Cette étude est une contribution à la connaissance de la biodiversité, la distribution géographique et la conservation des Rubioideae (Rubiaceae) d’Afrique centrale (Burundi,R.D.Congo et Rwanda). Le travail est basé sur l’analyse critique des riches collections conservées dans les grands herbaria de Belgique et du Burundi (plus de 10.000 échantillons). Une check-list critique des Rubioideae d’Afrique centrale a été établie; 291 taxons ont été inventoriés et une carte de distribution géographique a été tracée pour chacun, après géoréférencement de toutes<p>les récoltes. Des taxons nouveaux pour le territoire étudié ont été découverts, révélant le caractère incomplet de la ‘World check-list of Rubiaceae’. Des taxons nouveaux pour la science ont été mis en évidence. Une espèce nouvelle (avec deux variétés) a été décrite. Les analyses de distribution ont utilisé deux niveaux de résolution: le système d’information géographique (SIG) pour la production des cartes de la distribution des espèces et le système de maillage pour calculer la densité et l’effort d’échantillonnage. La richesse floristique apparente est fortement biaisée par l’intensité d’échantillonnage. Après correction de ces biais, la diversité reste inégalement répartie.<p>Des régions de plus haute diversité peuvent être expliquées à la fois par des processus déterministes (régions à haute diversité ’habitats), et, probablement aussi par des contingences historiques (refuges). Elles correspondent à des zones de spéciation active ou de moindre extinction. De plus, cette diversité varie selon les phytochories considérées.<p>La distribution des taxons a été utilisée pour tenter de redéfinir sur une base objective des subdivisions phytogéographiques du territoire étudié. L’approche basée sur la similarité floristique et la distribution potentielle a démontré le rôle déterminant des taxons indicateurs et des variables environnementales<p>dans l’établissement d’un système cohérent de phytochories pour l’Afrique centrale. Un nouveau<p>système de trois territoires floristiques défini sur base des Rubioideae est comparativement proche de celui de White (1979, 1983) mais ne comprend pas des zones de transition.<p>Enfin, la caractérisation de l’état de conservation des Rubioideae de la zone d’étude, sur base de la méthodologie de l’UICN, a porté sur cinquante-six taxons (sub-)endémiques d’Afrique centrale. L’évaluation paramétrique a été largement utilisée. Elle est basée sur la détermination de la zone d’occupation (AOO) et de la zone d’occurrence (EOO). La proportion des Rubioideae menacés et coïncide avec celles des autres groupes déjà évalués. Cette analyse a démontré qu’il existe une corrélation entre les taxons menacés et les zones de forte concentration humaine.<p><p><p>This study is a contribution to the knowledge of biodiversity, geographic distribution and conservation of Rubioideae (Rubiaceae), a group of flowering plants in Central Africa (D.R.Congo, Rwanda, Burundi). The work is based on the critical evaluation of the rich herbarium collections conserved in Belgium and Burundi (> 10,000 specimens). A critical check-list of Rubioideae in Central Africa has been produced, comprising 291 taxa. A distribution map has been obtained for each of them. A number of taxa are new to the area, highlighting the gaps of knowledge in the ‘World check-list of Rubiaceae’. Species new to science have been detected, one of which has been formally described (with two varieties) in this study. The analysis of distribution patterns has been performed at two levels of resolution. Grid-maps have been used to analyse patterns of species diversity. Floristic richness appears strongly correlated with<p>sampling effort. After correction for sampling effort, species diversity remains heterogeneous.<p>Regions of higher diversity correspond either to areas of more active speciation, in relation to a high diversity of habitats, or to forest refuges where extinction rates have been lower. Additionally, this diversity varies between the different phytochoria recognized. The distribution of species has been used in an attempt to redefine phytochoria based only on floristic criteria. Floristic similarity, and potential distribution (based on climatic parameters), has shown that phytochoria can be effectively defined and characterized by the method of indicator taxa. Three major<p>phytochoria show a reasonably match with phytochoria previously proposed by White (1979, 1983), but White’s transition zones are not highlighted. Finally, distribution data have been used to critically evaluate the conservation status of 56 taxa, using the methodology and criteria of IUCN. The area of occupancy (AOO) and extent of occurrence (EOO) were calculated and used as main criteria to evaluate the species. A relatively high proportion of taxa appear to be threatened, especially in relation to urbanization and deforestation in the most<p>highly populated parts of the study area. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le genre Psychotria est le plus vaste de la famille des Rubiaceae, avec plusieurs centaines d’espèces répandues dans toutes les régions tropicales humides. Les Psychotria sont principalement des arbustes (quelques-uns sont lianescents, herbacés ou arborescents) et entrent souvent pour une part importante dans la composition des sous-bois tropicaux. Certains montrent des adaptations remarquables comme la symbiose bactérienne foliaire ou l’accumulation d’humus. En raison de sa taille et des difficultés d’identifications, ce genre reste mal connu, notamment en Afrique occidentale et centrale où il n’a fait l’objet d’aucun travail d’ensemble depuis les années 1960.<p>Le présent travail a pour objectifs :1) la révision taxonomique du genre Psychotria pour l’Afrique occidentale et centrale; 2) une étude phylogénétique du genre, visant à reconstituer son évolution et améliorer la classification infragénérique ;et 3) une étude biogéographique régionale de ce groupe, afin de définir des centres de diversité et d'endémisme.<p>Notre travail de taxonomie, fondé sur l’examen des spécimens d’herbier et sur des missions de terrain au Cameroun et au Gabon, nous a conduit à reconnaître l’existence de 232 espèces en Afrique occidentale et centrale, ce qui fait de Psychotria le plus vaste genre de plantes dans cette région. Parmi ces espèces, 78 sont nouvelles.<p>Nos travaux phylogénétiques, basés sur l’étude de deux marqueurs nucléaires (ITS et ETS) et quatre chloroplastiques (rps16, trnG, matK et rbcLa), montrent que la classification de Petit (1964, 1966) est largement à revoir. Il apparaît notamment que les deux sous-genres (Psychotria et Tetramerae) reconnus en Afrique, et fondés sur la présence ou l’absence de nodules bactériens foliaires, ne sont pas monophylétiques, certaines espèces ayant secondairement perdu leurs nodules. Nos résultats soutiennent également le rattachement du genre monospécifique Peripeplus à Psychotria.<p>Le genre Psychotria montre une diversité remarquable, associée à un taux d’endémisme élevé, dans le domaine bas-guinéen (Cameroun et Gabon principalement) où plusieurs centres d’endémisme ont été identifiés. Ceux-ci sont localisés non seulement dans les massifs montagneux de l’intérieur, dont la flore particulière est bien connue, mais également dans les régions littorales. L’Afrique de l’ouest, moins diversifiée, montre cependant un fort endémisme localisé principalement dans deux centres, l’un situé au Liberia et dans l’ouest de la Côte d’Ivoire, l’autre vers la frontière Côte d’Ivoire/Ghana. Le bassin du Congo, comparable en diversité à l’Afrique de l’Ouest, est relativement pauvre en endémiques.<p>Ces résultats suggèrent que les forêts du Cameroun et du Gabon auraient relativement bien résisté aux périodes sèches passées, et remettent notamment en question l’hypothèse d’une disparition des forêts littorales du golfe de Guinée au cours du Pleistocène./Psychotria is the largest genus in the Rubiaceae family, with several hundred species in wet tropical areas worldwide. Psychotria spp. are mostly shrubs (a few being lianas, creepers or trees) and are often an important component of the undergrowth in tropical rainforests. Some show remarkable adaptations such as leaf bacterial symbiosis or litter gathering. Due to its size and identification problems, Psychotria remains a little-known genus, especially in West and Central Africa, where no major work has been done on this group since the 1960s.<p>The aims of the present work are: 1) a taxonomic revision of Psychotria in West and Central Africa; 2) a phylogenetic study of the genus, in order to trace its evolution and improve the infrageneric classification; and 3) a regional biogeographic study of the genus, to define centers of diversity and endemism.<p>Our taxonomical work, based on the study of herbarium specimens and field expeditions in Gabon and Cameroon, led us to recognise 232 species of Psychotria in West and Central Africa. Psychotria is therefore the largest plant genus in this area. Among these species, 78 are new.<p>Our phylogenetic work, based on two nuclear markers (ITS and ETS) and four chloroplastic markers (rps16, trnG, matK, rbcLa), shows that Petit’s (1964, 1966) infrageneric classification is in need of revision. In particular, we show that the two subgenera present in Africa (subg. Tetramerae and subg. Psychotria), which are defined by the presence or absence of leaf bacterial nodules, are not monophyletic: a secondary loss of the bacterial nodules has occured in some species. Our results also support the merging of the monospecific genus Peripeplus into Psychotria.<p>The genus Psychotria shows a remarkable diversity and a high level and endemism in the Lower Guinea domain (particularly Cameroon and Gabon) where several centers of endemism are identified. These are located not only in the inland hill ranges, which are well known for their particular flora, but also in littoral areas. West Africa is less diverse but also shows a high level of endemism, which concerns mostly two areas, one in Liberia and western Côte d’Ivoire and the other around the Côte d’Ivoire/Ghana border. The Congo basin, comparable in diversity to West Africa, has relatively few endemic species.<p>These results suggest that the rainforests of Cameroon and Gabon resisted relatively well during historical drier periods. They do not support the hypothesis of a disappearance of the Gulf of Guinea littoral forests during the Pleistocene.<p><p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished