Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-18T19:18:54Z No. of bitstreams: 1 Jose Pereira de Moura Neto. Diversidade fenotípica...2012.pdf: 1802518 bytes, checksum: 02f6e9bae20301798c5a73814072ff01 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-18T19:18:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jose Pereira de Moura Neto. Diversidade fenotípica...2012.pdf: 1802518 bytes, checksum: 02f6e9bae20301798c5a73814072ff01 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Os indivíduos com anemia falciforme (AF) possuem perfil clínico heterogêneo em função de fatores variados que contribuem para a modulação da doença, como a concentração de hemoglobina fetal (HbF), presença de haplótipos (HAPLO) ligados ao grupo de genes da globina beta S, talassemia alfa (TA) e mutações em genes específicos, como as localizadas nos sítios hipersensíveis a ação da DNAse I na região controladora do lócus da globina beta (LCR). O objetivo do presente estudo foi identificar subfenótipos da anemia falciforme a partir do estudo de marcadores biológicos associados aos seus portadores. As determinações hematológicas, bioquímicas e sorológicas foram realizadas na Faculdade de Farmácia da UFBA pelo uso de Kits diagnósticos e métodos automatizados. O padrão de hemoglobina foi analisado por cromatografia líquida de alto desempenho (HPLC), os haplo por PCR-RFLP e a TA por PCR. As sequências do HS-LCR foram amplificadas através da PCR e sequenciadas no ABI Prism 3100 DNA Sequencer. As análises estatísticas foram realizadas nos programas EPI INFO versão 6.04, SPSS versão 18.0 e o Prism versão 5.0. Os valores de p<0,05 foram considerados significativos para as análises realizadas. O estudo foi aprovado pelo comitê de ética em pesquisas do CPqGM-FIOCRUZ. Foram investigados 2223 indivíduos com AF, com idade entre 1-50 anos e média de 20,86 (±11,06) anos, sendo 50,70% mulheres. Valores significativos foram encontrados para os dados hematológicos e bioquímicos entre os sexos para contagem global de linfócitos nos homens (6414,85 ± 3940,70 x106/L) e mulheres (5597,81 ± 2744,24 x106/L), p= 0,003 e a contagem de reticulócitos entre os homens (7,01 ± 4,66) e mulheres (7,74 ± 5,89), p= 0,043; o colesterol de baixa densidade (LDL-c), a aspartato e alanina aminotransferases, respectivamente com p= 0,009, p= 0,029, p= 0,038 para homens e mulheres. Ao correlacionarmos eventos clínicos entre homens e mulheres, verificamos que a STA possui razão de prevalência de 1,89 para os homens (IC: 1,52-2,36, p <0,001) e de 1,59 (IC:1,06-2,39, p= 0,023) para a ocorrência de hospitalizações nesse mesmo sexo. A talassemia alfa foi realizada em 820 pacientes com 196 (23,90%) heterozigotos e 21 (2,6%) homozigotos. O total de 1872 cromossomos beta S foram estudados, sendo que os mais frequentes foram os haplótipos CAR/CAR (20,0%); Ben/Ben (25,8%) e CAR/Ben (44,2%). A correlação entre TA e dados hematológicos demonstraram resultados significativos para hemácias (Hm) (p= 0,004), volume corpuscular médio (VCM) (p= 0,015), hemoglobina corpuscular média (HCM) (p= 0,006) e plaquetas (p= 0,016) e no perfil lipídico com triglicerídeos (p= 0,001). A consulta retrospectiva aos prontuários de acompanhamento ambulatorial de 1799 pacientes com AF demonstrou que 1368 pacientes (76.04%) apresentaram pelo menos um evento vaso-oclusivo e 1475 (81.98%) tiveram pelo menos uma internação. Destes 856 (47,6%) apresentaram crise álgica; 1268 (70,5%) crises vaso-oclusivas; 115 (6,4%) Síndrome torácica aguda (STA); 53 (2,9%) dor abdominal e 24 (1,3%) dos 924 homens apresentaram priapismo. Novecentos e dezesseis (52,3%) pacientes realizaram pelo menos uma transfusão sanguínea nos dois últimos anos. O registro de infecção foi frequente em 638 (43,5%) pacientes, sendo a pneumonia a causa mais frequente, com 347 (23,6%) relatos. Cento e quinze (6,4%) pacientes foram acometidos por pelo menos um evento de AVC e 111 (6,2%) por úlcera maleolar. Quando estratificamos a idade para menor de 21 anos, a ocorrência de dactilite (síndrome mão) foi descrita em 3,5% (40) e de sequestro esplênico em 14,3% (163) nos 1141 pacientes pediátricos. A associação entre dados hematológicos...(AU) / Sickle cell anemia (SCA) patients have clinical profile exceptionally heterogeneous. A number of prognostic factors for the occurrence of unfavorable outcomes and serious conditions from SCA have been described that are frequently associated with the levels of fetal hemoglobin (HbF); beta S-globin gene cluster haplotypes (HAPLO), alpha thalassemia 2 3.7 kb (AT) and polymorphisms in the sequences located at sites hypersensitive to DNase I action in the control region of beta globin locus (LCR-HS1-5). The aim of this study was to identify subphenotypes of SCA patients by biological markers associated with their carriers. Hematological, biochemical and serological data were analyzed in the College of Pharmacy-UFBA by diagnostic kits and automated machines. The hemoglobin profile was analyzed by high performance liquid chromatography (HPLC), the haplo by PCR-RFLP and AT by PCR. The LCR sequences were amplified by PCR and its products were analyzed using the ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer. Statistical data analysis was performed using Epi Info (version 6.04), SPSS (version 18.0) and Prism (version 5.0) software’s. A P value of <0.05 was considered significant. The study was approved of research ethics committee from CPqGM-FIOCRUZ. A total of 2223 SCA patients were studied with 50.70% female. The mean age of patient was 20.86±11.06 years. Significant differences were found between genders to hematological and biochemical profile: lymphocyte count male (6414.85± 3940.70 x106/L) and female (5597.81±2744.24 x106/L), p=0.003, reticulocyte count male (7.01 ± 4.66 %) and female (7.74±5.89 %), p=0.043, low-density lipoprotein (LDL), aspartate (AST) and alanine (ALT) aminotransferase, p=0.009, p=0.029, p=0.038 to male and female, respectively. Significant difference between male and female clinical was found. Male-to-female ratio was 1.9:1 (p=0<001) to acute chest syndrome and 1.6:1 (p=0,023) to hospitalizations. A total of 820 SCA patients were genotyped to AT with 19.9% heterozygous and 2.6% homozygous. A total of 1872 beta S chromosomes were studied and the mostly frequent haplotypes were the CAR/CAR (20.0%), Ben/Ben (25.8%) and CAR/Ben (44.2%). Statistical significant results were found when AT was associated with red blood cell - RBC (p=0.004), mean corpuscular volume –MCV (p=0.015), mean corpuscular hemoglobin - HCM (p=0.006) and platelets count (p=0.016) and triglycerides (p=0.001). A retrospective review of hospital records of outpatient follow-up in 1799 SCA patients showed that 1368 (76.04%) had at least a vaso-occlusive crisis (VOC) and 1475 (81.98%) had at least one hospitalization (HO). Of these 856 (47.6%) had painful crises (PFC); 1268 (70.5%) VOC; 115 (6.4%) acute chest syndrome (STA), 53 (2.9%) abdominal pain (AP) and 24 (1.3%) of 924 male had priapism. Nine hundred and sixteen (52.3%) patients had at least one blood transfusion in the last two years...(AU)

Orientador: Sérgio Furtado dos Reis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T03:14:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tonhatti_CarlosHenrique_M.pdf: 9319197 bytes, checksum: e71bff81e702fce4746841965b3022a1 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Os poecilídeos são um excelente sistema modelo para estudos de evolução de história de vida seleção natural e sexual, evolução e coevolução experimental e evolução fenotípica em gradientes ecológicos. Os poecilídeos são também excelentes modelos para o estudo de processos ecológicos e evolutivos associados como a invasão e colonização de novos ambientes. As populações de Poecilia vivípara que ocorrem no sistema lagunar de Campos de Goytacazes no norte do estado do Rio de Janeiro são um exemplo notável de invasão e colonização de novos ambientes. Nesse sistema, a origem das lagoas deve-se a processos geomorfológicos associados com a formação do delta do rio Paraíba do Sul durante o Holoceno. Para este sistema formulamos a hipótese que a história geológica da região influenciou a variação genética atual em Poecilia vivípara. Deste modo, uma população de uma outra bacia hidrográfica seria diferente das populações da bacia do rio Paraíba do Sul. Uma população do rio Paraíba do Sul de uma região com formação mais antiga seria diferente das populações de regiões com história mais recente. Dentre as mais recentes as que vivem na área de influência marinha seriam diferentes das que vivem na área fluvial. A hipótese foi testada usando sequências da região de controle da replicação mitocondrial de 8 populações com 30 indivíduos cada. Os resultados mostraram uma grande diversidade genética dentro e entre as populações, estruturação genética entre as populações antigas recentes do rio Paraíba do Sul e que não houve mudanças no tamanho efetivo das populações recentemente. A partir dos resultados a hipótese formulada não foi refutada. Assim, existe relação entre a história geológica da região e a variação genética atual do P. vivípara. Há evidências que o regime de inundação característico da região também age sobre a variação genética destas populações aumentando o fluxo genético entre as mesmas / Abstract: The fishes of Poeciliidae family are an excellent model system for studies of life history evolution of natural and sexual selection, experimental evolution and coevolution in phenotypic evolution and ecological gradients. These are also excellent models for the study of ecological and evolutionary processes associated as the invasion and colonization of new environments. Populations of Poecilia vivipara occurring in the lagoon system of Goytacazes fields in northern Rio de Janeiro state are a notable example of invasion and colonization of new environments. In this system, the origin of the lakes due to geomorphological processes associated with the formation of the delta of the River Paraíba do Sul during the Holocene. For this system we hypothesized that the geological history of the region influenced the genetic variation present in Poecilia vivipara. Thus, a population of another watershed would be different populations of river basin Paraíba do Sul A population of Paraíba do Sul River in a region with older formation would be different regions with populations of more recent history. Among the most recent ones that live in the area of marine influence would be different from those who live in the river. The hypothesis was tested using sequences of the control region of mitochondrial replication of 8 populations with 30 individuals each. The results showed a high genetic diversity within and among populations, genetic structure among populations older times recent Paraíba do Sul river and that there were no changes in effective population size recently. From the results the hypothesis was not refuted. Thus, there is a relationship between the geological history of the region and genetic variation of the current P. vivipara. There is evidence that the flooding regime characteristic of the region also acts on the genetic variation of these populations increasing gene flow between them / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-06-28T18:01:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) AnaPavla_Tese.pdf: 2030041 bytes, checksum: d62d754a4e28b637ecec9ecbd30a1fb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T18:01:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) AnaPavla_Tese.pdf: 2030041 bytes, checksum: d62d754a4e28b637ecec9ecbd30a1fb2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / CAPES / Cerca de 265 mil mulheres morrem todos os anos vítimas de câncer cervical. Infecções persistentes causadas por Papilomavírus humano de alto risco oncogênico (HR HPVs) é uma condição necessária, porém não suficiente para o desenvolvimento de lesões cervicais e câncer cervical. Dessa forma, diversos fatores ambientais e genéticos estão envolvidos na carcinogênese cervical. Dentre os fatores genéticos, as variantes genéticas dos HR HPVs parecem estar relacionados com o risco de infecções persistentes e desenvolvimento de lesões e câncer cervical. Assim, o presente estudo investigou: 1) A variabilidade genética de um fragmento do gene L1 dos HPV16, 31, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70 e 81 em amostras biológicas de pacientes oriundos dos Estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe, Nordeste do Brasil; 2) A variabilidade genética da LCR dos HR HPVs 16, 31 e 58 oriundas de pacientes dos Estados de Pernambuco, Alagoas e Sergipe, Nordeste do Brasil; 3) Uma possível associação entre os polimorfismos virais do gene L1 e o risco para desenvolver lesões cervicais nas pacientes do Nordeste do Brasil. Para tanto, a detecção do DNA viral foi realizada em amostras biológicas de 784 pacientes. Os fragmentos parciais do gene L1 e da LCR dos HPVs mencionados foram sequenciados. Análises in silico de possíveis epitopos de células B e de células T foram efetuadas nas regiões de mutação não-sinônima no gene L1. Além disso, análises in silico dos sítios de ligação dos fatores transcricionais foram realizadas em regiões de alteração nucleotídica da LCR. Foram detectados 23 tipos de HPVs: HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70, 72, 81, 82, 83 e 84. Com relação ao gene L1 dos HPV analisados, foram detectadas 98 mutações, sendo 96/98 substituições de bases, 1/98 deleção e 1/98 inserção de nucleotídeo. Dentre estas alterações nucleotídicas no gene L1, 29,6% são mutações não sinônimas. Ademais, 18,36% das variações detectadas no gene L1 estavam inseridas em epitopos de células B, 25,5% inseridos em regiões de MHC Classe I e 18,36% inseridos em regiões de MHC Classe II. Um total de 8,1% das variações genéticas observadas no gene L1 dos HPV estudados foram descritos pela primeira vez na literatura. Em relação a LCR, foram detectadas 95 mutações, sendo 88/95 substituições de bases, 5/98 deleções e 2/95 inserções de nucleotídeos. Um total de 51,5% das mutações detectadas estão inseridas em sítios de ligação dos fatores transcricional celular e/ou viral. Além disso, 3,1% das variações genéticas encontradas na LCR foram descritas pela primeira vez na literatura. As análises filogenéticas mostraram a presença das variantes A e D do HPV16, A e C do HPV31 e A, B, C e D do HPV58 circulante no Nordeste do Brasil. Com relação a repercussão biológica das mutações do gene L1 do HPV16, não foram observadas associações significativas (p>0.05) entre os polimorfismos do gene L1 e o risco para desenvolver lesões cervicais. Entretanto, a combinação de determinados alelos destes polimorfismos virais está fortemente associada com o risco de desenvolver lesão cervical. Assim, a detecção das principais variantes e de alterações nucleotídicas com potencial impacto biológico circulantes no Nordeste Brasileiro é importante face as diferenças na patogenicidade dos HPVs. / Approximately 265 thousand women die every year from cervical cancer. Persistent infections caused by high oncogenic risk Human papillomavirus (HR HPV) are necessary but not sufficient condition for the development of cervical lesions and cervical cancer. Therefore, several environmental and genetic factors are involved in cervical carcinogenesis. Concerning the genetic factors, variants of HR HPV seem to be related to the risk of persistent infections and the development of lesions and cervical cancer. In this sense, the present study aimed to investigate: 1) The genetic variability of a L1 gene fragment from HPV16, 31, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70 and 81 in biological samples of patients from Pernambuco, Alagoas and Sergipe states, Northeastern Brazil; 2) The genetic variability of the LCR of HR HPVs 16, 31 and 58 of patients from from Pernambuco, Alagoas and Sergipe states, Northeastern Brazil; 3) Possible association between the viral polymorphisms of the L1 gene and the risk to develop cervical lesions in patients from the Brazilian Northeast. To achieve that, viral DNA detection was performed in biological samples from 784 patients. Partial fragments of the L1 gene and the LCR of the abovementioned HPVs were sequenced. In silico predictions of possible B cells and T cells epitopes were performed in regions of non-synonymous mutation of the L1 gene. Moreover, in silico predictions of the binding sites of transcriptional factors were performed in nucleotide change regions within LCR. Twenty-three HPV types were detected: HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 53, 54, 56, 58, 61, 62, 66, 70, 72, 81, 82, 83 e 84. Regarding the L1 gene from the analyzed HPVs, 98 mutations were detected, in which 96 are nucleotide substitutions, 1 is deletion and 1 is nucleotide insertion. Among these nucleotide changes in the L1 gene, 29.6% are non-synonymous mutations. Moreover, 18.36% of the nucleotide changes are located in B cell epitopes, 25.5% located in MHC Class I regions and 18.36% located in MHC Class II regions. Finally, 8.1% of the genetic variations in the L1 gene of the studied HPVs were observed for the first time. Concerning LCR, 95 mutations were detected, in which 88 are nucleotide substitutions, 5 are deletions and 2 are nucleotide insertions. A total of 51.5% of the detected mutations are located in binding sites of cellular and/or viral transcriptional factors. Additionally, 3.1% of the genetic variations found in LCR were described for the first time. Phylogenetic analisys showed the presence of A and D variants of the HPV16, A and C variants of the HPV31, and A, B, C and D variants of the HPV58 circulating in the Brazilian Northeast. In regard to the biological repercussion of the L1 gene mutations of the HPV16, no significant associations were observed (p>0.05) between L1 gene polymorphism and the risk to develop cervical lesions. However, the combination of certain alleles from these viral polymorphisms is firmly associated to the risk to develop cervical lesion. Thus, the detection of the main circulating variants with potential biological impact in the Brazilian Northeast is important in view of the differences in the pathogenicity of the HPV.