal welfare and its interference with the use of space.