Dans ce travail, la dosimétrie par gel de Fricke est proposée comme méthode pour mesurer avec précision la distribution de dose tridimensionnelle des plans de radiothérapie. Ce mémoire examine la faisabilité d’utiliser cette méthode pour la dosimétrie des faisceaux de photons d’un accélérateur linéaire avec lecture du gel par IRM. Cette étude comprend le développement des dosimètres de Fricke à base de gel, le développement de méthodes d’étalonnage et leur utilisation pour la dosimétrie de plans de radiation complexes tel que l’arcthérapie volumétrique modulée utilisé en radiothérapie du cerveau entier avec préservation de l’hippocampe. Les propriétés dosimétriques du gel de Fricke, y compris la réponse des taux de relaxation R1 et R2 à la dose, la linéarité de la réponse, la diffusion des ions ferriques et un effet gravitationnel d’inhomogénéité des composantes du gel sont décrits dans ce mémoire. De plus, les aspects pratiques de la mise en œuvre de la dosimétrie par gel de Fricke dans un flux de travail d’assurance qualité des traitements cliniques ont été étudiés, ce qui inclut la préparation du gel, le recalage des données de planification de traitement avec ceux d'imagerie du gel et les séquences de lecture IRM. Les résultats de cette recherche démontrent le potentiel de la dosimétrie par gel de Fricke comme outil fiable pour mesurer avec précision la distribution de dose tridimensionnelle des plans cliniques en radio- oncologie. / In this work, Fricke gel dosimetry is proposed as a method to accurately measure the three- dimensional dose distribution of radiotherapy plans. This thesis examines the feasibility of using this method for the dosimetry of photon beams from a linear accelerator with reading of the gel by MRI. This study includes the development of gel-based Fricke dosimeters, the development of calibration methods and their use for the dosimetry of complex radiation planes such as volumetric modulated arc therapy used in whole-brain radiotherapy with preservation of hippocampus. The dosimetric properties of the Fricke gel, including the response of the relaxation rates R1 and R2 to the dose, the linearity of the response, the diffusion of ferric ions and a gravitational effect of inhomogeneity of the components of the gel are described in this dissertation. Additionally, the practical aspects of implementing Fricke gel dosimetry into a clinical delivery quality assurance workflow were investigated, which includes gel preparation, the registration of treatment planning data with those of gel imaging and MRI reading sequences. The results of this research demonstrate the potential of Fricke gel dosimetry as a reliable tool to accurately measure the three-dimensional dose distribution of clinical plans in radiation oncology.

Rechercher les similarités entre séquences est une opération fondamentale en bioinformatique, que cela soit pour étudier des questions biologiques ou bien pour traiter les données issues de séquenceurs haut-débit. Il y a un vrai besoin d'algorithmes capables de traiter des millions de séquences rapidement. Pour trouver des similarités approchées, on peut tout d'abord considérer de petits mots exacts présents dans les deux séquences, les graines, puis essayer d'étendre les similarités aux voisinages de ces graines. Cette thèse se focalise sur la deuxième étape des heuristiques à base de graines : comment récupérer et comparer efficacement ces voisinages des graines, pour ne garder que les bons candidats ? La thèse explore différentes solutions adaptées aux processeurs massivement multicoeurs: aujourd'hui, les GPUs sont en train de démocratiser le calcul parallèle et préparent les processeurs de demain. La thèse propose des approches directes (extension de l'algorithme bit-parallèle de Wu-Manber, publiée à PBC 2011, et recherche dichotomique) ou bien avec un index supplémentaire (utilisation de fonctions de hash parfaites). Chaque solution a été pensée pour tirer le meilleur profit des architectures avec un fort parallélisme à grain fin, en utilisant des calculs intensifs mais homogènes. Toutes les méthodes proposées ont été implémentés en OpenCL, et comparées sur leur temps d'exécution. La thèse se termine par un prototype de read mapper parallèle, MAROSE, utilisant ces concepts. Dans certaines situations, MAROSE est plus rapide que les solutions existantes avec une sensibilité similaire.