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Analyse phylogénétique des souches du virus de la fièvre hémorragique Ebola et mise en évidence de souches atypiques / Phylogenetic analysis of strains of Ebola hemorrhagic fever virus

Wittmann, Tatiana 18 December 2007 (has links)
La fièvre hémorragique à virus Ebola (FHVE) est due à un virus à ARN non segmenté de polarité négative de l’ordre des Mononégavirales. Il compose avec le virus de Marburg la famille des Filoviridae. Il existe 4 espèces Ebolavirus réparties géographiquement : Zaïre en Afrique centrale, Soudan en Afrique de l’Est, Côte d’Ivoire en Afrique de l’Ouest et Reston en Asie. Ebolavirus zaïre, apparu en 1976 en République Démocratique du Congo, est l’espèce la plus létale pour l’homme (jusqu’à 88% de mortalité) et a été à l’origine de plusieurs vagues d’épidémies depuis sa ré-émergence en 1995. Les flambées épidémiques de 2001 à 2005 sont caractérisées par de multiples chaînes épidémiques indépendantes et des épizooties concomitantes dans les populations de grands singes (gorilles et chimpanzés). L’amplification et le séquençage du gène viral de la glycoprotéine (GP) ont été effectués à partir de prélèvements obtenus lors des deux dernières épidémies humaines de 2003 et 2005, ainsi que sur des échantillons de carcasses animales trouvées à partir de 2001 dans la forêt de la région Gabon-Congo. Un deuxième gène viral codant la nucléoprotéine (NP) a été amplifié et séquencé à partir de prélèvements obtenus pendant les épidémies humaines survenues depuis 2001 et de prélèvements animaux. L’analyse phylogénétique basée sur le gène codant la GP montre la séparation des souches virales en deux lignées génétiques fortement soutenues. Cette séparation est confirmée par l’existence de signatures moléculaires spécifiques aux séquences de chaque lignée, ainsi que par le calcul des distances génétiques entre les séquences. Les analyses effectuées sur le gène de la NP donnent les mêmes résultats. Cependant, la topologie des souches humaines obtenues entre 2001 et 2003 diffère entre les arbres basés sur la GP et la NP. Les résultats indiquent l’existence de deux lignées phylogénétiques et supposent un événement de recombinaison entre les souches des deux lignées. L’estimation de l’âge des ancêtres communs les plus récents indique que la séparation des deux lignées se serait produite avant la première apparition de la FHVE, vers 1975 (1971 calculé sur la NP). L’événement de recombinaison est daté par cette méthode entre 1998-1999. / The virus Ebola, a negative non segmented RNA virus, is responsible for an hemorrhagic fever disease. Together with the Marburg virus, they compose the Filoviridae family (order Mononegavirales). Ebolavirus is geographically divided into 4 species: Zaire in Central Africa, Sudan in East Africa, Ivory Coast in West Africa, and Reston in Asia. Zaire ebolavirus, first appeared in 1976 in the Democratic Republic of Congo, has the highest mortality rate in humans (up to 88%) and has caused several outbreaks since its re-emergence in 1995. Outbreaks from 2001 to 2005 are characterized by multiple independent epidemic chains and large concomitant outbreaks in chimpanzee and gorillas. The viral glycoprotein (GP) gene was amplified and sequenced from samples obtained during the two last human outbreaks in 2003 and 2005 and samples from great apes carcasses found in the forest of the Gabon-Congo area since 2001. A second viral gene coding the nucleoprotein (NP) was amplified and sequenced from animal samples and human outbreaks since 2001. Phylogenetic analysis based on the GP gene showed the separation of Zaire ebolavirus strains into two genetic lineages. This separation is supported by molecular signatures specific to sequences of each lineage, and by genetic distances between sequences. Analysis based on the NP genes give the same results. However, the topology of human strains recovered between 2001 and 2003 is different in both trees. Results show the existence of two phylogenetic lineages and suggest a recombination event between strains of these lineages.The estimation of the age of the most recent common ancestor tracks back the separation of the lineages before the first appearance of Ebolavirus, up to 1975 (1971 estimated on the NP gene). With this method, the recombination event is dated to 1998-1999.
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Étude phylogénétique d'[alpha]-protéobactéries : sur les traces de l'ancêtre bactérien de l'endosymbiote mitochondrial

Marie-Egyptienne, Delphine January 2002 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Origine et évolution des systèmes toxine-antitoxine de classe II.

Guglielmini, Julien 19 February 2010 (has links)
Les systèmes toxine-antitoxine (TA) sont composés de deux gènes organisés en opéron retrouvés chez la quasi-totalité des bactéries ainsi que chez les archées. Ils ont été découverts sur des plasmides, où ils induisent une tuerie post-segregationnelle (PSK). En effet, l’antitoxine est instable car elle est dégradée par une protéase ATP dépendante. Lors de la réplication, si un plasmide portant un système TA n’est pas transmis à la cellule fille, celle-ci recevra tout de même une partie du cytoplasme de la cellule mère qui contenait des protéines de toxine et d’antitoxine. Cette dernière étant instable, et sans synthèse de novo, la toxine va se retrouver libre d’affecter sa cible cellulaire. Un système TA crée donc une addiction au plasmide qui le porte, stabilisant celui-ci. Les systèmes TA se retrouvent également, dans un nombre de copies variable, au sein du chromosome. Dans ce cas, plusieurs hypothèses existent quant à leur fonction, comme la mort cellulaire programmée, la réponse au stress, la stabilisation de régions génomiques non essentielles, ou l’anti-addiction au plasmide. L’origine et l’évolution des systèmes TA restent inconnues, alors qu’ils présentent des aspects intrigants. En effet, les toxines CcdB et MazF ont des séquences et des activités toxiques très différentes, malgré une structure proche ; les toxines RelE et ParE présentent des séquences proches, mais des fonctions différentes. À l’heure actuelle, les deux hypothèses concernant l’origine évolutive des systèmes TA sont soit qu’ils seraient tous issus d’un ancêtre commun, soit qu’ils auraient été réinventés plusieurs fois au cours de l’évolution, à partir d’un nombre limité de gènes. Au cours de cette thèse, nous avons abordé la question de l’origine et l’évolution des systèmes TA de plusieurs manières : par la reconstruction de phylogénies et de séquences ancestrales, et par l’étude d’un système chromosomique particulier au sein de nombreuses souches d’Escherichia coli. Enfin, nous nous avons décidé d’analyser le contexte génomique des systèmes TA chromosomiques. Ces travaux ont notamment permis de mieux comprendre l’évolution des systèmes TA, et de conforter l’hypothèse selon laquelle ils seraient des éléments égoïstes, évoluant au sein des génomes sans gain d’aptitude pour l’hôte.
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Relations entre la visibilité du plumage et la complexité du chant chez des Passeriformes nord-américains

Repentigny, Yves de 12 1900 (has links)
Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Phylogénie moléculaire du genre Philodendron (Araceae) : clarification de sa position taxonomique et de sa classification infragénérique

Gauthier, Marie-Pierre January 2005 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Phylogénie et transferts horizontaux de gènes chez les bactéries

Baro, Fabrice January 2007 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Génomique des Flavivirus : Contribution à l'analyse taxonomique et phylogénique

Moureau, Grégory 17 January 2012 (has links)
Les virus à ARN - à l'exception des rétrovirus - représentent plus de 200 pathogènes humains et/ou vétérinaires majeurs. Ils sont pour la plupart considérés comme émergents, durant les dernières années ils ont été retrouvés au-delà de leur territoire d'origine, dans de nouvelles régions du monde. Les plus connus de ces virus sont le virus du West Nile, le virus chikungunya, la grippe, le coronavirus SRAS, l'entérovirus 71 (agent responsable de la fièvre aphteuse), les virus de la dengue, l'hépatite C virus, le virus de la fièvre hémorragique de Crimée Congo, le virus de la vallée du Rift, l'encéphalite japonaise et plusieurs entérovirus humains. En terme de mortalité et morbidité ils sont à l'origine de plus 100 millions de cas par an et la menace a tendance à augmenter. Ces statistiques sont démoralisantes quand on considère les immenses progrès de la médecine et de la science durant ces dernières dizaines d'années. Les recherches présentées dans ma thèse portent sur le genre Flavivirus, au sein duquel on retrouve le virus de la fièvre jaune, un pathogène humain responsable d'épidémies majeures en Afrique et en Amérique latine durant les 300 à 400 dernières années. Ce virus est toujours responsable d'épidémies majeures en Afrique malgré un vaccin très bien toléré et des plus efficaces. On assiste au même scénario avec le virus de l'encéphalite japonaise en Inde. / Without including the retroviruses, there are in excess of 200 RNA viruses that are recognised human and/or animal pathogens, many of which are considered to be emerging viruses because during recent years they have dispersed beyond their original territories causing epidemics in new regions of the World. The more well known of these emerging viruses include, West Nile virus, chikungunya virus, influenza virus, SARS coronavirus, EV71 virus (the aetiological agent of hand foot and mouth disease), dengue virus, hepatitis C virus, Crimean Congo haemorrhagic fever virus, Rift Valley fever virus, Japanese encephalitis virus and many human enteroviruses from a variety of genera. The combined global morbidity and mortality figures for these viruses add up to 100s of millions per year and the current trend appears to be upwards. This is a depressing statistic when one considers the amazing medical and scientific achievements that we have witnessed during the past decades. The studies described in my thesis were focused on the genus Flavivirus the type species of which is yellow fever virus, another terrifyingly virulent human pathogen that has caused so much suffering in Africa and Latin America during the past 300 to 400 years. This virus continues to cause major epidemics in Africa despite the availability of one of the safest and most effective vaccines with which to control infections due to yellow fever virus. Indeed similar comments can be made in the context of the flavivirus Japanese encephalitis virus in India.
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Étude de la diversité génétique chez la bactérie lactique Carnobacterium maltaromaticum et de son adaptation à l'environnement gastro-intestinal de mammifères / Study of the genetic diversity of a lactic acid bacteria Carnobacterium maltaromaticum and its adaptation to gastro-intestinal environment of mammals

Rahman, Abdur 11 December 2013 (has links)
L'utilisation de la bactérie C. maltaromaticum dans l'industrie alimentaire n'est pas autorisée en raison de faible connaissance et des pathologies qu'il peut provoquer chez le poisson. Un des objectifs de ce travail est de renforcer la connaissance par la séquence génomique d'une souche fromagère et d'évaluer le devenir de la bactérie après ingestion par le consommateur. L'autre objectif est de mieux connaitre la taxonomie de la bactérie par MLST. La séquence complète de C. maltaromaticum LMA 28 a révélé une taille génomique de 3,8 Mpb qui est atypique dans le genre Carnobacterium. L'analyse génomique indique qu'il contiendrait des gènes d'adaptation à l'environnement intestinal. Il a été montré que la bactérie est capable de survivre le transit gastro-intestinal chez la souris et d'adhérer à des cellules intestinales humaines qui présenteraient des propriétés neutres voire anti-inflammatoires. Le résultat suggère qu'elle est capable de survivre le transit GIT et d'interagir avec l'hôte. Il a été montré que la MLST chez C. maltaromaticum permet d'atteindre un haut niveau de résolution. MLST suggèrent que le lait et les fromages à pâte molle sont peu sélectifs pour C. maltaromaticum. De plus, deux CC majoritaires, principalement représentés par des souches laitières, ont été identifiés. Leur existence suggère qu'une lignée de l'espèce est particulièrement bien adaptée à l'environnement laitier ou qu'un phénomène de domestication est en cours. Un grand nombre de singletons ont été identifiés suggérant que la diversité chez cette espèce est sous-estimée et qu'elle reste à explorer / The bacterium Carnobacterium maltaromaticum is not used in industry due to limited knowledge about this organism and its virulence in fish. One objective of this thesis was to strengthen the body of knowledge by determining the complete genome sequence of the cheese strain and to evaluate the fate of this bacterium after ingestion by the consumer. Another objective was to improve the taxonomic knowledge within the species C. maltaromaticum through the development of a MLST scheme. The complete sequence of the strain C. maltaromaticum LMA 28 revealed a genome size of approximately 3.8 Mbp, which is unusually high in the genus Carnobacterium. The genome analysis of this strain indicates the presence of genes conferring the adaptation to the intestinal environment. The bacterium is able to survive during the gastro-intestinal transit in mice. Moreover, this strain is able to adhere to human intestinal epithelial cell lines and would have neutral or anti-inflammatory properties. These data suggest that C. maltaromaticum LMA 28 is adapted to the digestive tract of mammals. At the taxonomical level, it was shown that MLST is highly discriminatory for the species C. maltaromaticum. In addition, the MLST results suggest that milk and soft cheeses are poorly selective for strains of this species. In addition, two major clonal complexes suggest that a sub-population within this species is well adapted to the dairy environment or that a sub-population is submitted to a domestication process. A high proportion of singletons was obtained suggesting that the diversity was under-estimated and remains to be explored
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How to settle in Madagascar? Towards a better understanding of the biogeographical history of the Malagasy ferns. / Comment s'installer à Madagascar ? Vers une meilleure compréhension de l'histoire biogéographique des fougères de Madagascar

Bauret, Lucie, Anaïs 05 December 2017 (has links)
Madagascar est une île continentale de l’Océan Indien, au large de l’Afrique. C’est également un point chaud de biodiversité, hébergeant plus de 12 000 espèces de plantes vasculaires, dont plus de 600 espèces de fougères caractérisées par un endémisme dépassant les 45%. L’Afrique continentale n’héberge en comparaison que 800 espèces. Comment peut-on expliquer une telle concentration de biodiversité à Madagascar ? Quelles sont les origines biogéographiques des fougères malgaches ? L’apport de nouvelles données et la littérature préexistante permettent de proposer ici des hypothèses sur l’histoire biogéographique des fougères de Madagascar. Quatre groupes de fougères ont fait l’objet d’une étude biogéographique : les sous-familles de fougères grammitides et blechnoides, les genres Rumohra et Lindsaea-Odontosoria, ainsi qu’un genre de lycophytes, Phlegmariurus, représentant un réplica dans une autre lignée de plantes vasculaires à spores. L’histoire biogéographique des lignées malgaches au sein de ces groupes a été reconstruite, à partir de phylogénies moléculaires mondiales complétées par les espèces malgaches, de datations moléculaires, ainsi que de l’estimation des aires ancestrales.Bien que Madagascar soit d’origine ancienne, gondwanienne, les résultats des analyses biogéographiques montrent que les fougères et les lycophytes auraient colonisé Madagascar après son isolement, durant le Cénozoïque (< 66 Ma), depuis les néotropiques (Amérique du Sud) l’Afrique et l’Asie tropicale (au sens large, incluant l’Asie continentale et le sud-est asiatique jusqu’en Australasie). En particulier, de nombreuses dispersions ont été observées à partir du Miocène (< 23 Ma). Ces résultats seraient expliqués par une combinaison d’événements au Cénozoïque (formation des forêts tropicales humides Malgaches, formation de courants éoliens permettant la dispersion par spores) et des préférences écologiques des fougères et des lycophytes pour les forêts tropicales humides d’altitude, s’étant formées à partir du Miocène dans les régions sources. / Madagascar is a continental island in the Indian Ocean, near African coasts. It is also a biodiversity hotspot, comprising more than 12,000 species of vascular plants and including more than 600 fern species with an endemism reaching the 45%. Comparatively, continental Africa comprises only 800 species. How can such a diversity be explained in Madagascar? What are the biogeographical origins of the Malagasy ferns? Thanks to new data combined to the literature, hypotheses on the biogeographical history of Malagasy ferns are here proposed.Four fern taxa were newly investigated: grammitid and blechnoid subfamilies, Rumohra and Lindsaea-Odontosoria, as well as Phlegmariurus, a genus of lycophytes considered as a phylogenetic replicate in another vascular spore-bearing plant lineage. The biogeographical history of the Malagasy lineages was inferred, based on worldwide molecular phylogenies completed by Malagasy species, molecular dating and ancestral area estimates.Despite its Gondwanian origin, ferns and lycophytes would have colonized Madagascar after its isolation, during the Cenozoic (< 66 Ma), from the Neotropics (South America), Africa and tropical Asia s.l. (meaning from continental Asia to Southeast Asia and Australasia). Dispersal events were especially inferred from the Miocene (< 23 Ma). These results could be explained by the combination of events during the Cenozoic (establishment of the Malagasy rainforests, onset of wind currents allowing spore dispersal) and ecological preferences of ferns and lycophytes for elevated tropical rainforests that have established from the Miocene in the source regions.
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Processus d'émergence des patrons de diversité supra-spécifiques lors des radiations évolutives / Processes of emergence of large scale diversity patterns during evolutionary radiations

Gascuel, Fanny 28 June 2016 (has links)
Les radiations évolutives sont des phénomènes de diversification rapide, et une source majeure de la diversité biologique sur Terre. J'explore ici l'hypothèse selon laquelle les mécanismes écologiques et génétiques à la base des radiations évolutives structurent les patrons macroécologiques et macroévolutifs de diversité. Pour ce faire, j'analyse les prédictions de plusieurs modèles de radiation émergeant des dynamiques spatio-temporelles à l'échelle individuelle. Ces analyses montrent d'abord que la structuration spatiale est un facteur majeur de diversité et d'endémisme au sein des archipels océaniques, en raison d'interactions entre dispersion et spéciation allopatrique. L'intégration de la dynamique des paysages et des processus d'interactions compétitives révèle ensuite comment ces facteurs se combinent pour structurer la forme des arbres phylogénétiques, et notamment générer des arbres déséquilibrés et une décélération du tempo de branchement, souvent observés dans les phylogénies moléculaires. J'explore alors les mécanismes responsables de cette décélération. Je montre qu'elle reflète une diversité-dépendance négative du taux de spéciation, liée à une réduction de la persistance et différentiation écologique des nouvelles populations. Le taux d'extinction n'est lui pas influencé par la diversité, les extinctions étant ici surtout causées par une combinaison d'exclusion compétitive et d'hybridation d'espèces incipientes. Enfin, je mets en évidence l'importance, lors d'une crise d'extinction, de la topologie rangée des arbres phylogénétiques et de la distribution des extinctions sur les pertes de diversité phylogénétique, et donc sur le potentiel d'évolution future. / Evolutionary radiations are phenomena of rapid diversification, and one of the major sources of biodiversity on Earth. Here, I explore the hypothesis that ecological and genetic mechanisms underpinning evolutionary radiations structure macroecological and macroevolutionary patterns of diversity. To this end, I analyse the predictions of several models in which radiations emerge from spatio-temporal dynamics at the scale of the individual. These analyses first show that spatial structure is a major driver of diversity and endemism on oceanic archipelagos due to interactions between dispersal and allopatric speciation. Second, by integrating landscape dynamics and the processes of competitive interactions, I reveal how these factors combine to shape phylogenetic trees, and in particular to beget trees that are unbalanced and exhibit a deceleration in branching tempo, which is often observed on molecular phylogenies. I then explore the mechanisms responsible for this deceleration. I show that it reflects a negative diversity-dependence of the speciation rate, itself linked to a reduction in the persistence and ecological differentiation of new populations. The extinction rate is, on the other hand, uninfluenced by species diversity, extinctions being here mainly caused by a combinaison of competitive exclusion and hybridization of incipient species. Finally, I show that during mass extinctions the ranked topology of phylogenetic trees and the distribution of extinctions among the tips have a strong impact on the loss of phylogenetic diversity, and hence on the potential for future evolution.

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