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Évolution morphologique et associative des trilobites sous contrainte environnementale, au Dévonien moyen et supérieur, en Ardenne occidentale (bord sud du Synclinorium de Dinant) / Morphological and associative reactivity of trilobites during Devonian from the Ardenne

Bignon, Arnaud 12 October 2011 (has links)
L’étude des trilobites du Dévonien moyen et supérieur du Massif de l’Ardenne et du Boulonnais contribue de multiples façons à l’amélioration de notre compréhension de l’histoire de la Vie et de la Terre à cette époque. Leur biodiversité a été explorée à partir d’analyses statistiques multivariées, mettant en évidence une complexification de la structure de leurs communautés au cours du temps. En effet, dans un même contexte de plate-forme barrée, une seule association est présente dans l’ensemble des environnements du Givétien tandis que deux associations ont été identifiées au Frasnien, l’une restreinte aux constructions récifales et l’autre aux milieux périrécifaux. Une analyse des mégaguildes du Givétien souligne le caractère particulier des milieux récifaux par rapport à l’ensemble des environnements de la plateforme. La description du développement de trois espèces appartenant au genre Dechenella, via une analyse de morphométrie géométrique, a permis ensuite d’identifier une combinaison de plusieurs changements évolutifs de l’ontogenèse sur leur céphalon et pygidium. Ce travail souligne la complexité et le rôle important des modifications de l’ontogenèse dans la production de nouvelles morphologies. Enfin, l’étude phylogénétique des Asteropyginae nous permet de proposer une nouvelle vision de leur histoire évolutive : 1) traditionnellement divisée en deux clades, une évolution plus graduelle en un seul clade est ici privilégiée et 2) une nouvelle origine est suggérée à travers le genre Destombesina. A partir des résultats de cette analyse, les modèles de pygidiums et de céphalons, à la base de la systématique de ce groupe, ont également été redéfinis. / The study of trilobites of Middle and Upper Devonian from Ardenne Massif and Boulonnais contributes in multiple ways to the improvement of our understanding of the Life and Earth’s history of this period. Their biodiversity has been explored from multivariate statistical analyses. A gradually organisation of the structure of their communities has been evidenced. Indeed, in the same reefal platform context, only one association is presented in whole Givetian environments, whereas two associations have been identified at the Frasnian, the one confined to reefal build-ups and the other to perireefal facies. An analysis of Givetian megaguilds underlines the particularity of reefal environments compared to the other ones of the platform. Developmental description of three Dechenella species, through a geometric morphometry analysis, allows us to identify several evolutionary changes of ontogeny on cephala and pygidia. This work illustrates the complexity and the importance of ontogenetic changes in new morphology production. Phylogenetic study of Asteropyginae allow us to propose a new vision of their evolutive history. Traditionally splitted in two separate clades, the cladistic analysis of this subfamily shows a more progressive evolution in one clade. Moreover, a new origin has been suggested through the genus Destombesina. From these results, pygidial and cephalic patterns, at the base of the systematic of this group, have been redefined.
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Contribution to the taxonomy and phylogeny of Phellinus sunsu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) in southern Brazil / Contribution à la taxonomie et phylogénie de Phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) dans le sud du Brésil / Contribuição à Taxonomia e filogenia de phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) na região sul do Brasil

Santana, Marisa de Campos January 2014 (has links)
Phellinus s.l. a été créé par Quélet en 1886. Il comprend actuellement 180 espèces, soit près de la moitié du nombre total d'espèces d'Hymenochaetaceae. Les caractères généralement considérés pour la definition du genre incluent des basidiomes à réaction xanthochroique positive permanente, une trame des tubes jaune à brun, un système d'hyphes dimitique pour l'essentiel avec des hyphes génératives à septa simples (i.e absence de boucles), des hyphes squelettiques brunâtres, et des éléments de type sétoïdes au niveau de l'hyménium ou plus rarement de la trame. Au niveau de leur physiologie (ou de leur biologie nutritionnelle), les Phellinus s.l. sont lignivores, possédant un système enzymatique capable de dégrader préférentiellement la lignine, et également partiellement la cellulose et l'hémicellulose, des composés de la paroi cellulaire du bois, produisant à terme une pourriture blanche. Ils se développent tant sur bois vivant (et sont des parasites parfois économiquement importants) ou sur bois mort. Les Phellinus sont généralement les champignons lignivores les plus divers et les mieux représentés dans les forêts tropicales. Ils participent ainsi activement au maintien des écosystèmes forestiers. Des études récentes, de morphologie fine et le développement d'approches complémentaires, nonmorphologiques, de type biochimique d'abord, génomique ensuite, ont toutefois démontré que la conception généralement admise par la majorité des auteurs modernes (Larsen and Cobb-Poulle 1990, Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al, 2001) est largement hétérogène et polyphylétique. En conséquence, de nombreux groupes morphologiques plus cohérents et monophylétiques ont émergés (ou ré-émergés) et ont été reconnus comme des genres satellites indépendants plus ou moins larges selon les cas. Certains de ces genres avaient été reconnus par des auteurs anciens, et ont pu être exhumés de la litérature; pour d'autre groupes des genres ont dus être crées. Citons par ex. les Fomitiporia, Fomitiporella, Fulvifomes, Fuscoporia, Porodaedalea, …. Afin d'élargir les connaissances de ces champignons dans la Région Sud du Brésil, une étude taxonomique a été réalisée à partir de révisions d'herbier et de l'analyse des spécimens collectés en 2010, 2011 et 2013, dans les trois États du sud du Brésil. Les données de la littérature ont également été rassemblées avec l'objectif de fournir un cadre des connaissances actuelles du groupe dans la région étudiée. Plus de 600 spécimens d'Hymenochaetaceae poroïdes ont été analysés. Quarantequatre espèces, distribuées dans neuf genres, ont été identifiées. De ces espèces et d'espèces mentionnées dans la littérature, 26 sont connus pour Paraná, 25 pour Santa Catarina et 35 pour Rio Grande do Sul. Six espèces sont décrites comme nouvelle pour la science. Neuf espèces sont cités pour la première fois au Paraná, 10 pour Santa Catarina, 16 pour Rio Grande do Sul, 14 pour la Région Sud du Brésil, neuf sont mentionnés pour la première fois au Brésil et une pour l’Amérique du Sud. En plus, deux nouvelles combinaisons sont proposées. / Phellinus s.l. foi criado por Quélet em 1886 e compreende atualmente 180 espécies, quase a metade do número total das espécies de Hymenochaetaceae. As características consideradas para definir o gênero incluem basidiomas com reação xantocroica positiva e permanente, superfície dos poros amarela a marrom, sistema hifal dimítico essencialmente com hifas generativas com septo simples (ou seja, sem fíbulas), hifas esqueletais castanhas e elementos do tipo setoides, no himênio ou, raramente, na trama. Em sua fisiologia (ou biologia nutricional), as espécies de Phellinus s.l. são lignocelulolíticas ou xilófilas, possuem um sistema enzimático capaz de degradar a lignina da madeira, causando podridão branca. Desenvolvem-se tanto na madeira viva (e, às vezes, são parasitas de grande importância econômica) ou madeira morta, participando assim ativamente na manutenção dos ecossistemas florestais. Estas espécies são geralmente os fungos xilófilos mais diversos e com maior representatividade nas florestas tropicais. Estudos recentes, enfatizando a morfologia do grupo e o desenvolvimento de abordagens complementares, não morfológicas, bioquímicas e genéticas, têm mostrado que este gênero é amplamente heterogêneo e polifilético (Larsen and Cobb-Poulle 1990; Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al., 2001). Em consequência, muitos grupos morfológicos mais coerentes e monofiléticos emergiram (ou reemergiram), e foram reconhecidos como gêneros satélites independentes. Alguns destes gêneros tinham sido reconhecidos por autores anteriores e foram exumados da literatura para que outros gêneros fossem devidamente criados, como, por exemplo, os gêneros Fomitiporia, Fulvifomes, Fuscoporia, Fomitiporia, Porodaedalea, … Com objetivo de ampliar o conhecimento sobre esses organismos na Região Sul do Brazil, um estudo taxonômico foi conduzido a partir de revisões de alguns herbários e análises de espécimes coletados entre os anos de 2010 e 2013, nos três Estados da Região Sul do Brazil. Dados da literatura também foram compilados com o objetivo de fornecer um quadro do conhecimento atual sobre o grupo estudado. Foram examinadas mais de 600 coletas de Hymenochaetaceae poroides, onde foram reconhecidas 44 espécies, pertencentes a nove gêneros. Dessas espécies e das espécies citadas na literatura, 26 são conhecidas para o estado do Paraná, 25 para Santa Catarina e 35 para o Rio Grande do Sul. Seis espécies são propostas como novas para ciência. Nove espécies são citadas pela primeira vez para o Paraná, dez para Santa Catarina, 16 para o Rio Grande do Sul, 14 para a Região Sul do Brasil, nove são citadas pela primeira vez para o Brasil e uma para a América do Sul. Além disso, são propostas duas novas combinações.
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Contribution to the taxonomy and phylogeny of Phellinus sunsu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) in southern Brazil / Contribution à la taxonomie et phylogénie de Phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) dans le sud du Brésil / Contribuição à Taxonomia e filogenia de phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) na região sul do Brasil

Santana, Marisa de Campos January 2014 (has links)
Phellinus s.l. a été créé par Quélet en 1886. Il comprend actuellement 180 espèces, soit près de la moitié du nombre total d'espèces d'Hymenochaetaceae. Les caractères généralement considérés pour la definition du genre incluent des basidiomes à réaction xanthochroique positive permanente, une trame des tubes jaune à brun, un système d'hyphes dimitique pour l'essentiel avec des hyphes génératives à septa simples (i.e absence de boucles), des hyphes squelettiques brunâtres, et des éléments de type sétoïdes au niveau de l'hyménium ou plus rarement de la trame. Au niveau de leur physiologie (ou de leur biologie nutritionnelle), les Phellinus s.l. sont lignivores, possédant un système enzymatique capable de dégrader préférentiellement la lignine, et également partiellement la cellulose et l'hémicellulose, des composés de la paroi cellulaire du bois, produisant à terme une pourriture blanche. Ils se développent tant sur bois vivant (et sont des parasites parfois économiquement importants) ou sur bois mort. Les Phellinus sont généralement les champignons lignivores les plus divers et les mieux représentés dans les forêts tropicales. Ils participent ainsi activement au maintien des écosystèmes forestiers. Des études récentes, de morphologie fine et le développement d'approches complémentaires, nonmorphologiques, de type biochimique d'abord, génomique ensuite, ont toutefois démontré que la conception généralement admise par la majorité des auteurs modernes (Larsen and Cobb-Poulle 1990, Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al, 2001) est largement hétérogène et polyphylétique. En conséquence, de nombreux groupes morphologiques plus cohérents et monophylétiques ont émergés (ou ré-émergés) et ont été reconnus comme des genres satellites indépendants plus ou moins larges selon les cas. Certains de ces genres avaient été reconnus par des auteurs anciens, et ont pu être exhumés de la litérature; pour d'autre groupes des genres ont dus être crées. Citons par ex. les Fomitiporia, Fomitiporella, Fulvifomes, Fuscoporia, Porodaedalea, …. Afin d'élargir les connaissances de ces champignons dans la Région Sud du Brésil, une étude taxonomique a été réalisée à partir de révisions d'herbier et de l'analyse des spécimens collectés en 2010, 2011 et 2013, dans les trois États du sud du Brésil. Les données de la littérature ont également été rassemblées avec l'objectif de fournir un cadre des connaissances actuelles du groupe dans la région étudiée. Plus de 600 spécimens d'Hymenochaetaceae poroïdes ont été analysés. Quarantequatre espèces, distribuées dans neuf genres, ont été identifiées. De ces espèces et d'espèces mentionnées dans la littérature, 26 sont connus pour Paraná, 25 pour Santa Catarina et 35 pour Rio Grande do Sul. Six espèces sont décrites comme nouvelle pour la science. Neuf espèces sont cités pour la première fois au Paraná, 10 pour Santa Catarina, 16 pour Rio Grande do Sul, 14 pour la Région Sud du Brésil, neuf sont mentionnés pour la première fois au Brésil et une pour l’Amérique du Sud. En plus, deux nouvelles combinaisons sont proposées. / Phellinus s.l. foi criado por Quélet em 1886 e compreende atualmente 180 espécies, quase a metade do número total das espécies de Hymenochaetaceae. As características consideradas para definir o gênero incluem basidiomas com reação xantocroica positiva e permanente, superfície dos poros amarela a marrom, sistema hifal dimítico essencialmente com hifas generativas com septo simples (ou seja, sem fíbulas), hifas esqueletais castanhas e elementos do tipo setoides, no himênio ou, raramente, na trama. Em sua fisiologia (ou biologia nutricional), as espécies de Phellinus s.l. são lignocelulolíticas ou xilófilas, possuem um sistema enzimático capaz de degradar a lignina da madeira, causando podridão branca. Desenvolvem-se tanto na madeira viva (e, às vezes, são parasitas de grande importância econômica) ou madeira morta, participando assim ativamente na manutenção dos ecossistemas florestais. Estas espécies são geralmente os fungos xilófilos mais diversos e com maior representatividade nas florestas tropicais. Estudos recentes, enfatizando a morfologia do grupo e o desenvolvimento de abordagens complementares, não morfológicas, bioquímicas e genéticas, têm mostrado que este gênero é amplamente heterogêneo e polifilético (Larsen and Cobb-Poulle 1990; Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al., 2001). Em consequência, muitos grupos morfológicos mais coerentes e monofiléticos emergiram (ou reemergiram), e foram reconhecidos como gêneros satélites independentes. Alguns destes gêneros tinham sido reconhecidos por autores anteriores e foram exumados da literatura para que outros gêneros fossem devidamente criados, como, por exemplo, os gêneros Fomitiporia, Fulvifomes, Fuscoporia, Fomitiporia, Porodaedalea, … Com objetivo de ampliar o conhecimento sobre esses organismos na Região Sul do Brazil, um estudo taxonômico foi conduzido a partir de revisões de alguns herbários e análises de espécimes coletados entre os anos de 2010 e 2013, nos três Estados da Região Sul do Brazil. Dados da literatura também foram compilados com o objetivo de fornecer um quadro do conhecimento atual sobre o grupo estudado. Foram examinadas mais de 600 coletas de Hymenochaetaceae poroides, onde foram reconhecidas 44 espécies, pertencentes a nove gêneros. Dessas espécies e das espécies citadas na literatura, 26 são conhecidas para o estado do Paraná, 25 para Santa Catarina e 35 para o Rio Grande do Sul. Seis espécies são propostas como novas para ciência. Nove espécies são citadas pela primeira vez para o Paraná, dez para Santa Catarina, 16 para o Rio Grande do Sul, 14 para a Região Sul do Brasil, nove são citadas pela primeira vez para o Brasil e uma para a América do Sul. Além disso, são propostas duas novas combinações.
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Contribution to the taxonomy and phylogeny of Phellinus sunsu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) in southern Brazil / Contribution à la taxonomie et phylogénie de Phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) dans le sud du Brésil / Contribuição à Taxonomia e filogenia de phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) na região sul do Brasil

Santana, Marisa de Campos January 2014 (has links)
Phellinus s.l. a été créé par Quélet en 1886. Il comprend actuellement 180 espèces, soit près de la moitié du nombre total d'espèces d'Hymenochaetaceae. Les caractères généralement considérés pour la definition du genre incluent des basidiomes à réaction xanthochroique positive permanente, une trame des tubes jaune à brun, un système d'hyphes dimitique pour l'essentiel avec des hyphes génératives à septa simples (i.e absence de boucles), des hyphes squelettiques brunâtres, et des éléments de type sétoïdes au niveau de l'hyménium ou plus rarement de la trame. Au niveau de leur physiologie (ou de leur biologie nutritionnelle), les Phellinus s.l. sont lignivores, possédant un système enzymatique capable de dégrader préférentiellement la lignine, et également partiellement la cellulose et l'hémicellulose, des composés de la paroi cellulaire du bois, produisant à terme une pourriture blanche. Ils se développent tant sur bois vivant (et sont des parasites parfois économiquement importants) ou sur bois mort. Les Phellinus sont généralement les champignons lignivores les plus divers et les mieux représentés dans les forêts tropicales. Ils participent ainsi activement au maintien des écosystèmes forestiers. Des études récentes, de morphologie fine et le développement d'approches complémentaires, nonmorphologiques, de type biochimique d'abord, génomique ensuite, ont toutefois démontré que la conception généralement admise par la majorité des auteurs modernes (Larsen and Cobb-Poulle 1990, Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al, 2001) est largement hétérogène et polyphylétique. En conséquence, de nombreux groupes morphologiques plus cohérents et monophylétiques ont émergés (ou ré-émergés) et ont été reconnus comme des genres satellites indépendants plus ou moins larges selon les cas. Certains de ces genres avaient été reconnus par des auteurs anciens, et ont pu être exhumés de la litérature; pour d'autre groupes des genres ont dus être crées. Citons par ex. les Fomitiporia, Fomitiporella, Fulvifomes, Fuscoporia, Porodaedalea, …. Afin d'élargir les connaissances de ces champignons dans la Région Sud du Brésil, une étude taxonomique a été réalisée à partir de révisions d'herbier et de l'analyse des spécimens collectés en 2010, 2011 et 2013, dans les trois États du sud du Brésil. Les données de la littérature ont également été rassemblées avec l'objectif de fournir un cadre des connaissances actuelles du groupe dans la région étudiée. Plus de 600 spécimens d'Hymenochaetaceae poroïdes ont été analysés. Quarantequatre espèces, distribuées dans neuf genres, ont été identifiées. De ces espèces et d'espèces mentionnées dans la littérature, 26 sont connus pour Paraná, 25 pour Santa Catarina et 35 pour Rio Grande do Sul. Six espèces sont décrites comme nouvelle pour la science. Neuf espèces sont cités pour la première fois au Paraná, 10 pour Santa Catarina, 16 pour Rio Grande do Sul, 14 pour la Région Sud du Brésil, neuf sont mentionnés pour la première fois au Brésil et une pour l’Amérique du Sud. En plus, deux nouvelles combinaisons sont proposées. / Phellinus s.l. foi criado por Quélet em 1886 e compreende atualmente 180 espécies, quase a metade do número total das espécies de Hymenochaetaceae. As características consideradas para definir o gênero incluem basidiomas com reação xantocroica positiva e permanente, superfície dos poros amarela a marrom, sistema hifal dimítico essencialmente com hifas generativas com septo simples (ou seja, sem fíbulas), hifas esqueletais castanhas e elementos do tipo setoides, no himênio ou, raramente, na trama. Em sua fisiologia (ou biologia nutricional), as espécies de Phellinus s.l. são lignocelulolíticas ou xilófilas, possuem um sistema enzimático capaz de degradar a lignina da madeira, causando podridão branca. Desenvolvem-se tanto na madeira viva (e, às vezes, são parasitas de grande importância econômica) ou madeira morta, participando assim ativamente na manutenção dos ecossistemas florestais. Estas espécies são geralmente os fungos xilófilos mais diversos e com maior representatividade nas florestas tropicais. Estudos recentes, enfatizando a morfologia do grupo e o desenvolvimento de abordagens complementares, não morfológicas, bioquímicas e genéticas, têm mostrado que este gênero é amplamente heterogêneo e polifilético (Larsen and Cobb-Poulle 1990; Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al., 2001). Em consequência, muitos grupos morfológicos mais coerentes e monofiléticos emergiram (ou reemergiram), e foram reconhecidos como gêneros satélites independentes. Alguns destes gêneros tinham sido reconhecidos por autores anteriores e foram exumados da literatura para que outros gêneros fossem devidamente criados, como, por exemplo, os gêneros Fomitiporia, Fulvifomes, Fuscoporia, Fomitiporia, Porodaedalea, … Com objetivo de ampliar o conhecimento sobre esses organismos na Região Sul do Brazil, um estudo taxonômico foi conduzido a partir de revisões de alguns herbários e análises de espécimes coletados entre os anos de 2010 e 2013, nos três Estados da Região Sul do Brazil. Dados da literatura também foram compilados com o objetivo de fornecer um quadro do conhecimento atual sobre o grupo estudado. Foram examinadas mais de 600 coletas de Hymenochaetaceae poroides, onde foram reconhecidas 44 espécies, pertencentes a nove gêneros. Dessas espécies e das espécies citadas na literatura, 26 são conhecidas para o estado do Paraná, 25 para Santa Catarina e 35 para o Rio Grande do Sul. Seis espécies são propostas como novas para ciência. Nove espécies são citadas pela primeira vez para o Paraná, dez para Santa Catarina, 16 para o Rio Grande do Sul, 14 para a Região Sul do Brasil, nove são citadas pela primeira vez para o Brasil e uma para a América do Sul. Além disso, são propostas duas novas combinações.
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Contribution à la phylogénie du genre Stomoxys (Diptera, Muscidae) et à la phylogéographie de Stomoxys calcitrans (L. 1758)

Dsouli-Aymes, Najla 12 October 2009 (has links) (PDF)
Le genre Stomoxys comprend 18 espèces reconnues (Zumpt, 1973), dont seule Stomoxys calcitrans est devenue cosmopolite. L'analyse phylogénétique montre la paraphylie du genre Stomoxys, due à l'inclusion de Prostomoxys saegerae dans le groupe. Les constructions phylogénétiques présentent trois clades distincts, qui correspondent bien à la biogéographie. L'émergence basale de S. indicus suggère une origine orientale du genre Stomoxys vers la fin de l'Oligocène. La divergence moléculaire, estimée à 16.3 millions d'années, entre S. niger niger et S. niger bilineatus propose l'élévation de ces deux sous-espèces au rang d'espèces. L'étude phylogéographique de S. calcitrans montre la présence d'une lignée orientale bien différenciée du reste. Les indices de diversité présument l'existence de deux zones de refuge. La première zone serait orientale, dont la recolonisation est limitée. La deuxième zone est probablement africaine, et a permis la recolonisation des autres régions. Le temps d'expansion de S. calcitrans est vraisemblablement lié au processus de domestication et/ou à la dernière période de glaciation.

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