Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-01Bitstream added on 2015-03-03T12:07:26Z : No. of bitstreams: 1 000811366.pdf: 358045 bytes, checksum: 9cd1f999c10e551e3f1a2870a24607d9 (MD5) / O rúmen é um ecossistema aberto, no qual o alimento consumido pelos ruminantes é fermentado a ácidos graxos de cadeia curta e proteína microbiana, os quais servem respectivamente como fonte de energia e de proteína para o animal. Espécies de micro-organismos têm desenvolvido no rúmen uma série de interações complexas, o qual é um dos melhores exemplos de simbiose entre micro-organismos na natureza. Os métodos convencionais para a taxonomia baseada em técnicas de cultivo vêm sendo substituídas por técnicas moleculares, que são rápidas e mais precisas. O fundamento das técnicas moleculares está na sequência do 16S rRNA que fornece a classificação filogenética usadas na identificação e quantificação da comunidade bacteriana. Para avaliar a diversidade bacteriana ruminal neste estudo, foram utilizados 3 bovinos da raça Nelore, canulados no rúmen. As frações líquida e sólida do conteúdo ruminal foram processadas para extração de DNA metagenômico, após a extração foi verificado a quantidade e integridade das amostras. Em seguida, foi feita a PCR baseada nas regiões hipervariáveis V1 e V2 do 16S rRNA, e em sequência procedeu-se a construção da biblioteca e sequenciamento utilizando a plataforma Illumina. Os dados foram analisados pelos softwares MG-RAST e MOTHUR para filiações bacterianas. Aproximadamente 11.407.000 reads foram geradas com qualidade e 812 e 752 UTOs foram encontrados no nível de espécie e gênero respectivamente. Foram identificados 27 filos no conteúdo ruminal de bovinos Nelore através do sequenciamento do gene 16S rRNA pela plataforma Illumina. Os conhecimentos gerados a partir do presente estudo são informações primárias e primordiais para o entendimento da composição bacteriana ruminal. Assim, nos proporciona vislumbrar futuro promissor no desenvolvimento de novos métodos e tecnologias aplicáveis na nutrição animal / The rumen is an open ecosystem in which the food consumed by ruminant is fermented to yield short-chain fatty acids and microbial protein, that in turn serve as a source of energy and protein for the animal, respectively. Species of microorganisms into rumen have developed a series of complex interactions that become one of the best examples of symbiosis between microorganisms in nature. Conventional methods for microbial taxonomy based on culture techniques have been replaced by molecular techniques which are quickly and more accurate. The majority of phylogenetic molecular tools for bacteria classification are based on ribosomal 16S rRNA gene that provides resources for identification and also quantification of bacterial communities. In order to evaluate the ruminal bacterial diversity present in three Nelore cannulated cattle, the rumen content was fractionated in liquid and solid samples after its collect. Both parts were processed for metagenomic DNA extraction which in turn was evaluated according quantity and integrity parameters. Next stage consisted in PCR technique based on V1 and V2 hypervariable 16S rRNA regions to generate amplicons used for DNA sequencing performed at Illumina platform. Data were processed by MG-RAST and MOTHUR softwares to deduce bacterial affiliations. Approximately 11,407,000 reads were generated showing quality for indication of 812 and 752 OTUs at the level of species and genus, respectively. Twenty-seven phyla were successfully identified in Nellore ruminal contents by 16S rRNA sequencing in the powerful Illumina platform. The knowledge generated from this study are primary and essential for the wide understanding of rumen bacterial composition information. Thus, it provides us resources to be explored in a promising future focusing the development of new methods and technologies applied to animal nutrition

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-07Bitstream added on 2015-03-03T12:07:10Z : No. of bitstreams: 1 000807003.pdf: 1969028 bytes, checksum: ffdf99374d166fada9ca950a025cb45d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Brasil lidera o ranking de maior exportador de carne bovina no mundo desde 2008. Garantir a segurança microbiológica desses alimentos tem sido um dos principais focos da indústria processadora de carnes. A aplicação de análises nas diversas etapas do processo industrial tem sido vital para implantar e manter programas de autocontrole como o APPCC. Entre as enfermidades mais frequentes causadas pela ingestão de alimentos contaminados, especialmente os de origem animal, destacam-se as salmoneloses, sendo que sua transmissão se dá primariamente pela via fecal oral. Diante disso, esse trabalho teve como objetivo pesquisar a presença de Salmonella spp. em amostras de conteúdo ruminal coletadas durante o abate de bovinos em uma planta frigorífica localizada na região metropolitana de Curitiba - PR. Duzentos e dois animais distribuídos em oito lotes foram avaliados entre os meses de agosto a dezembro de 2013. Ao final do experimento, 37,5% dos lotes mostraram-se positivos para o agente sendo que 2,97% (6/202) das amostras de conteúdo ruminal isolaram o micro-organismo. A totalidade dos animais positivos recebia como alimento apenas pasto de azevém e aveia. Não foi observada a influência de fatores como o estresse do transporte ou temperatura ambiental sobre o isolamento do patógeno. Entretanto a detecção do mesmo sorovar, Salmonella Schwarzengrund na totalidade dos isolamentos nos permite levantar a hipótese de que a contaminação dos animais tenha se dado na própria indústria, a partir das estruturas físicas, responsáveis por conter os bovinos ou conduzi-los ao box de insensibilização / Brazil leads the world ranking of bovine meat exportation since 2008. To ensure the microbiological safety of these food products has been one of the primary focuses of the meat processing industry. The application of analyses on diverse stages of the industrial process has been vital for deploy and keeping of self-control programs like APPCC. Beyond the most frequent diseases caused by the ingestion of contaminated food, specially animal origin ones, the salmonellosis stand out being transmitted primarily via fecal-oral route. In light of this, the work had the objective to research the presence of Salmonella spp. in rumen fluid samples collected during cattle slaughter at a slaughtering plant localized in Curitiba’s metropolitan area. Two hundred animals distributed over eight lots was evaluated between august and december, 2013. At the end of the experiment, 37.5% of the lots were positive for the agent of which 2.97% (6/202) of samples of rumen contents isolated the micro-organism.The total of the positive animals had been feed with ryegrass pastures and oat. Not the influence of factors like transportation stress or environment temperature over pathogen isolation was observed. However, the detection of the same serovar, Salmonella Schwarzengrund on overall insulation allow us to raise the hypothesis that all animal contamination have been given inside the industry itself, from the infrastructure responsible of holding the cattle or conducting it to the stunning box

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-22Bitstream added on 2014-11-10T11:57:23Z : No. of bitstreams: 1 000791240.pdf: 1034820 bytes, checksum: 4b0b273b843efc0acef3c24358ec0816 (MD5) / Objetivou-se com este estudo caracterizar as alterações na microbiota ruminal, parâmetros ruminais, consumo, digestibilidade das dietas e a eficiência de síntese microbiana, em novilhos Nelore confinados alimentados com diferentes relações volumoso:concentrado, utilizando como fontes de volumoso o feno de Tifton 85 ou cana-de-açúcar. Foram realizados dois experimentos, no experimento 1 utilizou a cana-de-açúcar como fonte de volumoso e no experimento 2 utilizou-se o feno de tifton 85 como volumoso. Em ambos os experimentos foram testadas diferentes relações V:C (70:30; 60:40; 40:60 e 20:80). Em cada experimento, utilizaram-se oito novilhos Nelore (331±8 kg PV), cânulados no rumen, distribuídos em duplo quadrado latino 4x4 balanceados para o controle do efeito residual. No experimento 1 (cana-de-açúcar), o aumento da proporção de concentrado na dieta reduziu a população de Fibrobacter succinogenes e Ruminococus flavefaciens, e aumentou a população de Selenomonas ruminantium e Megasphaera elsdenii, porém o CDFDN não foi alterado. O aumento da participação de carboidratos não estruturais na dieta favoreceu a síntese de proteína microbiana e reduziu a população de bactérias fibrolíticas. A cana-de-açúcar como fonte de volumoso em dieta com proporções crescente de concentrado pode otimizar a síntese de proteína microbiana sem alterar digestibilidade da fibra. No experimento 2 (feno de Tifton 85), o aumento da proporção de concentrado na dieta reduziu a população de Fibrobacter succinogenes, Ruminococus flavefaciens e Ruminococcus albus e aumentou a população de Selenomonas ruminantium e Megasphaera elsdenii e Streptococcus bovis e o CDFDN diminuiu com o aumento da proporção de concentrado na dieta. Feno de Tifton 85 em dietas com altas proporções de concentrado pode minimizar o risco de distúrbios ruminais em novilhos confinados / This trial aimed to characterize the changes in ruminal microbiota, ruminal fermentation, intake, diet digestibility and microbial efficiency in Nellore steers fed with different forage:concentrate proportions, using as sources of forage Tifton 85 hay or sugar cane. Two experiments were conducted: in experiment 1 the sugar cane was used as forage source and in Experiment 2 the Tifton 85 hay was used as forage source. In both experiments were tested different F:C proportions (70:30, 60:40, 40:60 and 20:80). On each experiment were usedeight Nellore steers ( 331 ± 8 kg BW) cannulated in the rumen, in a double latin square 4x4 balanced to control the residual effect. In experiment 1 (sugar cane), increasing the proportion of concentrate in the diet reduced the population of Fibrobacter succinogenes and Ruminococus flavefaciens, and increased the population of Selenomonas ruminantium and Megasphaera elsdenii, but the digestibility of NDF has not changed. The increased participation of non-structural carbohydrates in the diet favored microbial protein synthesis and reduced the population of fibrolytic bacteria. The use of sugar cane as forage source associated with the increases of concentrate proportions in the diet can optimize microbial protein synthesis without change the fiber digestibility. In experiment 2 (Tifton 85 hay), increasing the proportion of concentrate in the diet reduced the population of Fibrobacter succinogenes, Ruminococcus albus and Ruminococus flavefaciens and increased the population of Selenomonas ruminantium, Megasphaera elsdenii and Streptococcus bovis and the digestibility of NDF decreased when increases the proportion of concentrate in the diet. Tifton 85 hay in diets with high proportions of concentrate can minimize the risk of ruminal disorders in feedlot steers