Le contentieux administratif de la séparation des Eglises et de l’Etat sous la IIIe République est un objet ancien de curiosité doctrinale. Un renouvellement de l’approche traditionnelle était cependant possible. Alors que les études classiques insistent sur l’apport du Conseil d’Etat à la réussite de la Séparation et à la protection des libertés de conscience et des cultes, il est envisageable d’étudier la jurisprudence sous l’angle des interactions entre les institutions républicaines et le contrôle juridictionnel de l’administration. Soumise à cette problématique, l’oeuvre du Conseil d’Etat permet une approche monografique de l’histoire de la juridiction administrative républicaine révélant les influences réciproques entre le juge administratif et les institutions républicaines. Dans le cas du contentieux de la Séparation, la jurisprudence administrative a ainsi joué un rôle décisif dans la mise en oeuvre et l’approfondissement des grands principes de la loi du 9 décembre 1905, contribuant à donner une consistance à la notion juridique de laïcité de l’Etat. Dans le même temps, et spécialement dans le cadre du contentieux de la police des cultes, le contexte politique et juridique de la Séparation a contribué à la construction du recours pour excès de pouvoir républicain. Cet apport s’est manisfesté par la modernisation des techniques de contrôle juridictionnel et par un encadrement plus étroit du pouvoir discrétionnaire de l’autorité de police. En abordant ces deux aspects du contentieux de la Séparation, cette étude voudrait éclairer la transformation d’une justice administrative d’inspiration impériale en une justice administrative démocratique et républicaine. / Law scolars are traditionnally interested in the implementation of the separation of church and state by the administrative courts during the Third Republic. However, a renewal of the classic understanding was possible. While classic studies focus on the contribution of the Conseil d’Etat to the success of the Séparation and the protection of freedom of thought and religion, it is conceivable to study administrative case law from the angle of interactions between republican institutions and judicial review of administration. This methodological framework allows to underline mutual influences between the judiciary and republican institutions in the history of the administrative jurisdiction. Thus, as the Séparation is concerned, case law has played a strategic part in the implementation and enrichment of the principles established by the 9 december 1905 Act, therefore contributing to provide substance to the legal concept of laïcité de l’Etat. In the same time, and especially concerning the case law relating to the administrative regulation of expressions of religious beliefs in the public space, the political and legal context of the Séparation has had a decisive influence on the construction of the republican recours pour excès de pouvoir. This contribution consisted in a modernization of the judicial review techniques and a more accurate control of discretionary powers of the administrative authority. Through the study of the two main aspects of administrative case law relating to the Séparation, this research would like to enlighten the transformation of the traditional imperial-type administrative jurisdiction into a democratic and republican one.