Au cours des vingt dernières années, les études sur les sédiments marins profonds ont révélé la présence et l'activité de communautés microbiennes inattendues. Il est maintenant formellement établi que la biosphère profonde héberge de nombreux représentants des domaines des Archaea et des Bacteria. Cependant,les micro-eucaryotes et plus particulièrement les champignons n’ont été que très peu étudiés dans ces écosystèmes singuliers. Dans ce contexte, des approches moléculaire et culturale ont été utilisées afin de caractériser la diversité des communautés fongiques des sédiments marins profonds en utilisant le bassin de Canterbury comme modèle d’étude. Les résultats principaux obtenus lors de ce travail de thèse sont les suivants : (i) L’approche moléculaire basée sur l’ADN a fourni la preuve directe que les communautés fongiques peuvent persister jusqu’à la profondeur record de 1740 mètres sous la surface du plancher océanique. (ii) Des approches complémentaires ciblant les ARNr et les ARNm ont permis de préciser leur activité métabolique et d’obtenir de premiers indices sur les fonctions de ces champignons à 350m sous la surface du plancher océanique, principalement liées à la croissance, à l’adaptation aux contraintes environnementales in situ et aux interactions entre communautés microbiennes. (iii) L’approche culturale a permis de constituer une collection de culture de 183 isolats fongiques avec des caractéristiques écophysiologiques témoignant leur capacité d’adaptation aux conditions in situ. (iv) Le potentiel biotechnologique des isolats obtenus a été estimé via la recherche de gènes impliqués dans la synthèse de métabolites secondaires et a permis de positionner cette collection d’organismes originaux comme une ressource d’intérêt biotechnologique potentiel. Ce travail qui témoigne de la persistance et de l’activité des communautés fongiques dans les sédiments marins profonds élargit notre vision de la diversité microbienne dans ces milieux et soulève des hypothèses sur le rôle écologique des champignons au sein de la biosphère profonde. / Over the past two decades, investigations on deep marine sediments have revealed the occurrenceand activity of unexpected microbial communities. Many representatives of Archaea and Bacteria were reportedbut micro-eukaryotes and especially fungal communities are still poorly studied in this ecosystem. In this underexplored context, molecular- and culture-based approaches were used to characterize the diversityof fungal communities in deep subsurface sediments using the Canterbury Basin as a model system. The main results of this work are: (i) The molecular DNA-based approach provided direct evidence that the fungal communities persist until the record depth of 1,740 meters below sea floor. (ii) Supplementary approaches targeting rRNA and mRNA revealed their metabolic activity and highlighted first hints into the fungal functions at350 meters below sea floor, mainly related to growth, adaptation to in situ environmental constraints andmicrobial interactions. (iii) The culture based approach allowed establishing a culture collection of 183 fungal isolates with ecophysiological characteristics indicating their ability to adapt to in situ conditions. (iv) This culture collection seems to represent a reservoir of secondary metabolites as many genes involved in secondary metabolites pathways were revealed. The fungal collection established may be considered as an untapped resource to explore for biotechnological applications. This work demonstrating the persistence and activity of fungal communities in deep subsurface sediments (i)broadens our view of microbial diversity in these environments and (ii) raises hypotheses about the ecologicalroles of fungi in the deep biosphere

La propagation des micro-organismes résistants aux antibiotiques menace le système mondial de santé publique. Pour lutter contre ce phénomène, le renouvellement des molécules utilisées en antibiothérapie est devenu une priorité mondiale. Les antibiotiques étant principalement d’origine microbienne, l’étude des micro-organismes et de leurs métabolites s’est donc renforcée et s’oriente vers des écosystèmes peu explorés comme les biotopes marins.Nous avons exploré les activités antimicrobiennes d’une collection de 183 champignons isoles de sédiments marins profonds et collectés entre 4 et 1884 mètres sous le plancher océanique. Le potentiel de production de métabolites de cette collection a été révélé par un criblage génétique ciblant les PolyKetide synthase (PKS), les Non-Ribosomal Peptide Synthetase (NPRS), les TerPene Synthase (TPS) et les hybrides PKS-NRPS. Après avoir regroupé les isolats en fonction de leur profil MSP PCR, 110 ont été sélectionnés pour un criblage fonctionnel, montrant une forte proportion de champignons filamenteux antimicrobiens (32%).Après extraction et fractionnement, les composés bioactifs de 3 souches ont été caractérisés aux niveaux structural et fonctionnel. Ainsi, O. griseum UBOCC-A-114129 produit la fuscine, la dihydrofuscine, la secofuscine et la dihydrosecofuscine, P. bialowiezense UBOCC-A-114097 produit l’acide mycophénolique et Penicillium sp. produit UBOCC-A-114109 la rugulosine.Parallèlement, des analyses en LC-HRMS, réalisées sur des extraits fongiques, ont révélé un grand nombre de métabolites non décrits dans les bases de données. Les champignons des sédiments marins constituent donc un réservoir de structures originales à explorer. / The spreading of antimicrobial resistant microorganisms jeopardizes global health caresystem. To counteract this threat the renewal of antibiotic molecules is a global priority. Antibioticcompounds are mainly originated from microorganisms, so microorganisms and their secondarymetabolites received an increasing interest. The search for new natural antimicrobial compoundsfrom microorganisms gained untapped ecosystems as marine biosphere.We investigated the antimicrobial properties of a fungal collection. The 183 fungal isolateswere collected from deep subseafloor sediment and isolated between 4 and 1,884 meters belowthe seafloor. Secondary metabolites production potential was studied for all isolates in thecollection by screening genes coding PolyKetide Synthase (PKS), Non-Ribosomal Peptide Synthetase(NRPS), TerPene Synthase (TPS) and hybrid PKS-NRPS. After isolates dereplication according to theirMSP-PCR fingerprinting, an antimicrobial screening was performed for 110 isolates, highlighting ahigh proportion of filamentous fungi with antimicrobial properties (32%).After extraction and bio-guided fractionation bioactive metabolites isolated from 3 strains,were characterized in a structural and functional manner: O. griseum UBOCC-A-114129 producedfuscin, dihydrofuscin, secofuscin and dihydrosecofuscine, P. bialowiezense UBOCC-A-114097synthetized mycophenolic acid and Penicillium sp. UBOCC-A-114109 produced rugulosin.In the meantime, LC-HRMS analysis, performed on fungal extracts, showed a great proportionof metabolites not detected in interrogated databases. So, deep subseafloor fungi, represent anuntapped reservoir of original structures to explore.