L'Echinococcose Alveolaire est une zoonose mortelle transmise a l'Homme par l'ingestion des oeufs du tænia Echinococcus multilocularis. Le cycle du parasite fait intervenir un carnivore comme hote definitif (principalement le renard roux) et des campagnols prairiaux (Microtus arvalis et Arvicola terrestris) comme hotes intermediaires. Depuis une vingtaine d'annees, les observations de plus en plus frequentes de renards urbains ont suscite de nombreuses questions sur l'augmentation du risque de contamination humaine a cause de cette proximite des renards. Des etudes recentes ont montre la presence d'E. multilocularis chez le renard urbain avec des prevalences tres variables. Cependant, les conditions du developpement de ce parasite dans les milieux urbanises sont peu documentees. Les travaux presentes proposent d'ameliorer la comprehension du cycle d'E. multilocularis dans de tels milieux. Un suivi de l'infection vulpine par collecte de cadavres a mis en evidence un gradient d'infection decroissant du milieu rural au milieu urbain. Le long de ce gradient, differents milieux ont ete regulierement echantillonnes et ont montre l'importance pour le renard roux de la disponibilite en Microtus sp. dans les milieux friches. L'etude de la reponse alimentaire du renard roux aux variations de densites de rongeurs a montre que Microtus sp. etait fortement consomme meme lorsqu'il etait faiblement present sur le terrain alors que A. terrestris, en milieu peri-urbain, est consomme selon sa disponibilite. L'etude de la disponibilite en rongeurs a l'echelle de la ville montre que la consommation en hotes intermediaires est plus importante en milieu rural qu'en milieu urbain et que le regime alimentaire rural se caracterise par une predominance de Microtus sp. par rapport a A. terrestris alors que ces differences sont pas presentes en milieu urbain. La repartition des feces de renard roux est correlee aux densites de Microtus sp et d'A. terrestris, soulignant les possibilites d'existence du cycle parasitaire quel que soit le niveau d'urbanisation. Enfin, l'etude de trajectoires de renards par utilisation de colliers GPS a permis d'observer differents types de comportements individuels qui pourraient entrainer une modulation de la dynamique spatiale de la transmission urbaine du parasite basee sur la stabilite des populations vulpines.

Pour limiter l'impact des activités humaines sur la biodiversité, les populations animales sont gérées dans de nombreux contextes. La gestion des populations animales comprend la conservation des espèces menacées, comme l’exploitation/régulation des espèces gibiers ou considérées nuisibles. Elle consiste à modifier la dynamique des populations soit en favorisant leur croissance, soit en réduisant leur abondance. Face à l’urgence d’agir dans un contexte de ressources financières limitées, une gestion efficiente des populations animales requiert une bonne compréhension de leur dynamique en réponse aux actions mises en œuvre. Durant mon doctorat, j’ai travaillé en partenariat avec des gestionnaires agissant sur deux systèmes biologiques : la conservation de rapaces méditerranéens (aigles de Bonelli et vautours percnoptères) et la régulation des densités de renards en paysage rural. Pour chaque système, mon travail a consisté i) en l’analyse des suivis de populations qui sont réalisés pour ii) évaluer l’effet de la gestion sur la dynamique des espèces gérées. Dans les deux contextes, j’ai pu iii) mettre en évidence la contribution de l’immigration à la croissance des populations menacées, comme à l’atténuation des effets de la régulation. Après iv) avoir extrait des recommandations pouvant améliorer l’efficience de la gestion en tenant compte de ces processus d’immigration, mon travail s’est conclu par v) une réflexion en retour sur l’optimisation des suivis de populations, afin qu’ils génèrent le plus d’informations pour un investissement moindre. Dans l’ensemble, ce travail aboutit à une réflexion sur les moyens favorisant une gestion efficiente des populations animales. / Due to the multiple interactions linking species together, human activities and animal species influence each other. Animal populations are therefore managed to favour long-term cohabitation. Wildlife management includes the conservation of endangered species, the harvest of game species and the control of species considered as pest. It consists in impacting population dynamics (density variation in a territory) either by favouring or limiting population growth. Faced with the complexity of ecological processes and the urgent need for acting in a context of decreasing allocated resources, an efficient management requires a precious understanding of population dynamics in response to actions. During my PhD, I collaborated with managers supervising two contrasted biological systems: the conservation of endangered Mediterranean raptors (Bonelli’s eagles and Egyptian vultures) and the control of fox densities in French rural landscapes. For each case of study, my work consisted in i) analysing data from population monitoring designed to ii) evaluate the management impact on population dynamics. In both systems, I highlighted iii) the crucial importance of immigration either in boosting endangered population or compensating for fox regulation. After having iv) derived concrete guidelines to improve management facing with immigration. I concluded my PhD by v) searching in turn for cost-effective designs of population monitoring. Overall, I questioned the contrasted systems I studied to understand pitfalls and solutions favouring an efficient management of animal populations.