L’agrobiodiversité est le résultat de la domestication, de l’amélioration des caractères génétiques, de la conservation et de l’échange des semences par les agriculteurs depuis la première révolution agricole, il y a près de 10 000 ans. Toutefois, cette diversification agricole s’amenuise, s’érode. Cette érosion touche désormais les espèces végétales majeures. Plusieurs variétés de plantes cultivées sont abandonnées au profit de variétés artificialisées et uniformisées. Suivant une logique plus économique, les ressources génétiques végétales ou phytogénétiques, d’abord qualifiées de patrimoine commun de l’humanité, deviennent rapidement des biens prisés par l’industrie biotechnologique confortant les pays riches en biodiversité, mais économiquement faibles, à subordonner cette richesse au principe de la souveraineté permanente sur les ressources naturelles. Ce principe à la base du droit international a permis aux États hôtes de contrôler l’accès aux ressources biologiques sur leur territoire, mettant ainsi fin au pillage de celles-ci, mais également au libre accès pour tous à la ressource. À l’évidence, la nature hybride des ressources phytogénétiques enclenche un processus complexe d’exclusivismes et de prérogatives. D’une part, ces ressources composent la base de notre alimentation et à ce titre elles intéressent l’humanité entière, d’autre part, elles sont la matière première utilisée par les oligopoles semenciers, une double vocation qui suscite un partage antagonique à plusieurs égards. Cette thèse analyse les perspectives offertes par le droit international public afin de réconcilier ces positions au bénéfice de la sécurité alimentaire mondiale durable, et s’interroge sur le meilleur cadre juridique que le droit international puisse attribuer aux ressources phytogénétiques afin d’améliorer la circulation et la disponibilité des denrées agricoles et alimentaires. À cet effet, l’entrée en vigueur du Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture va créer une sorte de système compromissoire conciliant dans un même souffle, l’intérêt général et l’appropriation privative au profit de la sécurité alimentaire mondiale durable : le Système multilatéral d’accès et de partage des avantages. Un dispositif ad hoc exceptionnel qui facilite l'accès à une partie négociée de ces ressources ainsi que le partage juste et équitable des avantages qui découlent de leur utilisation entre tous les usagers. Le Système multilatéral est la clé de voûte du Traité. Par le truchement de ce système, le Traité matérialise un ordre juridique raffiné et complexe qui opère une récursivité des ressources phytogénétiques vers le domaine public international, et par incidence, invite à considérer ces ressources comme des biens communs libres d’accès pour la recherche, l’amélioration et le réensemencement. Outre cette requalification, ce système ouvrira la voie à une nouvelle forme de gestion fiduciaire octroyant des droits et impliquant des responsabilités à l’égard d’un groupe d’usagers particuliers.

Cette thèse traite de la protection juridique des savoirs traditionnels. Cette question est devenue un problème public à la faveur de la dénonciation, par plusieurs acteurs de la société civile, d'actes de biopiraterie. La biopiraterie désigne l'appropriation illicite des savoirs traditionnels des peuples autochtones ou des communautés locales (PACL) par des utilisateurs qui s'en servent pour fabriquer de nouveaux produits (alimentaires, cosmétiques ou pharmaceutiques) protégés par des droits de propriété intellectuelle – surtout des brevets –, sans toutefois reconnaitre l'apport des PACL dans la création de l'innovation protégée. Face à ce problème, le droit international propose deux réponses. D'une part, l'article 5(5) du Protocole de Nagoya, entré en vigueur le 12 octobre 2014, pose le principe du partage juste et équitable, avec les communautés autochtones ou locales, des avantages monétaires et non monétaires, résultant de l'utilisation de leurs savoirs traditionnels sur les vertus des plantes ou animaux. Ce principe est toutefois conditionné par les conditions et limites que peut fixer le droit national de l'État fournisseur. D'autre part, l'Organisation Mondiale de la Propriété Intellectuelle (OMPI) élabore depuis 18 ans des projets de lois spécifiques dites sui generis, pour protéger les savoirs traditionnels, invoquant l'inadéquation du brevet pour ce faire puisque les savoirs traditionnels ne rempliraient pas les conditions de nouveauté, d'inventivité et d'application industrielle requis par les droits nationaux de brevet. Ces deux solutions, considérées comme complémentaires, ne semblent toutefois pas parvenir à répondre efficacement au problème de la protection des savoirs traditionnels. Cette thèse cherche donc une solution juridique qui soit plus adaptée aux réalités vécues par les PACL. À partir de l'approche de la construction sociale du droit et des concepts de reconnaissance, d'équité et de justice environnementale, cette thèse veut comprendre comment se sont structuré les deux approches majoritaires concernant la protection des savoirs traditionnels associés aux ressources génétiques en droit international. Cette réflexion ouvre à la possibilité de remise en cause de la non-brevetabilité des savoirs traditionnels, grâce à une étude de trois cas de biopiraterie (les affaires du Hoodia gordonii, du Guiera senegalensis et de la Quassia amara). Elle suggère également, à l'occasion de la mise en œuvre du Protocole de Nagoya, une approche renouvelée et pragmatique du brevet comme outil de protection des savoirs traditionnels. / This thesis aims at contributing to the legal protection of traditional knowledge (TK). This topic has received an increasing international attention, thanks to the denunciation of misappropriation of the traditional knowledge (TK) of indigenous peoples or local communities (IPLCs) by the civil society. Such a misappropriation, also refers to as “biopiracy”, happens when users rely on the TK of IPLCs to make new food products, cosmetics or pharmaceuticals, obtain intellectual property rights – especially patents – on these products, without recognizing their contribution in the making of protected innovation. In response to this problem, international law proposes two answers. On one hand, Article 5(5) of the Nagoya Protocol, which entered into force on 12 October 2014, establishes the principle of fair and equitable sharing of the monetary and non-monetary benefits arising out of the use of the TK of IPLCs on the virtues of plants or animals. However, this principle is conditioned by the conditions and limits that may be set by the national law of the supplier State. On the other hand, the World Intellectual Property Organization (WIPO) has been developing for the past 18 years specific sui generis legislation to protect TK in response to allegations of the inadequacy of patents to do so. In fact, TK is considered not to fulfill the conditions of novelty, inventiveness and industrial application required by national patent laws. These two solutions, considered complementary, do not seem to suit with an effective protection of TK. This thesis therefore seeks a legal solution that is more adapted to the realities experienced by the IPLCs. Building on a theoretical framework articulating the concepts of social construction, recognition and equity and environmental justice, this thesis aims at understanding of how the two major approaches concerning the protection of genetic resources in international law have been structured. This reflection opens the possibility to challenge the argument of non-patentability of TK based on the analysis of three biopiracy cases (the Hoodia gordonii, the Guiera Senegalensis and the Quassia amara cases). It also suggests, in the post-Nagoya era, a renewed and pragmatic approach to patent as an effective tool for the protection of traditional knowledge.