Le défi de la protection des espèces menacées en Afrique est de concilier de façon durable les objectifs de conservation de la nature, et la nécessité de développement économique des populations humaines. Au Niger, survivent aujourd'hui les dernières girafes d'Afrique de l'Ouest (Giraffa camelopardalis peralta). Ces girafes sont unique à plusieurs titres : (i) elles constituent les seules représentantes de la sous espèce peralta (ii), elles vivent dans une région fortement anthropisée (iii) elles vivent dans une zone non protégée, (iv) et elles ne cohabitent avec aucun prédateur. En 1996, la population était au bord de l'extinction avec seulement 50 individus. Malgré des signes de restauration observés ces dernières années, la sous-espèce est inscrite depuis 2008 dans la liste rouge des espèces menacées de l'UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature) avec le statut « en danger ». Quels sont les facteurs qui pourraient limiter le taux de croissance maximum récemment observé dans cette population? Est-ce que les conjonctures favorables à l'augmentation de la population sont durables? Aborder les questions de conservation des populations met en avant le besoin de connaitre les paramètres démographiques de la population concernée, et les paramètres environnementaux qui conditionnent sa distribution spatiale. Nous avons réalisé une analyse de l'historique des comptages, puis, nous avons déterminé les paramètres démographiques de la population grâce à une approche par Capture Marquage Recapture. Une analyse spatiale à plusieurs échelles nous a permis de caractériser la distribution des girafes aux niveaux de la population et du troupeau (à partir d'observations directes), et de mesurer la sélection de l'habitat au niveau individuel (à partir d'un suivi par colliers GPS) / One of the main challenges for endangered species protection in Africa is to find a sustainable way of integrating objectives of nature conservation with the economic development needs of the local human population. Last West African giraffe population, Giraffa camelopardalis peralta, lives in Niger. These giraffe are unique for several reasons: (i) they represent the only population of peralta sub-species, and (ii) they live in an area densely populated by humans, (iii) which is unprotected and (iv) without predators. In 1996, this giraffe population was almost extinct, with only 50 individuals remaining. Despite signs of population recovery, the sub-species has been classified as “endangered” according to the IUCN Red List assessment criteria. What are the limiting factors for the maximum annual growth rate that has been recorded over the last years in the population? Are favorable conjunctures to this population increasing sustainable? Assessing population conservation requires knowledge of demographic parameters and understanding of the environmental factors driving its spatial distribution. Census data from 1996 to 2009 were analyzed and then demographic parameters through a capture-markrecapture method were determined. A multi-scale spatial analysis allowed me to determine giraffe distribution at both population and herd level (through observations), and to measure habitat selection at the individual level (through GPS satellite collars). Census results, almost exhaustive from 2005 to 2008 highlited an annual growth rate of 12%. This is the maximum growth rate for a giraffe population, and fits with the theoretical maximum growth rate for the species. At the population and herd level, giraffe distribution patterns are driven by food availability. These food resources are seasonally distributed and impacted by human activities. Habitat selection shows that during dry season, giraffe avoid village proximity, where disturbance is high. However, at night giraffe move closer to villages where food resource quantity and quality are higher (tree density, granaries). The use of bean field crop suggests that some cultivated crops gain in attraction and even become favourable to giraffe. This might explain the increase of human-giraffe conflicts. My results clearly show the importance of taking human activities and perception into account, when assessing wildlife conservation strategies

Comprendre les adaptations qui permettent aux espèces de vivre dans des environnements variables, temporellement et spatialement, est essentiel pour prédire la façon dont elles peuvent répondre aux changements globaux actuels et futurs. De nombreuses études à long terme ont montré que les fluctuations climatiques affectaient la dynamique des populations, mais l'influence relative des processus de sélection d'habitat et de densité-dépendance sur la sélection d'habitat est encore mal connue et expliquée. L'objectif de cette thèse est donc d'étudier, d'une part, par une approche corrélative, la sélection d'habitat densité-dépendante à quatre échelles spatiales différentes, chez une population de cigognes blanches (Ciconia ciconia) en augmentation; et d'autre part, par une approche mécaniste, d'étudier les effets relatifs du climat, de l'habitat et de l'expérience des reproducteurs en termes de fitness (nombre de jeunes produits, condition corporelle des jeunes et sexe-ratio) chez cet oiseau, suivi depuis 30 ans dans un milieu sensible, les zones humides de l'ouest de la France, en Charente-Maritime. Ce travail a contribué à identifier des mécanismes qui conduisent aux décisions de sélection d'habitat de nidification qui restaient encore mal compris, et appuie les travaux qui montrent que la dégradation des habitats par les activités humaines peut influer sur les décisions de sélection d'habitat. De plus, ces résultats apportent des informations essentielles à la compréhension des adaptations de cette population dans un environnement variable, ce qui permet de prédire plus efficacement le devenir de la population face aux changements environnementaux futurs. / Understanding adaptations that allow species to live in temporally and spatially variable environments is crucial to predict how species may respond to current and future global changes. Long-term studies have shown that climatic variations affect the dynamic of populations. However, the relative influence of habitat selection and density-dependence processes is still poorly understood and explained. The aim of this thesis is, firstly by a correlative approach, to investigate the density-dependent habitat selection at varying spatial scales in an increasing white stork (Ciconia ciconia) population. Secondly, by a mechanistic approach, we studied the relative effects of climate, habitat and breeder experience in terms of reproductive fitness (fledging success, body condition and sex ratio) in this population monitored for 30 years in a sensitive wetland in Charente-Maritime, western France. This work helped identifying the mechanisms that lead to nesting habitat selection. This work supports research showing that habitat degradation by human activities may affect habitat selection decisions. In addition, these results provide crucial information to understand the adaptations of this population in a changing environment, which allows predicting more efficiently the response of the population to future environmental changes.

Les Sicydiinae amphidromes constituent une part importante des peuplements piscicoles insulaires de la région Indo-Pacifique et sont vulnérables à de nombreuses pressions anthropiques (i.e. pêcherie, dégradation et fragmentation des habitats). La reproduction a lieu en eau douce, puis les jeunes dévalent en mer où ils débutent leur croissance pendant quelques mois avant de coloniser les rivières. L’objectif est d’acquérir des connaissances sur les traits de vie de S. lagocephalus (cosmopolite) et de C. acutipinnis (endémique). Les travaux de terrain démontrent que le choix de l’habitat quotidien est fortement lié aux interactions sociales, alors que l’habitat de fraie montre une forte sélection pour des conditions morphodynamiques favorisant l’oxygénation des oeufs. Les mâles sélectionnent des sites de ponte et gardent les oeufs. L’étude expérimentale de la survie en eau douce confirme que tous les embryons libres possèdent la capacité à rejoindre la mer. L’analyse des traits de vie marins à partir des otolithes des post-larves révèle des variations saisonnières d’âge et de taille au recrutement, en lien avec la croissance et la température marine. L’examen histologique des ovaires permet de décrire les variations spatiales et temporelles de l’activité de reproduction chez les femelles en rivière et de déterminer la fécondité et la taille de première reproduction. Les variations inter et intra-spécifiques des traits de vie sontcomparées en lien avec la répartition géographique des deux espèces. Ces travaux permettent d’identifier des perspectives concrètes dans le domaine de la gestion et de la conservation sur la base des caractéristiques de la stratégie amphidrome. / Amphidromous Sicydiinae are particularly widespread among fish freshwater assemblages of the Indo-Pacific region and are vulnerable to anthropogenic pressures (i.e. fishery, degradation and fragmentation of habitats). Spawning and hatching happen in freshwater, then offspring drift downstream to the sea where they begin their growth for a few months before recruiting in the rivers. This study aims at acquire knowledge about life traits of S. lagocephalus (cosmopolite) and C. acutipinnis (endemic). Field sampling shows that the usual habitat choice is related to social interactions, whereasspawning habitat shows a strong selection for morphodynamic conditions which favor eggs oxygenation. Males select spawning sites and care for the eggs. The experimental study of freshwater survival confirms that free embryos survival and swimming capacities are enough to drift to the ocean. Marine life history analysis, based on postlarvae otoliths examination, reveals a seasonal variation of both age and size-atrecruitment related to the larval growth rate and the sea temperature. Histological examination of ovaries is used to describe the spatial and temporal variation of reproductive activity of mature females in the rivers, and to determine fecundity and size at first reproduction. Inter and intra-specific variations of life history traits are compared in relation to the respective geographical distribution of both species. This study identifies concrete prospects for management and conservation based on the features of amphidromous life history strategy.